分子生物学格式人和小鼠shrna文库

1、shRNA 文库：RNA 干扰研究者的Nature 428, 427 - 431 (25 March 2004);:10.1038/nature02370A resource for large-scaleRNA-erference-based screensammalsPATRICK J. PADDISON1,*, JOSE M. SILVA1,*, DOUGLAS S. CONKLIN1,*,MIKE SCHLABACH2, MAMIE LI2, SHOLA ARUA1, VIVEKANAND BALIJA1,ANDY OSHAUGHNESSY1, LIDIA GNOJ1, KIM SCO

2、BIE1, KENNETH CHANG1,THOMAS WESTBROOK2, MICHELE CLEARY3, RAVI SACHIDANANDAM1,BIE1, STEPHEN J. ELLEDGE2, & GREGORY J. HANNON1W. RICHARD1 Cold Spring Harbor Laboratory, Watson School of Biological ScienHarbor, New York 11724, USA, 1 Bungtown Road, Cold Spring2 Department of Biochemistry, Howard Hughes

3、 Medical Institute, Baylor College of Medicine, One BaylorPlaza, Houston, Texas 77030, USA3 Rosetta Inpharmatics, 12040 115venue NE, Kirkland, Washington 98034, USA* These authors contributed equally to this work Present addresses: Department of Biomedical Scien, Center for Functional Genomics, Univ

4、ersity ataer, New York 12144-2345, USA (D.S.C.);Albany, East Cus, B342A, One University Place, RenDepartment of Genetics, Harvard Partners Center fenetics and Genomics, Harvard Medical SchoolRoom 158D, NRB, 77 Avenue Louis Pasteur,S.J.E.)ton, Massachusetts 02115, USA (M.S., T.W. andCorrespondence an

5、d requests for materials should be addressed to G.J.H. (hannoncshl.().) or S.J.E.Gene silencing by RNAerference (RNAi)ammalian cells using irpin RNAs (shRNAs) hassmallerfering RNAs (siRNAs) and shore a valuable genetic tool. Here, we report the construction andapplica

6、tion of a shRNA expreslibrarying 9,610 human and5,563 mouse genes. This library is presently comed of about 28,000sequence-verified shRNA exprescassettes contained withinmulti-functional vectors, which permit shRNA cassettes to be packagedin retroes, trackedixed cell populations by means of DNA barc

7、odes, and shuttled to customized vectors by bacterial mating. In orderto validate the library, we used a genetic screen designed to reportdefects in human proteasome function. Our resultggestt ourlarge-scale RNAi library can be used in specific, genetic applications inmammals, and will discovery.e a

8、 valuable resource feneysis and2004 年 3 月 30 日，Open Biosystems 公司正式宣布 ExpresMouse Short Hairpin RNA (shRNA) Libraries 对外发售。该 Expres Arrest Human &Arrest shRNALibraries 构建者们设计、并克隆了上千个小分子发夹 RNA，研究者只需在网上数据库中选择特定的 shRNA 克隆就可在近期内得到用于RNAi 用的shRNA。-世界著名分子生物学冷泉港实并克隆获验室（CSHL）的 Dr. Hannon 设计、得了大量的shRNA 克隆，shR

9、NA 可以在常规的 DNA载体上表达。ExpresArrest shRNA 克隆可以通过转染方法进入细胞，或者也可以通过介导（腺或逆转录）进入细胞。体外稳定转染可以构建持续的细胞系，持久抑制目标表达。 全球的研究或商业性的目前正在大范围的使用RNAi 技术评价的功能，而ExpresArrest功能研shRNA 文库的产生促进了人和小鼠的究，具有非常重要的科研和应用价值。ExpresArrest shRNA 文库由Open Biosystems 公司上市，目前人和小鼠的文库主要是一些非常有应用前总共包括 6,500 个，每个包括 1-4 个shRNA 克隆。这些景的，其蛋白质成分有可能在将来的疾

10、病治疗领域发挥作用。该文库正在发展壮大，OpenBiosystems 寄希望将来的文库能包括目前所有证实的人和小鼠shRNA 克隆。包括 6-10 个，且每个ExpresArrest shRNA 文库的出现是大规模 RNAi 筛选技术的突破，科研工作者可以通过非常简单的方式直接从该文库中找到针对某特定的 shRNA，无需耗时耗力的 siRNA 设计、和验证过程。Benefits of shRNA vs. siRNA使用代价持久性 宿主类型设计获取siRNA高shRNA相对较低最多 2 周细胞系复杂的设计方法需要可选择获得稳定整合的细胞原代细胞，胚胎干细胞、细胞系Completed Comple

11、ted应用瞬时转染瞬时转染、稳定转染、侵染Western 杂交、表型分析Western 杂交、表型分析、RT-PCR、检测检测方法RT-PCR、细胞培养检测研究领域细胞培养&体外研究ExpresArrest Human shRNA Library冷泉港（CSHL）的 Dr. Hannon 构建的人的shRNA 文库由大量针对验证的目标设计的shRNA 克隆组成。human shRNA 1.1 版本的文库包括8,500 shRNA 克隆，涉及5,700人类。该文库可以快速、高效地对哺乳动物细胞进行功能缺失的遗传筛选和遗传相互作用的检测。冷泉港烦恼，针对目标表达水平，每个（CSHL）提供的人的 s

12、hRNA 文库的出现可以免去客户设计和siRNA 的的每个小分子shRNA 均被克隆和验证。为了确保最有效的调控的都设计了多个 shRNA 克隆，每个 shRNA 序列都分别与目标的特异序列相对应。当您订购对某一个下单时，该所有的shRNA 克隆都会一起提供给您。载体元件意义pSM1 VectorU6 启动子产生的RNA 的3端有4 个突出的U逆转录信 与包装蛋白的成分形号序列成复合物哺乳动物细胞PKG-Puro哺乳动物细胞中转染稳定性的选择氯霉素细菌筛选标记同源重组位点 通 过同 源重 组将 shRNA 表达框转入载体ExpresArrest Mouse shRNA Library（CSHL

13、）的 Dr. Greg Hannon 构建了针对小鼠特异目标的shRNA冷泉港文库。1.1 版本的文库包括 3,500 shRNA 克隆，覆盖 850 小鼠。该文库可以快速、高效地对哺乳动物细胞进行功能缺失的遗传筛选和遗传相互作用的检测。冷泉港的烦恼，针对目标的表达水平，每个（CSHL）提供的小鼠的 shRNA 文库的出现可以免去客户设计和siRNA的每个小分子shRNA 均被克隆和验证。为了确保最有效的调控都设计了多个 shRNA 克隆，每个 shRNA 序列都分别与目标的特异序列相对应。当您订购对某一个下单时，该所有的 shRNA 克隆都会一起发给您。Zebrafish Morpholin

14、o Library（斑马鱼） 文库ExpresArrest Zebrafish Morpholino 文库由美国著名的 Gene Tools, LLC 公司开发， OpenBiosystems 是该公司的独家。通过该模式生物可以为科研工作者提供了解译功能的途径。吗啉寡聚核苷酸（Morpholino oligonucleotides，MF）吗啉寡聚核苷酸（MF）是非离子型 DNA 类似物，其中 的核糖被吗啉 所代替，磷 酸二酯键 被 phosphoroamidate 所代替，可从 Gene Tools LLC 公司（Corvallis，OR，USA）购得。最近，已经有综述介绍载体元件意义pSM1

15、 VectorU6 启动子产生的RNA 的3端有 4 个突出的U逆转录信 与包装蛋白的成分形号序列成复合物哺乳动物细胞PKG-Puro哺乳动物细胞中转染稳定性的选择氯霉素细菌筛选标记同源重组位点 通 过同源重 组将 shRNA 表达框转入载体了它在应用上的成功和局限性，尤其聚焦于发育生物学上的应用，因为大多数合物的文章是用斑马鱼胚胎进行研究的。Genesis 杂志的整个一期（volume30，i的关于吗啉复e3，2001）都是关于利用这项技术进行的功能研究。用 MF 对斑马鱼胚胎中广泛表达的GFP（转产物）在所有的细胞中进行了敲除。在这项研究中建立了等量的已知突变和人类疾病模型，利用 MF 确

16、定了一些新的功能。有说MF 可以纠正突变的 b 球蛋白前体 mRNA 的错误剪接，具有潜在的治疗意义。用与错误剪接位点互补的寡聚核苷酸处理地中海贫血外周血中的红细胞祖先，可以纠正错误剪接，提高血色素A 的。Catalog Number: PZF1245 - Individual Zebrafish MorpholinoZebrafish Morpholino 文库包括上千个寡核苷酸序列，每个寡核苷酸序列都是针对目标序列的转录起始位点而设计的，可以快速诱导表达水平的下调。Morpholinos 寡核苷酸特异性非常高并且具有核酸酶抗性，因此其可以长效地、特异性诱导目标的表达下调。Morpholino 一般与目标起始位点的序列互补（大概互补区间长度在25-50 个碱基左右），。时，每个 morpholino 的量是 50 nM（冻每个寡核苷酸都通过质谱检测验证，无菌包装干粉）。特异性与目标高核酸酶抗性的起始位点互补可单独，也可以 96-well 板形式到货周期短RNAi 文库果蝇Catalog Number:RDM1189 - Drosophila RNAi Collection RDM1190 - Individual RNAi Co