生技制药学概论

生技製藥學概論第一页，共三十四页。第二页，共三十四页。第三页，共三十四页。新藥化合物來源化合物資料庫新合成化合物民俗藥材萃取純化組合化學合成衍生物合成功能性基因體學蛋白質體學RationalDrugDesign第四页，共三十四页。化合物資料庫第五页，共三十四页。第六页，共三十四页。新合成化合物第七页，共三十四页。民俗藥材萃取純化第八页，共三十四页。第九页，共三十四页。第十页，共三十四页。第十一页，共三十四页。組合化學可以定義為：由有機、無機的構築分子，以所有可能的排列組合方式來進行化學合成反應，藉此快速地得到數目龐大且具多樣性的的產物──分子庫（library）。換句話說，化學家利用簡單的組合概念來製備可以提供篩選的分子庫。第十二页，共三十四页。組合化學儀器高效率藥效篩選儀第十三页，共三十四页。第十四页，共三十四页。第十五页，共三十四页。DatasourceDatasizeBioinformaticstopicsRawDNAsequence

Proteinsequence

Macromolecularstructure

Genomes

Geneexpression

8.2millionsequences(9.5billionbases)

300,000sequences(~300aminoacidseach)

13,000structures(~1,000atomiccoordinateseach)

40completegenomes(1.6million?3billionbaseseach)

largest:~20timepointmeasurementsfor~6,000genes

Separatingcodingandnon-codingregionsIdentificationofintronsandexonsGeneproductpredictionForensicanalysis

SequencecomparisonalgorithmsMultiplesequencealignmentsalgorithmsIdentificationofconservedsequencemotifs

Secondary,tertiarystructureprediction3DstructuralalignmentalgorithmsProteingeometrymeasurementsSurfaceandvolumeshapecalculationsIntermolecularinteractions

Molecularsimulations(force-fieldcalculations,molecularmovements,dockingpredictions)

Characterisationofrepeats

StructuralassignmentstogenesPhylogeneticanalysisGenomic-scalecensuses(characterisationofproteincontent,metabolicpathways)Linkageanalysisrelatingspecificgenestodiseases

CorrelatingexpressionpatternsMappingexpressiondatatosequence,structuralandbiochemicaldataOtherdata

Literature

Metabolicpathways

11millioncitations

DigitallibrariesforautomatedbibliographicalsearchesKnowledgedatabasesofdatafromliterature

Pathwaysimulations

第十六页，共三十四页。第十七页，共三十四页。第十八页，共三十四页。第十九页，共三十四页。第二十页，共三十四页。第二十一页，共三十四页。FluorometricImagingPlateReader此一自動篩選工作站可供進行高效能高速藥物篩選(High-throughputscreening,HTS)，配備高靈敏度CCDcamera可供進行各式螢光(fluorescent)及冷光(luminescent)分析實驗。線上液體處理系統提供了同步加藥、混合、讀取功能，極適於進行動力學分析實驗。可供讀取96-與384-well微量盤之高靈敏度、高數據忠實度即時(real-time)動力學分析資訊；更可進一步讀取1536-well微量盤。第二十二页，共三十四页。第二十三页，共三十四页。第二十四页，共三十四页。第二十五页，共三十四页。包括病毒基因檢測標記、婦癌藥物篩選試驗、癌症抗藥性、腫瘤標記及腫瘤單株抗體之建立與應用性研究、分子生物診斷技術，如基因晶片與蛋白質晶片，粒腺體研究，及虛擬實境與腹腔鏡手術之應用研究等。第二十六页，共三十四页。图1.HCVNS3解旋酶晶体结构优化前后的CPK模型比较黄色代表优化前的CPK模型；蓝色表示优化后的CPK模型。图2.HCVNS3解旋酶晶体结构优化前后的Ribbon模型比较蓝色代表优化前的空腔形状；红色代表优化后的空腔形状。第二十七页，共三十四页。图3.采用单链核苷OligoU6来寻找HCVNS3解旋酶模型的结合位点

紫色代表蛋白；黄色代表结合位点；彩色代表OligoU6第二十八页，共三十四页。图4.已知小分子抑制剂Nogalamycin(A)和Doxorubicin(B)与HCVNS3解旋酶模型进行对接后的结果第二十九页，共三十四页。图6.通过LigandFit得到的5个打分最高的化合物的化学结构第三十页，共三十四页。第三十一页，共三十四页。藍色為細胞核，紅色為新型輸送載體帶著傳統化療藥物阿黴素。第三十二页，共三十四页。第三十三页，共三十四页。内容总结生技製藥學概論。組合化學可以定義為：由有機、無機的構築分子，以所有可能的排列組合方式來進行化學合成反應，藉此快速地得到數目龐大且具多樣性的的產物──分子庫（library）。換句話說，化學家利用簡單的組合概念來製備可以提供篩選的分子庫。此一自動篩選工作站可供進行高效能高速藥物篩選(High-throughputscre