BLAST与数据库相似性搜索

1、上机二 实验报告【实验名称】BLAST与数据库相似性搜索。【实验目的】掌握blast与数据库相似性搜索方法。【实验原理】利用相关网络平台和相关程序进行数据搜索和分析，用到的软件有：RasMol、UltraEdit-32，用到的网站有： 【实验内容】某天，Prof. Gene在小鼠(Mus musculus)中发现了一个与有丝分裂相关的基因,通过DNA测序，得到部分序列：GATGAGCTGCTTATCCTACAACGAGAAGTCGGACATCTGGTCCTTGGGCTGCCTGCTGTATGAGCTGTGTGCACTAATGCCTCCCTTTACAGCTTTCAACCAAAAAGAGCTAGC

2、TGGGAAAATCAGGGAAGGGAGGTTCAGGCGCATCCCCTACCGCTACTCTGATGGCTTGAATGACCTCATCACTCGGATGCTGAATTTAAAGGACTACCATCGACCTTCAGTGGAAGAAATTCTGGAGAGCCCTTTGATAGCAGACTTGGTTGCAGAAGAGCAAAGGAGAAATCTGGAGAGGAGAGGACGGCGCTCAGGCGAGCCTTCGAAGCTGCCGGACTCCAGCCCTGTGCTGAGCGAGCTCAAGTTGAAGGAAAGGCAACTGCAGGATCGAGAGCAAGCACTCAGAGCTCGGGAGGA

3、CATCCT回答下列问题：1.该基因在酵母中的同源蛋白是什么？2.该蛋白质有何功能？3.该蛋白质的三维结构是否得到解析？【实验步骤】首先在Genbank中搜索该序列的相似序列，判断其来自于那个基因，搜索其编码的蛋白。由于蛋白质序列更加保守，故以小鼠该基因编码的蛋白质序列来搜索酵母中的相似序列。获取酵母中的同源蛋白的序列（在Uniprot中通过BLAST搜索该蛋白质序列）。进入/ ，查看该蛋白的详细信息。具体步骤如下：1.首先在Genbank中搜索该序列的相似序列，判断其来自于那个基因，搜索其编码的蛋白。点击nucleotide blast输入序列，选择物种，点击blast如图显示，这个基因是小

4、鼠的Nek2 NIMA基因，基因序列号是：NM_010892.3。点击检索到的编码号显示如图，点击send下的FASTA protein 再creat file可下载到所编码的蛋白序列。2. 由于蛋白质序列更加保守，故以小鼠该基因编码的蛋白质序列来搜索酵母中的相似序列。图上，使用protein blast，输入下载到的蛋白序列，输入限制条件为酵母。图上，找到酵母中相似度高的蛋白。3.获得酵母中同源蛋白的序列。点击该蛋白后，可获得其蛋白序列。3.进入/ ，查看该蛋白的详细信息。用蛋白序列进行搜索，将范围限制在酵母。搜索结果中第一条便是我们希望获得的蛋白。点击此蛋白，可见其详细信息，图中所显示的是其功能。图中显示的是其3D结构解析情况。【实验结果】1.该基因在酵母中的同源基因是CMK2（编码EGA88144），编码蛋白CaM kinase II（标识符E9PA33），具有保守功能结构域S_TKc。2.该蛋白是酵母的一种蛋白激酶。3.其三维结构尚未解析。【实验分析】通过该实验，基