伪狂犬病毒与水貂肠炎病毒双重荧光PCR检测方法

伪狂犬病毒与水貂肠炎病毒双重荧光PCR检测方法范围本文件规定了伪狂犬病毒与水貂肠炎病毒（水貂细小病毒）双重荧光PCR检测方法。本文件适用于伪狂犬病毒与水貂肠炎病毒的快速鉴别诊断。规范性引用文件下列文件中的内容通过文中的规范性引用而构成本文件必不可少的条款。其中，注日期的引用文件，仅该日期对应的版本适用于本文件；不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文件。GB/T6682分析实验室用水规格和试验方法GB19489实验室生物安全通用要求GB/T27401实验室质量控制规范动物检疫术语和定义本文件没有需要界定的术语和定义。缩略语下列缩略语适用于本文件。PCR：聚合酶链式反应DNA：脱氧核糖核酸PBS：磷酸盐缓冲生理盐水试剂或材料除非另有说明，在检测中使用的试剂均为分析纯，水应符合GB/T6682要求。细胞裂解液，配置见A.5，于2 ℃～8 ℃保存。蛋白酶K溶液，配置见A.6。RNA酶溶液，配置见A.7。无水乙醇。75 %乙醇，配置见A.8，-20 ℃预冷。氯仿，4 ℃预冷。异丙醇，4 ℃预冷。TE缓冲液，配制见A.9。阳性、阴性对照。阳性对照：带有伪狂犬病毒gB基因和水貂肠炎病毒VP2基因的质粒。阴性对照：为已知伪狂犬病毒和水貂肠炎病毒阴性的动物组织悬液。仪器设备双通道以上荧光PCR检测仪及配套反应管（板）。高速冷冻离心机，离心速度13 000 r/min。冰箱，2 ℃～8 ℃和-20 ℃两种。微量移液器及配套吸头，量程规格应包含5 μL、10 μL、100 μL和1 000 μL。无核酸酶的1.5 mL离心管。样品采样工具下列采样工具必须经121 ℃，15 min高压灭菌并烘干：棉拭子；剪刀、镊子；1.5 mL离心管；研钵或组织研磨仪。样品采集拭子样品有咽喉拭子样品和肛门拭子样品：咽喉拭子采样，采样时将拭子深入喉头来回刮3次～5次取咽喉分泌液。然后将拭子插入装有1.0 mLPBS的1.5 mL离心管中，加盖、编号备用；肛门拭子采样，采样时将拭子深入肛门转一圈并沾取少量粪便；然后将拭子插入装有1.0 mLPBS的1.5 mL离心管中，加盖、编号备用。组织样品组织样品应用无菌剪刀、镊子采取具有明显病变的组织，装入一次性自封袋或其它灭菌容器，编号备用。样品贮运样品采集后，放入密闭的自封袋内（一个采样点的样品，放一个自封袋），于保温箱中加冰、密封，24 h内送实验室。样品处理咽喉拭子或肛门拭子样品在混匀器上充分混匀后，用高压灭菌镊子将拭子中的液体挤出，室温放置30 min，取上清液转入无菌的离心管中，编号备用。肌肉或组织脏器取待检样品不少于2.0 g于洁净、灭菌并烘干的研钵中充分研磨，加10 mLPBS混匀，4 ℃，3 000 r/min离心15 min，取上清液转入无菌的1.5 mL离心管中，编号备用。或者用专用仪器设备处理待检组织样品。样品贮存制备的样品在2 ℃～8 ℃条件下保存不应超过24 h，若长期保存应置-70 ℃以下，但应避免反复冻融（冻融不超过三次）。实验步骤实验室规范荧光PCR检测方法的实验室规范应符合GB19489和GB/T27401要求。样品病毒核酸DNA提取在样品处理区进行。在1.5 mL的离心管中加入样品上清液200 μL，加入1.0 mL的DNA提取细胞裂解液，25 μL蛋白酶K混匀，56 ℃水浴2 h，期间不时轻微摇匀。加入10 μLRNA酶，37 ℃酶解1 h。加入200 μL的氯仿，盖紧离心管盖，用力震荡离心管（溶液充分乳化，成乳白状，无分相现象），室温放置10 min。4 ℃离心、13 000 r/min、15 min，取上层液相移入另一管（切忌吸动白色中间相）。加入等体积异丙醇，轻轻颠倒离心管充分混匀液体，室温放置10 min。离心4 ℃、13 000 r/min、15 min，用移液器小心吸去所有上清。加1.0 mL75 %乙醇洗一遍，离心4 ℃、8 000 r/min、10 min，用移液器小心吸去所有上清，重复洗涤一次，在超净XX干燥5 min。加入50 μLTE缓冲液溶解DNA，-20 ℃保存备用。可采用经验证的病毒DNA提取试剂盒，按照试剂盒使用说明书提取DNA。荧光PCR扩增扩增试剂准备在反应混合物配制区进行。设所需PCR管数为n（n=样本数+1管阴性对照+2管阳性对照），每个测试反应体系需要20 μL荧光PCR反应液。按B.2配制反应液，为避免移液器取样损失，建议按n+1个反应配制，计算好各试剂的使用量，加入一适当体积小管中，充分混合均匀后，向每个PCR管中各分装20 μL，转移至样品处理区。加样在样品处理区进行。分别向上述PCR管中加入样本核酸提取步骤8.2.7中制备的DNA溶液各5 μL，盖紧管盖，500 r/min离心30秒，转移至检测区。荧光PCR反应在检测区进行。将加样后的PCR管放入荧光PCR检测仪内，记录PCR管摆放顺序。反应参数设置：第一阶段，预变性94 ℃/3 min；第二阶段，94 ℃/15 sec，60 ℃/60 sec共40个循环。最后40 ℃2 min。荧光收集在第二阶段每次循环的60 ℃延伸时进行。结果判定结果分析条件的设定阈值设定原则：根据仪器噪声情况进行调整，以阈值线刚好超过阴性对照品扩增曲线的最高点为准。对于多通道荧光PCR仪，选定FAM检测通道读取伪狂犬病毒检测结果，选定Cy5检测通道读取水貂细小病毒检测结果，淬灭基团选无荧光基团。质控标准阴性对照无Ct值并且无扩增曲线。阳性对照的Ct值应小于等28，并出现典型的扩增曲线，曲线图样见附录C。如阴性和阳性对照不满足以上条件，此次实验视为无效。Ct值，每个反应管内的荧光信号量达到设定的阈值时所经历的循环数。结果判定阴性双检测通道均无Ct值，且无特征性扩增曲线，表明样品中无伪狂犬、水貂细小病毒核酸。阳性双阳性：双检测通道Ct值均≤30.0，且均出现典型的扩增曲线，表示样品中存在伪狂犬、水貂细小病毒的核酸。单阳性：如仅FAM检测通道出现特征性扩增曲线，且Ct值≤30.0，而Cy5检测通道无Ct值并且无扩增曲线，表示样品中存在伪狂犬病毒核酸；如仅Cy5检测通道出现特征性扩增曲线，且Ct值≤30.0，而FAM检测通道无Ct值并且无扩增曲线，表示样品中存在水貂细小病毒核酸。可疑任一通道Ct值在30.0～38.0区间，且出现典型的扩增曲线的样品，建议复验。复验仍出现上述结果的，判为阳性，否则判为阴性。

（资料性）

溶液配制0.5 mol/LTris-HCl（pH8.0）溶液称取6.055 gTris置于100 mL烧杯中，加入80 mL水，用浓HCl调节pH值至8.0，定容至100 mL，高压灭菌后室温保存待用。0.5 mol/LEDTA（pH8.0）溶液称取18.61 gNa2EDTA·2H2O置于100 mL烧杯中，加入80 mL水，用10 %的NaOH溶液，调节pH值至8.0，定容至100 mL，高压灭菌后室温保存待用。10 %SDS称取10 gSDS溶解于80 mL灭菌水中，定容至100 mL。储存于灭菌过的容器中待用。5 mol/LNaCl溶液称取29.25 gNaCl溶解于80 mL水中，定容至100 mL，高压灭菌后室温保存待用。细胞裂解液取0.5 MTris-HCl（PH8.0）40 mL，0.5 MEDTA（pH8.0）5 mL，5.0 MNaCl10 mL，10 %SDS5 mL，定容至100 mL。20 mg/mL蛋白酶K溶液准确称量0.2 g蛋白酶冻干品，加水溶解，定容至10 mL，分装后于-20 ℃保存。RNA酶溶液将1 g冻干品RNA酶A溶于6 mL无菌水中，于100 ℃加热15 min，缓慢冷却至室温，定容至10 mL，分装成小份存于-20 ℃。75 %乙醇量取75 mL无水乙醇，加入25 mL水。TE缓冲液将0.5 mL的10 mmolTris-HCl（pH8.0）、0.1 mL的0.5 mol/LEDTA（pH8.0）加入到容量瓶中，调pH8.0，加ddH2O水定容至50 mL，高压灭菌后，降至室温，4 ℃保存备用。

（资料性）

引物探针序列及荧光PCR反应液配方引物和探针引物和探针序列表见表B.1。引物和探针序列表病毒名称序列名称序列伪狂犬病毒上游引物GCCAACCCGCTCGTGCTC下游引物CACGAACACGCAGTCGCAGTA探针FAM-GGCAGGTGCTGGGACTCGGGC-BHQ1水貂肠炎病毒上游引物CGTCTACACAAGGGCCATTTA下游引物CCATGTTGTCTACCAAATGCAT探针Cy5-CGCAAACAGATGAAAATCAAGCAGCA-BHQ3荧光PCR反应液配方荧光PCR反应液配方见表B.2。荧光PCR反应液配方组分1个检测体系的加入量5×PCR缓冲液5.0 μLTaq酶（5 U/μL）0.5 μLdNTPs（10 mmol/L）1.0 μLMgCl2（25 mmol/L）3.0 μL伪狂犬病毒上游引物（10 μmol/L）0.5 μL伪狂犬病毒下游引物（10 μmol/L）0.5 μL伪狂犬病毒探针（10 μmol/L）0.5 μL水