厦门大学硕士研究生培养方案

厦 门 大 学 硕 士 研 究 生 培 养 方 案 （报表） 一级学科名称 生物学 专业名称 生物化学与分子生物学 专业代码 071010 厦门大学研究生院制表 填表日期： 2007 年 4 月 9 日 1 一、主要研究方向 序 号 号 研究方向名称 主要研究内容、特色与意义 研究生导师（博导 注明） 1 调节生物学 分子与细胞生物信号转导的研究是 有关细胞生长、增殖及分化的研究。信 号转导途径的阐明能为最终攻克肿瘤提 供理论基础和新的途径。Axin 是新近发 现的一个非常重要的抑癌基因，在多种 信号转导通路中起关键的调节作用。因 此，我们近几年的研究方向主要是全面 揭示 Axin 在 Wnt 和 JNK 信号转导途径中 不同的蛋白质复合体的形成因素与机理、 蛋白质的结构基础、及其生物学功能。 林圣彩教授(院长, 博导) 韩家淮教授(博导) 周化民(副教授) 吴学记副教授 2 分子病毒学 以促进人类重要病毒及其相关疾病 的诊断、预防、治疗为主要研究目的， 应用现代分子生物学的理论、技术和方 法来研究与人类健康相关的病毒以及病 毒与人类的相互作用。目前研究内容主 要包括病毒的结构与免疫特征、病毒与 宿主细胞的相互作用、病毒感染血清学 诊断用抗原的研究、病毒预防性及治疗 性疫苗的研究、机体抗病毒体液免疫和 细胞免疫特征、抗病毒工程抗体的研究 等。 夏宁邵 教授（博 导） 张军 教授 史维国 教授 罗文新 副教授 李少伟 副教授 顾颖 讲师 吴婷 讲师 3 海洋生物分子生 物学 利用基因重组、基因组学及蛋白质 组学等现代分子生物学技术手段从分子 水平上对海洋生物进行广泛深入地研究， 使海洋生物资源得到充分利用。主要研 究内容是开展海洋经济类生物的生长、 繁育、抗逆机制研究，主要养殖病原体 的功能基因组研究，以及病原体与宿主 之间相互作用的分子基础研究。开展深 海高压、高温、低温等极端微生物功能 徐洵研究员(博导, 院士) 杨丰研究员 肖湘研究员(博导) 章军(副教授) 2 基因组和蛋白组的研究，遗传特征和生 理生化特征研究，进化与极端环境相互 作用关系研究，以及海洋环境保护和修 复应用研究。 以微藻分子生物学和基因工程方向， 包括有害赤潮藻的蛋白质组、生物钟基 因功能，以及蓝藻基因工程等研究领域。 4 酶学 应用现代的生物化学、生物物理学 等实验技术、方法，研究酶的结构与功 能、酶的抑制作用、失活作用动力学、 酶催化作用机理、酶分子构象与活力关 系、酶活力调控等等。通过探讨酶的催 化反应过程、酶中间络合物，设计酶的 特效抑制剂，探讨抑制剂和酶分子间的 相互作用的分子机理。从天然植物和海 洋生物分离提取酶的抑制剂，研究抑制 剂的分子结构和抑制作用机理。采用人 工合成，研制酶的抑制剂。该研究对于 寻找生物特效药、天然酶抑制剂用于果 蔬保鲜、应用于杀虫农药以及阐明酶的 作用机理、酶的结构与功能有重要的理 论意义。 陈清西 教授 (博 导) 王勤（副教授） 石艳（博士） 5 生物信息学 本研究方向主要开展内容有(1)蛋白 质结构模拟与预测; (2)计算机辅助药物 设计与软件开发:(3)生物信息数据库的 建立与分析:(4)芯片数据挖掘与分析; (5) 进化与比较基因组学; (6) 基因功 能预测与基因组分析; (7)生物计算与生 物复杂性。 纪志梁 (副教授) 6 医用生物化学与 分子生物学 研究重点在于利用生物分子（核酸、 蛋白、和药物等）特异识别原理，研究 特异、灵敏和高通量的检测技术，以及 利用功能性发光标记物和示踪试剂，并 李庆阁教授（博导） 3 结合多种仪器技术，检测重要疾病的分 子标志物，用于疾病的筛查、预警、诊 断和疗效评价。致力于形成有特色和优 势的交叉学科研究领域-“发光分子诊断 “。本研究方向注重方法和技术，涉及知 识面广，实用性强，研究对象则紧密围 绕社会需要。 7 代谢与内分泌疾病 的生物医学 本方向利用细胞模型与基因工程动 物模型的来研究以代谢综合症为主的人 类疾病的病理机理,探讨预防与治疗的方 法与手段.研究范围将集焦于阐明与糖尿 病和糖尿病并发症的有关基因在这些疾 病的发生与发展中的作用及其分子细胞 机制.目前我们重点研究的基因包括醛糖 还原酶 aldose reductase, 渗透调控转 录因子 NFAT5/TonEBP/OREBP 以及血清- 糖皮质激素诱导激酶 serum- glucocorticoid inducible kinase 等 杨云青教授(博导) 8 肿瘤发生机理分子 生物学 研究方向主要包括生长因子受体信 号传导及其在癌症发生中的作用；细胞 周期的调控和细胞周期蛋白（Cyclins and CDKs）与肿瘤形成的关系；p53、Rb 等抑癌基因对细胞周期阻断和肿瘤细胞 凋亡的诱导机制；基因转录表达和蛋白 泛素化降解途径在癌变从早期到晚期不 同阶段的变化；肿瘤细胞逃脱程序性细 胞死亡或细胞凋亡的机制；癌症转移的 分子生物学基础。 张四清教授（博导） 9 结构生物学 主要从事基于结构基础的疫苗设计和改 进、Picorna 植物病毒家族的结构特征以 及作为纳米技术的底物的病毒颗粒的转 化的研究。 林天伟（博导） 10 血管分子生物学 本方向以鸡胚为主要动物模型， RNAi 为主要技术依托，采用现代活体动 物实验，细胞学与分子生物学手段，揭 示正常与病理情况下血管生成的细胞与 袁立教授（博导） 4 分子生物学机制，为临床医学建立血管 生长控制措施提供理论与技术基础。研 究方法包括：(1)实验动物胚胎处理技术 与模式动物操作技术；（2）细胞培养与 处理技术；（3）DNA/RNA 操作（含 RNAi）技术；（4）免疫组化与免疫荧光 技术等。研究内容包括：（1）血管生长 控制作用新基因发掘；（2）已知血管生 长关键作用和参与基因的表达调控与信 号传导；（3）网络基因的功能与基因间 的协同作用；（4）血管细胞的增殖、分 化与凋亡以及黏附、迁移等的规律及其 机制。涉及的正常与病理情况包括： （1）血管内皮细胞分化，血管系统初始 形成及血管系统改建成熟的发育过程； 2）创伤愈合与生殖周期等生理过程； 3）各种疾病中，尤其是肿瘤性疾病中血 管异常过程等。 11 分子生殖生物学 主要利用分子生物学和细胞生物学 方法，研究哺乳动物胚胎与母体之间的 相互作用机理。将以小鼠的延迟着床、 假孕、胚胎移植等体内模型为主，结合 胚胎培养与细胞培养等体外模型，重点 研究胚胎、子宫和卵巢三者间的相互通 讯联系和调节机理。研究前列腺素类、 白血病抑制因子、生长因子等在胚胎与 子宫相互识别和调节过程中的信号转导 等。这些研究将对提高动物的繁殖率、 治疗人类不孕症等方面具有重要意义。 杨增明教授（博导） 12 蛋白质结构与功 能 以动物神经系统为模型，研究参与 信号传导的神经多肽、蛋白质的结构与 功能，阐明多肽与蛋白质之间的相互作 用、调控机制和执行生理功能的分子机 理。选用蛋白质组学及相关分析技术建 立诊断人类各类重大疾病（包括早期预 警）的人血清质谱多肽谱，并适合于临 黄河清教授(博导) 刘润中（副教授） 5 床诊断。基于抗肿瘤药物抑制肿瘤细胞 增殖的相关多肽、蛋白质基础上，采用 蛋白质组学和免疫化学技术揭示参与信 号传导通道的多肽、蛋白质的结构与功 能。模拟自然界常见的污染环境，选用 蛋白质组学及相关分析技术，研究污染 源（包括致病菌）致病海洋生物的相关 蛋白质的结构与功能、揭示致病分子机 理和拓展环境污染生物监测新技术，阐 明环境污染与人类健康的系列重大科学 问题。以多维核磁共振法、X 光晶体衍 射技术、生物质谱法为分析手段，研究 与人类重大疾病相关蛋白质的精细结构， 揭示蛋白质结构与功能关系，开展有机 小分子、多肽药物的分子设计与改良。 13 蛋白质组学与免 疫学 免疫学与蛋白质组学研究方向主要 围绕 1、细菌外膜功能蛋白质组学，2、 病原菌与宿主相互作用的功能蛋白质组 学等 2 个方面进行研究，旨在阐明细菌 外膜蛋白的主要生物学功能特点，揭示 模式识别受体与配体相互作用的生物学 规律。 彭宣宪教授(博导) 刘润中（副教授） 注：本表不够可加页。 6 二、培养目标、学习年限及学分要求 培养目标：（本表可不填政治标准） 通过 2-3 年教学与科研训练，使学生在掌握马克思主义和社会主义科学理论的同时， 又具备吃苦耐劳、勇于探索、善于创新、严谨求实的科学态度和学习作风；掌握生化与分 子生物学的基础理论、系统专业知识及实验技能和了解本学科及其相关学科的研究进展及 动态；通过完成学位论文，达到强化训练学生具有较强分析问题、解决问题和独立从事生 化与分子生物学科学研究能力的目的，并将成为今后独立从事本学科及相关科学研究、高 校教学与科研和生产部门的高级专业技术人才。 学习年限： 学制 2-3 年，学习年限 2-5 年。学习年限特殊情况由导师或学生提出，学院学位分委 员会讨论决定并报研究生院最后审定。 学分要求： 共 32 学分 其中 公共学位： 8 学分 专业学位： 12 学分 选修： 8 学分(包括综合训练 4 学分) 其它培养环节：教学实践 2 学分、学术讨论 2 学分 0 三、课程设置（不包括公共学位课） 序 号 课程编 码 课 程 名 称 课程 类型 学 分 开课 学期 周学时/ 总学时 是否双 语教学 任课教师 （职称） 1 生命科学研究进展（各方向） 学位 4 1 4/64 否 学院统一安排 2 高级植物学 学位 4 1 4/64 否 李 振 基 教 授 郑 海 雷 教 授 王 文 卿 副 教 授 刘 秀 熙 高 工 3 动物学研究 学位 4 1 4/64 否 王重刚教授等、罗大民 教授等 4 分子细胞生物学 学位 4 1 4/64 否 李祺福教授 5 高级生物化学 学位 4 1 4/64 否 陈清西教授 6 高级生态学 学位 4 1 4/64 否 王 文 卿 副 教 授 、 李振基 教 授 、林益明教 授 7 高级微生物学 学位 4 1 4/64 否 郑天凌教授等 8 蛋白质结构与功能 选修课 2 1 2/40 否 黄河清教授，刘润中， 纪志梁 副教授 9 分子病毒与诊断学 选修课 2 2 2/40 否 夏宁邵教授，李庆阁教 授 1 10 综合训练 选修 4 3、4 80 否 各研究方向指导老师 11 教学实践 必修培养 环节 2 3 120 否 各研究方向指导老师 注：本表不够可加页。 1 Courses in Master Student Programme N0. Serial No. The Title of Courses The Type of courses* Credit Semester * total class hours Bilingual Teaching course Teacher / Title 1 Progresses in Life Sciences R.C. 4 A 4/64 2 Advanced Botany R.C. 4 A 4/64 Li Zhengji Prof Zheng Hailei Prof Wang Wenqin Associate Prof Liu Xiuxi Associate Prof 3 Zoology Research R.C. 4 A 4/64 Wang Chonggang（Prof. ） Luo Damin（Prof. ）, et al. 4 Molecular Liu Run-Zhong (Associate Professor) 9 Molecular Virology and diagnostics O.C. 2 S 40 Xia Ning-Shao (Professor) Li Qing-Ge (Professor) 10 Multiple training of research skills O.C. 4 3、4 80 Supervisor 11 Teaching practice R.C. 2 3 120 Supervisor 3 *.R.C.required course; O.C.other course. *.SSpring semester; AAutumn semester 9 课程内容纲要 课程编码：SZ2700001 开课学期： 1 周学时/总学时：3/60 学分： 3 课程名称：生命科学研究进展 英文名称：Research Development of Life Sciences 教学方式：授课 考试方式：笔试 内容提要： 本课程由生物化学与分子生物学硕士点精心组成近十位正副教授讲授当前 国内外在生命科学研究领域中的最新研究成果和进展,其教学主要目的拓展学生 的知识面和提高创新能力,并为今后出色完成学位论文奠定良好的基础,具体授 课研究进展的主要内容如下: (1) 蛋白质组学和基因功能组学 (2) 结构生物学与神经科学 (3) 肿瘤细胞形成与凋亡机理 (4) 植物遗传和发育生物学 (5) 海洋分子生物学与药物筛选 (6) 纳米技术在医药研究中的应用 (7) 生物信息学 (8) 干细胞研究进展 (9) 生物能量的转化和合理开发与利用 (10) 蛋白质折叠与修饰 (11) 与人类疾病有关的疫苗研制与开发 (12) 生物质谱技术及相关技术在信号传导方面的研究 教材： 参考书： (1) 国内外与生命科学、海洋科学、医学科学和海洋环境科学的各种学术期刊. (2) 本学院历届硕士研究生和博士生的学位论文. 注：每门课程都须填写此表。本表不够可加页。 10 课程内容纲要 课程编码： SZ2701001 开课学期：一（上） 周学时/总学时：3 学分：3 课程名称：高级生物化学 英文名称： Advanced Biochemistry 教学方式： 讲授、讨论、学术交流 考试方式：综述报告、期末笔试 内容提要： 本课程包括七章的内容: 第一章：蛋白质的转运、加工与修饰，介 绍蛋白质的跨膜转运、 蛋白质在细胞内的分拣与运输、蛋白 质的前体加工、蛋白 质 的共价修饰等。第二章：蛋白质分 子折叠机理，讨论蛋白质变性与复性、蛋白质的折叠、蛋白质体外折叠机理、伴侣蛋白与肽 链折叠及生物工程中的蛋白质折叠等。 第三章：蛋白质组学研究技 术， 简要介绍近年来，国内 外有关蛋白质组学研究的研究进展和分析新技术。第四章： 蛋白激酶，介 绍各种蛋白激酶（蛋 白激酶 A、蛋白激酶 B、蛋白激酶 C、蛋白激酶 G、酪氨酸蛋白激酶、丝裂原激活蛋白激酶、 钙调蛋白依赖性蛋白激酶等）的结构特点、分布与功能。第五章：蛋白聚糖，介绍蛋白聚糖的 分子组成和分类、细胞外透明 质酸与大分子间质蛋白聚糖、细胞外小分子间质蛋白聚糖、基 膜蛋白聚糖、细胞表面蛋白聚糖和 细胞内蛋白聚糖的结构特点与功能。第六章：激素化学，介 绍各种激素的概念与分类、重要的 动物激素、激素的 调控体系与作用原理、昆虫激素、植物 激素。第七章：酶多底物催化作用 动力学，介 绍 King-Altman 推导动力学方法与应用，双双反 应机理的判断和动力学分析。 第八章：酶抑制剂作用机理：介 绍酶抑制剂的作用原理，抑制 剂 的分子设计与改造，抑制剂作用模型、动力学分析。第九章：固定化酶，介绍固定化酶的制备 原理、固定方法。第十章：酶的人工模拟：模拟酶的基础理论和策略、模拟酶的分类、抗体酶、 印迹酶的概述、结构与应用及研究 进展。 教材： 1. 陈清西，王勤，石艳， 高级生物化学教材，2007.8 2. 陈惠黎主编：生物大分子的结构与功能上海医科大学出版社 1999 年 3. 罗贵民主编：酶工程 化学工业出版社 2002 年 参考书： 1. David L. Nelson, Michael M. Cox, Principles of Biochemistry, fourth edition, Macmillan, 2004, 2. Reginald H. Garrett, Charles M. Grisham.，Biochemistry，第二版，高等教育出版社， 2002 3. 生物化学与生物物理进展 、 生物化学与分子生物学报 ，等有关杂志 2000-2003 11 注：每门课程都须填写此表。本表不够可加页。 课程内容纲要 课程编码：SZ2701003 开课学期：2 周学时/总学时：2/50 学分： 2 课程名称：蛋白质结构与功能 英文名称：Structure and Function in Protein Science 教学方式： 授课 考试方式：笔试 内容提要： 本课程主要讲授的以下三部分内容如下: （1）蛋白质分离与制备技术： 具体授课内容如下：生物大分子的色谱分离与纯化；非线性色谱原理及其 在蛋白质分离与纯化中的应用；凝胶过滤及离子交换层析介质与蛋白质分离； 有机高分子基质的高效液相色谱分离柱填料；无机基质高效色谱填料；双向凝 胶电泳及其相关的分离技术；毛细管电泳及其相关分离技术；双向无胶分离技 术；径向色谱柱的发展和应用。 （2）蛋白质结构分析技术： 具体授课内容：高压液相色谱分离技术；流式细胞仪和激光共集焦显微镜 基本原理与应用；蛋白质组学及相关分析技术；X 射线蛋白质晶体和二维核磁 共振分析技术。 （3）蛋白质结构与功能（包括研究进展）： 简要授课内容: 蛋白质的结构生物学 ; 核酸及基因组的结构生物学 ; 蛋白 质与核酸的相互作用; 生物膜与结构与功能;神经的结构生物学；蛋白质组学研 究进展;简要介绍近年来，国内外有关结构生物学研究的研究进展和分析新技术。 教材： (1) 生物工程下游技术 刘国诠主编，2003 年。 (2) Protein Structure Analysis: Preparation, Characterization and Microsequencing. 2000, Kamo RM eds 编著. (3) 结构生物学 ， 蛋白质之间相互作用 ， 蛋白质结构与功能相关教 材和国内外科学文献。 参考书：国外主要英文学术期刊: Journal of Biological Chemistry, Journal of Protein Chemistry, Biochemistry, Journal of Molecular Biology; Protein Science; Proteomcis etc. 12 注：每门课程都须填写此表。本表不够可加页。 课程内容纲要 课程编码： 开课学期：1 周学时/总学时：2/40 学分： 2 课程名称：分子病毒与诊断学 英文名称： Medical Molecular Virology and Diagnostics 教学方式：课堂讲授、讨论、学术报告； 考试方式：综述报告 内容提要： 本课程包括分子病毒学与分子诊断学两部分内容： 一 分子病毒学： 主要研究医学相关病毒的结构特征、生物性状，以及病毒在一定环境条件下，与人体 间相互关系的科学。其任务是通过教学使学生掌握和运用这门学科的基础理论、基本知识、 开展相关研究的基本技能并了解相关领域的最新研究进展，为从事由病毒所致疾病的诊断 和预防相关的基础及应用研究奠定基础。 课程内容分总论和各论。总论部分主要讲述病毒定义分类；病毒学研究方法；病毒结 构与组装；病毒基因复制与基因表达调控；病毒感染与免疫；病毒致病作用；抗病毒免疫； 病毒与宿主细胞的相互作用；病毒与肿瘤；病毒载体与基因治疗；病毒疫苗与抗病毒治疗； 病毒流行病学等。各论主要讲述重要的人类疾病相关病毒：肝炎病毒，包括 HAV， HBV，HCV，HDV，HEV；逆转录病毒，包括 HIV，HTLV ；流感病毒；脊髓灰质 炎病毒；轮状病毒；疱疹病毒；乳头瘤病毒；腺病毒；痘病毒等。 二 分子诊断学： 分子诊断学是建立在现代分子生物学基础上的医学诊断技术，该学科应用基因组学和 蛋白质组学的最新成果，以促进人类重要疾病的诊断和预防为主要研究目的，重点开展与 人类健康密切相关的重要疾病的基因诊断新技术、重要疾病标志物、疾病相关突变等研究 内容。以用于重大疾病包括肿瘤、遗传病、严重传染病以及耐药基因突变的检测。相关研 究领域还包括非放射免疫分析、高通量筛查技术以及药物靶向输送新技术研究。 本课程以基因诊断为主要讲授内容，注重方法和技术，研究对象则围绕社会需要，紧 密结合学科发展前沿和当前发生的重大疾病的诊断，兼顾免疫分析、生化分析、生物仪器 分析等，具有系统性、新颖性和实用性，涉及知识面广，实用性强。通过本课程的学习， 可以使学生系统、深入、全面地掌握分子诊断学的原理、方法和技术，并了解分子诊断研 究发展的前沿领域。 教材： 1、 Fields Virology （第 4 版）, Knipe, Howley, Griffin 等, 2001 2、 Molecular diagnostics ，George P. Patrinos, Wilhelm Ansorge，Burlington, Mass. : Elsevier Academic Press, c2005. 3、 Molecular diagnosis of genetic diseases ，Elles, Rob.； Totowa, NJ :Humana Press, c2004 13 4、 分子诊断学 ，吕建新，中国医药科技出版社，2004 参考书： 1、 医学分子病毒学 ，金奇，科学出版社，2001 2、 现代医学微生物学 ，闻玉梅，上海医科大学出版社，1999 3、 分子病毒学 ，黄文林，人民卫生出版社，2002 4、J Virol, Virology, J Gen Virol, J Med Virol, Vaccine 等期刊 5、 生物技术与疾病诊断：兼论人类基因治疗 ，卢圣栋，化学工业出版社，2002 6、 Molecular diagnostics :for the clinical laboratorian Coleman, William B.；Xian :Shijie Tushu chuban Gongsi,1999 ; Totowa, N.J. :Humana Press,c1997. 7、Nature Biotechnology, Nucleic Acid Research, Clinical Chemistry 等期刊 注：每门课程都须填写此表。本表不够可加页。 四、社会实践环节的基本要求 对学生社会实践的要求：（时间、具体形式、内容、及考核方式等） 要求入学前非从事高等学校教育工作的硕士研究生在入学的第 3-4 学期期间,应参加三 周的教学实践（指导高年级本科生教学实践), 考核方式主要参考教学效果和面试等方式进 行评定成绩。 14 五、科研能力与学位论文的基本要求 科研能力的基本要求：（列出