Conefor Sensinode 2.6用户手册（中文版）

CONEFOR2.6用户手册(Saura&Torne,2012年4月)通过空间图和生境可用性(可达性)度量量化生境斑块和链接对维持或增强景观连接性的重要性目录1。Conefor是什么?12。作者23所示。本手册范围24所示。与2.2版本相比，2.6版本的主要新特性5。安装、操作系统和计算机配置6。使用条件37所示。问题或进一步的信息3。8。对Conefor2.6的图形用户界面中新特性的概述9。计算节点的重要值，包括IIC或PC(intra,flux,connector)的分数10。广义中介中心性度量711。只计算整个景观的整体指数值1012。计算整个景观的等效连接性(EC)(总体索引值)1113。只计算添加节点11的重要性14。计算不同模式(删除、改进、更改)的链路重要性值15。计算精度(高或标准)17。16。其他有关Conefor2.6.17的评论。17所示。GIS扩展1718岁。应用1819所示。实证支持1820.参考文献181。Conefor是什么?Conefor是一个软件包，它允许量化生境区域的重要性，以及维持或改善景观连通性的链接，以及评估生境和土地利用变化对连通性的影响。它被认为是在保护和景观规划方面的决策支持的工具，通过确定和确定关键地点的生态连通性。Conefor包括新功能连通性指数(积分连接性指数(IIC)的概率连接(PC)),已经被证明可以提供了一个改进的性能比其他现有的指数和特别适合景观保护规划和改变监视应用程序(Pascual-Hortal和012006、01和Pascual-Hortal2007年012010年卢比奥,01etal.2011年)。这些指标是基于空间图，以及在景观尺度上测量栖息地的可用性(可达性)的概念。这一概念包含在将生境斑块本身视为连接发生的空间，将斑块内存在的连接资源(intrapatch连接性)与景观中与其他生境斑块(斑块连接性)的连接所提供的资源(可通过)集成在一起。这样,连接是构思(测量)作为景观的性质决定的数量可及栖息地景观,无论这种可及栖息地来自大型和/或高质量的生境斑块(intrapatch连接),从不同的补丁(interpatch连接)或之间存在密切联系,更频繁,从两者的结合。2.作者Conefor2.6是由马德里政治大学的SantiagoSaura和JosepTorne开发的，作为先前2.2版本的改进(Saura和Torne2009)。详情请参阅，并参考第20节。ConeforSensinode2.2(2007年6月发布)是由Lleida大学的相同作者开发的。西班牙科学和创新部通过AGL2009-07140和REN2003-01628项目为发展Conefor提供了资金。Sensinode1.0(LandGraphspackage)由DeanUrban(DukeUniversity)开发。3所示。本手册的范围本用户手册只解释了在Conefor2.6中实现的那些新特性，并且没有包含在2.2版本中。这个软件包的所有其他功能、基本功能和说明与2.2版本相同。关于如何使用Conefor的其余(大部分)信息，请参阅版本2.2(附件)的手册。稍后，我们计划制作一个整合这两个手册内容的单一更新手册。查看Conefor网站()的更新。在该网站，你也可以订阅一个电子邮件列表，自动通知你任何有关Conefor的相关新闻。4所示。与2.2版本相比，2.6版本的主要新特性的三个分数dPC和dIIC指数(内部、通量、连接器)计算(见9节),除了总dPC/dIIC值已经提供的2.2版。这允许单独评估栖息地斑块对景观中的栖息地连接和可用性的不同贡献方式，即它们作为连接性提供者的不同角色(Saura和Rubio2010)。连接的重要性(sensilink)可以计算个人联系,除了节点的重要性(sensinode)已经提供的2.2版。版本2.6中包含了一些敏感链接功能，如第14节所述(链接删除、链接改进、链接更改)。考虑到Conefor现在不仅执行与节点(sensinode)相关的分析，而且还执行与网络中的链接(sensilink)相关的分析，因此在这个版本2.6和未来版本中，软件包的名称已经从“Coneforsensinode”简化为“Conefor”。等效连接(EC)的值对应于IIC和PC标准(2011年01etal.2011a,b)也提出了整体指数的结果(参见12)。中间性的价值中心(BC)指标可以计算并提出的节点重要性的结果文件。这包括由Freeman定义的经典BC度量，更重要的是，广义和改进版本BC(IIC)和BC(PC)，它为这个度量提供了更多的生态现实主义，并允许它与IIC和PC的需求和理想属性相匹配(参见第10节)。正如Bodin和Saura(2010)所详细描述的，所有这些度量都集成在一个具有相同度量单位的分析框架中。5。安装、操作系统和计算机配置这个新版本2.6没有特定的安装要求。只需将可执行文件(Conefor26.exe)复制到您的计算机的任何位置，并双击该文件以运行该软件(您甚至可以直接通过USB棒运行该软件)。至于2.2版，Conefor只在使用Windows操作系统的计算机上运行(任何Windows版本都可以，包括WindowsXP、Vista、7和其他版本)。它同时在32位和64位架构中运行，尽管当前的Conefor编译只使用32位(即不能在您的计算机中使用超过4GB的RAM)。在未来，我们计划为64位和不同于Windows的其他操作系统生成Conefor编译(如果您希望自动获得未来版本或其他相关新闻的通知，请查看Conefor网站的更新和/或订阅Conefor电子邮件列表)。Conefor注意,在输入文件(节点和连接文件)点(而不是逗号)应该设定为小数点符号,符号不应该被用作一千分离器(例如一个正确的数字格式是1235.45,1.234,45或1235,45或1235.451.234.45不正确)。Conefor将根据这些规范期望输入文件中的所有数值，并以相同的格式写入结果。如果输入文件中的任何数值都不是按照这种格式编写的，那么当试图使用这些输入文件运行Conefor时，会发生错误。这意味着在通过专门为此目的开发的任何GIS扩展为Conefor生成输入文件之前，应该相应地设置计算机的区域配置设置(参见第17节)。否则，GIS扩展将以错误的数字格式编写Conefor输入文件，这些文件将不能用于Conefor的后续处理。6。使用条件Conefor是免费软件，与2.2版本具有相同的使用条件。这意味着它可以不受任何非商业目的的限制，只需要引用软件、其网站和适当的引用(参见和下文第20节)。7任何问题或进一步的信息有关任何问题或进一步信息，请访问，在那里您可以找到Conefor软件包的最新版本、用户手册、GIS扩展、相关论文、Conefor在全球应用的概述、实证支持研究和其他相关信息。你也可以通过conefor@联系我们。作者希望了解使用Conefor的应用程序，以及报告错误和改进建议的帮助。但是，将提供非常有限的用户支持，并且只针对与此软件及其实现的方法有关的特定问题，这不能用其他方法来解决(例如仔细阅读手册和不同的相关文件)。8。概述了图形用户界面的新特性，用于Conefor2.6。Conefor2.6中的大多数新特性都位于下图所示的红色框中。其余部分与2.2版本完全相同。每个红色框旁边的数字表示您可以在本用户手册的哪个部分找到该特定选项或功能的描述。请参阅第12节，以获得在此映像中没有图形化的附加新特性。

9。计算节点的重要值，包括IIC或PC的分数(内部、流量、连接器)除非您指定“唯一的整体索引”选项(请参阅下面的第11节)，Conefor将计算每个节点的重要性，作为将单个节点从景观中移除所导致的连接性度量值的减少(请参阅手册中的2.2版本和相关论文以了解更多细节)。这包括Saura和Rubio(2010)所描述的IIC或PC的内部、通量和连接器部分;如果选择这两个指标中的任何一个进行分析，这些分数将自动计算出来。一个节点的重要性(或链接，参见第14节)根据给定的连接性索引(度量)M可以用相关的术语表示(在Conefor2.6,dM中)或绝对的术语(“vars”在Conefor2.6,varM)中表示:其中M为景观中所有节点都存在时的整体连通性指数(metric)值(即初始、完整、未扰动景观的公制值)，Mafter为从景观中去除单个节点后的整体指标值。因此，dM和varM分别量化了特定节点/patch丢失后整个景观(M)整体连通性度量值的相对变化和绝对变化。同样的方程也适用于与补丁之间的链接相关的其他更改，如将在第14节后面描述的那样。在运行软件之前，您应该至少选择“Showdeltas”或“Showvars”(除非“Onlyoverallindex”选项被激活，参见下面第11节)。如果您选择“Showdeltas”选项(这是默认选项)，Conefor将计算并显示每个节点和为分析选择的每个索引的dM值。如果您选择“Showvars”选项，Conefor将计算并显示每个节点和为分析选择的每个索引的varM值。您还可以同时选择“Showdeltas”和“Showvars”，然后Conefor将计算和显示dM和varM的值。但是，请注意，这可能在节点重要性文件中生成大量列，并且根据dM或varM(因为这两个变量是成比例的，varM=(dM·M)/100给出的)，栖息地斑块(节点)对景观连接性的贡献是相同的。虽然在某些情况下，dM值更容易解释，但这将取决于所选的索引和用户首选项。在某些情况下，如果景观/网络非常大，那么dM值可能非常低(如果网络由数千个节点组成，那么单个节点很难对连接具有较大的相对重要性)，也很难处理(最终无法区分为0)。在这些情况下，varM值可能是更好的选择。索引M可以对应于Conefor2.6中包含的任何连接指标:NL、NC、H、LCP、IICnum、F、AWF、PCnum。注意，在Conefor中，IICnum和PCnum值(IIC和PC指标的数值分别参见下面的公式)是用于计算dIIC、dPC、varIIC和varPC值的。这使得无需根据IIC或PC计算节点输入的任何AL值。即使使用特定AL的IIC和PC值(而不是IICnum或PCnum)来计算节点的重要性值，dIIC和dPC将与使用IICnum或PCnum获得的值完全相同。这是因为AL是一个常数，不随节点或链接的删除而变化从景观。(如果您希望获得变量或varPC值，就像使用IIC和PC值(对于给定的AL值)所产生的结果一样，您只需将用Conefor2.6和a2计算的变量或varPC值除以2。)IfyouwishtoobtainthevarIICorvarPCvaluesastheywouldresultfromusingtheIICandPCvalues(foragivenALvalue)youjustneedtodividethevarIICorvarPCvaluesthatarecalculatedbyConefor2.6byA2.

有关这些度量和公式的详细信息，请参阅手册2.2版和两篇相关论文(Pascual-Hortal和Saura2006、Saura和Pascual-Hortal2007)。Saura和Rubio(2010)指出，IIC和PC度量的重要性值可以划分为三个不同的部分(intra、flux、connector)，考虑到栖息地斑块(节点)或链接对总体栖息地连接和景观可用性的不同影响。当选择IIC和/或PC进行分析时，Conefor2.6将自动为每个节点计算这三个部分的值。这适用于由Conefor计算的dM和varM值(除了分割的分数值外，还将给出总dIIC、varIIC、dPC和varPC值):

对于现有的节点(标准分析/节点删除)和由于栖息地恢复措施可能添加到景观中的节点，将对这三个部分进行计算(见选项“节点添加”在版本2.2的手册中)。虽然栖息地补丁可以通过这三个部分实现连接，但是链接(走廊、连接器)只能通过连接器部分实现连接:请参见Saura和Rubio(2010)。Baranyietal。(2011)表明,通过聚类分析和多维标度,内部,通量和连接器分数提供非冗余和互补信息的重要性一片景观网络,他们捕获的大部分变化补丁保护优先,来自使用更大的组连接度量研究(见图5),也许由中心补充指标(见下面的部分10)。唯一的例外的dM和varM计算节点重要性文件(如前所述)的值是中间性中心指标(公元前公元前公元前(IIC),(PC)):这些指标计算方式不同(见下面的部分10),而不是根据上面所示的公式dM或varM。Conefor2.6中包含的中间度中心性度量是根据每个节点在完整的(初始)环境中的位置来计算的，而不是像其他指标那样遵循节点(补丁)移除过程。逐句翻译

最后需要注意的是，在Conefor2.6中不再包含CCP索引(类符合概率)。这是因为与其他指标相比，CCP没有提供良好的优先级能力(参见Pascual-Hortal和Saura(2006)))，如果没有必要，我们打算避免Conefor计算过多的指标。另一方面，在分析上，CCP与LCP非常相似。由于LCP包含在Conefor2.6中，如果您希望这样做，那么很容易从Conefor2.6计算的LCP中获得CCP值;参见Pascual-Hortal和Saura(2006)的公式，了解如何进行这个简单的计算。在您仍然希望直接获取CCP值的罕见情况下，您可以为这个特殊目的使用旧版本ConeforSensinode2.2(这个旧版本仍然可以在Conefor网站上下载)。10。广义中间性中心指标10.1。哪个网络中心指标是由Conefor计算的?对于每个节点计算Conefor2.6:-BC，最初由Freeman定义的经典中间度中心性度量(1977);社会人际学40:35-41)。——公元前公元前(IIC)和(PC),公元前度量的改进版本,博丹提出的,01(2010)为了把一些重要的考虑增加这个指标的生态现实主义,使它与IIC和PC的特点和可取的属性。这样，BC(IIC)和BC(PC)就被放置(集成)在与IIC和PC度量相同的分析框架中。所有这些度量都用相同的度量单位表示，可以直接进行比较。特别是，每个节点的归一化BC(IIC)和BC(PC)值分别等于或高于IIC和PC指标的连接器部分(见下文10.5节)，如Bodin和Saura(2010)所示。BC、BC(IIC)和BC(PC)的值只计算景观中存在的节点(标准节点重要性分析)，而不计算要添加的链接或节点。10.2。中间度中心性度量衡量什么?它们是如何计算的?这些中心度量基线的概念(公元前公元前(IIC),(PC))是一样的:他们衡量一个特定的节点位于所有其他对网络中节点之间,即这些指标获取的程度的最短或最优路径运动其他生境斑块之间通过一个特定的节点。当一个节点作为一个中间的垫脚石补丁参与到许多其他对补丁之间的最短/最优移动路径时，它将是高度集中的(通过这些度量量化)。这些中间度中心性度量与Conefor中实现的所有其他度量指标不同，因为它们只能在单个节点的级别上计算，也就是说，这些BC度量不能提供描述整个场景的连接性的总体值。对于这些度量，不存在M景观级值(参见第9节中的公式)。因此，当您选择这些中心指标时，它们的值只会出现在节点重要性文件中，而不会出现在整个索引值的结果中。逐句翻译

每个节点的中心性度量值(如节点重要性文件所示)的计算与其他度量值是不同的。单个节点的中心性值是考虑到该节点在完整(初始)环境中的拓扑位置，而不执行任何节点删除过程(上面第9节中dM或varM的公式不适用于这些度量)。详情请参见Bodin和Saura(2010)。因此，即使BC、BC(IIC)和BC(PC)的值与dM或varM值一起显示在节点重要性文件中，其余的指标也是如此，应该记住，它们是使用不同的方法/过程来计算的。10.3。经典BC和广义BC(IIC)和BC(PC)度量之间的区别是什么?BC只考虑通过特定节点的所有对补丁之间的最短路径数，而不考虑正在连接的补丁的区域(或属性)以及这些路径的长度或强度。公元前公元前(IIC)和(PC),然而,考虑到区域的补丁(或任何其他属性)正在通过一个特定的连接节点,这些节点考虑更多的中央,作为垫脚石大型和高质量的补丁之间比那些坐在补丁与稀缺或穷人之间栖息地资源。BC(IIC)还考虑到涉及特定节点的补丁之间路径的长度(链接数);较长的路径被认为对进行有效运动不太可行，因此在中心性计算中它们的权重较小。类似地，BC(PC)考虑了在特定路径上移动的概率(最大积概率p*ij，见Pascual-Hortal和Saura(2007)))，因此p*ij较高的路径在中心性计算中具有更大的权重。详情请参见Bodin和Saura(2010)。注意，BC(IIC)和BC(PC)是在Conefor中实现的所有度量中计算密集型的。因此，在具有多个节点的大型场景中计算这两个指标时，应该小心谨慎。在非常大的网络中计算BC(IIC)或BC(PC)可能是不可行的，因为需要过多的计算时间。但是，标准BC度量可以更快地计算。10.4。如何在Conefor接口中选择BC、BC(IIC)和BC(PC)度量进行计算?如果您希望计算经典的BC度量，那么您应该在方框中选择BC作为Conefor接口中的二进制连接性指标。每个节点的结果值将显示在节点重要性文件的一列中。BCConefor特定节点计算k值对应不同的总和所有成对的补丁之间最短路径经过k(k)不同,之间的最短路径总数除以所有成对的补丁博丹(方程5和01(2010))。无论如果你选择“显示三角洲”或“var”相同的结果将出现在公元前的节点重要性文件(即使你选择“显示三角洲”和“增值”,只会产生一列公元前的节点重要性文件,与值计算如上所述)。如果您希望计算BC(IIC)度量，那么您应该在Conefor接口的二进制连接索引框中选择BC和IIC。Conefor将会理解你不仅要计算BC和IIC，还要计算BC(IIC)。这将导致在节点重要性文件的不同列中显示BC、IIC和BC(IIC)的值。这三个度量(BC、IIC和BC(IIC))将被计算，即使您只对BC(IIC)感兴趣，但这并不重要，因为BC(IIC)是这三个度量中计算最密集的度量。计算BC(IIC)将消耗最多总处理时间。另一方面，为了获得BC和IIC值而进行的一些计算也需要获得BC(IIC)的结果。如果您希望计算BC和IIC，而不是BC(IIC)，那么您应该运行两次Conefor，一个只选择BC，另一个只选择IIC。逐句翻译

如果您希望计算BC(PC)度量，那么您应该在框中为二进制指标选择BC，在框中为概率指标选择PC。Conefor将会理解您不仅要计算BC和PC，还要计算BC(PC)。这将导致在节点重要性文件的不同列中显示BC、PC和BC(PC)的值。即使您只对BC(PC)感兴趣，也会计算这三个度量(BC、PC和BC(PC))，但这并不重要，因为BC(PC)是这三个度量中计算最密集的度量。计算BC(PC)将消耗大部分的处理时间。另一方面，为了获得BC值和PC值而进行的一些计算也需要获得BC(PC)的结果。请注意,如果您的输入连接文件是一个远程文件,选择BC和PC时你需要提供一个距离阈值,将用于计算BC(至于其他二进制连接度量)和一对probability-distance值将用于计算PC和BC(PC)。二进制指标框中指定的距离阈值对BC(PC)的所有计算都没有影响，它只是基于为概率指标指定的概率距离值。同样，BC的计算完全不受为概率指标指定的概率距离值的影响。如果您的输入连接文件是一个概率文件，则同样适用。在这种情况下，计算BC需要一个概率阈值，但这不会影响PC或BC(PC)的所有计算，PC或BC(PC)将直接使用连接文件中的概率值运行，而不需要在概率指标框中添加任何距离或概率值。如果您不熟悉后一种考虑，请参阅版本2.2的手册。如果您希望计算BC和PC，而不是BC(PC)，那么您应该运行Conefor2次，一个只有BC选择，另一个只选择PC。10.5。广义中介中心性度量如何与IIC和PC的连接器部分相关?如何解释这种关系?如果您选择“Showdelta”，BC(IIC)和BC(PC)的值将按照dIIC和dPC(dIICconnector和dPCconnector)的相同方式进行缩放，每个节点的结果值将显示在两个列中，名称为dBC(IIC)和dBC(PC)。在这种情况下,dBC(IIC)≥dIICconnector和dBC(PC)≥dPCconnector。然而，请注意，dBC(IIC)和dBC(PC)这两个名称仅仅表明，这些值与dIICconnector和dPCconnector的值具有直接可比性。这并不意味着dBC(IIC)和dBC(PC)的值被计算为在任何补片去除过程之后的任何连接性度量值的相对变化。详见Bodin和Saura(2010)。如果您选择“Showvars”，那么BC(IIC)和BC(PC)的值将按照与varIIC和varPC(varIICconnector和varPCconnector)的值相同的方式进行缩放，每个节点的合成值将显示在名为varBC(IIC)和varBC(PC)的两列中。在这种情况下varBC(IIC)≥varIICconnector和varBC(PC)≥varPCconnector。但是请注意，varBC(IIC)和varBC(PC)的名称仅仅表明，这些值与varIICconnector和varPCconnector的值直接具有可比性。这并不意味着dBC(IIC)和dBC(PC)的值被计算为在任何补片去除过程中任何连接性度量值的绝对变化。如果同时选择“Showdeltas”和“Showvars”，则节点重要文件中的BC(IIC)和BC(PC)的值将分别按比例缩放，分别显示为dBC(IIC)和dBC(PC)，以及varBC(IIC)和varBC(PC)。逐句翻译

中心性度量在完整的场景中计算，不考虑由于丢失特定补丁而导致的流如何变化。与IIC和PC度量的连接器部分不同的是，它们不提供补丁删除对连接丢失的影响的估计。给定节点k的dBC(IIC)和dIICconnector的值对应该按照以下方式进行解释(对于varBC(IIC)和varIICconnector、dBC(PC)和dPCconnector，以及varBC(PC)和varPCconnector的值对应该完全相同):dBC(IIC)量化了在完整的景观(没有生境斑块消失的原状景观)中通过k的通量，因为k是其他生境斑块之间最好(最短或最有可能)路径的一部分。然而，dBC(IIC)并没有量化其他栖息地之间的连接程度如何依赖于k在景观中的存在，也就是说，它没有测量到在其他生境区域之间的连接元素k是如何不可替代的。后一个方面是由dIICconnector测量的。它可能发生,即使k是相当参与通量发生在当前景观(高dBC(IIC))、k的损失不会有很大影响其他栖息地之间的连接性(dIICconnector低,远小于dB(IIC)),因为提供的连接是k作为连接元素或垫脚石基本上或完全补偿由其他补丁和替代路径可供运动景观。然而,如果k是唯一元素维持其他栖息地之间的连接性,并且没有其他补丁或路径可用来弥补其损失,消除k将有很大影响残余网络的连通性(dIICconnector将在这种情况下高达dBC(IIC))。因此，这些度量标准捕获了在完整的环境中，一个特定的补丁(dBC(IIC))中所扮演的角色扮演了多大的角色(连接)，当该补丁从景观(dIICconnector)中移除时，它就丢失了。参见Bodin和Saura(2010)进一步了解这些指标及其生态解释。BC(IIC)或BC(PC)可以被认为是IIC或PC指标的“第四部分”，用相同的单位和相同的分析框架来度量，而不是内部、流量和连接器部分(连接的通用货币)。这四个指标/分数提供多方面的,完整的和冗余的观点不同生境斑块的重要连通性提供方,在分析理由支持(2010年01和卢比奥,博丹和012010)和统计评估的实际结果与更广泛的连接度量,如图5所示,其余的内容在Baranyietal。(2011)。11。只计算整个景观的总体索引值当您只想获取整个景观(M)的总体索引值，而不是每个节点或链接(dM或varM)的重要性值时，应该选择“唯一整体索引”选项(“模式”框中的第一个选项)。当兴趣仅在M值时，此选项允许用户节省大量处理时间。这是因为总体索引值M比每个节点的dM或varM值要快得多。获取M只需要一个度量值的计算，而获取dM或varM则需要n个度量值的额外计算(每个节点一个)，其中n是景观中的节点总数。如果选择了任何链接重要性分析选项，则获取dM或varM时需要更多的度量值计算(一般是n·(n-1)/2)。显然，如果选择“唯一的整体索引”，则不会计算dM或varM值(节点或链接重要文件)。如前一节所述，总体索引值的结果将不包含中间中心度量的任何值，即使它们已经被选择用于计算。逐句翻译

12。计算整个景观的等效连接性(EC)(总体索引值)如果你计算IIC或电脑,“结果->整体指数的价值观”,您将注意到在这个新版本中,除了IIC或电脑(或者IICnumPCnum)值已经提供的2.2版本,结果还包括欧共体(等效连接)值这两个指标:EC(IIC)和EC(PC)。这对应于Saura等(2011a,2011b)中所描述的等效连通区域(ECA)指数，其中斑块生境区域被用作节点属性。ECA(IIC)和ECA(PC)被定义为单个栖息地斑块(最大连接)的大小，该斑块将提供IIC和PC度量(分别)与景观中的实际栖息地模式相同的值。在更一般的情况下，节点的属性可能与仅生境区域(如生境质量、种群大小等)不同的其他特征相对应，这个索引最好改名为EC(等效连接)。因此，这个更通用的名称(EC)是在Conefor2.6中使用的。EC或ECA只是作为IIC和PC指标(IICnum和PCnum)分子的平方根，分别产生EC(IIC)和EC(PC)。虽然Saura等(2011a,2011b)只使用EC/ECA作为PC指数(EC(PC)，但同样的方法和优势(见下文)适用于IIC(EC(IIC))。EC(PC)和EC(IIC)都是通过这个新版本计算的。您只需选择IIC或PC进行分析，整体索引值的结果也将分别显示EC(IIC)和EC(PC)值。EC(IIC)和EC(PC)维护所有IIC的可取的属性和优先级能力和PC但有以下优点(作为一个整体指数的值)相比,IIC和PC:(a)他们避免度量值很低,可能获得IIC和PC当栖息地的数量非常小的总程度分析景观相比,自EC(IIC)和EC(PC)不会小于最大的属性(如栖息地面积)斑块的景观;(b)EC(IIC)和EC(PC)与节点的属性具有相同的单位，有助于解释和理解由此产生的值;(c)EC(IIC)和EC(PC)避免指定任何AL值，这是IIC和PC所需要的，在某些情况下可能不是直接的，在某种程度上可能是任意的;,更重要的是(d)的相对变化EC(IIC)或EC(PC)在一个特定的空间变化(或一组变化)景观可以直接与栖息地的总量的变化区域景观(或任何其他考虑节点属性)相同的更改之后,用一个简单的解释,可以获得额外的见解,比较(2011年01etal.2011a,b)。后一种属性使得EC(IIC)和EC(PC)非常方便地量化景观连接性的变化，并与Saura等人描述的景观中栖息地数量的变化进行比较(2011a,2011b)。见Saura等图1(2011a)和Saura等图1(2011b)。13。只计算添加节点的重要性选项时选择“只添加节点”,Conefor将dM的计算或varM值只对景观的潜在的节点,可以添加(由于潜在栖息地恢复行动,可能会改善连接),而不是已经存在的节点在其中(不会评估它们潜在损失对连接性的影响)。选择“仅添加节点”还将禁用链接重要性分析的任何选项。此选项(“仅添加节点”)只有在“有要添加的节点”选项之前在节点文件的框中被选中时才会激活。当有节点添加”被选中Conefor会期望一个节点文件三列(见4.2节的手册版本2.2)和一般计算(a)表示连接的dM或varM值损失,将由每个节点的删除,存在于当前/最初的景观,(b)dM或varM值表示由于栖息地恢复措施在景观中增加新节点而导致的连接性改善(详见手册2.2版本)。如果选择“只添加节点”选项，Conefor将只计算(b)，也就是说，它只会评估如果添加到景观中，每一个新的潜在生境区域(要添加的节点)对提高连接性的贡献有多大。以后,一般来说,添加候选节点的数量在景观(b)远小于所有节点/补丁存在(a),这个选项可以节省大量处理时间的dM或varM值通过计算节点添加并不是现有的节点。注意，没有计算BC、BC(IIC)和BC(PC)度量，以便添加节点;在节点重要性文件中，这些度量的值将等于零，但这仅仅意味着它们没有被计算。14。计算不同模式下的链路重要性值(移除、改进、更改)14.1。“链接重要性”是什么意思?通过这个分析得到了哪些结果?Conefor2.6包含计算单个链接对维护或改进整体景观连接的贡献的可能性。这超出了以前的Conefor版本的功能，在这些版本中，这种类型的分析只能用于节点，而不能用于链接。最近的一些研究已经从Conefor的这个新功能中获益(请参阅Conefor网站上的应用部分以获得完整的参考资料):Gurrutxaga等人(2011;景观与城市规划101:310-320)，Sauraetal.(2011;森林生态与管理262:150-160)，Carranza等(2012);景观生态学27:281-290)，卢比奥等。森林系统)。维持或改善一个链接连接的重要性以同样的方式计算的节点(参见9),即为相对(dM)或绝对(varM)在给定的值连接矩阵M变化在一定变化影响中的链接景观之一。注意，链接只能通过连接器部分对栖息地的连接和可用性(如IIC和PC)做出贡献。由于一个链接被定义为一个不包含生境区域的连接元素，所以一个链接不能通过intra分数来贡献。出于同样的原因，一个链接不能成为任何分散流的最终/永久的目的地。因此，在景观中的任何一个环节，都将由定义为零和通量分数为零。如果一个连接元素包含一些栖息地面积,这应该是建模为图中的一个节点,和它的值连接元素或垫脚石将无论如何量化通过IIC的连接器分数或PC指标,通过内部的潜在贡献和通量分数。链接的连接器值可以直接与节点的连接器值进行比较。详见Saura和Rubio(2010)。总之，即使Conefor将链接重要性值的结果表示为dIIC、varIIC、dPC和varPC(取决于在Conefor接口中选择的结果的度量和类型)，用户也应该知道，对于链接，这些值实际上是对应的专用于连接器部分，即它们分别对应于dIICconnector、varIICconnector、dPCconnector和varPCconnector，即使在linkimportant结果文件中没有显式地写入。逐句翻译

还要注意，链接重要性分析可能比节点重要性分析花费更多的时间。当一个节点重要性分析需要n+1度规的计算值(M)与n个节点图,链接重要性分析在同一图需要n(n-1)/2+1度规的计算值(因为n(n-1)/2完整链接的数量在一个无向图与n个节点)。这在大型网络中是相当缓慢甚至不可行的，特别是对于像PC这样的计算密集型度量。当用户试图通过Conefor2.6中的这个新功能分析大型数据集时，应该记住这一点。一些可能允许用户减少计算数量和所需处理时间的选项正在评估中，并且可能包含在这个软件包的未来版本中(如果需要，请查看以获得更新或订阅Conefor电子邮件列表)。Conefor2.6中的链接重要性分析不包括任何中介中心性度量(参见第10节)的计算，这些度量只针对单个节点进行计算。链接重要性分析可以在Conefor接口的“链接重要性”框中选择以下三种不同的模式进行:链接删除、链接改进和链接更改。14.2。链接删除:丢失现有链接的影响。除“链接”选项被选中时,Conefor将删除一个接一个的每个链接存在的景观网络(个人链接删除,只有一个链接删除同时)和计算该链接的影响损失景观连通性根据dM或varM(M指标实现的可以是任何Conefor除了中间性中心指标,虽然IIC和PC的建议和其他类型的分析)。这将为景观中的所有对补丁/节点生成一个dM或varM值，每个链接由它连接的节点的id表示。在二进制连接模型(IIC)适用于那些无关的补丁在最初/完整的风景一定会有dM=0和varM=0(显然是没有影响的潜在损失之间的联系两个补丁如果这样的链接并不实际存在于最初的景观)。对于那些在初始场景中确实有链接的补丁，Conefor将在删除链接(Mafter，请参见第9节)后重新计算索引值，这将导致dM和varM可能(尽管不一定)高于0。由于上述原因，在概率连接模型(适用于PC的那个)中，它们之间没有直接连接的那些对补丁(pij=0)肯定会有dM=0和varM=0。剩下的情况下(双补丁j>0),Conefor将改变每一对补丁的j值的初始值在完整的景观j=0,和M的值重新计算之后变化(Mafter),这将导致糖尿病和varM可能高于零。在二元连接模型中，所有的链路损失在它们所代表的变化量上都是可比较的(在初始场景中存在的链路被完全移除以评估其损失的影响)。然而，在概率模型中，最初的景观中每个环节的pij的初始值在不同的链接中可能是非常不同的。这在尝试时引入了一些复杂性。对于概率模型中不同的链接，直接比较该分析产生的dM或varM值，因为每个链接的强度或使用概率的实际变化幅度(如pij所示)对于每个链接可能是完全不同的。例如，在最初的场景中，与在初始场景中有pij=0.9的另一个链接获得相同的dM=10%的链接，获得的dM=10%是不一样的。在试图解释和总结这个概率连接模型的链接删除分析结果时，必须考虑到这一点。14.3。链接改进:加强生境斑块之间联系的潜在好处当选择“链接改进”选项时，Conefor将执行与“删除链接”选项完全相反的分析。在二进制连接模型(适用于IIC)中，Conefor将在初始场景中没有直接链接的每对补丁中添加一个链接(每次只添加一个)，并在修改/添加之后重新计算M值。这可能导致度量M测量的连接增益，在这种情况下，dM<0和varM<0。注意，在这种情况下，IIC和PC度量(dM和varM)的相对和绝对变化将具有负值，因为Mafter大于M(参见第9节中dM和varM的公式)，但实际上这些负值意味着连接性得到了改善。显然，对于那些在初始场景中已经链接的补丁，通过添加一个实际上已经存在的链接，连接不能增加，因此dM=0和varM=0。在概率连接模型(适用于PC)中，Conefor将计算尽可能多地改进每对补丁之间的直接连接(链接)的潜在(积极)影响(每次只改进一个)。在这个概率模型翻译分配每一对补丁j=1,这意味着力量或使用频率之间的直接连接i和j(量化的j)将改善所有成对的补丁,除了那些已经j=1在最初的景观。对于初始景观中pij=1的这些斑块，结果必然是dM=0,varM=0。对于其余的，每个链接的pij值的增加可能导致(尽管不一定)由dM或varM量化的连接的改进(如上所述，这种改进将对应于负dM和varM值)。在二元连接模型中，所有的链路增益在它们所代表的变化量上都是可比较的(添加在初始场景中不存在的链路，以评估其创建或恢复的潜在好处)。然而，在概率模型中，初始景观中每个链接的pij的初始值在不同的链接中可能是非常可变的。当试图直接比较该分析产生的dM或varM值时，这会带来一些麻烦。概率模型中的不同链接，因为每个链接的强度或使用概率的实际变化幅度(用pij表示)对于每个链接可能会有很大的不同。例如，在最初的场景中，与在初始场景中有pij=0.9的另一个链接获得相同的dM=10%的链接，获得的dM=10%是不一样的。在试图解释和总结这种概率连接模型的链接改进分析结果时，必须考虑到这一点。注意，不是所有由“链接改进”选项设置的链接更改都可以认为是现实的。例如,如果你的传播能力分析物种在几百米的范围,这将是当然不现实的考虑,j可以提高多达两个相隔数百公里的补丁,无论增加多少景观基质的渗透率或人们头脑你可以实现。然而，链接改进选项将评估这种假设的(和不现实的)改进在使用该链接(如pij所示)的强度或可行性方面的效果，其方式与所有其他对补丁相同。因此，合成的dM或varM值可能仅适用于图中链接(直接连接)总数的一小部分。为了克服这个问题，并执行与景观中链接的潜在更改相关的更精细和详细的分析，您可以考虑“链接更改”模式，在下一小节中进行描述。最后，与上面描述的“链接删除”分析一样，如果选择“链接改进”选项，也有可能使用“减少计算”选项(参见Conefor接口中的链接重要性选项框)。这种“减少计算”选项允许指定一个最大距离(如果连接文件是一个距离文件)或最低概率(如果连接文件是一个概率文件),这样的计算只对补丁(链接),距离不超过指定的最大值或概率j不小于指定的最小值。注意，在这种情况下，其余的链路(那些距离较大或概率较小的弱链路)将得到dM=0和varM=0，因为在分析中没有对它们进行评估;这并不意味着如果“减少计算”选项没有被选择，它们将为零。14.4。链接更改:用户在链接中定义的更改如何转换为连接的增益或损耗这是链接重要性分析中最强大、最灵活的模式。但是，与链接删除和链接改进选项相比，它需要用户提供额外的输入信息。如果选择“Linkchange”选项，那么Conefor将要求连接文件有4列而不是通常情况下的3列(实际上，这是连接文件需要有4列而不是3列的惟一处理选项)。前三列是一样的在任何连接申请Conefor:ID的节点,节点j的ID,一个值(通常是某种形式的距离或直接传播概率j)描述之间的连接节点i和j在最初的景观(参见手册2.2版详情)。“Linkchange”选项所需的第四列也将包含一个值，该值表示节点i和j之间的连接，但该值将对应于节点i和j之间的新距离或直接分散概率，从而导致给定的更改场景。第四列的值与第三列的值一般不同;第四列的距离比第三列的距离小或概率大，将对应于链接的质量或强度在给定的更改场景中，两个补丁之间增加;第四列的距离比第三列的距离大或者概率小意味着这两个斑块之间的联系变弱了。对于给定的景观和“链接更改”分析中的每个链接，所有类型的组合和不同类型的更改都是可能的。例如,一些连接可能会改善,其他一些可能会降低它的质量甚至完全消失,和其他一些链接可能遭受同样没有变化的分析,根据特定值中指定的每个链接的第三和第四列连接文件。显然，对于连接文件的第三和第四列中具有相同值的链接，结果必然是dM=0和varM=0，因为这意味着该特定链接不会发生任何更改(计算)。还可以使用链接文件的连接文件”链接改变”选项,尽管在这种情况下只能计算二进制指标如IIC,唯一可能的变化对个人被完全消失的一个现有的链接或链接的链接(直接连接)补丁之间并不存在在最初的风景。因此,在这种情况下,第三和第四列连接的文件只能包含0或1每一对补丁,指示是否存在联系(1)(0)之间的补丁在最初的景观(第三列),如果它将丢失,获得或将保持不变在给定场景中(第四列中指定连接的文件)。在“链接变化”分析Conefor将取代一双特殊的值连接文件的补丁在第三列第四列中的值的文件,一般来说可能使一个链接出现或消失(二进制连接模型)或改变链接的j值相关联(概率连接模型)。Conefor将重新计算网络连接(根据Mafter对整个景观的值进行评估)，然后将报告结果dM或varM值。这个更改将只对单个链接(一次一个)执行，因此dM或varM的值对应于连接更改(要么增加，要么减少)，该更改将在给定的链接中实现，而其他的都保持不变。如上所述，对于链路重要性分析的其他模式，IIC或PC测量的连接损失将对应正的dM和varM值，而连接收益将对应负的dM或varM值(这些变量的公式见第9节)。更改评估通过此选项可能对应于一个有效的距离增加或抵抗由于强化景观矩阵的某一部分(例如高速公路的发展或其他类型的障碍),增加景观的渗透或人们头脑矩阵,或许多其他类型和强度的变化,尤其是可能感兴趣的案例研究和地区按照给定的连通性分析的目标。注意,事实上“链接删除”和“改进”链接选项只是特殊情况下的“链接变化”形态,但与前两个不需要包括一个连接文件中第四列(因为他们假设所有评估链接变化完全相同的状态,这是失踪的链接或无限改进质量的一个链接,分别)。如果您使用“链接更改”选项，并且您的连接文件是一个距离文件，那么如果您将第四列全部设置为0，那么“链接更改”结果将与“链接改进”的结果相同。如果在相同的情况下，您将第四列中的所有值设置为任意大(无限)值，那么“链接更改”的结果将与“删除链接”的结果相同。如果你的连接文件概率文件或链接文件,然后第四列中的所有值都设置为零将提供相同的结果在“链接删除”选项,而第四列中的所有值都设置为一个将提供相同的结果在改善“链接”选项。“减少计算”选项不适用于“链接更改”分析(它只影响“删除链接”和“链接改进”模式)。15。计算精度(高或标准)Conefor作为输出的值的计算精度可以设置为“高”或“标准”。在版本2.2中使用了标准精度(在该版本中不可能进行任何选择)，这对于要使用该版本的应用程序来说是可以的。但是，当IIC和PC的三个分量(intra、flux、connector)分别计算(如本新版本提供的)时，最好能提供更高的精度，以便为这三个分量提供更准确的结果，特别是在大型图形/栖息地网络中。因此，在这个新版本中，高精确度是默认值。高精度会消耗更多的内存和处理时间需要稍微高于标准的精度(取决于网络和计算机的大小特征),但这并没有什么显著差异对于大多数的用户(除非你的网络太大或RAM内存太小,你被迫使用标准的精度,使处理可行)。总之,你可以改变标准精度只有你不需要分离分数值(即你只会使用整个索引值M或总dMvarM值为每个节点),或者你的电脑不能够处理更要求高精度的图像模式。16。其他关于Conefor2.6的评论保存DBF文件的选项在这个新版本中被禁用，但是如果需要，您可以使用任何其他外部软件将文本文件(结果的输出格式为Conefor)转换为DBF格式。几乎任何软件包(GIS、电子表格、统计数据等)都能够直接读取Conefor生成的文本文件。只要每个列都有一个适当的头(Conefor生成的一些文件已经为每个列包含了这些头)，ArcGIS就能够直接打开并将它们作为表使用;对于其他的文本编辑器，您可以轻松地将它们添加到新的(第一行)文本中)。在ArcGIS的特殊情况下，列标题的名称中不允许包含括号之类的字符;这意味着您应该手动更改节点重要性文件(例如BC_IIC和BC_PC)中的BC(IIC)或BC(PC)指标的标头，如果选择这些指标进行计算，那么在您可以在ArcGI