细菌分类与命名

细菌的分类与命名1.目的要求掌握细菌学常用的分类单位；掌握细菌的命名及鉴定；了解细菌分类鉴定的标准及其分类方法。兽医微生物学2.细菌的分类地位〔重点〕细菌的命名〔重点〕细菌分类鉴定的标准〔了解〕细菌的分类方法〔了解〕细菌的分类体系〔了解〕细菌的鉴定〔重点、难点〕主要内容兽医微生物学3.生物界的分类历经三界、四界、无界、六界等过程。一、细菌的分类地位生物界的三域学说细菌域古生菌域

真核生物界古生菌域包括产甲烷、极端耐盐、高度嗜热菌等，是生物进化早期产物。

兽医微生物学4.分类单元及其等级界〔域〕Kingdom门Phylum——亚门纲Class——亚纲目Order——亚目科Family——亚科属Genus种Species兽医微生物学5.细菌的分类单元

属种菌株具有共性的假设干种的组合，应与其他属有明显的差异。不同属之间的16SrRNA序列有较大的差异。种是一群性质相似的菌株，与其他菌株群体有明显差异。但凡16SrRNA序列同源性大于97%的两株细菌即可确定为同一种。种是细菌分类的最根本单元。是不同来源的某一种细菌的纯培养物。同一种细菌可以有许多菌株，其主要性状应完全相同，其次要性状可稍有差异。细菌分类上最重要是种和属。兽医微生物学6.二、细菌的命名

命名依据：国际细菌命名法那么：双名法〔林奈〕构成：细菌的学名(scientificname)------拉丁文名由“属名+种名〞构成，用拉丁文表示，属名在前，第一个字母必须大写，其余字母小写；种名在后，包括第一个字母均小写。在出版物中排成斜体。

而中文译名与拉丁文名顺序正好相反，即种名在前，属名在后。如金黄色葡萄球菌：Staphylococcusaureus〔属名〕〔种名〕葡萄球菌金黄色兽医微生物学7.只确定属名，未确定种名的某一株细菌，那么在属名后加sp.〔正体字〕；如同属未定种名的假设干菌株，那么用spp.〔species复数的简写〕代替sp.。如果是新种，那么在学名后加上“sp.Nov.〞，如Lawsoniaintracellularisgen.nov.,sp.nov.，译为胞内劳森菌，新属，新种。亚种用ssp.或subsp.〔正体字〕，如Pasteurllamultocidassp.septica，译为多杀性巴氏杆菌败血亚种。兽医微生物学8.新名称的发表根据细菌命名法规的规定，有效发表新的细菌名称应在公开发行的刊物上进行。假设新名称是在国际系统细菌学杂志〔IJSB〕以外的其他杂志上发表的，还必须经过新名称的合格化发表，被认为合格后，在该杂志上定期公布，命名日期即从公布之日算起，否那么不算合格发表，也不能取得国际上的成认。发表新名称时，应在新名称之后加上所属新分类等级的缩写词，如新目“ord.nov.〞、新属“gen.nov.〞、新种“sp.nov.〞等。兽医微生物学9.20世纪60年代以前，国际上不少细菌分类学家都曾对细菌进行过全面的分类，提出过一些在当代有影响的细菌分类系统。但70年代以后，对细菌进行全面分类的、影响最大的是?伯杰氏手册?。所以该书目前已成为对细菌进行分类鉴定的主要参考书。三、细菌分类鉴定的标准兽医微生物学10.DNA分子水平的鉴定主要限于专业实验室。目前常用的细菌鉴定方法为表型特征鉴定法。鉴定工作分三个步骤：①获得该微生物的纯培养物②测定一系列必要的鉴定指标③查找权威性的鉴定手册。兽医微生物学11.1.表型特征分类法〔传统分类法〕①形态学特征：形态、大小、排列、培养特征、特殊结构、染色特征等②生理生化特征：营养，气体，对碳、氮源的利用能力，对生长因子的需要、对抗生素及抑菌剂的敏感性、代谢产物等。③血清学反响特征：种以下的分类需依靠血清学反响。兽医微生物学12.２.分子生物学分类法〔种系发生关系分类法〕由于细菌的一切生物学特征都是由基因所控制，因此分析基因的相似性和同源性，可确定细菌之间的亲缘关系，确定分类地位。①测定DNA碱基G+Cmol％②进行核酸分子杂交③16SrRNA碱基序列的相似性S〔沉降系数〕rRNA(核糖体RNA)G-鸟嘌呤C-胞嘧啶A-腺嘌呤T-胸腺嘧啶16SrRNA序列差异大于5%即可认为不属于同一种，大于10%那么不属于同一属。兽医微生物学13.细菌分类鉴定的特征和技术〔一〕形态学和生理生化特征〔二〕血清学试验与噬菌体分型〔三〕氨基酸的顺序和蛋白质的分析〔四〕核酸的碱基组成和分子杂交兽医微生物学14.〔一〕形态学和生理生化特征1．形态学特征〔1〕细菌形态：形状、大小、排列〔2〕培养特征：菌落特征〔3〕特殊结构：鞭毛、芽孢、荚膜、孢子〔4〕染色反响：革兰、抗酸〔5〕内含物：异染颗粒、伴孢晶体〔6〕运动性：兽医微生物学15.〔二〕血清学试验与噬菌体分型1．血清学试验细菌细胞与病毒等都含有蛋白质、脂白蛋、脂多糖等有抗原性的物质，由于不同微生物抗原物质结构不同，赋予它们不同的抗原特征。一种细菌的抗原除了可与它自身的抗体起特异性免疫反响外，假设它与其它种类的细菌有共同的抗原组分，它们的抗原抗体之间就会发生交叉反响。兽医微生物学16.2.噬菌体分型在原核生物中已普遍发现有相应种类的噬菌体.噬菌体对宿主的感染和列解作用具有高度的特异性,即一种噬菌体往往只能感染或裂解某种细菌,甚至只裂解种内的某些菌株.所以,根据噬菌体的宿主范围可将细菌分为不同的噬菌型和利用噬菌体裂解这样的特异性进行细菌鉴定.这对于追溯传染病来源、流行病调查以及病原菌的检测鉴定有重要意义.兽医微生物学17.〔三〕氨基酸的顺序和蛋白质的分析蛋白质是基因的产物,蛋白质的氨基酸顺序直接反映mRNA顺序而与编码基因密切相关。可以通过对某些同源蛋白质氨基酸顺序的比较来分析不同生物系统发育关系,序列相似性越高,其亲缘关系愈近。可以根据蛋白质的氨基酸序列资料构建系统发育树和进行分类。兽医微生物学18.〔四〕核酸的碱基组成和分子杂交比较DNA和碱基组成和进行核酸分子杂交,是目前通过直接比较基因组进行生物分类最常用的两种方法。1.DNA的碱基组成[(G+C)%]2.核酸的分子杂交DNA—DNA杂交、DNA—rDNA杂交、核酸探针3.16SrRNA寡核苷酸编目4.微生物全基因组序列测定兽医微生物学19.四、细菌的分类方法

1、双歧检索条目法2、数值分类法兽医微生物学20.?伯吉氏细菌鉴定手册??伯吉氏系统细菌学手册?国际公认的菌种保藏权威机构是：“美国典型培养物保藏中心(ATCC)〞“德国微生物及细胞保藏中心(DSM)〞我国兽医微生物菌〔毒〕种由中国兽药监察所鉴定保存。五、细菌分类体系兽医微生物学21.１.病料的采集无菌采集新鲜病料。２.直接涂片染色镜检〔形态学检查〕-单染色法或复染色法对于一些具有特征形态的病原体如炭疽杆菌、猪丹毒杆菌、巴氏杆菌等可迅速做出诊断。３.别离纯培养及观察培养特性纯培养细菌，再经染色镜检、生化试验、动物试验、免疫学诊断等进行鉴定。鉴定的前提是：只有别离后的纯培养细菌才能进行鉴定。六、细菌的鉴定兽医微生物学22.4.生化试验：检测细菌代谢产物5.动物试验另外还可再采取病料涂片检查和别离鉴定。6.血清学反响：用于细菌分型7.分子生物学技术核酸探针技术、ＰＣＲ技术等。8.自动化技术采用商品化和标准化的配套鉴定和抗菌药物敏感试验卡或条板，可快速准确地对临床数百种常见别离菌进行自动分析鉴定和药敏试验。兽医微生物学23.临床样品采集预处理增菌接种培养基，分离单个菌落各种鉴定试验涂片染色快速诊断试验生化试验血清学实验涂片染色药敏试验动物试验初步诊断报告最终诊断报告细菌鉴定的一般程序兽医微生物学24.病料采集原那么(一)适时采集(二)典型采样典型采样要求样品具有代表性。1.动物活体采样2.从动物尸体采样

动物群体发病，至少采取5头(只)动物的病料。每一种样品应有足够的数量,除确保本次实验用量外,以备必要的复检用。(三)合理采样(四)无菌采样

样品采集全过程应无菌操作，尤其是供微生物学检查和血清学实验的样品。采样部位、采样用具、盛放样品的容器均需灭菌处理。(五)平安采样在采样过程中，采样人员要注意平安，防止感染；同时防止病原扩散而造成环境污染。兽医微生物学25.观察细菌菌落的大小