NCBI上下载基因序列

1、、NCBI上下载基因序列、mRNA、CDS序列的方法1.打开NCBI网站，第一个框选择Gene,第二个框输入基因名称，如ALK基因，点击Search。2 .进入第二页面后，会看到如下一系列跟ALK基因相关的信息，根据description和location的信息，找到自己需要的基因。空色框中表示的是物种，我需要的是人类的基因，故选择第一个。点击ALK进入下一个页面。Searchresults1to20Of2G61Page|of133Next>Last»Sealso73di&Qpntinud。匚目plaEaditeq昆Mame/GeneIDDescriptionLocat

2、ionAliasesMIMALKanapIssticlmphomareceptort.rosineChromosome2NC_DOQCi02112CD246,NBLST3105590ID：2理kinaseHomosapiens(humanrt(plement)AkanaplasticlymphomakinaseMusChromosome17NC_OOOOB3.6CD246,TeriID:1162fniisculusI'housemouse)7136893&.72604643complementIAikAnaplasticI'/mphoFnakiraseChromc>

3、;5oiTie2RNT_033778.4DmeLCG8250ALK,CG&25O,DAIkID:53425Drosophild(fruitfly)(1662529J1664D011.ccmpteTent)DAI画DmelCG8250.alk:dALK,mili3 .进入后，会看到以下关于ALK基因的详细信息:WNCBIResouiresLdHowloEGeneAdvancedOfficialSynbalOfficialFullNamePrirnsiysourceSei*lekledGenetypeRefSeqstatusOrgani&mLinageAlsoknownasFulR

4、fepurtALKanaplasticlymphomareceptortyrosinekinaseHomosapiens(human)GeneID.23&updateddhE-Dec-2口伯工SummarvALK.w_匚hgh匚anajlct5lclrnphomsreceptortyrosinekinasel-三八二HGHCH3NC427EnsemblEHSGD000Q1门口&4MM10559P.VaCTTHUMG口0000152(04proteinsdin©REYIEVDHumo专apiersElikar,?ts：MetasQ'ChordataCrmni凯a

5、;'edelrrats，ElX目eoatQrniMammalia'Eutheria;EuarhcntoglireE：Ptimates;Hjplorrtin-CgtaTrhiniHominidee'HpniCCD24&NBLST3SumtifiaryHiisgenoencodesafMopto*tyrosinekinaco.vihichbobing&tothorulinroceptorcuporfnnilyThicproioineemprisotanCKtracalimardomain,anhydrophobicdratchcorreaporidingto

6、asing出台asutransnriBTibaneregion,andanintrscdlLilar«in白dnm31rLitpiny*arimportanlrobinthedc.lpmentofthebrainarditeeffeexrtndnori弥rdimniJzinHhonnrviTHKiufeKoeiThienon口hnnKoenfriiindtnhorn=rronnrwHImutatoHeiamrilifiidrlinaerarmc：nfIiiieeire;inr-hudlinni±anii2nloic.lhrlarniirdll这些信息可以略过，往下查看，点击

7、下图红色框中的SeeALKinGenomeDataViewer,进入下个页面。GenomiccontextLocRtinn:?p"?-p23"Sign!nin仲C&4而1且融SfibS闫Ideogramw*-BHsErrrnr-n用IB”0H§flufl-WSMOnK33SfALKin®Tnina左相war卡的artxonccuni:29ArinoUrtionreleaseStilusAssemblyChTILb用好wscurremtGR2h38p7(GCF_DOMXMdCGi2NC_000002.12P91927742592161tFcompl

8、ement)lOf.严八c豚asenhb.,GRcwea(omom40%阖NCJMmX/11(；M15fi403niJJ477cf>mplpmFnt)4 .进入后会看到如下页面,GenomeDataViewerHomo的*"apchup#但上屿ctrancjkmm晓*昨».i2m-»fPick|卜jduckxh*区典；加64髀；Loclk>nft?,Qii甘晨UCS#guen»NCH期昵IN20.1m.m7昆KI剧1将鼠标箭头放在图中红色框中的绿色线上2-5秒，不用点击。会看到下面的界面:（有些基因会出现好几个，根据自己的要求选择）力丽ALC

9、Gene:ALKTitle:己n1api/或icI'mptionidrectortyr口si而kinaseLocatiofi:conipleinent(29fl92,774.-29321总11】Length:726.83SMergedfeatures:lNP.omz95Nand川E_0043OT.4|Ekrnmload:nF0H29EZNMD43Q4WMBankVigw:7匚叫OCO2J2f29J%774.2962LGD个冲?丈婚1sKesiNCBIHomosapiensAnnotationSelease1022016-CS-07FJSTAView:QUOQQQQNJ?1§2

10、774-鼻79211工工；LOC1319293B6.?_939920.2IHHH_I?KJJ33L2H>1城与四9空之H-lK?_?3992-».2HI>R_?3992,2H-l索_?44夕苻4IH淋!尸3弟2二卫附t<?_339926.2MRH7SL516P第一个红色框中:NP004295.2表示蛋白质序列，NP代表蛋白质，004295是编号，后面的.2代表更新状态，数值越大，版本越新。NM004304.4表示mRNA序列，NM表示mRNA,004304是编号，后面的.4代表更新状态，数值越大，版本越新。第二个红色框中:CCDS33172.1表示CDS序歹U,CC

11、DS表示CDS命名规则同上。第三个红色框中:Links&ToolsBLASTGenomic:HC(JQ0小四支,142,774.229116:LU配4gNP_0ai2?4457.iTHP_0SS&1S19.LTXP_013W121TXF_0a5712167.1THPJSK2C4S2B1ViewrGenelD:2濯1viewhigmc：的VIfwMIM:105500NC000002.12(29,192,774.29,921,611)表示完整的基因序列,NC表示基因组。括号中的数字表示这个基因的碱基长度,从29,192,774bp到29,921,611bp。要下载蛋白序列、mRNA

12、序列、CDS序列、基因序列，直接点击红色框中的链接即可。5 .这里下载基因序列，点击后出现如下界面：点击右边的Send予completerecord-mfile>format（有好几种格式）一次CreateFile。常用的是FASTA格式和GenBank格式。GenBank格式保存的信息更全面。"NCBIResourcesHowTo®至此就把ALK基因的序列下载了。二.几种代号的意思ACCESSION是NCBI序列数据中瑁常用到箱号（另一个是03ACCES印。N形式为CC#.其中CC为两个字母，其不同组合又可以区分为蛋白序列、核酸序列或基因蛆序列,而亡腿；ACCESS

13、ION后面又会力赈本片,以CC产用.若形式表示,aSOT尾数递增表示序信息底之前的版本有所修改.这祥ACCESSION+版本号就是fftFS示，代表一个唯一的序列.而目这饯号不会改变.ACCESSIONMOLECULEMETHODNOTEAC_123456GenomicMixed一些可供送择的注殍E毒和原核生物。度因组序列主要用来标记病AP_123456ProteinMixedAC_标记序列对应的蛋白产物。NJ123456GenomicMixed完整的基因组分子序列，标记的类别包括基因组色体、细胞器、质苞。、染NG.123456GenomicMixed不完整的基因组区域，提供NCBI基因组注释

14、途径。比较有代表性有不转录的假基因或者那些很难自行化注释的基因组簇。NM23456mRNAMixed转录产物序列；成熟mRN鼎录本序列。生微信号：HehzLire一般枭说，mRNA和其因组序列是我们主要的寻找对象.如单想找标准序列的话，mRN领采用NM_开头的，基囚组用NC_或者AC_开头的。soeasy!NPJ23456NP.1234S6789ProteinMixed后白产炳；主奥星全米转手簧,舜序列，但也有一些只有部分函白质的部分氨基酿序少卜NR.123456RNAMixed才编码的转录子序列，包话髭构RNAS,但邕因法子等。NT.,123456GenomicAutomatedBAC或者鸟枪厕序法的迁未完全注释的