PCR引物流程设计详解_第1页
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文档简介

.精选范本PCR引物设计流程详解本文目的:复制出IL-4基因片段查找基因序列进入NCBI主页,下拉选框选择Nucleotide,在搜索栏输入要查找的目的基因,即IL-4,点击搜索2、在搜索结果选择灵长类(Homosapiens)在灵长类IL-4基因中选择需要的mRNA序列查看基因的相关信息外显子区域CDs区域点击FASTA格式,并将序列保存到文档使用primerpremier5.0设计引物建立新文件,将所得的序列复制进输入框内点击搜索按钮,搜索引物设置引物设计参数(因为在之前查找基因序列的时候获知,外显子区域分别为:1-200、201-248、249-425、426-618,又知在引物设计时引物位置最好跨越一个内含子,PCR产物长度通常为100-150bp,故设定上游引物位置为201-248,下游引物位置为249-425,产物长度为100-150bp)4、确认条件后,显示搜索结果双击选中得分最高的引物查看引物情况(上图为上游引物情况,下图为下游引物情况)将设计的上下游引物复制出来,保存到文档中使用oligo6.0对设计的引物进行评价建立新文件,将从cnki上获得的cDNA复制进输入框,并点击accept接收接收后显示出该序列的相关信息点击edit按钮录入用primer设计的上游引物,每一次输入新数据后都需要点击accept按钮接收同理,录入下游引物分析上下游引物二聚体形成情况分析上下游引物发卡形成情况分析上下游引物GC%检测上下游引物与PCR模板其它位置错配情况分析PCR整体情况引物特异性检验(primerblast)进入NCBI主页,并选择blast选择primerblast在输入框内输入模板序列和上下游引物,并设定对比数据库,点击getprimer进行对比查看blast结果Blast结果显示,尽管IL-4与其它

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