Chromas操作指南学习教案

1、会计学1Chromas操作操作(cozu)指南指南第一页，共12页。2Chromas2软件软件(run jin)下载下载搜索与下载搜索与下载Chromas软件安装包，以软件安装包，以Chromas2.3.1或或Chromas2.3.1为例，先点击注册为例，先点击注册(zhc)补丁，补丁，再点击运行程序，弹出对话框，选择再点击运行程序，弹出对话框，选择“是是”。第1页/共12页第二页，共12页。3Chromas2软件软件(run jin)安装安装点击点击(din j)“确定确定”，运行相应程序，再点击，运行相应程序，再点击(din j)“Extract”。第2页/共12页第三页，共12页。4Ch

2、romas2安装安装(nzhung)完成完成安装安装(nzhung)完成，运行程序，打开操作界面。完成，运行程序，打开操作界面。第3页/共12页第四页，共12页。5Chromas2打开打开(d ki)峰图文件峰图文件点击右上角点击右上角“Open”,选择峰图文件（一般选择峰图文件（一般(ybn)峰图文件为峰图文件为abi与与SCF格式，此以格式，此以abi格式文件为例），格式文件为例），点击点击“打开打开”。第4页/共12页第五页，共12页。6Chromas2查看查看(chkn)峰图文件峰图文件上图中，在引物段大约前上图中，在引物段大约前30个碱基机器是无法判读的，可忽略个碱基机器是无法判读的

3、，可忽略(hl)，往后拖动，便可得到下图中正常的峰，往后拖动，便可得到下图中正常的峰形，形，4种颜色的峰图分别对应种颜色的峰图分别对应4种不同的碱基。种不同的碱基。第5页/共12页第六页，共12页。7Chromas2峰图调节峰图调节(tioji)在红色箭头的标注出，通过拉钮可以在红色箭头的标注出，通过拉钮可以完成完成(wn chng)峰图的峰图的“高高”“”“矮矮”和和“胖胖”“”“瘦瘦”的调节，使峰图观的调节，使峰图观测更加舒适。测更加舒适。第6页/共12页第七页，共12页。8Chromas2序列序列(xli)拷贝拷贝Chromas另一个重要功能另一个重要功能(gngnng)是序列导出，以此

4、点击是序列导出，以此点击“Edit” “Copy Sequence”,可导出如右图可导出如右图文字序列，用于储存或与模板比对。文字序列，用于储存或与模板比对。第7页/共12页第八页，共12页。9峰图常见峰图常见(chn jin)情况：高背景与不识别情况：高背景与不识别在在Sanger测序中，不足之处测序中，不足之处(b z zh ch)是会产生比较高的荧光背景，对峰图判断产生一定影响，如图是会产生比较高的荧光背景，对峰图判断产生一定影响，如图红色方框内所示，其高度在红色方框内所示，其高度在25%左右，所以要求模板与测序产物最好纯化后再上机检测。左右，所以要求模板与测序产物最好纯化后再上机检测。

5、为了方便数据分析与核查，为了方便数据分析与核查，N表示软件无法判断的位点，或发生突变，或杂合，或其他情况表示软件无法判断的位点，或发生突变，或杂合，或其他情况(qngkung)，需要人工依次排查。，需要人工依次排查。第8页/共12页第九页，共12页。10峰图常见情况峰图常见情况(qngkung)：SNP与杂合子与杂合子黑色箭头黑色箭头(jintu)标注碱基标注碱基为为G，为野生型单纯合子。，为野生型单纯合子。绿色箭头标注碱基为绿色箭头标注碱基为A，为突变型单纯为突变型单纯(dnchn)合子。合子。粉色箭头标注处为套峰，表明模粉色箭头标注处为套峰，表明模板中同一位点含有板中同一位点含有A和和G两种碱两种碱基，为突变型杂合子基，为突变型杂合子。第9页/共12页第十页，共12页。11峰图常见峰图常见(chn jin)情况：移码突变情况：移码突变不同于单核苷酸突变不同于单核苷酸突变(SNP,单个套峰），如果单个套峰），如果(rgu)峰图中出现大量连续的套峰时，说明基因序列峰图中出现大量连续的套峰时，说明基因序列发生了明显的核苷酸插入和缺失，即移码突变。可尝试将两组序列写出在一一比对，查出移发生了明显的核苷