ChemOffice软件的操作与使用

第二章化学编辑排版和分子模拟计算第二章化学编辑排版和分子模拟计算第二部分ChemOffice软件的使用

目录2.1简介

2.2ChemDraw的使用

2.3Chem3D的使用

2.4ChemFinder的使用分子式和结构式是化学家的语言化学办公软件主要内容第一部分：化学结构绘制软件ChemWin1.ChemWin简介2.键、环、箭头箭头工具3.编辑工具、原子标记、轨道、组合工具、菜单命令等第二部分：集成化学软件桌面系统ChemOffice1.ChemDraw2.Chem3D3.ChemFinder第三部分：数学公式及长篇文章排版1.Mathtype2.长篇文章排版2.1简介美国剑桥(CambridgeSoft)公司()其最新版本ChemOfficeUltra2010是目前世界上最优秀、最重要和最权威的桌面化学办公应用软件，集强大的应用功能于一身，为化学工作者提供了优秀的化学辅助系统。它既可以轻松的绘出分子结构图和化学反应方程式、实验室仪器装置和化学工艺流程图等，并应用到字处理软件中；而且可以将化合物名称直接转为结构图，省却绘图的麻烦；也可以对已知结构的化合物命名，给出正确的化合物名称。包含三大模块1.ChemDraw模块——化学结构绘图是世界上最受欢迎的化学结构绘图软件，是国际上论文期刊指定的格式。2.

Chem3D模块——分子构型与仿真分析具有完整的界面及功能，提供工作站级的3D分子轮廓图及分子轨道特性分析，并和数种量子化学软件结合在一起。3.ChemFinder模块——化学信息搜寻整合系统智能型的快速化学搜索引擎。可以建立化学数据库、储存及搜索，也可以使用现成的化学数据库。2.2ChemDraw的使用2.2.1概述2.2.2化学结构绘图2.2.3ChemNMR-核磁谱的计算2.2.4ChemProp-分子物理化学性质计算和标准命名2.2.5原子轨道和分子轨道图的制作ChemDraw可在Win9X/Win2000/WinXP下运行。双击，程序打开后，窗口主界面与一般Windows软件相似，依次为菜单栏、工具栏和文档区以及状态栏，工具栏提供了很多常用的化学分子及化学键。使用时只用鼠标点一下工具栏中所需工具，移动鼠标到编辑区后，鼠标指针变为“+”，再在文档区的合适位置点击鼠标，则分子结构式就会出现，使用十分方便支持Windows剪贴板，所有结构式可以方便地剪贴到Word文档中，而当要修改时，只需在Word文档中双击结构式，即可打开ChemDraw进行修改。2.2.1概述ChemDraw奉行的理念是：化学家能懂的，ChemDraw也应该能懂ChemDraw是ChemOffice中使用最为频繁的组件结构工具栏主工具栏格式栏绘图区模板工具栏菜单栏状态栏主界面14套索实键双键虚键切割键切割楔键黑体键黑体楔键空心楔键波浪键表格长链环丙烷环环戊烷环环庚烷环环己烷椅式环戊二烯环蓬罩橡皮文本笔箭头轨道绘图元素基元化学符号弧形原子反应模板环丁烷环环己烷环环辛烷环环己烷椅式苯环模皆板箭头货、轨医道、证绘图辨元素槽、括壶弧、蹲化学炉符号特、询钉问工茧具模幼板氨基援酸模帜板芳香膏族、蒸双环由、生汗物艺顽术模违板玻璃辜仪器站模板构象办异构烟体模难板环戊程二烯蜘、环检烷模艇板DN唱A、兼RN煌A模板官能鸟团模熊板己糖铲模板苯环贪模板多面款体模轻板立构国中心谜模板超分掏子模雀板垂直抬工具估栏上消的【刑模板蜂】按伶钮包既含了边常用皆的和袜重要油的模架板如波多种喝较复聋杂的原分子阔种类艳和玻战璃仪播器模暖板绘图君实例绘制搞阿司翻匹林揪结构畅式利用族模板卡按左驶图绘军制出彩简式届；单击盼选取乏框按撇钮，爹选中灶画好什的阿逮司匹殖林结享构式奖；执行摸【St疤ru统ct挺ur采e】慨/【坐Cl哗ea热n劈燕Up仰S征tr饱uc炉tu管re聚】菜单权命令据，整宅理图柜形到瓦最佳竖状态粒。图形倾存盘Ch何em凤Dr螺aw文件浙的扩危展名恶为“cd烂x”截，执行轻【Fi为le跨】/盗【S亲av材e杰As尚】菜单东命令扶，即哄可保兴存。图形渣的旋概转与信缩放检查哪结构负错误否和整投理结晋构式根据予化合须物名太称得若到结弯构式根据秀结构很得出波化合哄物命挂名预测得核磁锋共振耕化学尼位移分子烛结构瓦估计翅性质元素胶周期健表符号撒、字固体和鸡颜色快捷赔菜单点和快梦捷键绘制泼化学吗反应将式绘制辫实验桐装置执行棋【St冻ru再ct乱ur钓e】布/C盏he躁ck白S区tr蚕uc雹tu腿re栋】功能训自动熄执行执行骑【St滋ru放ct禁ur摔e】劲/【斯Co切nv私er片t矛Na纱me提t格o滩St维ru瞒ct劝ur张e】菜单川命令如as激pi听ri钥n、也ED埋TA客、m递or衣ph块in买e、胸2-旦ac忆et嗓ox获yb准en辰zo溪ic清a真ci驰d等2.2窗.2枯结居构绘讽制功泳能1.亭简略单的销无机吗反应宿式和明有机苍分子梦式Ch路em界Dr梨aw中可水以一鸡次性课输入滑反应闯式文学本，让在应赶用“Fo竹rm屯ul照a”进行歪优化蛮，其Fo摘rm脆ul饼a格式状化的辈智能瞎程度谅较其价他软摧件有陶所增强。2.籍F辫is衬ch冤er鉴（费舍蛙尔）貌投影恰式3.Ha扔wo症rt诉h（霍沃较思）铜投影弃式4.Ne仍wm脱an崖（纽曼巡寿）投炸影式5.辅立去体化乖学1.项F贡is表ch粉er皂（费舍伤尔）另投影泡式文本炮工具单键支工具下图浴为葡她萄糖这分子负的Fi混sc刑he惧r投影断式首先丹使用爸单键繁绘制蠢工具隐建立繁主碳棒链接撞，重勤点是偶要确刚保下扑一个顶单键漫紧接障在上辨一个俩单键闻的下谋面（写鼠标应会提勾示）坛。完驶成后醉仍然范使用认单键谱绘制痒工具互建立买其他C—覆H和C—闹OH键，男也要酿保证农每个本键之阶间的院链接汪点，蜻最后摸使用猪文本扯输入砌工具曾输入愚文字版，Vi低ew菜单矛的An月al饭ys桨is缴W简in批do牙w功能炎可以奶提供谣一些浩当前冠结构扫的简永单信仰息这根柄直线响其实盯是五队个单牵键连底起来抓的2.无H俊aw假or盒th债（霍沃衰思）花投影艰式下图饿为α-展D-葡萄旗糖的Ha粪wo粒rt泊h投影故式绘制筛这个忠图形夏使用朽单键杏、文侍本、套楔键等工团具和存对象腐的旋择转、趋缩放赠等操作作首先弯建立系一个逼六元望环（寇环己勺烷）耕，选广中六满元环效并旋吊转9挣0度攀（用译鼠标斤或Ob六je糖ct菜单滚的Ro调ta涨te命令伸），疗用文千本输誓入工吼具把鄙六元恒环中从的一跪个碳燥原子裕变为将氧原造子，愈然后融使用丛单键梯工具考栏建复立其码他化很学键佣。关键异在于袄第五魔个碳蹲原子笨的向扛下方洪向的体键，认为了民避免旨与其铺他键钉交叉傲需要舌按住Al摧t键再近绘制介。接城着选约中整笋个图墓形，誉按住Sh碗if注t键进躬行缩屡放（弱不对珍称缩莫放）营，把弹高度妨缩小运至5术0%锁，用何文本弹输入愉工具繁输入丝式相应冲的基斯团，佛再用苦楔键符工具棵修改谦即可使用慌单键干工具积按住Al铜t键绘总制，境适当馋减少旁长度异以免都与下坡面的送键接辉触3.屯N卫ew对ma园n（纽曼什）投视影式Ne忽wm姻an投影勉式绘绣制相震对比稠较简毒单。关键深在于跟化学劝键的运叠放剖顺序景（图堡层相态互覆部盖的方问题炒），项方法厅是选她中一淋部分叠对象幕，按乖鼠标律右键旬选择Se境nd帖t供o锻Ba程ck和Br呜in黎g展to永F坡ro歪nt以改掌变其天层次针关系呈。4.雁立橡体化黄学下图捡中的粒四个阿结构缸式是百同一垂种物盗质第二导个图剥形是疾使用Ob纳je低ct菜单拜的Sh薪ow城St索er胁eo招ch怕em宽is议tr牌y命令熄建立狸的第三胸个图垮形是星第二韵个图晃形水司平反问转的刺结构第四世个图兔形是熄第三触个图伤形垂稻直旋星转1冰80趋度的况结果为了羊出现Ro旷ta挥te犬18益0台Ve趋rt创ic良al斑，这个伤菜单臣项需锣要同饼时按核住Al候t键2.2杨.3Ch旦em尸NM立R-核磁庄谱的驱计算Ch任em搬Dr鹊aw提供耻了核欲磁位少移的谨估计套计算班，可柳以在选定傻分子拐后在Es教ti渠ma崭te菜单洽选择1H厉NM苏R虫Sh样if印t或1CNM离R馆Sh招if船t，相应扰给出线分子坛各个H或C的位停移。统列表给出寨详细芬资料男：心血利管药俱物心勇得安锻（pr蜜op愈ra烟no蜜lo冻l）执行常【St弄ru闸ct等ur扬e】嘉/【恰Pr患ed孙ic检t鸣1H丧-N陶MR砌-S犬hi拴ft妨】菜单商命令执行伶【St皆ru茂ct赠ur间e】窄/【胜Pr保ed号ic腾t故13毒C-链NM仰R-稀Sh驰if陷t】菜单枯命令分别订执行雾【Vi侄ew氏】/拼【S奇ho神w狠An渴al谣ys页is液W绑in打do译w】和【Vi誓ew刃】/滩【S喇ho乳w筐Ch袜em斗ic玩al糠P弹ro缘瑞pe腰rt苦ie炉s债Wi杨nd驶ow石】菜单动命令执行雅【Vi蚀ew嗓】/误【S焰ho壤w纠Pe冬ri歉od剑T烟ab荣le泄W样in驼do丽w】菜单俗命令贱，并汽可以当得到馅该元篮素的距物理石性质执行甩【Vi币ew锐】/盗【O桃th善er知T材oo傅lb庭ar侵s】摧/【立Cl氧ip隶wa断re挣，P愤ar某t1或Pa穿rt冻2】菜单址命令绘制海实验驻装置根图可以爷用磨灿口玻芦璃仪道器接着插件变迅速绒搭建卡化学健反应妻装置2.2惊.4Ch易em艘Pr蜘op晨——分子攀物理泡化学万性质烧计算想和标什准命鸦名Ch你em再Dr沃aw绘制卖轨道展的方吸法是拼使用秋轨道锹绘制柳工具套箱，惹这个春工具该箱能腹够绘谈制s轨道粱、σ轨道任、单仗瓣轨往道、p轨道扎、杂戴化轨奶道、d轨道黎和dz2轨道补。每炒种轨塘道都芒包括梢有三疮种填竭充类伍型：辱背景艰色、骄阴影做和纯贵色，戏具体下的颜侵色则旅可以题自己罩设置州。下努图是弄一个狮例子正：7.辈2.馆5意原令子轨故道图悉与分酷子轨妨道图浑的制粪作2.财3Ch敬em艇3D的使症用Ch衔em起3D是与Ch瓶em辞Dr芹aw配合网使用情的软鸣件，杀主要失是为途了打握开三蝴维结蜘构，贩再使抚用各估种量蔬子化岂学软候件计耀算和析预测蜡该结径构的柴各种筛性质逃。它能商很好速地同Ch恢em前Dr编aw一起掏协同苹工作往，Ch愧em芳Dr路aw上画氏出的煤二维梯结构粮式可绩以正晓确地至自动孩转换筹为三京维结低构，Ch花em增3D中α-微D-葡萄验糖的摊显示汤效果糊图垂直猫工具葛栏模型腿窗口旋转家柄旋转谨柄旋转债柄线状缩慧模型棒状钳模型球棍索模型圆柱雀键模居型比例桌模型建立坑3D模型仇的方宫法利用拜键工摇具建速立利用辛文本永工具逼建立使用认子结枯构建块立使用筋模板残建立Ch短em影Dr跌aw结构名式与窜3D模型暗间的疫转换Ch谱em民Dr哲aw结构娇式转疮换为说3D模型选中倘结构或式，缴复制因到3D窗口岂中，粱自动描转变站成3D模型若。直接家打开Ch尿em邀Dr偿aw文件在3D窗口址中执穴行【Fi翅le干】/果【O芒pe煎n】菜单捏命令却，在姜【文酸件类购型】姐窗口救中选涂中“Ch矩em撤Dr娇aw孤（*搭.c笼dx卵,*伤ch写m）霉”类型峰，单咳击“帮打开环”按锅钮打盐开文炕件。3D模型狗转换仰为平杨面结溉构式选中摄3D模型梁，执穷行【Ed料it飘】/油【C鹊op睡y蒜As昆】/叫【c课he卵mD驱ra像w饮St先ru渔ct雕ur汗e】菜单蚁命令秧，复充制该砖模型始粘贴阿到Ch明em恋Dr返aw窗口享中。以乙省烯为课例，谷首先凝使用脚文本兼输入更工具奇输入峰分子勺式CH2CH2，则会铅自动舒生成遭3D的乙哨烯分听子，贫然后童使用An阀al迫yz培e菜单守的Ex曲te扶nd间ed去H余uc想ke励l荡Su脏rf匀ac逃es功能资，再扫使用Vi肚ew菜单探的Mo累le续cu拐la闲r涝Or柏bi促ta粒ls稻（显示纪各种漆分子墙轨道请），云出现奋对话碍框后斤可以议选择住显示HO守MO还是LU敞MO星，根据唱参数菊的不皱同产炮生的湖轨道姜形状滋不同青，还伐可以搭选择间不同响的表役面显温示效索果。整理玻结构惰与简根单优乱化执行予【Ed强it贿】/黎【S迟el阵ec畅t阀Al般l】菜单宝命令换，将怀模型画全部匠选中虫；执行带【To仅ol隙s】野/【拨Cl肺ea庄n终Up牙S屑tr稻uc幻玉tu拒re疯】菜单山命令疑，整严理结震构执行篮【MM往2】匆/【步Mi粪ni虎mi思ze皆】菜单章命令曾，弹励出【Mi抖ni弓mi织ze瓣E换ne匹rg压y】对话欺框。单击RU片N按钮怀开始俱对模严型进乌行优呢化，涂最终澡给出狼能量厨最低娃状态忠。显示纸3D模型座信息将鼠顿标移衡动至暂3D模型匠的原邮子上海，会干弹出犬一个辫窗口门显示论该原嫁子的过相关而信息稀；将鼠故标移从动至南3D模型趣的化物学键窗上，修会弹劲出一壁个窗喊口显帮示该隶化学窃键的援相关溪信息抵，包哄括键温长、肢键级冬等。按住失【Sh拣if乡丰t】键不斧动，效用鼠惯标顺日序选峰中连俊续的剃3个旋原子逮，然聋后将臣鼠标罚停留绘在任怀一个鉴原子眨上，乞即可佳显示篇这3痕个原湿子形闷成的赤键角唇；要显仿示更润详细写的信响息，影可执朝行【An倘al碗yz废e】厨/【佛Sh惰ow兽M完ea期su劫re质me伞nt中s】蛇/【查Sh翁ow河B茄on茂d跟Le汁ng延th污s】菜单阅命令下图托是选开择LU堤MO奏（N饶=7弯）的显寺示效出果2.旋4Ch图em响Fi火nd对er的使呼用2.4克.1钉概滤述Ch厨em萌Fi辨nd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