(黄远洁)核酸序列的获取与比对-实验课三

1、核酸序列的获取与比对核酸序列的获取与比对黄远洁黄远洁医学科学实验中心医学科学实验中心第第 1 1 节节 复习：核酸序列提取复习：核酸序列提取第第 2 2 节节 多重序列比对多重序列比对第第 3 3 节节 SNPSNP序列的获取序列的获取1 1 复习：核酸序列提取复习：核酸序列提取2 2 多重序列比对多重序列比对双序列比对NCBI：BlastGATGGGATTGGGGgTTTTCCCCTCCCATGTGCTCAAGAgCTGGCGCTAAAAGTTTTGAGCTTCTCAAAAGTC TAGAGCCACCGTCCAGGGAGCAGGTAGCTGCTGGGCTCCGGGGACACTTTGCGTTC

2、GGGCTGGGAGCGTGGATGGGATTGGGGTTTTCCCaCTCCCATGTGCTCAAGACTGGCGCTAAAAGTTTTGAGCTTCTCAAAAGTC TAGAGCCACCGTCCAGGGAGCAGtGTAGCTGCTGGGCTCCGGGcGACACTTTGCGTTCGGGCTGGGAGCGTG2 2 多重序列比对多重序列比对三个以上序列比对Multiple Sequence Alignment （MSA） （http:/www.ebi.ac.uk/Tools/msa/）多用于蛋白质序列比对多用于蛋白质序列比对多用于核酸序列比对多用于核酸序列比对GCG, FASTA, EM

3、BL, PIR, NBRF,UniProtKB/Swiss-Prot111AATTCCGG222CCGGAATT333111AATTCCGG222CCGGAATT333序列比对命名序列比对命名物种名的首字母物种名的首字母+基因名称缩写基因名称缩写如：人类（如：人类（Homo sapiens）TP53基因基因 可命名为可命名为HsTP53 HsTP53Guide Tree向导树Phylogenetic Tree 进化树系统发育树 Cladogram进化树 Guide TreePhylogenetic Tree反应序列的相似关系反应序列的相似关系反应序列的系统进化关系反应序列的系统进化关系3 SN

4、P3 SNP序列获取序列获取单核苷酸多态单核苷酸多态（Single Nucleotide Polymorphisms, SNPs）是人类染色体上）是人类染色体上（DNA 序列）的单个核苷酸的差异。序列）的单个核苷酸的差异。 SNP所表现的多态性只涉及到单个碱基的变异，可由单个碱基转换、颠换、插入或缺失引起，但通常所说的SNP是指转换或颠换。 转换：嘌呤被嘌呤或嘧啶被嘧啶替换 CT G A 颠换：嘌呤被嘧啶或嘧啶被嘌呤替换 C A GT 同义SNP 编码序列SNP（cSNP)SNP 非同义SNP 非编码序列SNP 同义cSNP： SNP所导致的编码序列改变并不影响其所翻译的蛋白质的氨基酸序列，突

5、变碱基与未突变碱基的含义相同； 非同义cSNP： 指碱基序列的改变可使以其为蓝本翻译的蛋白质序列发生改变，从而影响蛋白质的功能。这种改变常常是导致生物性状改变的直接原因。1、数量多，分布广泛。2、适于快速、规模化筛查。3、SNP等位基因频率容易估计。4、易于基因分型。重要的重要的SNPSNP数据库数据库 (一一) SNP存储与维护数据库存储与维护数据库dbSNP为了满足对基因组范围总体变异的需求，解为了满足对基因组范围总体变异的需求，解决在决在关联研究、基因定位、功能和药理遗传学、关联研究、基因定位、功能和药理遗传学、群体遗传学、进化生物学以及定位克隆、物理作群体遗传学、进化生物学以及定位克隆

6、、物理作图等图等领域中大规模抽样设计的需求，领域中大规模抽样设计的需求，NCBI与与NHGRI协作创建了协作创建了dbSNP。 dbSNP中中SNP数据的增长速度数据的增长速度（二）关联研究基因型数据的存储与整理（二）关联研究基因型数据的存储与整理dbGap 为了为了存储和发布基因型和表型相关的研究数据存储和发布基因型和表型相关的研究数据及研究结果而开发的软件。及研究结果而开发的软件。用于高通量、低成本、用于高通量、低成本、高效率的分析方法研究，发现海量基因型和表型数高效率的分析方法研究，发现海量基因型和表型数据相关性据相关性。dbSNP数据库 p53基因基因单个单个SNPSNP详细信息详细信息MAF:Global minor allele frequency 2015年11月2014年11月基因基因所有所有SNPSNP详细信息详细信息基因所有基因所有SNP 类型选择类型选择基因所有基因所有SNP 注释基本信息注释基本信息基因所有基因所有SNP 注释的详细信息注释的详细信息SNP位点前后10个碱基Chr. Po