分子对接与分子动力学模拟教材课件

分子对接与全局最优化方法分子对接与全局最优化方法分子对接配体－受体的相互作用结合自由能的理论计算优化方法分子对接配体－受体的相互作用配体与受体的相互作用生理过程与其有关生物大分子与大分子之间小分子与生物大分子之间蛋白质的生理和药物作用体现在蛋白质与小分子之间配体与受体的相互作用生理过程与其有关结合自由能的理论计算静电相互作用氢键相互作用范德华相互作用疏水作用结合自由能的理论计算静电相互作用结合自由能的理论计算几何形状互补静电相互作用互补氢键作用互补疏水作用互补结合自由能的理论计算几何形状互补几种计算方法分子动力学自由能微扰方法(FEP)经验计算方法几种计算方法分子动力学自由能的经验计算方法(Autodock)自由能的经验计算方法(Autodock)自由能的经验计算方法(Autodock)自由能的经验计算方法(Autodock)网格能量(GridMap)近似计算利用计算好的参数三线性插值网格能量(GridMap)近似计算现在的问题和今后的方向溶剂化效应、水分子、柔性问题精确的计算和计算时间的问题表面计算数据库现在的问题和今后的方向溶剂化效应、水分子、柔性问题Autodock的处理Pdb文件的准备

/pdb/小分子的准备Autodock的处理Pdb文件的准备

http://www分子处理文件格式：pdb,mol2,mol,pdbq优缺点各种软件的使用

babel，chemoffice，weblabviewer，hyperchem等等分子处理文件格式：pdb,mol2,mol,pdbqbabel转换分子类型，支持几十种分子类型，dos界面。使用方法：babel–ipdb文件名[-h/-d]-omol2文件名Wendows界面babelwinbabel转换分子类型，支持几十种分子类型，dos界面。Chemoffice画小分子的三维结构(由分子式转化)计算其最小能量构形用PM3或者AM1计算原子电荷或者其他参数Chemoffice画小分子的三维结构(由分子式转化)处理蛋白质程序weblabviewer显示格式加氢减氢氨基酸显示去水除去小分子处理蛋白质程序weblabviewer显示格式显示格式显示格式加氢减氢利用playscriptSetPropertyAtomelement="Oxygen":select=onSetPropertyAtomelement="Sulfur":select=onSetPropertyAtomelement="Nitrogen":select=onHydrogensAdd加氢减氢利用playscript多种显示模式NewHierarchyWindowNewDataWindow多种显示模式NewHierarchyWindow去水去水除去小分子除去小分子全局优化方法SAGA-NGATabu-Search全局优化方法SATabu-SearchTabu-Search新的发展ReactiveTabuSearchEnhancedContinuousTabuSearchContinuousReactiveTabuSearch新的发展ReactiveTabuSearch缺点初始解具有较强的依赖性单-单操作缺点初始解具有较强的依赖性与NGA的结合现在的做法：

在NGA计算到减少Scale的时候，把最好的值作TabuSearch，TS时sacle也是逐步减少，到一定步数时如果数值不见好的话，就跳回到最好的地方重新开始。缺点与NGA的结合现在的做法：

在NGA计算到减少Scale的时计算结果计算次数NGANGA-TS计算结果所用时间(s)计算结果所用时间(s)10.2305083392900.2305083373620.251533333460.2305083382630.230508344190.2305083392340.230508344150.2305083405350.230508335390.2305083385162.351950000350.2305083383470.230508338310.2305083385080.251533333370.2305083346890.4825583331190.23050833960100.251533333410.23050833963计算结果计算次数NGANGA-TS计算结果所用时间(s)计算分子对接与分子动力学模拟教材课件讨论重点讨论重点分子对接与全局最优化方法分子对接与全局最优化方法分子对接配体－受体的相互作用结合自由能的理论计算优化方法分子对接配体－受体的相互作用配体与受体的相互作用生理过程与其有关生物大分子与大分子之间小分子与生物大分子之间蛋白质的生理和药物作用体现在蛋白质与小分子之间配体与受体的相互作用生理过程与其有关结合自由能的理论计算静电相互作用氢键相互作用范德华相互作用疏水作用结合自由能的理论计算静电相互作用结合自由能的理论计算几何形状互补静电相互作用互补氢键作用互补疏水作用互补结合自由能的理论计算几何形状互补几种计算方法分子动力学自由能微扰方法(FEP)经验计算方法几种计算方法分子动力学自由能的经验计算方法(Autodock)自由能的经验计算方法(Autodock)自由能的经验计算方法(Autodock)自由能的经验计算方法(Autodock)网格能量(GridMap)近似计算利用计算好的参数三线性插值网格能量(GridMap)近似计算现在的问题和今后的方向溶剂化效应、水分子、柔性问题精确的计算和计算时间的问题表面计算数据库现在的问题和今后的方向溶剂化效应、水分子、柔性问题Autodock的处理Pdb文件的准备

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babel，chemoffice，weblabviewer，hyperchem等等分子处理文件格式：pdb,mol2,mol,pdbqbabel转换分子类型，支持几十种分子类型，dos界面。使用方法：babel–ipdb文件名[-h/-d]-omol2文件名Wendows界面babelwinbabel转换分子类型，支持几十种分子类型，dos界面。Chemoffice画小分子的三维结构(由分子式转化)计算其最小能量构形用PM3或者AM1计算原子电荷或者其他参数Chemoffice画小分子的三维结构(由分子式转化)处理蛋白质程序weblabviewer显示格式加氢减氢氨基酸显示去水除去小分子处理蛋白质程序weblabviewer显示格式显示格式显示格式加氢减氢利用playscriptSetPropertyAtomelement="Oxygen":select=onSetPropertyAtomelement="Sulfur":select=onSetPropertyAtomelement="Nitrogen":select=onHydrogensAdd加氢减氢利用playscript多种显示模式NewHierarchyWindowNewDataWindow多种显示模式NewHierarchyWindow去水去水除去小分子除去小分子全局优化方法SAGA-NGATabu-Search全局优化方法SATabu-SearchTabu-Search新的发展ReactiveTabuSearchEnhancedContinuousTabuSearchContinuousReactiveTabuSearch新的发展ReactiveTabuSearch缺点初始解具有较强的依赖性单-单操作缺点初始解具有较强的依赖性与NGA的结合现在的做法：

在NGA计算到减少Scale的时候，把最好的值作TabuSearch，TS时sacle也是逐步减少，到一定步数时如果数值不见好的话，就跳回到最好的地方重新开始。缺点与NGA的结合现在的做法：

在NGA计算到减少Scale的时计算结果计算次数NGANGA-TS计算结果所用时间(s)计算结果所用时间(s)10.2305083392900.2305083373620.251533333460.2305083382630.230508344190.2305083392340.230508344150.2305083405350.230508335390.2305083385162.351950