感染性疾病与个体遗传背景

感染性疾病与个体遗传背景第1页，课件共52页，创作于2023年2月影响感染性疾病结局的因素病原体个体因素第2页，课件共52页，创作于2023年2月影响感染性疾病结局的因素病原体毒力的差异基因变异基因型基因型、亚型、株、准株(种)耐药基因等等…第3页，课件共52页，创作于2023年2月影响感染性疾病结局的因素个体因素年龄、性别、合并症、基础疾病个体的遗传背景(易感性？)不同物种感染同一种病原体的结局不同不同种群感染同一种病原体的结局不同不同个体感染同一种病原体的结局不同不同个体对同一种治疗措施的反应不同第4页，课件共52页，创作于2023年2月个体遗传背景Host-pathogeninteractionsinemergingandre-emerginginfectiousdiseases:….AnnualReviewofPublicHealth;2000;21,15第5页，课件共52页，创作于2023年2月个体遗传背景与免疫系统有关：

HLA、细胞因子(关于TNFα)及其受体、黏附分子、补体受体CR1与免疫系统无关：组织器官特异性：病原体受体、胞内物质如酶、核因子等第6页，课件共52页，创作于2023年2月个体遗传背景不能割裂地看待宿主与病原体细胞因子多态性HLA多态性复合酶体多态性受体？多态性TCR多态性第7页，课件共52页，创作于2023年2月研究感染病的遗传背景并不意味着试图说明感染病是一种遗传性疾病第8页，课件共52页，创作于2023年2月遗传背景的研究方法候选基因法HLA复合体细胞因子多态性病原体受体多态性全基因组扫描微卫星多态性SNP差异筛选第9页，课件共52页，创作于2023年2月候选基因法确定候选基因HLA复合体、各细胞因子基因、甘露糖结合凝集素(MBL)、VDR，等等候选基因突变体的筛查：IMGT/HLA序列数据库细胞因子多态性数据库关联/连锁分析：基于群体遗传学的关联分析(如病例对照研究)连锁分析：核心家系、患病同胞对功能或机制研究：第10页，课件共52页，创作于2023年2月几种重要感染性疾病的

遗传背景研究概况结核HIV感染病毒性肝炎

HBVHCV疟疾第11页，课件共52页，创作于2023年2月TuberculosisGene/GenotypeChromosomelocationImpactofgene/genotypeoninfectiousdiseaseRSDiseaseofoutcomePopulationfrequency第12页，课件共52页，创作于2023年2月TuberculosiscontinuedGene/GenotypeChromosomelocationImpactofgene/genotypeoninfectiousdiseaseRSDiseaseofoutcomePopulationfrequency第13页，课件共52页，创作于2023年2月HIVInfectionGene/GenotypeChromosomelocationImpactofgene/genotypeoninfectiousdiseaseRSDiseaseofoutcomePopulationfrequency第14页，课件共52页，创作于2023年2月MalariaGene/GenotypeChromosomelocationImpactofgene/genotypeoninfectiousdiseaseRSDiseaseofoutcomePopulationfrequency第15页，课件共52页，创作于2023年2月MalariaGene/GenotypeChromosomelocationImpactofgene/genotypeoninfectiousdiseaseRSDiseaseofoutcomePopulationfrequencycontinued第16页，课件共52页，创作于2023年2月HepatitisBGene/GenotypeChromosomelocationImpactofgene/genotypeoninfectiousdiseaseRSDiseaseofoutcomePopulationfrequencyHLAClassI6p21.3A*0301+WithHBVclearance12.9%B*4402+WithHBVpersistence14.7%(B*44)B*4403+第17页，课件共52页，创作于2023年2月Gene/GenotypeChromosomelocationImpactofgene/genotypeoninfectiousdiseaseRSDiseaseofoutcomeHepatitisCHLAClassIIDQB1*0201,DQB1*03,DQB1*0301,DQB1*0302,DRB1*01,DRB1*0101,DRB1*0301,DRB1*04,DRB1*0401,DRB1*11,DRB1*1101,DRB1*1104,DRB1*12,DRB1*1302,DRB3*03,DRQ1*1101,DQA1*03,DQA1*0501,HLALassIA*1101,B*57,Cw*0102,6p21.36p21.3AssociatedwithbetterHCVoutcomesAssociatedwithbetterHCVoutcomes++第18页，课件共52页，创作于2023年2月几种重要感染性疾病的

遗传背景研究概况国内的研究情况主要集中在乙型病毒性肝炎结局与HLA-II类分子、以及细胞因子多态性等的关联分析报告的HLAII类分子(汉族人群)包括:易感：DRB1*0301、DQA1*0501、DQB1*0301、DRB1*120X、DR3等。保护：HLA-DRB1*1101/1104和HLA-DQA1*0301未就HLAI类分子与HBV感染结局的关系进行研究第19页，课件共52页，创作于2023年2月应注意的几个问题人种差异关于实验设计病例组/对照组的选择样本量的问题HLA分型的技术方法统计分析的问题关于病原与宿主的关系第20页，课件共52页，创作于2023年2月应注意的几个问题1.人种差异：

第21页，课件共52页，创作于2023年2月应注意的几个问题2.关于实验设计的问题病例组与对照组的选择问题要尽可能控制能够影响感染结局的其它因素：如感染时的年龄、基础疾病、合并症等暴露强度尽可能均一关于样本量的问题p0=10%，α=0.05，β=0.20，C=1，p1=p0×OR/[1+p0×(OR-1)]，p=(p1+p0)/2，OR=2N==307第22页，课件共52页，创作于2023年2月应注意的几个问题3.HLA分型的技术方法血清学的方法Sequence-SpecificOligonucleotideProbesPrimers:73Probes:577测序分型(SBT)第23页，课件共52页，创作于2023年2月应注意的几个问题4.关于统计分析的问题Hardy-Weinberg遗传平衡检验第24页，课件共52页，创作于2023年2月应注意的几个问题5.病原体与宿主的相互作用问题第25页，课件共52页，创作于2023年2月HLA复合体多态性与HBV

持续感染的关系研究长征医院感染科第26页，课件共52页，创作于2023年2月HLA复合体多态性与HBV

持续感染的关系研究病例对照研究设计(病例:对照=1:2)候选基因：HLA-A，HLA-B，HLA-DRB1上海地区汉族人群病例组：成年感染HBV，持续HBVDNA阳性对照组：成年人在未接种乙肝疫苗的情况下出现任何一种或多种HBV相关抗体阳性，HBVDNA阴性样本量已调查421人。病例组：71例，对照组：128例。第27页，课件共52页，创作于2023年2月HLA复合体多态性与HBV

持续感染的关系研究主要的检测指标：HBV血清学标志物HBVDNA检测HBV基因型检测HLA分型检测第28页，课件共52页，创作于2023年2月人基因组DNA标本的质控：Fast2000人全血基因组抽提试剂盒琼脂糖凝胶电泳TNFα启动子多态性片段的扩增和测序HLA测序分型的质控：中国1%人类基因组计划北方中心(华大基因)测序专业软件分型送检已知HLA基因型的参照标本同一标本重复编号送检HLA复合体多态性与HBV

持续感染的关系研究第29页，课件共52页，创作于2023年2月统计分析流程：Hardy-WeinbergEquilibriumTest(遗传平衡检验)连锁不平衡分析等位基因频率、相关等位基因阳性个体频率的单因素分析(卡方检验)HLA-A，HLA-B，HLA-DRB1等位基因频率与其它汉族人研究样本相应位点等位基因频率的比较多因素分析(Logistic回归)单倍型分析统计软件：Cervus,GenePop，SAS8.1eHLA复合体多态性与HBV

持续感染的关系研究第30页，课件共52页，创作于2023年2月HLA复合体多态性与HBV

持续感染的关系研究参照人群样本一：中国南方汉族人(2n=564)(HLAI)样本二：新加坡汉族人(2n=298)(HLAI)样本三：香港汉族人(2n=1141of1144)(HLAI)样本四：武汉汉族人：2n=240of242(HLAII)第31页，课件共52页，创作于2023年2月基因组DNA质控：-308G/A

HLA复合体多态性与HBV

持续感染的关系研究第32页，课件共52页，创作于2023年2月HLA测序分型的策略HLA-A,BSequencing-BasedTyping第33页，课件共52页，创作于2023年2月HLA测序分型的策略HLA-DRBSequencing-BasedTyping第34页，课件共52页，创作于2023年2月华大基因HLA测序分型结果：HLA复合体多态性与HBV

持续感染的关系研究第35页，课件共52页，创作于2023年2月HLA复合体多态性与HBV

持续感染的关系研究华大基因HLA测序分型结果：HLA-DRB1*12021/1302第36页，课件共52页，创作于2023年2月HLA复合体多态性与HBV

持续感染的关系研究数据格式Allele1Allele2Allele3Allele4…AlleleNTotalTstt1t2t3t4…cnRtCtrlc1c2c3c4…cnRcTotaln1n2n3n4…nnN第37页，课件共52页，创作于2023年2月HLA复合体多态性与HBV

持续感染的关系研究遗传平衡检验：LocusAlleleNHetsHomsH(O)H(E)PICχ2HWA30173110630.6360.8860.87426.23**B46178162160.910.9430.9381NSDRB140181168130.9280.9210.9140.9NS**:P<0.01;NS:P>0.05第38页，课件共52页，创作于2023年2月HLA-A主型、主型阳性个体频率分析A*02A*11A*24A*30A*33χ20.0503.1850.8843.3774.152P0.8240.0740.3470.0660.042OR1.0521.5550.6820.4030.337χ21.1883.0470.2053.9922.152P0.2760.0810.6510.0460.142OR1.4221.7560.8210.3320.433StatisticDFValuePChi-Square612.86010.0453LikelihoodRatioChi-Square613.70380.0331PhiCoefficient0.1928ContingencyCoefficient0.1893Cochran-Mantel-HaenszelStatisticsGeneralAssociation612.82290.0459第39页，课件共52页，创作于2023年2月HLA-A亚型、亚型阳性个体频率分析A*0201A*0206A*0207A*1101A*1102A*2402A*3001A*3303χ20.1140.11511.4505.0730.0870.7043.3774.152P0.7360.7350.0010.0240.7680.4020.0660.042OR0.9021.1703.1121.8040.8500.6970.4030.337χ20.1190.1576.7743.8170.1030.0933.9922.152P0.7300.6920.0090.0510.7490.7610.0460.142OR0.8821.2252.7961.9010.7970.8690.3320.433StatisticDFValuePChi-Square824.68220.0018LikelihoodRatioChi-Square824.96700.0016PhiCoefficient0.2671ContingencyCoefficient0.2580Cochran-Mantel-HaenszelStatisticsGeneralAssociation824.61080.0018第40页，课件共52页，创作于2023年2月HLA-A*0207在不同汉族人群中的分布阳性阴性本组汉族人样本39307346南方汉族人样本53511564新加坡汉族人样本39259298香港汉族人样本1499921141StatisticDFValuePChi-Square35.35350.1477LikelihoodRatioChi-Square35.54270.1361PhiCoefficient0.0477ContingencyCoefficient0.0477Cochran-Mantel-HaenszelStatisticsGeneralAssociation35.35120.1478第41页，课件共52页，创作于2023年2月HLA-A*0207在不同人群中的分布第42页，课件共52页，创作于2023年2月HLA-A*0207在不同人群中的分布第43页，课件共52页，创作于2023年2月HLA-A的其它分析杂合优势分析本组样本中HLA-A*0207vs其它三个汉族人群的HLA-A*0207χ21.3336P0.2482χ20.1624P0.6869第44页，课件共52页，创作于2023年2月HLA-A等位基因的单因素分析结论尚不能认为HLA-A主型等位基因在病例组与对照组间的分布频率存在显著差异在病例组与对照组间HLA-A*0207亚型等位基因频率存在显著差异(19.2%vs7.1%,χ2=11.450,P=0.0007,OR=3.1121,CI:1.5736～6.1547)。HLA-A*0201和HLA-A*0206在病例组和对照组间的分布频率差异不显著(P>0.05)在病例组与对照组间HLA-A*0207亚型等位基因阳性个体频率存在显著差异(28.3%vs12.4%,χ2=6.7736,P=0.0093,OR=2.7957)，HLA-A*0201和HLA-A*0206阳性个体分布频率差异不显著(P>0.05)第45页，课件共52页，创作于2023年2月HLA-A等位基因的单因素分析结论HLA-A*0207在四个汉族群体中检出频率差异不显著HLA-A*0207可能是成年人HBV持续感染的易感基因之一或与其存在连锁第46页，课件共52页，创作于2023年2月HLA-B等位基因的单因素分析结论HLA-B*13、*51、*46等位基因频率及相应的阳个体在病例组与对照组间分布频率差异显著(P均小于0.05)，三种主型等位基因四个汉族人群的分布频率无显著差异(P均大于0.0