遗传标记检测方法及连锁分析

遗传标记检测方复旦大学生物医复旦大学现代人类学教育SCI收 总计48篇;HumanMolecularJCEM等SCI收录第一或通讯作 18中国遗传学会遗传咨询分会委员（ 研究方向:1. 疾病遗传学研2承担课题973课题，国家自然科学基金面上项目，国家自然科金青年基金 市教委科研创新重点项目： 遗传病及致 的克vs无雀vs卷发7

英 及

掌跖角••疾病（如镰状红细胞贫血）主要发生在新和幼儿多疾病（如精症）主要发生遗传病是多种疾病 的重要原 由于 病发生基本上受一对等显性遗OnlineMendelianinheritancein 疾病 遗传病）遗传方式 显性遗 遗

隐性遗x连锁显 遗

X连锁隐 显性遗传致 在杂合状态下即可致无病 的后代不会患此在系谱中，疾病连续相传，无间断现 遗传致 只有在纯合状态下才致X.连锁显性遗 在系谱中，疾病连续传递，无间断现X.连锁隐性遗往往只见 患女性患者的父亲亦为患者，母亲为携OnewaytothinkaboutEachpuzzlepiecewouldrepresentasetofgenesinaspecificway,similartoaFindingaGeneontheChromosomeMother’s Father’sTheinformationcarriedingenesdiffersslightlyfrom Thisiswhatmakeseachofusunique.Asaresult,thecolorsofthepuzzlepieceswouldbedifferentbetweenfamilymembers.ThechildreceivesexactlyhalfofitsgeneticinformationfromthemotherexactlyhalffromtheGeneticdisorderrunsin FindthepuzzlepiecethatisresponsibleforGenecauseCollinsFS.(1992)Naturegenetics1:3- 尿症使得苯丙氨酸及苯酸积蓄并从尿中大等。1/16500 先定位、后克隆、不依赖于现有研究基定位家系连锁分 因组图谱所取代。但对许多尚未被克隆的致 而言， 本的定位全外显 随着 致病基因扮演着越来越家系连锁分析法基本independentcomplete亲本型重组型

重组型亲本型在每 内是直线排列的 可以自由组合，而排在 上 是不能自由组合的。这种特点称 的“连锁两 间的重组率与它们的距离有关，相距越近重组率越小，组率为1%时的遗传距离为1cM，约相当于100万bp两 间的重组率也是相对恒定的，重组率的大小反 座上相对距重组值可以通过新组合在整个后代中的比例来推算重组率介于0-50%之间，在遗传图上以看超50c的现，这是因为两个 间发生了次交换。Ⅰ-Ⅱ-Ⅲ-Ⅳ-

Ⅱ-Ⅲ-Ⅳ- 遗传标Chrom.Chrom.Chrom.第一代遗传标限制性片段长度多态性(RestrictionFragmentLengthPolymorphism,RFLP)。第二代遗传标记:微 标记420M9-3663（上）和478B14-848（下） 分型Lod值（对数优势比 LOD=log10(likelihoodofdataIflocilinkedat/likelihoodofdataiflociunlinkedat=0.5） LODscore=Z=

(1-θ)+1θ(1-]-5

L值是以1值＋1：LOD值为－2则表示100：1的连锁机会，被认为是排除连的。连锁分Linkage————————————————————————————————LODSCOREAT ——————————————————————————————————————--------————————————————————————————————举“Thepresentcasedemonstratesthatthelawoperatesinmanas ntsloweranimals.TheabnormalityisshownheretobeadominantFamilyFamilyandBDA1photosinFarabee’s 无大家系怎么办 全外显子举连锁分析：需大家系；定位后隐藏有 传异质性（Locusheterogeneity）+遗传疾病的致 突克 遗传病致 的意 为相关药物开发提供药 遗传病及致 的寻高血风湿性精

老年黄肥多疾病：由多个与环境因子共同作用所引起的遗传性疾病。它包括由一个主和其他加上环境因子共同作用所引起，以及由相当多的微效共同参与加上环境因子所引起。其遗传方式复杂，很难在一个中确定正常和患病。只有通过对大量进行研究后，方能确定遗传因子在 病生中的作用 ⒋微效具有累加效应，即一个对表型作用很小，但若干个共同作用，可对表型产生明显 疾病－－－复杂的机

境质量性 数量性Qualitativetraits tativeClassicalmedeliantraits2ormorealleleofageneWithlittleorLinkagestudy

Manygenesmodifiedby Complexdisease tative Schizophrenia,autism,arthritis,etComplexMutiplegeneswithsubtleeffectsEnviromentfactorstativeMethodforidentifyinggenesincomplexAssociation

Case-controldesignFamily-baseddesigntativetrait 疾病的遗传率（度在多高血 MZ同病一致率DZ同病一致率遗传度在多 病，传可高-80；为30%～40%或更，表环境因在决定病更为要，遗因素的用显。表6- 人类一些性状的遗传性遗传性遗传身理科天坐数学天体文史天性幽门狭高血 冠状动脉 SingleNucleotide 标”（geneticsignposts）的勘定。疾病的发生有关联causative 不同碱基，其中最少一种在群体中的频率不小于 组中大概每1000个碱基就有一个SNP，人类组上的SNP总量大概是3×106个。ThemostcommonsourcesofgeneticvariationbetweenhumanSNP的类 Coding

IntronicSNP–iSNP–doesnotcauseanaminoacid

RegulatoryregionSNP–effectamountofproteinexpressedorifCodingregion：Alsocoversynonymous（同义的）andnon-SNP是继人类组计划之后又一国际研究竞争新热点，是阐明组SNP是人类组DNA序列变异的主要形式，是决定人类疾病的重要遗以前是LinkageA1A2alleleatlocus1:PA1;PA2B1B2alleleatlocus2:PB1;PB2Iftwolociareindependent,thenIftwolociaredependent,PA1B1ishigherorlowerthanPA1*PB1.Thus,thetwolociaresaidtobeinLDAhaplotypeisacombinationofallelesatdifferentlocithataretransmittedtogetherTag-SNPisarepresentativeSNPinaregionofthegenomewithhighLDMethodforidentifyinggenesincomplexAssociation

Case-controldesignFamily-baseddesigntativetraitCase-Control StudydesignisveryimportantPopulationsubstructureandselectionSampleselection(phenotypeSampleGeneticAppropriate ReplicationofpositiveresultsinanindependentcohortPaper1(Conventionalcasecontrolstudy)Paper2(Extremeselection)

A/Cor 队列对照研究可采用前瞻性方式，以开始观察的时间为始 人类复杂疾病研样本选选SNP分型方法选样本选Case-Family-Population-TwinTwinTwinHeritabilityandenvironmentalTheadditionalMZindividualcanelevatethestatisticalpowerforassociationbyupto~40%UCSDTwinproject(beganin2001)5yearsfollowupThe“coldpressortest”(“CPT”:onehand,0ºCicewater,60IceusingColinPilothardwareandATLAS/ANS/TDA选胰岛素激素合SNPHowtochooseFunctionalSNPs（NCBI分型方法分型方直Taqman探Massarray分子量阵列技GWAS： 组关联分Massarray分子量阵列dAMP=313.2DadCMP=288.2DadGMP=329.2DadTMP=304.2Da分子量阵列技术平西格诺公司（SEQUENOMInc）生产基于飞行时间质谱（MALDI-TOFMS）技dAMP=313.2DadCMP=288.2DadGMP=329.2DadTMP=304.2Da制造厂商：Sequenom安装日期 ：度分型、甲基化 表

Maker：SequenomIncSettingdate：2008Room：307,MingdaoBuildingContact：Mainparameter：Highresolution,Highaccuracy,High epigenetics,gene 成每个反应所 分子量阵列技术平台主要技术指离子源Smart飞行距离800真空压5x10-6检测器 Genome-WideAssociationStudy基 的SNP检通过酶反应的间接杂直接杂直接杂交法检测SNP或突 对于每一位置的野生型探针，在其位置的某 物延伸法;C连接酶检测法.红线代表荧光标记的靶 Aff