Sybyl对接教程

1、Sybyl对接教程1先建立存放需要对接的蛋白和小分子的文件夹3D QSAR5J5S2015/12/9 16:17文碾books2015/12/29 10:50CADD文本町顺教程2015/12/29 15:53DATA2014/12/1 20:26decking2Q1S/2/23 21;11docking sybyl2016/2/26 18:26Fave riteVideo2015/12/24 17:02文磁¥ ia3016/2/24 9:361 JMC Article?2O1&/2/22 14£5文除我建立的dock in g_sybyl文件夹。文件夹里面放有靶点

2、蛋白和需要对接的小分子，如下图輕称携改曰阴TH>大丿4rsfdocktmpdir2016/2/23 20.2&文彳快1 dlg.pdb501672/22 20:12Accelry Discove.,.675 KB AMD.mol22016/2/23 20:31Accelrys Discover,6 KBNUl2016/2/23 20:33文件0 KB设置对接文件夹路径：Optio ns set宀DefaultDirectoryAnalyze Results.Analyze Combinatcrial Resiilts.找到docking_sybyl文件夹，点击OK下面开始对接：A

3、pplicationDocking Suite f Docking LigandsCompute| Applications giopolynner UNITYOption? HelpLigand Preparation1 H楚/ .上鱼FDock LigandsDocking SuiteSimilarity Suite*Align Compounds>Pharmacophore- Alignment RACHEL,.FlexE - Prepare PDB Files.QSAR ToolsTcppmr CqMFACScore Subse-t.Library Design进入Docking

4、界面。Q DockingDefine.Dockinig Mode: SurELex-Dock (SFXC)JobnameDockin.cRun.jD01Abot .Cancel点击 define,进入 Surflex-Dock 界面。1 I 匚ombinatori al:CombiDock1 1 Cflnxtr ftantsLu. ； Dtfine ，Fil mnam e:SurfleiDock.-Opti dock.Runting-.:J Perform CScore CalculatiiciiiECScore Letails.Frep&re导入蛋白结构，点击红圈中下拉框进入dock

5、ing_sybyl文件夹。D'Lrcstsry；i ； /d« dIq平 Q 諒 * £Bohn&rks .>|» Uircct-Mry JsviitioiLStlecticz.IJCWD：PairntF«DMe M edifiedIS HOME；dlg pdb201bJ/22$TA_DEMOiFlit( OE |Files gf Trpe= |FJB JIU w, jdb jdb_ Z *. pip ;i x eti. 3 忙 es；L ex 事 cr：l pib*“ 昶 迟 <tn X * | CTi-celHelp选择3

6、dlg.pdb 点击OK这样蛋白已经导入sybyl窗口Fr.RuJKFri7tAi"n SlrrrtrTf-杖FUli-口旷冷3町匕r-SFrf-parpK &EL d.TL* E341.ji<ar-/H). 50-3oUAL'UaTrot till cl:SriC P 订Q 341;讹LU *=O-D ttS4?f u?fii0 SO BloM U)Mvl Aitdwhcld. i 口Ant cm-tk ticLi .-uidE; Surflcx-Ooflt - Define SFXC Fik接下来对蛋白点击 Prepare。Prepare Protein S

7、trurtur?Mol Area.M ole coleml: 3dlgEk tjrac t L丄 gfindL Sube true tur e e_ . .Remove SuTiEtructureE.-Analyze： Selected Structure点击 Extract Ligand Substructures （提取小配体）。Llh«i-i/FHOIl：SD2!01/ILLZI1999阳3W»/PMJ30La/RMFPMJSOC1/IU5Wi岸0 Setect SubsOrucliJif sIJ Hidfc asL亡匚“dLl="e1 SelectedSi

8、ibstrujclujcs.fliteirA/31-SL001* IA/2K1003 A/JI0R10MA/WOIU05X 带2QGE船用朋nrwa选择小配体GWE999点击OK点击RemoveSubstructures（删去无关的水分子和离子）点击OK到此蛋白已经准备好O Prepare Protein Structure叵R亡n剖n亡Att-msSAtomsBackboneS i >1Add HydrogensSet Frotonaticm TypeType KtFi x 5i dechiin Anti dtsSi d«ch&m B-umps点击 Return。0s

9、h«w'0Show'oDShu賈0Show郴皀wi du*j*E#盟色兮i du&s#Hes;i dues和亡si dues糅弓1si du«sor点击OKShewShow*点击Gen erate，产生活性位点即产生 protomol,3dlg_H-L-0.50-0-protomol.mol2点击0KDockingXBoffking : 5«rfltK_Doak CSFXlPilwian: 3也lK-IX! 50-0 OptiBockCombiDockCoabiTiAtoriel；FileQOpen曲旦 SpreadsheetFrpar*.

10、-Surflx-Dock.Opti dock .Euntirr.e ./ frforn 匚Score CalculiticinmCSccire Jet ails.Job Option吕Dock! ngKinAbout.Cpti otis在Ligand source下拉框中有常见的小分子格式可以选择，看你要对接的小分子是什么格式就选什么格式。我的是mol2格式就选择mol2 file点击红圈中下拉框，选择需要对接的小分子选择AMD.mol2点击OKProc根据你的电脑的核数来确定，我的是两核，填2。四核填4Job name可以根据习惯自己命名。点击0K开始对接 等待。对接完后出现Result B

11、rowser界面。Reult-s BrokerJobrame' Va'CkingRunlLi規and Index: n1 Mo Li sled:- 丿F1|JZOO E>MiirL HHaI1*、L(>1 iVi ew: _W jConstr *ints.Tot； 1f0£； (JSal； 0Wrk； Ct叵IULskJ回Visuali zati on.F ule d Li arids.AVfeCloseView 选择 Dock in gR un 1_site.mol2点击小分子AMD出现结合模式。点击 save result0 Save Resultsf

12、floda；SelectedCriteri a!Tot al_ScoieOrd*r.QaicmdisTEave ModeFirst HFirst N fiesceiLttzn Total_ScoareNwlar of F cises par Li gmdD 3trip Fcse Number From MoleciiLe NameAppF frs& ColumnOutput Per*atsS£) FlIaMui £1. - B ol2J SpreadsheetMDS 3 SUT FxleWtppt Irstix ftesultsJOl设置如下：每个配体保留3个构象点击OK显示小分子前3个构象选择第一行，显示蓝色，点击 3D。选择 M2:3dlg，点击 Specify点击BD Vie.*er Preferen匚芒5Row 0 i spl «ty蚌plyCancelR«nderingLln«sTM Di spl ayPolar OnlyCol er(?R£ENVLabelsReset to DefaultsRe £«r«nc电 Di splay设置显示的颜色风格等。还可以保存纯蛋白和对接后的小分子，用来做分子动力学7 尺亡弓 u Its Browser:Cons<.r tin