泛癌种、不同分期的ctDNA检出情况差异性分析

1、-andDetection of Circulating Tumor DNA in EarlyLate -Stage Human Malignancies.Science translational medicine2021.06摘要?利用dPCR技术来评估640名不同癌症类型患者的ctDNA检出情况.1 .相比局限期患者,晚期转移性患者ctDNA检出率较高,且不同癌种问差 异性很大；在晚期转移的胰腺癌、卵巢癌、结直肠癌、膀胱癌、胃癌、乳腺癌、 黑色素瘤、肝癌、头颈癌患者中,ctDNA的检出率达75%以上.2 .很多13/16 ctDNA中检测到的重排事件在 CTCs中都没有被检测到.3 .利

2、用ctDNA评估206名转移性CRC患者KRAS基因突变状态,敏感性 到达87.2%,特异性为99.2%,且ctDNA检出与患者预后有一定相关性.4 . ctDNA监测能够揭示EGFR抑制剂治疗后耐药亚克隆的变化情况.意义ctDNA是一个敏感的、特异的且应用范围广泛的新型分子标记物,在临床或临床前研究中具有可观的应用前景背景液体活检的具体应用：1 .癌症的早期诊断及病情监测;2 .靶向治疗耐药原因的分析；1 .转移性肿瘤ctDNA检出情况分析一禁一<N口一口 HMM 5g3EJ一o研究对象：136名转移性月中瘤患者,涉及14种癌症类型;41名原发脑部肿瘤患者7名III期卵巢癌患者+3名I

3、II期肝癌患者研究方法:利用靶向测序、WES或WGS来检测突变.研究结论：在晚期癌症患者中ctDNA检出率很高；晚期成神经管细胞瘤、肾癌、前列腺癌及甲状腺癌ctDNA检出率缺乏50%;晚期胶质瘤患者ctDNA检出率低于10%;-LrLi-由CLM-LJCJUJ bmL.H- urtlq nr.匚研究结论：不同癌种ctDNA水平突变片段/5ml血浆差异明显;同一癌种不同患者问ctDNA水平差异也很大；2 .局限性肿瘤ctDNA检出情况分析7IIrIColwweniGi BtroeiphagM IPincnMiiaruttLoc*wd disease 口 MetdM七 disc那史研究对象：223

4、名临床上确诊没有发生转移的局限性月中瘤患者,涉及4种月中瘤类型;研究方法：利用靶向测序、WES或WGS来检测突变.研究结论：在局限性月中瘤患者中ctDNA检出率为49-78%,在转移性月中瘤患者中为86-100%;在结直肠癌、胃食管癌、胰腺癌、乳腺癌中差异明显苍：RpEEoOKm*« *必如,10 * 1D10110' '1O*1DT10 1-研究结论：在局限性月中瘤中,ctDNA检出率随着癌症的进展逐渐升高；在局限性月中瘤中,ctDNA检出水平随着癌症的进展逐渐升高;3 . ctDNA和CTCs的比拟Sample IDTumor typeClinkal stageC

5、ellular DMA Imutant fragments per 5 ml)Plasma DMA (mutant fragments per 5 ml)禾用PCR实!BLD 21BladdercancerBLD 24BladdercancerCRC 12ColorectalcancerCRC 14ColorectalcancerCRC 31ColorectalcancerCRC 32ColarectalcarvcerCRC 35ColorectalcancerCRC 40ColorectalcancerCRC 60ColorectalcancerCK 6k0 21a*Colorectalca

6、rvcerCRC BIO 23b*ColorectBScancerBR 833BreastcancerBR 834breastcancerBR 837BreastcancerBR S41BreastcancerBR 848Breastcancer脸方法识别同一患者的2244122144412222CTCs0TA040TO031035D370S025tifiO7300032lljMO40028X10002>000410m069009.900和ctDNA中的基因重排事件.CTCs中检测到的重排事件均出现在 ctDNA中; 大局部13/16 ctDNA中检测到的重排事件在CTCs中都没有出现；

7、只后二个样本同时在两者中被检测到,而ctDNA的检出水平远远图十CTCs 50 倍；4 . ctDNA的单碱基替换和基因重排事件高度相关4 i 1 wMleM -£ 5也 上匚也一一一胪之一 wnwlnE UJGdice io1 nr10*10* it用丽不泡护嗝,1(9per 5 ml|Fig.,女plol coiwlatirig point mutattom with rNrr«ng#mnts. in the same pl«»rna specimens.研究方法：利用靶向测序来检测突变,利用 WGS来识别重排事件.在相同患者中同时对两种遗传改变类型

8、进行定量；研究结论：在18名患者中识别到了月中瘤特异的点突变和基因重排,且两者高度相关;5 .液体活检的敏感性和特异性冷一-qBqQJdm/AJmmB更 A8 6 4 Q0O.?对206名转移的CRC患者进行ctDNA敏感性、特异性评估,识别每名患 者的血浆及配对组织中是否有 KRAS突变at codon 12 or 13.78份组织样本中检出KRAS突变,其中68份配对血浆检出KRAS突变, 敏感性为87.2%.128份组织样本中没有检出 KRAS突变,其中仅有1份配对血浆检出 KRAS突变,特异性为99.2% .?分析ctDNA水平和患者2年生存率的关系随着ctDNA水平的增加,患者2年生

9、存率逐渐降低.6 .监测患者的耐药性突变PretreatmentPost treatmentSample IDKRAS 12N RAS 61BRAF 600EGFR714EGFR 794IkRAS 12N RAS 61BRAF A00|寸 一 2 比 立 13 UJEGFR 794Patient AS匚Patient #1GPatient #17Pati«rH #18Patient #19Patient *21LPatient #22Patient #24LPatient *26Patient #27E.Patient #1Patient 42Patient #4Patient 47

10、Patient NSiLPatient 410LPatent #12二BARD 101BMD 102BARD 103CRC 18BCRC 189CRC ISO二CRC 191LTotal of caws0000D000S411E1t1HSingle mutationMultiple mutationsFig. 6. Hot of acquired rMistance mutations to EGFR blockade in ctDNA from pact«nB with nn«tattatic CRC,?液体活检可以预先提示月中瘤复发,并可以提供一些耐药相关的遗传信息；24名患者最初对EGFR抑制剂响应,后期出现耐药进展；96%23/24的患者都有ctDNA的检出,且这些突变基因参与激酶通路.治疗后新发现70个疗前没有检测到的突变；几乎一半的患者34/70在使用EGFR抑制剂后出现了 KRAS 12号外显子 突变,该突变与EGFR抑制剂耐药高度相关；KRAS和NRAS的61号外显子突变检出率也非常高分别是16/70,15/70; 讨论超过80%的转移性患者可以检测到 ctDNA,评估转移性患者的 ctDNA 可以为临床提供治疗相关信息.对于局限期月中瘤的早