系统进化树的构建图文

实验三.系统发育分析软件的使用分子系统发育分析系统发育分析研究是研究物种进化和系统分类的一种方法，研究对象为携带遗传信息的生物大分子序列，采用特定的数理统计算法来计算生物间的进化关系。并用系统进化树，即一种类似树枝状得图形来概括生物间的这种亲缘关系。分子系统发育分析系统发育进化树（Phylogenetictree)用一种类似树状分支的图形来概括各种生物之间的亲缘关系。

系统进化树的主要构成：结点（node)：每个结点表示一个分类单元（属、种群）。进化分枝(Clade)：是指由同一生物进化而来的单一系统群。

实体抽象为节点，实体间的进化关系抽象为连接

分子系统发育的核心为构建系统发育进化树人猩猩狒狒外群分支长度根进化支结点系统进化树（1）系统发育进化树示例

进化拓扑结构：进化树中不同枝的拓扑图形。根：所有分类的共同祖先。结点：表示一个分类单元。进化支：两种以上生物（DNA序列）及其祖先组成的树枝。进化分支：进化关系的图形表示进化分支长度：用数值表示的进化枝的变化程度（遗传距离）距离标尺：生物体或序列之间差异的的数字尺度。外群：与分析序列相关的生物序列且具有较远的亲缘关系距离标尺一个单位结点多序列比对（自动比对，手工校正）选择建树方法建立进化树进化树评估系统发育树重建分析步骤1.距离法(distance）适用序列有较高相似性时2.最大简约法(maximumparsimony,MP)适用序列有很高相似性时3.最大似然法(maximumlikelihood,ML)可用于任何相关序列集合1.基于序列距离特征2+3基于序列离散特征计算速度：距离法>最大简约法>最大似然法系统发育树重建的基本方法系统发育树重建分析过程直系同源序列合理的外群点阵法动态规划法字串法系统发育树构建的相关软件ClustalX（序列比对软件）Modeltest&MrModeltest(碱基替换模型筛选软件)PHYLIPMEGAPHYMLPAUPBEASTFigtree(树形显示软件）TreeView（树形显示软件）系统发育树构建软件构建ＮＪ树，可以用PHYLIP或者MEGA构建MP树，可以使用PHYLIP或者MEGA构建ML树可以使用PHYML，速度快，同时构建ML树还可以用PHYLIP，贝叶斯的算法以MrBayes为代表，不过速度比较慢关于系统发育分析的更多知识请参阅：/biology/bioinfo2/78842.shtml实例讲解下面的内容将教大家如何来构建自己的系统进化树。首先我们需要回忆一个很重要的问题，什么是Fasta格式?在生物信息学中，FASTA格式（又称为Pearson格式），是一种基于文本用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在这种格式中碱基对或氨基酸用单个字母来编码，且允许在序列前添加序列名及注释。序列文件的第一行是由大于号“>”或分号“;”打头的任意文字说明（习惯常用“>”作为起始），用于序列标记。从第二行开始为序列本身，只允许使用既定的核苷酸或氨基酸编码符号。构建我们自己的Fasta文件Fasta文件是直接可以从数据库中下载得到的，但是根据实际要求的不同，有时候我们需要自己构建Fasta文件。如果您已近有了想用来构建进化树的序列，您可以如右图所示构建自己的文件，文件的保存格式是：文件名.txt实例讲解下面我们以版纳病毒为例，构建系统进化树。首先我们要下载我们所需的序列。/实例讲解文件下载完之后，这里我们采用事先准备好的序列。将Fasta文件直接用ClustalX1.83打开实例讲解在进行多序列比对之前我们需要对软件进行一些设置1.选择Alignment标签2.选择OutputformatoptionsPHYLIP软件：PHYLIPMEGA软件：FASTA点击DoCompleteAlignment,选择保存路径之后点击ALIGN，。实例讲解实例芦讲解序列做比对吊结束奴后，丈比对亚结果壤自动晋跳出仗。在督保存复的路登径，索获取算预设文的保歌存格墨式。Ba狮nn艳av壁ir树us孔.F姿AS朽TA彼B出an矩na用vi贪ru伶s.邮ph挽yME里GA念(队Mo相le摧cu变la租r怜Ev替ol世ut回io响na调ry绝G狮en桌et布ic割s映An暖al旅ys宽is况)该软点件是渣由Ku编ma何r等编便写的汽进行灭分子去进化根遗传妻分析哗的免厉费软帽件包腥，能跳对DN司A、mR浸NA、氨假基酸皮序列杀及遗抓传距接离进帅行系馒统发咳生分秘析。门在建殃树方唉法上妇，提牵供了刺目前供最常秧用的UP谊GM僵A，ML，NJ及MP法，吹对所衫获得粘树也帐可进嚼自举短值检居验及帖标准拾误估辱计可述靠性硬检验玩。优点暖为：纽奉简单宰易用最新洋版本西下载/地址船为：ht垮tp：/w的ww秃.m选eg般as膨of纲tw宾ar筋e.贴ne兔t实例补讲解_ME丙GA软件逼构建纲系统较进化冰树实例布讲解下一鱼步我氏们将存介绍痕如何梁用ME贞GA构建授我们寻的进肾化树细，首厦先请忠大家套用ME拉GA软件巾将我挽们之颈前保延留的Fa摊st俭a文件妄打开被这时袍候会生有两榨个窗苗口，选准择Fi犹le标签--香>C己on朽ve辽rt狡f那il呜e压fo伞rm田at逃t哈o腊Me龟ga毫.菜单栏工具条实例院讲解选择Fi赢le标签--咏>C方on锡ve犬rt受f搜il广e饰fo榆rm勉at舰t告o仿Me喇ga版.当给而出相母应的富文件友路径品之后换点击ok显示股文件专已经捧转化督为ME东GA争F牙or挥ma毯t,点击OK驴.将文稳件保吵存，卡牢记传路径实例哀讲解点击逼，载熄入ME溜GA格式关的分纸析序沫列实例骂讲解选择牵数据牧类型哨，在著本次咸测试话中我宰们用渡的是钉核苷捡酸序针列。根据良实际待的情刘况我辜们这键里选守择YE才S选项实例角讲解下一稳步进沟入建漂树的驰最后樱阶段在Pl邻yl绵og泻en动y中选僻择建齿树方仔法，妻这里雁我们身选择NJ法。参数忽设置咬好之具后点忆击co淋mp轮ut语e.蛋白院质序葬列一太般选继择Po塔is肤so参n宇Co反rr束ec株ti压on（泊福松校岩正）,对于帝核苷库酸序仪列一缴般采箩用P-劫di谷st恐an运ce模型实例仅讲解根据Me拉ga的计正算最扇终我泼们得晨到了沉序列老中的耍进化厦关系猴。如果罩结点位的Bo恋ot改st佛ra乓p咳Va授lu填e活>7董0我们赛认为第这个株分支迷是可帖靠的BANNAchBJ9575YN6YN0556LN0684LN0688LN0689JKT6969JKT6423JKT7043LNVNE971294100811008899681000.05优化图标优化选项栏第一划步：炉双击打开PA恒RT拨2，SE辈QB秘OO步T,SE挥QB抗OO我T生产脾随机害样本府的程边序。按路螺径输烤入刚转才生额成的碎*.PH赠Y文件；为痛了避醉免输述入路绣径的敏繁琐骄，可踢以直享接将申文件CO荷PY至PA司RT艺2文件咸夹中敞。第二撒步：冶点击适回车抗，出红现参诉数设未置页辆面。肌设定适当遭参数扮；输当出ou饺tf贸il栏e文件极。Ra唯nd捉om寸n以um匹be撑r习se厨ed肺:进化戴树进吐行抽脂样时忙从