ABI3500操作手册基因测序

精品精品可编辑可编辑精品可编辑3500/3500XL简易操作手册1.空间定位和光谱校正1.1设置DyeSet进入library界面，选择DyeSets菜单，点击Create，在DyeSetName中输入“AGCU_E5”作为我公司DyeSet名称，从Chemistry下拉菜单中选择“MatrixStandard”，从DyeSetTemplate下拉菜单中选择“E5Template”，设置完成后点击Save保存设置。1.2空间定位进入3500DataCollectionSoftware主界面，选择Maintenance菜单，在Maintenance界面中点击Calibrate下拉菜单中的Spatial按钮，选择合适的空间定位参数即可开始空间定位。3500系列遗传分析仪空间定位与3100、3130系列类似。精品精品可编辑可编辑精品可编辑1.2光谱校正a、光谱校正前先更换水和阴阳极Buffer，按10ul甲酰胺：0.5ul5DyeMatrixStandard的比例配制甲酰胺和光谱校正标准品混合物，轻轻震荡混匀后短暂离心。准备一块新的96孔反应板，将配制好的混合物均匀的分装在前三列各孔中。3500/3500xL进行光谱校正时仪器默认第一个Run，即前三列中加入了光谱校正混合物。95℃加热3min，立即冰浴3min，变性完成后装载96孔板并置于仪器托盘中。b、点击Calibrate下拉菜单中的Spectral按钮，按照图示选择各种参数点击StartRun即可进行光谱校正。注意在DyeSet中应选则在1.1中设置好的与AGCU试剂盒相匹配的DyeSte。如果光谱校正未达到仪器默认质量要求，仪器会自动重复跑样三次，并自动选择各次跑样中质量最好的通道作为此次光谱校正的最后结果。光谱校正时应观察实时原始数据，以便及时做出相应调整，确保最终结果。C、3500系列遗传分析仪与3100、3130系列遗传分析仪最大的区别之一就是光谱校正。它不需要编写protocol、runmodule等软件栏目及其相应参数设置，直接按照仪器默认的参数进行即可，因此操作更为简单、快捷。精品精品可编辑可编辑精品可编辑2.软件参数设置2.1创建InstrumentProtocol进入library界面，选择InstrumentProtocols菜单，点击Create。按下图所示选择或设置各个参数，设置完成后点击Save保存。注意将ProtocolName命名为“AGCU_E5_STR”，进样电压设置为3kv，进样时间可设置为6～10sec，DyeSet选择1.1步骤中已设置好的“AGCU_E5”，其他参数设置请参照下图。精品精品可编辑可编辑精品可编辑2.2创建SizeStandard进入library界面，选择SizeStandards菜单，点击Create。在SizeStandard中输入“AGCU_SIZ500”，DyeColor下拉菜单中选择“Orange”，在左侧对话框中依次输入75、100、139、150、160、200、300、340、350、400、450、490、500，每次输入结束后点击中间“AddSize”菜单即可将所输数字加入右侧对话框中。待全部输入结束后点击Save保存。精品精品可编辑可编辑精品可编辑2.3创建QCProtocol进入library界面，选择QCProtocols菜单，点击Create。在ProtocolName中输入“AGCU_QC”，SizeStandard下拉菜单中选择在2.2中已创建的“AGCU_SIZ500”，将UseBaselining改为38。其他参数均按下图所示进行设置，设置完成后点击Save保存。精品精品可编辑可编辑精品可编辑2.4创建Assay进入library界面，选择Assays菜单，点击Create。在AssayName中输入“AGCU_STR”，ApplicationType下拉菜单中选择“HID”，InstrumentProtocol下拉菜单中选择2.1中创建的“AGCU_E5_STR”，QCProtocol下拉菜单中选择2.3中创建的“AGCU_QC”。待所有选项选择完成后点击Save保存。若第一步是从创建Assay开始，也可在该界面下点击“CreateNew”菜单，按照上文所述要求逐一创建新的InstrumentProtocol、QCProtocol并将其保存至Library中，其效果与前面创建现在调用一样。精品精品可编辑可编辑精品可编辑2.5创建FileNameConvention进入library界面，选择FileNameConventions菜单，点击Create。在Name中输入“AGCU_Samplename”，其他参数按下图进行设置，也可根据个人喜好进行更改。注意在SelectFileLocation中选择CustomFileLocation，可以先在硬盘新建文件夹，此处点击Browse进行选择。待所有设置完成后点击Save保存。精品精品可编辑可编辑精品可编辑2.6创建ResultGroup进入library界面，选择ResultGroups菜单，点击Create。在Name中输入“AGCU_Resultgroup”，其他参数按下图进行设置，也可根据个人喜好进行更改。注意在SelectFileLocation应与2.5中选择CustomFileLocation位置相同。待所有设置完成后点击Save保存。2.7创建PlateTemplatea、进入library界面，选择AssignPlateContents菜单，在NewPlate下拉菜单中选择CreatePlatefromTemplate，在该界面中选择软件自带的ABI样品表模板“5dye_36_POP4”双击打开。b、将ABI样品表模板“5dye_36_POP4”中Assays、FileNameConventions和ResultsGroups栏目下的各可选项逐一删去。c、在Assays、FileNameConventions和ResultsGroups各栏目下点击Addfromlibrary，分别向各栏目中加入AGCU_STR、AGCU_Samplename和AGCU_Resultgroup。d、各栏目选项加入完成后点击SavePlate菜单，选择Saveas后输入“AGCU_Platetemplate”，点击ok保存即可。精品精品可编辑可编辑精品可编辑精品精品可编辑可编辑精品可编辑3．产物检测3.1打开软件进入主界面，见下图精品精品可编辑可编辑精品可编辑3.2点击主界面左上方导航键（蓝色箭头），打开DefinePlateProperties界面，在NewPlate按钮中选择CreatePlatefromTemplate，或者直接点击快捷键CreatePlatefromTemplate。3.3从已有的样品表模板中选择“AGCU_Platetemplate”打开。输入本次检测样品表名称，如“20110328_AGCUTEST”，输入完成后点击AssignPlateContents进入下一界面。精品精品可编辑可编辑精品可编辑3.4在AssignPlateContents界面点击Import在板号列表中选中相应的板号可导入列表，如果不需导入加样板可直接在PlateView中编写待检测的样品名。精品精品可编辑可编辑精品可编辑3.5选中相应的待检测区域后（点击加样板左上角白色空格即可选中整版），在下方的Barcode框中单击即可分