编制说明（征求意见稿）《基于FFPE样本的非小细胞肺癌相关基因突变高通量测序检测方法》

《基于FFPE样本的非小细胞肺癌相关基因突变高通量测序检测方法》编制说明肺癌不仅是发病率第一，也是死亡率第一的恶性肿瘤。2020年我国％；病理组织学检查等。随着肺癌致病机制研究的深入和NGS技术的不精准诊疗的主要方法包括1）基因检测：通过基因测序技术，基因突变，从而确定肿瘤的分子特征2）靶向治疗：基于肿瘤分治疗效果3）免疫疗法：是一种利用患者自身免疫系统来对抗肿帮助患者的免疫系统更好地攻击肿瘤细胞4）药物组合治疗：根），单抗或PD-L1单抗等）为代表的免疫治疗已被证实可改善肺癌患者选免疫治疗潜在获益人群成为新的挑战。目前基于二代高通量测序检测变异类型多、节省样本、单个基因/位点检测成本低等优势，在检或穿刺等方法进行；对样本中的DNA进行基因检测采用的NGS检测到的基因变异进行临床意义评估可确定哪些基因变异具有治疗要统一。通过本项目的开展以制定标准为契机，探索LDT标准化工作，结合国家、省市LDT方面的相关政策性文件，联合业内单位共123456789//2024年1月份，草案以金域医学内部已形成的工作流程和经验为主要参考，确定了肺癌NGS检测技术的全流程，包括样本核酸提为进一步优化标准草案的科学性、严谨性，通量基因测序技术规程、GB_T35890-2018《高通量测序数据序共识指南，包括：2018年由美国病理学家协会（CAP）/国际癌症研究协会（IASLC）/分子病理学协会（AMP）联合发布的《选择使用靶向酪氨酸激酶抑制剂治疗的非小细胞肺癌患者的分子检测指南》、杂志发布的《非小细胞肺癌：生物标志物检测和治疗建议》、2023会/分技术委员会（TC/SC)，以及国家卫生健康委员会所设立的第八届国家卫生健康标准委员会下设的有关专业委员会（医学检验专委技术委员会（SAC/TC136）、全国生化检测标准化技术委员会医学检验个性化需求。主要包括GB/T30989—2014《高通量基因测第1部分:动物组织样本预处理、GB/T40664—2021《用于高通量测序的核酸类样本质量控制通用要求》、GB/T35537-2017《高通量基因测序结果评价要求》、GB/T37870-2019《个体鉴定的高通量测序经查询，暂无肺癌NGS检测方面的团标。其中内容较相近的，主要是深圳市生命科技产学研资联盟发布的肠道微生物NGS测序方法，主要包括：T/SZGIA1—2016《基于高通量测序的微生物检测方宏基因组检测方法》、T/SZGIA1.3—2017《基于高通量测序的环境本标准规定了采用高通量测序技术对福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织样本进行非小细胞肺癌（NSCLC）相关基因突变的检石蜡包埋组织检验前过程的规范》、T/GDPMAA0012—2023《高通参考和结合既往指南或专家共识对非小细胞肺癌相关基因突变高通覆盖范围、变异类型的多样性、检测灵敏度、样本通量和单个基因/样本质量和送检要求对于NGS检测非常重要，对测序数据的分11273院4院59信分析后，报告内容呈现、变异分级的也需要规院6标准的取材。文中提到尽量取到肿瘤组织，避候，可能不一定能够取到符合要求的组织。对78有证试剂盒进行检测，我们的标准需要对除了2.在标准中提到了很多检测流程和质控环对于检测结果的可信度非常重要，标准中对其中一但是对其他一些指标只明确了指标的定义，没有给9\\标行行架1“的建库，有些设备甚至可以做到打断、连接、增等步骤均集中在一台封闭设备内完成，单纯制备区、扩增区等的设置方案已经不能满足实是扩增区的描述，无论是基于扩增子建库还是），成后开盖后的连接或者二次扩增，杂交捕获法更符合实际落地的需求。实验室的空气流向或2.针对上述临床场景和需求，在核心基因括NSCLC相关扩展基因：PIK3CA、TP53、RB1CDKN2A、AKT1、BRCA1/2、CDK4/6、CTNNB1、KIT、NRAS、ALK、ROS1、RET、MET和NTRK1/2/3。检测内ALK/ROS1/RET/NTRK1/2/3fusion。针对上述临床场景和需求，在核心基因的基础志物，但不属于以上任何一种变异类型类似的还有具有潜在临），若肿瘤细胞含量较低，可通过富集以保证检质控标准的名称属于专业术语，建议在全文保瘤组织基因突变检测试剂盒（高通量测序法）》医院、样本类型、检测项目、样本采集时间、样项指标并不能很好的识别核酸是否适合进入下实验室使用的核酸质量评估的方法和结果符合标段大小的检测。具体的文库质检方案应根据检文库构建后需进行文库质量控制，质控合格控方法不限于使用荧光定量仪对文库进行质量浓补充，另外，质控指标全部是英文，建议翻译应的质控指标：如下机数据总量，下机数据质重要的质控指标，如：“插入片段大小”、“过滤后的reads平均专家召开专门会议确定质控指标名称以及相应的阈值参考标准。味着需要在本实验室完成性能确认而不是简单的性认是一个比较复杂的过程，标准草案当前的描述过认一般包括分析性能和临床性能的确认，分析性能析敏感性一般采用最低检测限LoD来表示。性能验证建议修改为”“Validation”中文为“性能确认”应该结合使用计算机数据模拟的方式，模拟相应使用阳性临床标本进行全流程检测，并结合器的重复性精密度，以及不同时间、不同操作人对同一批样本在同一条件下（相同的环境、操作标包括阴阳性符合率、变异系数（CV）等，建进行环境内、设备上的污染物的检测，对环境和设或螯合剂（如EDTA）进行脱钙，避免强酸脱钙处理。织。决定了该方法能不断检出非热点突变或新发突变，进行功能注释和临床意义的解读，因此需要为这个围达成最终共识（1个标准or3个标准）2.如，对于拷贝数变异的检测，本检测无最终共识（1个标准or3个标准）3.1高通量测序的描述中“通常一次测列目标区域非N碱基总长度）。”5.2仪器设备和5.3试剂中的内容建议改成列表形式进行排版会更加议添：EGFRC797S、NTRK1G定的逻辑排序，比如首字母或突变发生率或临床意义EGFR、ALK、ROS1、RET、BRAF、KRAS、ERBB2、MET、NTRK1/2/3.描述中“提取后应对核酸质量进行验证，验整性和得率，应根据所使用建库试剂和方法对要求，设定对核酸质量评估的具体指标。采取白定量仪、荧光定量仪或核酸片段分析仪进行如通过检测OD230/260/280的吸光度、核酸片段长度来确定核酸质整性、浓度、是否存在降解和降解程度等，可通过检测RNA完整值估完整性、浓度、纯度、是否存在降解或降解些指标根据所使用建库试剂和方法对核酸的要DNA需保存在含有Tris-HCl的缓冲液中，短期保存保存（1个月内）可保存在-20℃的环境中，长期保存（几个月到几库方法，在介绍不同的方法时需要同时说明DNA和RNA在使用该方法时细节，尤其针对RNA的建库流程整体和使用RNA进行建库时是否进行核糖体RNA和珠蛋白mRNA的去除应有更具有可操意见。然后再进行“文库质量控制相关内容”文库构建主流的方法包括两种：扩增子建库式将与二代测序平台相匹配的接头和区分样本的分样本的测序标签添加至目标序列，以制备成文和珠蛋白mRNA的去除，具体是否需要主要根据整体检测项后进行片段末端修复，补平并加入末端碱基，配的接头和区分样本的测序标签连接，最后进链生成、二链生成等多个过程，这多个过程的顺序不做具体要求，具体如何操作取决于各厂家使用的方法，然后加代测序平台相匹配的接头和区分样本的测序标签文库构建后需进行文库质量控制，质控合格），指标，如：片段大小。具体使用什么仪器或者方标题建议改成“生物信息学分析流程”量，不然会被认为是测序总产出，建议说明列本原始数据量”效序列总数以及比例（%）”倚，应该控制在一定的范围内，而不是高于一通量测序技术》第八章高通量测序临床应基于探针捕获方法的测序数据和基于扩增子测签技术的测序数据。”和检测结果与参比方法之间的差异，不一致的结步验证，通过阳性符合率和阴性符合率评价定），为了让准确度/灵敏度/特异性和最低检测forValidationofNext-Generation此处做了进一步修改，见“10性能确认”此处做了进一步修改，见“10性能确认”突变丰度较低时（如AF≤2.5%），CV值波动较大，很容易超过这个标准。建议各个实验室基于实验室的情况和数点突变对TKI使用也有指导价值。本往往需要一条用于病理检测，分子检测如果胞含量≥20%，实际临床中很多试剂盒要求的肿除。因为这个指标和下面的均一性指标是同一否能够有效实现的质量保证。例如当目标变非常少见”院院癌是起源于肺部支气管黏膜或肺泡上皮细胞的恶性肿瘤”院固定后的组织浸泡在一系列浓度不断增加的（用标准中性福尔马林溶液处理样本使其稳的组织浸泡在一系列浓度梯度不断增加的脱无水溶液处理，从而去除组织中的水分）”院“针对上述临床场景和需求，在核心基因的基础上，检测范围可以变负荷（TumorMutation