转录组实战讲解之表达定量和差异及功能分析

转录组实战讲解之表达定量和差异及功能分析第1页，课件共26页，创作于2023年2月步骤四：表达值的定量定量策略&工具步骤五：差异分析差异分析工具步骤六：功能注释附录：运行命令第2页，课件共26页，创作于2023年2月3转录组分析的通用套路定量鉴定差异功能有多少RNARNA的表达量结构、表达量、比例的变化功能注释第3页，课件共26页，创作于2023年2月测序数据和参考基因组比对测序评估及低质量过滤编码基因表达注释转录本重构长非编码鉴定长非编码表达注释编码基因差异(特异)表达GO功能显著性富集Pathway显著性富集功能富集网络图长非编码差异表达GO功能显著性富集Pathway显著性富集功能富集网络图FusionsJunctionsGenomeBrowser可视化转录组第五讲测序中国-测序学堂转录组第三讲转录组第四讲转录组第六讲第4页，课件共26页，创作于2023年2月步骤三：转录本的构建（Cufflinks/Scripture）构建流程详解基因存储文件:Gtf,Bed格式文件Cuffmerge/cuffcompare合并转录本转录本构建效果评估多外显子比率、已知覆盖程度步骤四：长非编码RNA的鉴定鉴定流程详解关键:如何判断编码或是非编码基因工具：CNCI，CPC,PhyloCSF上期回顾第5页，课件共26页，创作于2023年2月6一个测序实例取样：晚期肝癌病人的肝组织(共4个)癌旁组织(N)原发灶(P)转移灶(M)门脉血栓转移灶(V)一组时间序列上的4个点的取样第6页，课件共26页，创作于2023年2月步骤四：表达值的定量定量策略&工具步骤五：差异分析差异分析工具步骤六：功能注释附录：运行命令第7页，课件共26页，创作于2023年2月8转录组分析的通用套路定量鉴定差异功能有多少RNARNA的表达量结构、表达量、比例的变化功能注释鉴定完成后的分析步骤第8页，课件共26页，创作于2023年2月9定量策略FPKMexpectednumberoffragmentsperkilobaseoftranscriptsequencepermillionsbasepairssequencedTPMtranscriptpermillionRPKMreadsperkilobasepermillionmappedreads第9页，课件共26页，创作于2023年2月10定量工具：Cufflinks(FPKM)Cuffdiff(FPKM)推荐RSEM(TPM)推荐Range(RPKM)第10页，课件共26页，创作于2023年2月FPKM定量计算工具：cufflinks输出结果transcripts.gtfisoforms.fpkm_trackinggenes.fpkm_tracking转录本定量？基因定量？定量：cufflinks-Gref.gtf–ooutdirtophat_outdir_N/accept_hits.bam第11页，课件共26页，创作于2023年2月长编码RNA表达定量蓝线：长非编码基因黑线：非编码基因NPMV第12页，课件共26页，创作于2023年2月步骤四：表达值的定量定量策略&工具步骤五：差异分析差异分析工具步骤六：功能注释附录：运行命令第13页，课件共26页，创作于2023年2月14差异分析差异分析工具：DeseqHypothesistestingH0:nodifferencebetweentowconditions.NegativeBinomialforreadscountCuffdiffTestA.FPKM-B.FPKMwithnormaldistributionSAMseqNonparametricmethodsMann-WhitneystatisticNeedmanysamples/replicatesinconditionsEBseqEmpiricalBayesianmode(forTPM)第14页，课件共26页，创作于2023年2月Cuffdiff输出结果isoforms_exp.diffgenes_exp.diffsplicing.difftherelativecontributionofdifferentisoformsissignificantlydifferent

tissue1is80/20fortwoisoformsandtissue2is50/50tss.diff第15页，课件共26页，创作于2023年2月表达差异分析结果P/N∪M/N∪V/N=342codinggenesP/N∪M/N∪V/N=312lincRNAgenes第16页，课件共26页，创作于2023年2月17动态变化分析(特异性分析)JSscorerangingfrom0to1;Jensen-Shannon(JS)ScoreAperfecttissue-specificpatternwillbescoredasJS=1第17页，课件共26页，创作于2023年2月18动态变化分析(特异性)第18页，课件共26页，创作于2023年2月步骤四：表达值的定量定量策略&工具步骤五：差异分析差异分析工具步骤六：功能注释附录：运行命令第19页，课件共26页，创作于2023年2月20功能注释工具：DavidGo(Forcodinggenes)/./ncFANs(forlincRNAs)/ncfansv2/第20页，课件共26页，创作于2023年2月DavidGO:数据上传第21页，课件共26页，创作于2023年2月DavidGO:注释数据库选择GOTERM_BP_FATKEGG_PATHWAY第22页，课件共26页，创作于2023年2月DavidGO:FunctionalAnnotationClustering第23页，课件共26页，创作于2023年2月DavidGO:FunctionalA