用于抗原-受体的空间转录组学的制作方法VIP

用于抗原-受体的空间转录组学的制作方法摘要本文介绍了一种用于抗原-受体的空间转录组学的制作方法。空间转录组学是一种研究细胞中基因表达的技术，它可以帮助我们理解细胞内部的基因调控过程以及不同细胞类型之间的功能差异。本文详细介绍了该制作方法的步骤和所需材料，并提供了相关的实验操作说明。引言抗原-受体的空间转录组学是一种新兴的技术，通过对细胞中的所有RNA分子进行高通量测序，我们可以获得准确的细胞内基因表达图谱。这对我们深入了解细胞的功能和调控机制具有重要意义。该制作方法可以有助于我们研究免疫系统、癌症和神经系统等领域的细胞功能。以下是该方法的详细步骤和所需材料：材料和试剂细胞样品（包括受体细胞和抗原细胞）RLT缓冲液RNeasyPlusMiniKitRNase-FreeDNaseSetTris-HClEDTAUltrapure水RNaseInhibitorSuperScriptIVReverseTranscriptaseOligo(dT)20primerRNaseHdNTPsRNaseHbufferRNase-freewater2xSYBRGreenPCRMasterMix方法1.样品准备1.1收集所需的细胞样品，包括受体细胞和抗原细胞。1.2使用PBS缓冲液洗涤细胞样品，以去除细胞表面的杂质。2.细胞裂解和RNA提取2.1向收集到的细胞样品中加入适量的RLT缓冲液，破坏细胞膜并释放细胞内的RNA。2.2将样品转移到离心管中，并离心10分钟以沉淀细胞碎片。2.3将上清液转移到新的离心管中，并加入适量的乙醇混合均匀。2.4将混合液转移至RNeasyspincolumn中，并进行离心，以捕获RNA。2.5使用RW1缓冲液洗涤RNA，然后使用RPE缓冲液进行进一步洗涤。2.6最后，使用RNase-Free水进行洗涤，将RNA溶解至适当的浓度。3.RNA纯化和降解DNA3.1使用RNase-FreeDNaseSet对纯化后的RNA进行DNA降解，以去除样品中的DNA污染物。3.2向纯化后的RNA样品中加入DNaseI消化缓冲液，并孵育15-30分钟。3.3加入DNaseInactivationReagent，混合均匀，并离心以沉淀DNA降解产物。3.4将上清转移至新的离心管中，并加入等体积的冷乙醇。3.5进行离心以沉淀RNA，然后使用RNase-Free水溶解RNA。4.RNA的逆转录4.1准备逆转录反应体系：将RNA样品与Oligo(dT)20引物、dNTPs、RNaseInhibitor和RNase-Free水混合均匀。4.2将混合液加热至65°C，并立即暴露在冰上，以产生单链DNA模板。4.3在加热的样品中加入5xRT缓冲液、25mMMgCl2、0.1MDTT、SuperScriptIV逆转录酶，并进行反应，生成cDNA。4.4加入RNaseH，以去除模板RNA。4.5将逆转录产物进行纯化，去除未完全逆转录的RNA和其他杂质。5.qPCR检测基因表达5.1准备PCR反应体系：将cDNA样品与适量的SYBRGreenPCRMasterMix和引物混合均匀。5.2在阴凉暗处进行PCR反应，检测不同基因的表达水平。5.3记录荧光信号，并计算相对表达水平。结论本文介绍了一种用于抗原-受体的空间转录组学的制作方法。通过该方法，可以获得准确的基因表达图谱，帮助我们了解细胞内基因调控的机制以及不同细胞类型之间的差异。该方法的步骤简单明了，并且使用了