（医学课件）TCGA癌症数据库介绍专题.pptx_第1页
（医学课件）TCGA癌症数据库介绍专题.pptx_第2页
（医学课件）TCGA癌症数据库介绍专题.pptx_第3页
（医学课件）TCGA癌症数据库介绍专题.pptx_第4页
（医学课件）TCGA癌症数据库介绍专题.pptx_第5页
已阅读5页，还剩24页未读， 继续免费阅读

下载本文档

版权说明：本文档由用户提供并上传，收益归属内容提供方，若内容存在侵权，请进行举报或认领

文档简介

1、,TCGA数据库介绍专题,上海尔云-云生信团队 2015.9.20,目录,前言,01,TCGA- the Cancer genome ATLAS,癌症种类丰富，样本量大 34 kinds of cancer 325 samples on average,/,数据产生历程,02,TCGA数据的产生历程： 1. 组织样本和临床数据来源网站(TSS)收集的数据发送到Biospecimen核心资源(BCRs)。 2. BCRs提交临床数据和元数据到数据协调中心(DCC)和测序中心(GSCs),获取组织变异数据,然后提交给DCC。 3. GSCs提交跟

2、踪文件,序列比对后文件到癌症基因组学中心(CGHub)。 4. 提交给DCC和CGHub的数据可供研究团队和基因组数据分析中心(GDACs)使用。 5. 分析pipeline以及由GDACs产生的数据结果通过DCC保存到研究社区（community）中。,/abouttcga/overview,barcode解读,03,详细请见：/display/TCGA/TCGA+barcode,DaTA TYPES AND LEVELS,04,DATA TYPES,DATA LEVLES,注意： 低水平的测序

3、数据存储在CGHub /, 申请下载时需要DUNS number. The Cancer Genomics Hub (CGHub) is a secure repository for storing, cataloging, and accessing cancer genome sequences, alignments, and mutation information from the Cancer Genome Atlas (TCGA) consortium and related projects.,目前已有的癌症种类,05,癌症种类丰富，

4、样本量大 34 kinds of cancer 325 samples on average,详细见： TCGA publication guideline, /publications/publicationguidelines,数据下载及解读,06,最简单的方法：,/tcga/tcgaHome2.jsp,第1封邮件通知下载申请已经提交,第2封给出下载链接,Step4,Step 4 文件内容,File_manifest.txt，对所下载文件的说明,临床数据解读,CDE：Common Data

人人文库> 全部分类> 专业文献 > 医学资料

温馨提示

  • 1. 本站所有资源如无特殊说明，都需要本地电脑安装OFFICE2007和PDF阅读器。图纸软件为CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.压缩文件请下载最新的WinRAR软件解压。
  • 2. 本站的文档不包含任何第三方提供的附件图纸等，如果需要附件，请联系上传者。文件的所有权益归上传用户所有。
  • 3. 本站RAR压缩包中若带图纸，网页内容里面会有图纸预览，若没有图纸预览就没有图纸。
  • 4. 未经权益所有人同意不得将文件中的内容挪作商业或盈利用途。
  • 5. 人人文库网仅提供信息存储空间，仅对用户上传内容的表现方式做保护处理，对用户上传分享的文档内容本身不做任何修改或编辑，并不能对任何下载内容负责。
  • 6. 下载文件中如有侵权或不适当内容，请与我们联系，我们立即纠正。
  • 7. 本站不保证下载资源的准确性、安全性和完整性, 同时也不承担用户因使用这些下载资源对自己和他人造成任何形式的伤害或损失。

最新文档

评论

0/150

提交评论