dna结合蛋白专题知识讲座

dna结合蛋白专题知识讲座dna结合蛋白专题知识讲座第1页第三章生物信息传递

——从DNA到RNA第一节DNA结合蛋白200bpDNA结合蛋白基因DNA结合蛋白结合位点是一个基因上游序列dna结合蛋白专题知识讲座第2页一、研究DNA结合蛋白方法凝胶阻滞试验(gelretardation)

修饰保护测试(modificationassay)

修饰干扰试验（modificationinterference）

二、DNA结合蛋白质纯化

亲和层析法杂交探针法X-射线衍射晶体分析(X-raydiffractionpattern)dna结合蛋白专题知识讲座第3页标识DNA片段标识DNA片段与蛋白质混合物C1C2C3C4C5C6C1C2C3C4C5C6游离DNA－＋凝胶阻滞电泳dna结合蛋白专题知识讲座第4页一、研究DNA结合蛋白方法修饰保护测试(modificationassay)

原理：假如一个DNA分子携带一个结合蛋白，那么该个别核苷酸序列会被保护而不能被修饰。有两种修饰方法：1.用核酸酶处理，能够裂解除被结合蛋白保护之外全部磷酸二酯键，经过足迹法进行检测。；2.暴露于甲基化试剂，比如可将甲基加到核苷酸G上形成二甲基硫酸盐，而被结合蛋白所保护G则不能被甲基化。dna结合蛋白专题知识讲座第5页DNaseI印迹试验(DNaseIfootprinting)修饰保护测试(modificationassay)

dna结合蛋白专题知识讲座第6页一、研究DNA结合蛋白方法修饰干扰试验（modificationinterference）

原理：假如一个对蛋白质结合起关键作用核苷酸被改变，比如加一个甲基，则可能会抑制蛋白结合。修饰剂——二甲基硫酸盐（DMS）。

修饰保护不应与修饰干扰相混同，后者是蛋白质结合研究中一个更敏感技术。dna结合蛋白专题知识讲座第7页

用DMS处理靶DNA，使平均每条链上只有一个G被甲基化。将局部甲基化DNA与含DNA结合蛋白细胞提取物共温育后进行凝胶滞缓试验。分离各种DNA条带，并用六氢吡啶切割甲基化残基。假如因某个G残基甲基化作用而阻止了蛋白质与DNA结合，那么，六氢吡啶对这个甲基化G残基切割作用，就只能在没有蛋白质结合DNA中观察到。与蛋白质结合与蛋白质结合不能与蛋白质结合与蛋白质结合DNA带含有Ⅰ和Ⅲ两种类型DNA片段不能与蛋白质结合DNA带含有全部3种类型DNA片段切出全部结合与不结合蛋白质DNA带,并用六氢吡啶切割甲基化G残基缺失DNA带表明对应G残基主要意义,它得到结合蛋白质保护dna结合蛋白专题知识讲座第8页三、DNA和DNA结合蛋白相互作用不一样DNA结合蛋白有广泛活性，而且调整基因组表示仅是这类蛋白功效之一。多数参加基因组表示蛋白质识别特定DNA序列，并主要结合在这些靶位点上。尽管含有多样性，但全部DNA结合蛋白最少都一个共同点，即它们与DNA结合，蛋白质与DNA结合似乎只有有限几个方式。dna结合蛋白专题知识讲座第9页三、DNA和DNA结合蛋白相互作用1.参加蛋白质相互作用DNA核苷酸序列直接读取TA大沟小沟vdWvdWaaaaada：氢键受体d：氢键供体vdW：范德华力B型双螺旋A-T碱基正确识别dna结合蛋白专题知识讲座第10页核苷酸序列对螺旋结构间接影响a.DNA双螺旋结构多态性b.DNA弯曲（DNAbending）

ABZMiMaMaMiMiMa三、DNA和DNA结合蛋白相互作用大沟宽小沟窄小沟窄大沟不存在小沟窄而深大沟变深小沟宽浅dna结合蛋白专题知识讲座第11页ABZHandednessBaseInclinationdna结合蛋白专题知识讲座第12页三、DNA和DNA结合蛋白相互作用2.参加相互作用蛋白质为了以特异方式结合，一个蛋白质必须以能识别核苷酸序列方式与双螺旋接触。这个家族能够依据与DNA分子相互作用蛋白质片段结构而分为几个不一样群体。很多蛋白质中都有这些DNA结合基序（DNA-bindingmotif），这些蛋白常来自差异很大生物，而且最少其中一些很可能进化了一次以上。与DNA结合转录因子大多以二聚体形式起作用。dna结合蛋白专题知识讲座第13页几个DNA结合基序基序含有这种基序蛋白螺旋－转角－螺旋家族标准螺旋－转角－螺旋同源异形结构域高迁移率组结构域大肠杆菌乳糖阻遏物，色氨酸阻遏物果蝇触角－足蛋白哺乳动物性别决定蛋白SRY锌指家族Cys2His2锌指多半胱氨酸锌指碱性结构域真核生物转录因子TFⅢA高等真核生物类固醇受体家族酵母GCN4转录因子非特异性DNA结合基序组蛋白折叠聚合酶裂隙真核生物组蛋白DNA和RNA聚合酶dna结合蛋白专题知识讲座第14页螺旋－转角－螺旋（helixturnhelix，