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生物信息学Bioinformatics1第1页选择“UndertakenCourses”点击“Bioinformatics（spring）”下载“参考ppt”2第2页bioinformation@163.com密码:bioinformation进入以上公用邮箱下载幻灯片“ppt10-上机2”到电脑桌面3第3页第四章DNA与蛋白质序列分析4第4页第一节序列比对第二节Blast应用第三节序列功效分析5第5页Question1:1.我刚才分离一个水稻基因片段序列，大约250bp，我想初步分析一下它是什么基因，编码什么产物以及是否已经被他人克隆，应该采取什么工具和数据库？BlastnB.BlastpC.tblastn,D.tblastx,E.blastxF.nrG.ESTH.nr/nt6第6页Question2:

什么是HMM？怎样进行基因结构预测？Promoter位置在哪里?什么是TSS,为何要预测TSS?预测TSS有哪些方法?7第7页第2节Blast应用8第8页主要blast程序程序名查询序列数据库搜索方法Blastn核酸核酸核酸序列搜索逐一核酸数据库中序列Blastp蛋白质蛋白质蛋白质序列搜索逐一蛋白质数据库中序列Blastx核酸蛋白质核酸序列翻译成蛋白质序列后和蛋白质数据库中序列逐一搜索。Tblastn蛋白质核酸蛋白质序列和核酸数据库中核酸序列翻译后蛋白质序列逐一比对。TBlastx核酸核酸核酸序列翻译成蛋白质序列，再和核酸数据库中核酸序列翻译成蛋白质序列逐一进行比对。9第9页/Blast.cgi10第10页详细步骤1.登陆blast主页

/BLAST/2.依据数据类型，选择适当程序3.填写表单信息4.提交任务5.查看和分析结果11第11页序列组成/分子量/等电点---初级分析酶切位点分析(载体构建)基因结构分析/开启子序列分析第3节序列功效分析内容

12第12页Part1.初级序列分析序列组成/分子量/等电点分析13第13页/点击“BioXMversion2.6”点击“运行”进行安装14第14页15第15页序列组成份析16第16页序列组成份析17第17页序列组成份析18第18页A/G/C/T组成，尤其是G+C含量预测（进化？探针设计？）19第19页蛋白分子量和等电点20第20页蛋白分子量和等电点21第21页蛋白分子量和等电点22第22页蛋白质分子量/等电点预测onlineComputepI/MW/tools/pi_tool.html23第23页Part2.

酶切位点分析

只要进行基因工程利用必须用到各种限制性内切酶如GGATCCBamHI24第24页25第25页26第26页Part3.基因结构分析/开启子序列分析27第27页1）基因结构分析:GenomicDNAcDNA28第28页29第29页用softberry预测基因结构30第30页一个例子:用softberry预测基因结构31第31页2)开启子序列分析:

什么是开启子?开启子序列，普通在TSS之前bp，了解哪个位点是TSS，哪个是起始ATG?TSSATGTATApromoter32第32页2)开启子序列分析:

所以，我们必须得到TSS位置.怎样经过生物信息学方法确定TSS?

首先截取包含ATG之前3000bp和基因序列采取以下两种方法1)软件预测,如Softberry;2)搜索EST数据库;33第33页分析目标:2)首先找到ATG前面约3000:怎样经过生物信息学方法确定TSS?以AF486280为例.首先要找到包含AF486280基因组序列.34第34页2)首先截取ATG之前3000bp序列以AF486280为例.首先要找到包含AF486280基因组序列.35第35页36第36页37第37页38第38页39第39页40第40页41第41页方法一:用softberry预测.42第42页方法二:用Fruitfly网站promoter预测程序预测.43第43页44第44页练习:(1)查找序列:AY900120(2)请用两种方法分析该基因可能TSS?给出从TSS开始10bp序列.(提醒：首先搜索基因组数据库，取得包含该基因第一个外显子之前3000bp和该基因基因组序列；然后进行预测：方法1：搜索dbEST数据库；方法2：用softberryFGENESH进行预测TSS；)(3)依据（2）结果请列出该基因开启子序列;(4)依据（2）结果请画出该基因基因结构图（包含外显子和内含子排列和长度）;(5)请预测AF486280基因编码产物分子量和等电点(能够采取BioXM软件);(6)请对AF486280基因序列进行限制性酶切位点分析,分析序列中是否存在HindIII和SacI酶切位点?(能够采取BioXM软件)(7)请分析AF486280基因编码产物亚细胞定位情况;(8)请分析AF486280基因编码产物功效域(domain);(9)请分析AF486280基因编码产物序列中有哪些主要motif?45第45页练习:(5)请预测AY900120基因编码产物分子量和