FISH技术在临床中的应用课件

FISH技术在临床中的应用基因科技（上海）有限公司FISH技术在临床中的应用基因科技（上海）有限公司一、如何正确选择探针二、如何正确使用探针三、临床应用—胃癌

一、如何正确选择探针一、如何正确选择探针一、如何正确选择探针FISH探针种类

染色体计数探针（CEP)位点特异性标识分子（LSI）端粒探针染色体结构着丝粒短臂长臂-端粒(TTAGGG)n特定区域或基因端粒(TTAGGG)nFISH探针种类染色体计数探针（CEP)染色体结构着丝粒短FISH技术在临床中的应用课件HicksDG,TubbsRR.AssessmentoftheHER2statusinbreastcancerbyfluorescenceinsituhybridization:atechnicalreviewwithinterpretiveguidelines.HumPathol.2005Mar;36(3):250-61.RatioofHER2genetoChromosome17copynumberRatio<2;HER-2geneamplificationnotobservedRatio2;HER-2geneamplificationobservedPathVysionDNAProbesLSIHER-2/neu&CEP17~225.7kbHicksDG,TubbsRR.Assessment探针设计检测遗传物质的得与失在单个细胞核内针对某个特定靶分子检测到多于或少于2个探针信号被认为异常<<正常异常异常探针设计检测遗传物质的得与失<<正常异常异常探针设计-双色单融探针（DC/SF）染色体、基因重排检测—已知断点的平衡易位9正常异常BCRABLBCR22探针设计-双色单融探针（DC/SF）染色体、基因重排检使用指导存在假阳性如一个细胞中信号叠加。探针设计-双色单融探针（DC/SF）使用指导探针设计-双色单融探针（DC/SF）探针设计-双色额外信号探针（ES）很好地克服了双色单融出现的假阳性探针设计-双色额外信号探针（ES）很好地克服了双色单融出探针设计-双色双融探针（DC/DF）探针设计-双色双融探针（DC/DF）

使用指导

最敏感的探针（假阳性<1%）可用来检测微小残留性疾病不足是对融合信号不能区分使用指导FISH技术在临床中的应用课件二、如何正确使用探针

二、如何正确使用探针FISH技术在临床中的应用课件CE认证在欧洲，用于临床诊断的医疗器械是需要的CE（CONFORMITEEUROPEENNE）认证的。近年来，在欧洲经济区（欧洲联盟、欧洲自由贸易协会成员国，瑞士除外）销售的商品，CE标志的使用越来越多，CE标志加贴的商品表示其符合安全、卫生、环保和消费者保护等一系列欧洲指令所要表达的要求。目前，Abbott（Vysis）大约有336种FISH探针通过CE认证，并且这些探针具有广泛的文献支持（在产品说明书中列举这些出文献），这些文献都客观证明了VysisFISH探针在实际临床上的应用的成功案例。例如P53探针，Abbott（Vysis）搜集了7篇相关文献证明该探针在不同情况下的临床应用的成功案例。再如应用于产后诊断的DiGeorge探针，在其说明书里面例举了8篇相关文献能证明Abbott（Vysis）探针成功诊断新生儿中的DiGeorge综合征的成功案例。CE认证AbbottMolecular临床产品AbbottMolecular临床产品三、临床应用三、临床应用肺癌

肺癌FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件少突胶质瘤

少突胶质瘤FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件Vysis1p36/1q25and19q13/19p13FISHProbeKitHunanMDTMeeting26Aug201436CompanyConfidential

©2014Abbott正常缺失Vysis1p36/1q25and19q13/19p1恶性神经胶质瘤恶性神经胶质瘤包括:WHOIII级–间变性星形细胞瘤，间变性少突胶质细胞瘤，间变混合性胶质细胞瘤WHOIV级–多形性胶质母细胞瘤多形性胶质母细胞瘤是高度恶性的胶质瘤，占近15％的原发性脑和中枢神经系统肿瘤和54%的所有神经胶质瘤1,2.高度侵袭性,几乎无法治愈，患者迅速死亡高度未分化因不可预知的化学敏感性，故具有治疗挑战性多形性胶质母细胞瘤患者的预后非常差32年总生存期:26%4年总生存期:12%37NationalComprehensiveCancerNetwork.Availableat:.CentralBrainTumorRegistryoftheUnitedStates..StuppR,etal.NEnglJMed.2005;352:987-996.恶性神经胶质瘤恶性神经胶质瘤包括:37NationalC形态学上，小细胞型胶质母细胞瘤和间变性少突胶质细胞瘤都属中等细胞密度，形态单一的胶质瘤；细胞膜清楚，胞质透亮；明显活跃的核分裂、微血管增生或显著坏死表明肿瘤小细胞型胶质母细胞瘤和间变性少突胶质细胞瘤的鉴别事关重要因为这两种肿瘤的临床表现和治疗意义极其不同一些分子特征可用于鉴别小细胞型胶质母细胞瘤和间变性少突胶质细胞瘤：胶质母细胞瘤小细胞型几乎普遍缺失10号染色体短臂60%–70%的小细胞型胶质母细胞瘤带有EGFR基因扩增相反的，间变性少突胶质细胞瘤几乎无10q缺失和EGFR基因扩增。大约60%的间变性少突胶质细胞瘤带有1p/19q杂合性缺失.形态学上，小细胞型胶质母细胞瘤和间变性少突胶质细胞瘤都属中等VysisEGFR/CEP7FISHProbeKitHunanMDTMeeting26Aug201439CompanyConfidential

©2014Abbott正常扩增VysisEGFR/CEP7FISHProbe10号染色体短臂缺失10qLoss10号染色体短臂缺失在源发和继发性多形性胶质母细胞瘤里其中一个重要的特征10号染色体短臂缺失在间变性星形细胞瘤和多形性胶质母细胞瘤指示不良预后，生存期较短PTEN基因位于10号染色体短臂(10q23),其多肽具有对脂质和蛋白质的磷酸酶活性，也是其中一个在10号染色体短臂缺失与多形胶质母细胞瘤相关的候选基因在儿童多形性胶质母细胞瘤族群里10号染色体短臂缺失是唯一于患者不良预后相关的记物。EGFR基因扩增,1p/19q杂合性缺失和p16基因缺失并不能提示儿童病患的预后相反，在成人病患里并不提供独立的预后信息HunanMDTMeeting26Aug201440CompanyConfidential

©2014AbbottFallonetal.JNeuropatholExpNeurol2004;63:314322.Horbinskietal.BrainPathology2011;21:57–73Nikiforova&Hamilton.ArchPatholLabMed.2011;135:558–56810号染色体短臂缺失10qLoss10号染色体短EGFR扩增

EGFR基因扩增在神经胶质瘤里只适用于鉴别诊断

。这基因改变不是个独立的预后标记物。EGFR基因扩增是与多形性胶质母细胞瘤发病的相关的主要基因。EGFR

扩增基本上是GBM的特殊病症，微观标签很容易认出，来自GBM浸润边缘的组织有时可以显示肿瘤的本质，即使组织学标准不足以指定为WHOIV级。

HunanMDTMeeting26Aug201441CompanyConfidential

©2014AbbottFallonetal.JNeuropatholExpNeurol2004;63:314322.Horbinskietal.BrainPathology2011;21:57–73Nikiforova&Hamilton.ArchPatholLabMed.2011;135:558–568EGFR扩增EGFR基因扩增在神经胶质瘤里只适用于鉴别CDKN2A,p16CDKN2A基因是位于9号染色体长臂上,9p21,的一个肿瘤抑制基因CDKN2A纯合性缺失可见于11%II级,47%III级,and60%IV级肿瘤1

CDKN2A基因的纯合性缺失被认为是一种不良预后因子。18%原发性脑胶质瘤与43%复发性脑胶质瘤中p16缺失的发现进一步证实了其与肿瘤进展的相关性1HunanMDTMeeting26Aug201442CompanyConfidential

©2014AbbottFallonetal.JNeuropatholExpNeurol2004;63:314322.Horbinskietal.BrainPathology2011;21:57–73Nikiforova&Hamilton.ArchPatholLabMed.2011;135:558–568CDKN2A,p16CDKN2A基因是位于9号染色体长新靶向治疗?ROS1基因重排阳性肿瘤对克唑替尼crizotinib(赛可瑞XALKORI)有显着的治疗活性ROS1是否成为胶质母细胞瘤里的新的靶向治疗的靶点？HunanMDTMeeting26Aug201443CompanyConfidential

©2014Abbott新靶向治疗?ROS1基因重排阳性肿瘤对克唑替尼crizo肉瘤

肉瘤肉瘤简介骨和软组织肉瘤是一组罕见且异质性的肿瘤。在成人里占所有肿瘤的少于5%，在儿童里却占大约10%1.按照肿瘤细胞来源，这些肿瘤可分为两大类1,2:原发于骨骨肉瘤Osteosarcoma(硬骨部分中形成）软骨肉瘤Chondrosarcoma(软骨中形成）

尤因氏肉瘤Ewing‘ssarcoma(骨髓组织中形成）原发于其他的组织，也称为i软组织肉瘤纤维肉瘤Fibrosarcomas和恶性纤维组织细胞瘤

（在纤维组织中形成）

脂肪肉瘤Liposarcomas平滑肌瘤Leiomyomas和横纹肌肉瘤rhabdomyosarcomas(原发于肌肉）滑膜肉瘤Synovialsarcoma（在关节周围的组织，通常是膝盖关节周围的组织中形成）HunanMDTMeeting26Aug201445CompanyConfidential

©2014AbbottOsuna&deAlava.ReviewsonRecentClinicalTrials2009;4:12-26.Antonescu.Histopathology2006;48:13-21.肉瘤简介骨和软组织肉瘤是一组罕见且异质性的肿瘤。在成人里占所肉瘤里的遗传异常肉瘤很难诊断，亚型往往难以区分。然而准确诊断对评估预后以及选择适当的疗法十分重要

基于组织切片镜检的形态学诊断仍是肉瘤诊断的金标准辅助技术对于支持形态学诊断非常有用，尤其是采用FISH或基于PCR方法的分子检测。

所有肉瘤约有1/3具有特定复发性染色体易位的特征，从而导致高度特异性基因融合，采用上述分子检测方法很容易检测。

这些易位往往是唯一的细胞遗传学异常现象，且最可能具有致病重要性HunanMDTMeeting26Aug201446CompanyConfidential

©2014AbbottAntonescu.Histopathology2006;48:13-21.NCCNClinicalPracticeGuidelinesinOncology.SoftTissueSarcomas,version2.2014.Osuna&deAlava.ReviewsonRecentClinicalTrials2009;4:12-26.肉瘤里的遗传异常肉瘤很难诊断，亚型往往难以区分。然而准确诊断肉瘤的分子诊断以下情况下应考虑分子诊断:在免疫组化或超微结构研究结果未有定论是良性和恶性肿瘤时的鉴别诊断例如，FUS易位检测可区别低级别纤维粘液样肉瘤和神经束膜瘤或其他良性纤维性或神经性细胞增生恶性类型的鉴别诊断例如，DDIT3易位可用于鉴别儿童里的粘液样脂肪肉瘤和脂肪母细胞瘤

验证异常的临床表现（例如，异常年龄组或肿瘤部位）或非典型的免疫组化结果例如，具有典型尤因氏肉瘤表型的肿瘤如果发生在老年人身上，或者如果存在于内脏部位或不仅仅在病灶部位表达，则可能需要分子确认HunanMDTMeeting26Aug201447CompanyConfidential

©2014AbbottAntonescu.Histopathology2006;48:13-21.NCCNClinicalPracticeGuidelinesinOncology.SoftTissueSarcomas,version2.2014.Osuna&deAlava.ReviewsonRecentClinicalTrials2009;4:12-26.肉瘤的分子诊断以下情况下应考虑分子诊断:HunanMDTHunanMDTMeeting26Aug201448CompanyConfidential

©2014AbbottAntonescu.Histopathology2006;48:13-21.FOXO1EWSR1ALKSS18FUS/DDIT3HunanMDTMeeting48CompanyCon粘液样肿瘤的鉴别

粘液样软组织肿瘤的鉴别诊断通常较困难，原因是有许多肿瘤有重叠的组织学特征，尤其当评估基于较小的活检标本时

因这些肿瘤具有复发和转移的潜在差异，故正确分类十分重要，手术前诊断可能影响手术和新辅助疗法不同的复发性遗传变异与不同的粘液样肿瘤相关，即:骨骼外粘液样软骨肉瘤和粘液样脂肪肉瘤中的EWSR1基因重排；

低级别纤维粘液样肉瘤和粘液样脂肪肉瘤中的FUS基因重排；以及粘液样脂肪肉瘤中的DDIT3(之前称为CHOP)基因重排，FUS作为伙伴基因。

HunanMDTMeeting26Aug201449CompanyConfidential

©2014AbbottDowns-Kellyetal.AmJSurgPathol2008;32:8–13.Wangetal.ModernPathology2008;21:1303–1310.Jainetal.IntJClinExpPathol2010;3(4):416-429.粘液样肿瘤的鉴别粘液样软组织肿瘤的鉴别诊断通常较困难，原粘液样肿瘤的鉴别FUS-DDIT3重排是粘液样脂肪肉瘤的高灵敏度和特异性特征。形态相似的肿瘤里（如，有大量粘液样变化的分化良好的脂肪肉瘤或粘液样纤维肉瘤）未有检测到FUS-DDIT3重排基因在很少的粘液样脂肪肉瘤中也可检测到另一种易位，t(12;22)(q13;q12)，既是EWSR1-DDIT3重排

多数骨骼外粘液样软骨肉瘤病例携带t(9;22)(q31;q12)EWSR1-NR4A3融合基因。其他涉及NR4A3基因的变体之前有人曾鉴定，包括t(9;17)(q31;q12)TAF15-NR4A3融合基因和t(9;15)(q31;q21)TCF12-NR4A3融合基因HunanMDTMeeting26Aug201450CompanyConfidential

©2014AbbottDowns-Kellyetal.AmJSurgPathol2008;32:8–13粘液样肿瘤的鉴别FUS-DDIT3重排是粘液样脂肪肉瘤的高VysisEWSR1BreakApartFISHProbeKitHunanMDTMeeting26Aug201451CompanyConfidential

©2014Abbott正常的EWSR1基因EWSR1基因重排VysisEWSR1BreakApartFISHPVysisDDIT3BreakApartFISHProbeKitHunanMDTMeeting26Aug201452CompanyConfidential

©2014Abbott正常的DDIT3基因DDIT3基因重排VysisDDIT3BreakApartFISHPVysisFUSBreakApartFISHProbeKitHunanMDTMeeting26Aug201453CompanyConfidential

©2014Abbott正常的FUS基因

FUS基因重排Downs-Kellyetal.AmJSurgPathol2008;32:8–13VysisFUSBreakApartFISHPro透明细胞肉瘤与恶性黑色素瘤的鉴别诊断透明细胞肉瘤是一种罕见而独特的肿瘤，好发于青少年和青年四肢远端的肌腱和腱膜中。透明细胞肉瘤很少发生在儿童人群，所报告的病例中只有2%发生在不到10岁的儿童身上。透明细胞肉瘤也称为软组织黑色素瘤，原因是这种肿瘤显示的表型特征与恶性黑色素瘤相似，包括存在黑色素，具有黑素体的超微结构以及表达S-100蛋白质和黑色素瘤相关标志物的免疫表型。透明细胞肉瘤的鉴别诊断包括各种发生在成人和儿童身上的上皮肿瘤和间质肿瘤。鉴别诊断包括原发性和转移性黑色素瘤、细胞型蓝痣、恶性外周神经鞘肿瘤（MPNST）、滑膜肉瘤(SS)、纤维肉瘤、横纹肌肉瘤(RMS)(尤其是腺泡状RMS)、平滑肌肉瘤、颗粒细胞瘤、腺泡状软组织肉瘤(ASPS)，等等。多数透明细胞肉瘤病例中能检测到特定的复发性染色体易位t(12;22)(q13;q12)或所产生的22q12上EWSR1基因和12q13上ATF1基因的融合基因。HunanMDTMeeting26Aug201454CompanyConfidential

©2014AbbottJainetal.IntJClinExpPathol2010;3(4):416-429.Pateletal.ModernPathology2005;18:1585–1590.Songetal.PathologyInternational2010;60:608–613.透明细胞肉瘤与恶性黑色素瘤的鉴别诊断透明细胞肉瘤是一种罕见而横纹肌肉瘤的分子诊断横纹肌肉瘤

是儿童和小于15岁的青少年最常见的软组织肉瘤通常以肌肉块形式出现在四肢、鼻窦或腹膜后腔横纹肌肉瘤不同的组织学亚型包括腺泡状（alveolarrhabdomyosarcoma）、胚胎性（embryonalrhabdomyosarcoma）和多形性(pleomorphicrhabdomyosarcoma).胚胎性横纹肌肉瘤是最常见的横纹肌肉瘤，占大约70%，最常出现在头部和颈部区域以及泌尿生殖道；腺泡状横纹肌肉瘤占大约21%，最常出现在四肢胚胎性和腺泡状横纹肌肉瘤的临床表现极其不同。胚胎性肿瘤有较良的预后一些特异性的遗传变异可用于鉴别腺泡状横纹肌肉瘤，与其与FOXO1基因重排有关：t(2;13)(q35:q14)PAX3/FOXO1A（~70%ofARMS）t(1;13)(p36;q14)PAX7/FOXO1A（~10%–15%ofARMS）或其他变异HunanMDTMeeting26Aug201455CompanyConfidential

©2014AbbottDowns-Kellyetal.DiagnMolPathol2009;18:138–143.Jainetal.IntJClinExpPathol2010;3(4):416-429.Wexler&Ladanyi.JClinOncol

2010;28:132126-2128.横纹肌肉瘤的分子诊断横纹肌肉瘤是儿童和小于15岁的青少年最MolecularDiagnosisofRhabdomysarcomasPAX/FOXO1阳性ARMS的患者(ARMSp)预后明显更差。(A)总体生存期；(B)无事件生存期。融合基因阴性ARMS(ARMSn)和胚胎性RMS(ERMS)患者的生存期无明显不同ARMSp的转移频率百分比明显高于ARMSn或ERMS.HunanMDTMeeting26Aug201456CompanyConfidential

©2014AbbottWiliamsonetal.JClinOncol2010;28:2151-2158MolecularDiagnosisofRhabdomVysisFOXO1BreakApartFISHProbeKitHunanMDTMeeting26Aug201457CompanyConfidential

©2014Abbott正常的FOXO1基因FOXO1基因重排Downs-Kellyetal.DiagnMolPathol2009;18:138–143.VysisFOXO1BreakApartFISHP炎性肌纤维母细胞瘤与ALK基因重排炎性肌纤维母细胞瘤(IMT)是一种独特的间质瘤，其特征在于梭形细胞增生与炎性浸润，好发于儿童和年轻人身上。通常出现在腹部，尤其是腹膜后腔或肠系膜，可能单发或多发，很少出现在其他软组织部位。约50%ofIMT涉及染色体2p23上的ALK基因重排。报道也曾描述ALK的非整倍性-在无重排情况下拷贝数增多。

ALK的始终介入而且可与多个不同基因发生重排，意味着ALK组成性激活在IMT形成中的关键作用，以及这种激活中嵌合融合蛋白同源二聚作用机制的重要性ALK基因重排目前已是靶向治疗其中一个重要的靶点HunanMDTMeeting26Aug201458CompanyConfidential

©2014AbbottButrynskietal.NEnglJMed.2010;363:1727–1733.Fisher.VirchowsArch2010;456:153–166.Jainetal.IntJClinExpPathol2010;3(4):416-429.炎性肌纤维母细胞瘤与ALK基因重排炎性肌纤维母细胞瘤(脂肪肉瘤中的MDM2分化良好脂肪肉瘤/非典型性脂肪瘤和去分化型脂肪肉瘤是老年人中最常见的恶性软组织肿瘤。分化良好脂肪肉瘤/非典型性脂肪瘤和去分化型脂肪肉瘤可能很难与良性脂肪瘤和其他高级别肉瘤区分，尤其在缺乏分化良好脂肪肉瘤区域的穿刺活检标本上脂肪肉瘤内常见环形染色体和巨大标记染色体。这些异常的染色体是由12q13-15区域的扩增组成，导致一些基因的扩增，包括最显著的MDM2扩增MDM2通过降解TP53在控制细胞周期和肿瘤生成中起着重要的作用。HunanMDTMeeting26Aug201459CompanyConfidential

©2014AbbottSirventetal.AmJSurgPathol2007;31:1476–1489.Weaveretal.ModernPathology2008;21:943–949.脂肪肉瘤中的MDM2分化良好脂肪肉瘤/非典型性脂肪瘤和去分

VysisMDM2/CEP12

FISHProbeKitHunanMDTMeeting26Aug201460CompanyConfidential

©2014Abbott正常扩增

VysisMDM2/CEP12

FISHProbe脂肪肉瘤中的MDM2HunanMDTMeeting26Aug201461CompanyConfidential

©2014AbbottWeaveretal.ModernPathology2008;21:943–949.脂肪肉瘤中的MDM2HunanMDTMeeting61滑膜肉瘤的分子诊断滑膜肉瘤占了5–14%软组织肉瘤，通常发生在年轻人的四肢。

滑膜肉瘤属于高度侵袭性肿瘤，主要转移到肺部。约90%滑膜肉瘤具有t(X;18)(p11.2;q11.2)的特征，这是因18号染色体上的SS18基因与X染色体上的SSX基因（SSX1、SSX2或SSX4）发生融合。

尤因氏肉瘤和低分化小细胞型滑膜肉瘤是难以鉴别。二者均表达CD99但缺乏细胞角蛋白。以EWSR1和SS18基因的分子诊断有助于区分这两种肿瘤HunanMDTMeeting26Aug201462CompanyConfidential

©2014AbbottAmaryetal.ModernPathology2007;20:482–496.Jainetal.IntJClinExpPathol2010;3(4):416-429.滑膜肉瘤的分子诊断滑膜肉瘤占了5–14%软组织肉瘤，通常发VysisSS18BreakApartFISHProbeKitHunanMDTMeeting26Aug201463CompanyConfidential

©2014Abbott正常的SS18基因SS18基因重排VysisSS18BreakApartFISHPrFISH在淋巴瘤里的临床应用64FISH在淋巴瘤里的临床应用64非霍奇金淋巴瘤(NHL)NHL的病理亚型超过30种B细胞来源占大约90%，其余为T/NK细胞来源NHL好发于淋巴结、胃肠相关淋巴组织等，亦可侵及骨髓和外周血大部分NHL都具有特定的遗传学异常最新WHO分类明确指出各类亚型相关遗传学异常，并作出说明其在诊断、预后方面的意义HunanMDTMeeting26Aug201465CompanyConfidential

©2014Abbott非霍奇金淋巴瘤(NHL)NHL的病理亚型超过30种Hun小细胞B-NHL临床侵袭性相对较低，但目前治愈率较低通常包括滤泡性淋巴瘤FL（22%）套细胞淋巴瘤（6%）B-CLL/SLL（6%）淋巴浆细胞性淋巴瘤（6%）边缘区淋巴瘤(NMZL,MALT,splenic,cutaneous)（5%）HunanMDTMeeting26Aug201466CompanyConfidential

©2014Abbott小细胞B-NHL临床侵袭性相对较低，但目前治愈率较低HunFISH技术在临床中的应用课件小细胞B-NHLHunanMDTMeeting26Aug201468CompanyConfidential

©2014AbbottCLLMCLFL免疫表型CD5(+)CD23(+)CD5(+)CD23(-)CD5(-)CD10(+)Bcl-2(+)Bcl-6(+)遗传学异常t(11;14)IGH/CCDN1(-)t(14;18)IGH/BCL2(-)t(11;14)IGH/CCDN1(+)t(14;18)IGH/BCL2(-)t(11;14)IGH/CCDN1(-)t(14;18)IGH/BCL2(+)小细胞B-NHLHunanMDTMeeting68Co常见淋巴瘤—FLFL占NHL22–35%，仅次于DLBCL80–90%FL患者存在t(14;18)(q32;q21)

IGH/BCL2易位t(14;18)阴性患者通常存在BCL6基因重排(ABR)FLI~III级，惰性→高侵袭性FISH在FL诊断中应用：形态学不典型-滤泡结构不清或消失免疫表型不典型-

CD10(-)，Bcl2(-)样本量不足（如穿刺等）-无法观察到明确的滤泡结构HunanMDTMeeting26Aug201469CompanyConfidential

©2014Abbott常见淋巴瘤—FLFL占NHL22–35%，仅次套细胞淋巴瘤(MCL)

MCL占NHL~6%50-70%病例伴有t(11;14)(q13;q32)CCND1(CyclinD1)易位t(11;14)(q13;q32)通常涉及cyclinD1(CCND1/PRAD1/BCL1)基因和IGH基因CCND1过表达，导致细胞周期调控紊乱，细胞过度增殖传统细胞遗传学方法只能检出70-75%t(11;14)(q13;q32)，但FISH方法可检出率为80-100%t(11;14)(q13;q32)可用于CLL的鉴别诊断–

CLL，t(11;14)阴性HunanMDTMeeting26Aug201470CompanyConfidential

©2014Abbott套细胞淋巴瘤(MCL)MCL占NHL~6%Hunan案例63岁，男性，多发浅表淋巴结肿大形态学滤泡结构残存细胞形态均一，染色质深染，生发中心样免疫表型CD20(+),CD79a(+)CD10(+),Bcl-6(+)

（FL？）CD5(+),CD23(-),CyclinD1(+)（MCL？）HunanMDTMeeting26Aug201471CompanyConfidential

©2014Abbott案例63岁，男性，多发浅表淋巴结肿大HunanMDT侵袭性B细胞淋巴瘤HunanMDTMeeting26Aug201472CompanyConfidential

©2014Abbott临床表现和病理特征多样WHO2008分类列出多种亚型Jaffe&Pittaluga.HematologyAmSocHematolEduc

Program.2011;2011:506-14.WHO/NCCN指南相关的遗传学特征：BCL2重排BCL6重排MYC重排侵袭性B细胞淋巴瘤HunanMDTMeeting72CoFISH技术在临床中的应用课件弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)DLBCL占NHL中30-40%根据来源分为GCB、non-GC，包含多种亚型，形态学、免疫表型、细胞遗传学及分子特征各有不同最常见遗传学异常：t(3q27)BCL6rearrangement：20–40%t(14;18)(q32;q21)IGH/BCL2：10–40%t(8q34;14q32)c-MYC/IGH：5–10%HunanMDTMeeting26Aug201474CompanyConfidential

©2014Abbott弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)DLBCL占NHL伯基特淋巴瘤(BL)BL占NHL~2.5%需要与DLBCL鉴别诊断，治疗方法迥异

遗传学改变以c-MYC基因(8q)易位为主：

t(8;14)，c-MYC/IGH，75

-

85%；

t(2;8)(p12;q24)，IGK/MYC，~5%；

t(8;22)(q24;q11)，IGL/MYC，10%；5%-10%DLBCL患者亦可发生t(8;14)，提示增殖活性,进展快HunanMDTMeeting26Aug201475CompanyConfidential

©2014Abbott伯基特淋巴瘤(BL)BL占NHL~2.5%HunaBLvs.DLBCLBLDLBCL免疫表型CD20(+),CD5(-),CD10(+),

Bcl6(-),cyclinD1(-)Bcl-2(-)Ki67:>90%免疫表型CD20(+),CD5(-),CD10(+),Bcl6(+),cyclinD1(-)Bcl-2(-/+)Ki67:30~>95%基因异常MYC(+)BCL2(-)BCL6(-)基因异常MYC(-)BCL2(+)BCL6(+/-)治疗方案：CODOX-M/IVAC环磷酰胺，长春新碱，阿霉素，甲氨蝶呤异环磷酰胺，依托泊甙，高剂量阿糖胞苷鞘内疗法治疗方案：R-CHOP环磷酰胺，阿霉素，长春新碱，强的松美罗华76BLvs.DLBCLBLDLBCL免疫表型免疫表型基因介于弥漫性大B和伯基特之间的B-NHL并伴有多重易位淋巴瘤（Double-hitLymphoma)WHO2008新分类通常归入介于DLBCL和BL之间的灰区淋巴瘤(B-celllymphoma,unclassifiable,withfeaturesintermediatebetweenDLBCLandBL)并有伴多重易位（Double-hitlymphoma)遗传异常主要包括：MYC/8q24基因重排并且伴有：BCL2/18q21(最常见)基因重排和/或BCL6/3q27基因重排偶见t(8;14;18)易位同时伴有t(14;18)IGH/BCL2和8q34/c-MYC基因重排患者，临床进展非常快，预后极差HunanMDTMeeting26Aug201477CompanyConfidential

©2014Abbott介于弥漫性大B和伯基特之间的B-NHL并伴有多重易位淋巴U-DLBCL/BL伴多重易位1972例NHL中筛选出394例DLBCL

伴有异常核型19例发现同时伴有t(14;18)和8q24基因易位该组患者总生存期、无进展生存期显著降低HunanMDTMeeting26Aug201478CompanyConfidential

©2014AbbottNiitsuetal.Leukemia(2009)23,777–783U-DLBCL/BL伴多重易位1972例NHL中筛选出胃癌

胃癌FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件乳腺癌

乳腺癌FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件

谢谢大家！谢谢大家！

FISH技术在临床中的应用基因科技（上海）有限公司FISH技术在临床中的应用基因科技（上海）有限公司一、如何正确选择探针二、如何正确使用探针三、临床应用—胃癌

一、如何正确选择探针一、如何正确选择探针一、如何正确选择探针FISH探针种类

染色体计数探针（CEP)位点特异性标识分子（LSI）端粒探针染色体结构着丝粒短臂长臂-端粒(TTAGGG)n特定区域或基因端粒(TTAGGG)nFISH探针种类染色体计数探针（CEP)染色体结构着丝粒短FISH技术在临床中的应用课件HicksDG,TubbsRR.AssessmentoftheHER2statusinbreastcancerbyfluorescenceinsituhybridization:atechnicalreviewwithinterpretiveguidelines.HumPathol.2005Mar;36(3):250-61.RatioofHER2genetoChromosome17copynumberRatio<2;HER-2geneamplificationnotobservedRatio2;HER-2geneamplificationobservedPathVysionDNAProbesLSIHER-2/neu&CEP17~225.7kbHicksDG,TubbsRR.Assessment探针设计检测遗传物质的得与失在单个细胞核内针对某个特定靶分子检测到多于或少于2个探针信号被认为异常<<正常异常异常探针设计检测遗传物质的得与失<<正常异常异常探针设计-双色单融探针（DC/SF）染色体、基因重排检测—已知断点的平衡易位9正常异常BCRABLBCR22探针设计-双色单融探针（DC/SF）染色体、基因重排检使用指导存在假阳性如一个细胞中信号叠加。探针设计-双色单融探针（DC/SF）使用指导探针设计-双色单融探针（DC/SF）探针设计-双色额外信号探针（ES）很好地克服了双色单融出现的假阳性探针设计-双色额外信号探针（ES）很好地克服了双色单融出探针设计-双色双融探针（DC/DF）探针设计-双色双融探针（DC/DF）

使用指导

最敏感的探针（假阳性<1%）可用来检测微小残留性疾病不足是对融合信号不能区分使用指导FISH技术在临床中的应用课件二、如何正确使用探针

二、如何正确使用探针FISH技术在临床中的应用课件CE认证在欧洲，用于临床诊断的医疗器械是需要的CE（CONFORMITEEUROPEENNE）认证的。近年来，在欧洲经济区（欧洲联盟、欧洲自由贸易协会成员国，瑞士除外）销售的商品，CE标志的使用越来越多，CE标志加贴的商品表示其符合安全、卫生、环保和消费者保护等一系列欧洲指令所要表达的要求。目前，Abbott（Vysis）大约有336种FISH探针通过CE认证，并且这些探针具有广泛的文献支持（在产品说明书中列举这些出文献），这些文献都客观证明了VysisFISH探针在实际临床上的应用的成功案例。例如P53探针，Abbott（Vysis）搜集了7篇相关文献证明该探针在不同情况下的临床应用的成功案例。再如应用于产后诊断的DiGeorge探针，在其说明书里面例举了8篇相关文献能证明Abbott（Vysis）探针成功诊断新生儿中的DiGeorge综合征的成功案例。CE认证AbbottMolecular临床产品AbbottMolecular临床产品三、临床应用三、临床应用肺癌

肺癌FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件少突胶质瘤

少突胶质瘤FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件FISH技术在临床中的应用课件Vysis1p36/1q25and19q13/19p13FISHProbeKitHunanMDTMeeting26Aug2014139CompanyConfidential

©2014Abbott正常缺失Vysis1p36/1q25and19q13/19p1恶性神经胶质瘤恶性神经胶质瘤包括:WHOIII级–间变性星形细胞瘤，间变性少突胶质细胞瘤，间变混合性胶质细胞瘤WHOIV级–多形性胶质母细胞瘤多形性胶质母细胞瘤是高度恶性的胶质瘤，占近15％的原发性脑和中枢神经系统肿瘤和54%的所有神经胶质瘤1,2.高度侵袭性,几乎无法治愈，患者迅速死亡高度未分化因不可预知的化学敏感性，故具有治疗挑战性多形性胶质母细胞瘤患者的预后非常差32年总生存期:26%4年总生存期:12%140NationalComprehensiveCancerNetwork.Availableat:.CentralBrainTumorRegistryoftheUnitedStates..StuppR,etal.NEnglJMed.2005;352:987-996.恶性神经胶质瘤恶性神经胶质瘤包括:37NationalC形态学上，小细胞型胶质母细胞瘤和间变性少突胶质细胞瘤都属中等细胞密度，形态单一的胶质瘤；细胞膜清楚，胞质透亮；明显活跃的核分裂、微血管增生或显著坏死表明肿瘤小细胞型胶质母细胞瘤和间变性少突胶质细胞瘤的鉴别事关重要因为这两种肿瘤的临床表现和治疗意义极其不同一些分子特征可用于鉴别小细胞型胶质母细胞瘤和间变性少突胶质细胞瘤：胶质母细胞瘤小细胞型几乎普遍缺失10号染色体短臂60%–70%的小细胞型胶质母细胞瘤带有EGFR基因扩增相反的，间变性少突胶质细胞瘤几乎无10q缺失和EGFR基因扩增。大约60%的间变性少突胶质细胞瘤带有1p/19q杂合性缺失.形态学上，小细胞型胶质母细胞瘤和间变性少突胶质细胞瘤都属中等VysisEGFR/CEP7FISHProbeKitHunanMDTMeeting26Aug2014142CompanyConfidential

©2014Abbott正常扩增VysisEGFR/CEP7FISHProbe10号染色体短臂缺失10qLoss10号染色体短臂缺失在源发和继发性多形性胶质母细胞瘤里其中一个重要的特征10号染色体短臂缺失在间变性星形细胞瘤和多形性胶质母细胞瘤指示不良预后，生存期较短PTEN基因位于10号染色体短臂(10q23),其多肽具有对脂质和蛋白质的磷酸酶活性，也是其中一个在10号染色体短臂缺失与多形胶质母细胞瘤相关的候选基因在儿童多形性胶质母细胞瘤族群里10号染色体短臂缺失是唯一于患者不良预后相关的记物。EGFR基因扩增,1p/19q杂合性缺失和p16基因缺失并不能提示儿童病患的预后相反，在成人病患里并不提供独立的预后信息HunanMDTMeeting26Aug2014143CompanyConfidential

©2014AbbottFallonetal.JNeuropatholExpNeurol2004;63:314322.Horbinskietal.BrainPathology2011;21:57–73Nikiforova&Hamilton.ArchPatholLabMed.2011;135:558–56810号染色体短臂缺失10qLoss10号染色体短EGFR扩增

EGFR基因扩增在神经胶质瘤里只适用于鉴别诊断

。这基因改变不是个独立的预后标记物。EGFR基因扩增是与多形性胶质母细胞瘤发病的相关的主要基因。EGFR

扩增基本上是GBM的特殊病症，微观标签很容易认出，来自GBM浸润边缘的组织有时可以显示肿瘤的本质，即使组织学标准不足以指定为WHOIV级。

HunanMDTMeeting26Aug2014144CompanyConfidential

©2014AbbottFallonetal.JNeuropatholExpNeurol2004;63:314322.Horbinskietal.BrainPathology2011;21:57–73Nikiforova&Hamilton.ArchPatholLabMed.2011;135:558–568EGFR扩增EGFR基因扩增在神经胶质瘤里只适用于鉴别CDKN2A,p16CDKN2A基因是位于9号染色体长臂上,9p21,的一个肿瘤抑制基因CDKN2A纯合性缺失可见于11%II级,47%III级,and60%IV级肿瘤1

CDKN2A基因的纯合性缺失被认为是一种不良预后因子。18%原发性脑胶质瘤与43%复发性脑胶质瘤中p16缺失的发现进一步证实了其与肿瘤进展的相关性1HunanMDTMeeting26Aug2014145CompanyConfidential

©2014AbbottFallonetal.JNeuropatholExpNeurol2004;63:314322.Horbinskietal.BrainPathology2011;21:57–73Nikiforova&Hamilton.ArchPatholLabMed.2011;135:558–568CDKN2A,p16CDKN2A基因是位于9号染色体长新靶向治疗?ROS1基因重排阳性肿瘤对克唑替尼crizotinib(赛可瑞XALKORI)有显着的治疗活性ROS1是否成为胶质母细胞瘤里的新的靶向治疗的靶点？HunanMDTMeeting26Aug2014146CompanyConfidential

©2014Abbott新靶向治疗?ROS1基因重排阳性肿瘤对克唑替尼crizo肉瘤

肉瘤肉瘤简介骨和软组织肉瘤是一组罕见且异质性的肿瘤。在成人里占所有肿瘤的少于5%，在儿童里却占大约10%1.按照肿瘤细胞来源，这些肿瘤可分为两大类1,2:原发于骨骨肉瘤Osteosarcoma(硬骨部分中形成）软骨肉瘤Chondrosarcoma(软骨中形成）

尤因氏肉瘤Ewing‘ssarcoma(骨髓组织中形成）原发于其他的组织，也称为i软组织肉瘤纤维肉瘤Fibrosarcomas和恶性纤维组织细胞瘤

（在纤维组织中形成）

脂肪肉瘤Liposarcomas平滑肌瘤Leiomyomas和横纹肌肉瘤rhabdomyosarcomas(原发于肌肉）滑膜肉瘤Synovialsarcoma（在关节周围的组织，通常是膝盖关节周围的组织中形成）HunanMDTMeeting26Aug2014148CompanyConfidential

©2014AbbottOsuna&deAlava.ReviewsonRecentClinicalTrials2009;4:12-26.Antonescu.Histopathology2006;48:13-21.肉瘤简介骨和软组织肉瘤是一组罕见且异质性的肿瘤。在成人里占所肉瘤里的遗传异常肉瘤很难诊断，亚型往往难以区分。然而准确诊断对评估预后以及选择适当的疗法十分重要

基于组织切片镜检的形态学诊断仍是肉瘤诊断的金标准辅助技术对于支持形态学诊断非常有用，尤其是采用FISH或基于PCR方法的分子检测。

所有肉瘤约有1/3具有特定复发性染色体易位的特征，从而导致高度特异性基因融合，采用上述分子检测方法很容易检测。

这些易位往往是唯一的细胞遗传学异常现象，且最可能具有致病重要性HunanMDTMeeting26Aug2014149CompanyConfidential

©2014AbbottAntonescu.Histopathology2006;48:13-21.NCCNClinicalPracticeGuidelinesinOncology.SoftTissueSarcomas,version2.2014.Osuna&deAlava.ReviewsonRecentClinicalTrials2009;4:12-26.肉瘤里的遗传异常肉瘤很难诊断，亚型往往难以区分。然而准确诊断肉瘤的分子诊断以下情况下应考虑分子诊断:在免疫组化或超微结构研究结果未有定论是良性和恶性肿瘤时的鉴别诊断例如，FUS易位检测可区别低级别纤维粘液样肉瘤和神经束膜瘤或其他良性纤维性或神经性细胞增生恶性类型的鉴别诊断例如，DDIT3易位可用于鉴别儿童里的粘液样脂肪肉瘤和脂肪母细胞瘤

验证异常的临床表现（例如，异常年龄组或肿瘤部位）或非典型的免疫组化结果例如，具有典型尤因氏肉瘤表型的肿瘤如果发生在老年人身上，或者如果存在于内脏部位或不仅仅在病灶部位表达，则可能需要分子确认HunanMDTMeeting26Aug2014150CompanyConfidential

©2014AbbottAntonescu.Histopathology2006;48:13-21.NCCNClinicalPracticeGuidelinesinOncology.SoftTissueSarcomas,version2.2014.Osuna&deAlava.ReviewsonRecentClinicalTrials2009;4:12-26.肉瘤的分子诊断以下情况下应考虑分子诊断:HunanMDTHunanMDTMeeting26Aug2014151CompanyConfidential

©2014AbbottAntonescu.Histopathology2006;48:13-21.FOXO1EWSR1ALKSS18FUS/DDIT3HunanMDTMeeting48CompanyCon粘液样肿瘤的鉴别

粘液样软组织肿瘤的鉴别诊断通常较困难，原因是有许多肿瘤有重叠的组织学特征，尤其当评估基于较小的活检标本时

因这些肿瘤具有复发和转移的潜在差异，故正确分类十分重要，手术前诊断可能影响手术和新辅助疗法不同的复发性遗传变异与不同的粘液样肿瘤相关，即:骨骼外粘液样软骨肉瘤和粘液样脂肪肉瘤中的EWSR1基因重排；

低级别纤维粘液样肉瘤和粘液样脂肪肉瘤中的FUS基因重排；以及粘液样脂肪肉瘤中的DDIT3(之前称为CHOP)基因重排，FUS作为伙伴基因。

HunanMDTMeeting26Aug2014152CompanyConfidential

©2014AbbottDowns-Kellyetal.AmJSurgPathol2008;32:8–13.Wangetal.ModernPathology2008;21:1303–1310.Jainetal.IntJClinExpPathol2010;3(4):416-429.粘液样肿瘤的鉴别粘液样软组织肿瘤的鉴别诊断通常较困难，原粘液样肿瘤的鉴别FUS-DDIT3重排是粘液样脂肪肉瘤的高灵敏度和特异性特征。形态相似的肿瘤里（如，有大量粘液样变化的分化良好的脂肪肉瘤或粘液样纤维肉瘤）未有检测到FUS-DDIT3重排基因在很少的粘液样脂肪肉瘤中也可检测到另一种易位，t(12;22)(q13;q12)，既是EWSR1-DDIT3重排

多数骨骼外粘液样软骨肉瘤病例携带t(9;22)(q31;q12)EWSR1-NR4A3融合基因。其他涉及NR4A3基因的变体之前有人曾鉴定，包括t(9;17)(q31;q12)TAF15-NR4A3融合基因和t(9;15)(q31;q21)TCF12-NR4A3融合基因HunanMDTMeeting26Aug2014153CompanyConfidential

©2014AbbottDowns-Kellyetal.AmJSurgPathol2008;32:8–13粘液样肿瘤的鉴别FUS-DDIT3重排是粘液样脂肪肉瘤的高VysisEWSR1BreakApartFISHProbeKitHunanMDTMeeting26Aug2014154CompanyConfidential

©2014Abbott正常的EWSR1基因EWSR1基因重排VysisEWSR1BreakApartFISHPVysisDDIT3BreakApartFISHProbeKitHunanMDTMeeting26Aug2014155CompanyConfidential

©2014Abbott正常的DDIT3基因DDIT3基因重排VysisDDIT3BreakApartFISHPVysisFUSBreakApartFISHProbeKitHunanMDTMeeting26Aug2014156CompanyConfidential

©2014Abbott正常的FUS基因

FUS基因重排Downs-Kellyetal.AmJSurgPathol2008;32:8–13VysisFUSBreakApartFISHPro透明细胞肉瘤与恶性黑色素瘤的鉴别诊断透明细胞肉瘤是一种罕见而独特的肿瘤，好发于青少年和青年四肢远端的肌腱和腱膜中。透明细胞肉瘤很少发生在儿童人群，所报告的病例中只有2%发生在不到10岁的儿童身上。透明细胞肉瘤也称为软组织黑色素瘤，原因是这种肿瘤显示的表型特征与恶性黑色素瘤相似，包括存在黑色素，具有黑素体的超微结构以及表达S-100蛋白质和黑色素瘤相关标志物的免疫表型。透明细胞肉瘤的鉴别诊断包括各种发生在成人和儿童身上的上皮肿瘤和间质肿瘤。鉴别诊断包括原发性和转移性黑色素瘤、细胞型蓝痣、恶性外周神经鞘肿瘤（MPNST）、滑膜肉瘤(SS)、纤维肉瘤、横纹肌肉瘤(RMS)(尤其是腺泡状RMS)、平滑肌肉瘤、颗粒细胞瘤、腺泡状软组织肉瘤(ASPS)，等等。多数透明细胞肉瘤病例中能检测到特定的复发性染色体易位t(12;22)(q13;q12)或所产生的22q12上EWSR1基因和12q13上ATF1基因的融合基因。HunanMDTMeeting26Aug2014157CompanyConfidential

©2014AbbottJainetal.IntJClinExpPathol2010;3(4):416-429.Pateletal.ModernPathology2005;18:1585–1590.Songetal.PathologyInternational2010;60:608–613.透明细胞肉瘤与恶性黑色素瘤的鉴别诊断透明细胞肉瘤是一种罕见而横纹肌肉瘤的分子诊断横纹肌肉瘤

是儿童和小于15岁的青少年最常见的软组织肉瘤通常以肌肉块形式出现在四肢、鼻窦或腹膜后腔横纹肌肉瘤不同的组织学亚型包括腺泡状（alveolarrhabdomyosarcoma）、胚胎性（embryonalrhabdomyosarcoma）和多形性(pleomorphicrhabdomyosarcoma).胚胎性横纹肌肉瘤是最常见的横纹肌肉瘤，占大约70%，最常出现在头部和颈部区域以及泌尿生殖道；腺泡状横纹肌肉瘤占大约21%，最常出现在四肢胚胎性和腺泡状横纹肌肉瘤的临床表现极其不同。胚胎性肿瘤有较良的预后一些特异性的遗传变异可用于鉴别腺泡状横纹肌肉瘤，与其与FOXO1基因重排有关：t(2;13)(q35:q14)PAX3/FOXO1A（~70%ofARMS）t(1;13)(p36;q14)PAX7/FOXO1A（~10%–15%ofARMS）或其他变异HunanMDTMeeting26Aug2014158CompanyConfidential

©2014AbbottDowns-Kellyetal.DiagnMolPathol2009;18:138–143.Jainetal.IntJClinExpPathol2010;3(4):416-429.Wexler&Ladanyi.JClinOncol

2010;28:132126-2128.横纹肌肉瘤的分子诊断横纹肌肉瘤是儿童和小于15岁的青少年最MolecularDiagnosisofRhabdomysarcomasPAX/FOXO1阳性ARMS的患者(ARMSp)预后明显更差。(A)总体生存期；(B)无事件生存期。融合基因阴性ARMS(ARMSn)和胚胎性RMS(ERMS)患者的生存期无明显不同ARMSp的转移频率百分比明显高于ARMSn或ERMS.HunanMDTMeeting26Aug2014159CompanyConfidential

©2014AbbottWiliamsonetal.JClinOncol2010;28:2151-2158MolecularDiagnosisofRhabdomVysisFOXO1BreakApartFISHProbeKitHunanMDTMeeting26Aug2014160CompanyConfidential

©2014Abbott正常的FOXO1基因FOXO1基因重排Downs-Kellyetal.DiagnMolPathol2009;18:138–143.VysisFOXO1BreakApartFISHP炎性肌纤维母细胞瘤与ALK基因重排炎性肌纤维母细胞瘤(IMT)是一种独特的间质瘤，其特征在于梭形细胞增生与炎性浸润，好发于儿童和年轻人身上。通常出现在腹部，尤其是腹膜后腔或肠系膜，可能单发或多发，很少出现在其他软组织部位。约50%ofIMT涉及染色体2p23上的ALK基因重排。报道也曾描述ALK的非整倍性-在无重排情况下拷贝数增多。

ALK的始终介入而且可与多个不同基因发生重排，意味着ALK组成性激活在I