如何使用进行文献检索详解

如何使用进行文献检索ppt课件当前第1页\共有135页\编于星期日\21点教学内容一、PubMed简介二、检索规则与常用检索技术三、检索方式与途径四、检索结果处理五、注册六、练习题当前第2页\共有135页\编于星期日\21点1.PubMed基本情况2.PubMed的由来3.PubMed的特点4.PubMed的数据收录范围5.PubMed主页一、PubMed简介当前第3页\共有135页\编于星期日\21点1.PubMed基本情况PubMed是美国NLM所属的国家生物技术信息中心（NCBI）开发的一个以Web方式向用户提供服务的生物医学文献检索系统，是继MEDLINE数据库国际联机检索和光盘检索之后推出的一种网络免费检索方式。一、PubMed简介当前第4页\共有135页\编于星期日\21点

包括2,100多万篇来自MEDLINE和其他生命科学期刊的生物医学文献最早可回溯到1948年提供部分全文和其他相关资源的链接一、PubMed简介当前第5页\共有135页\编于星期日\21点2.PubMed的由来

创刊:最早可以追溯到1879年美国NLM编译出版的医学文献检索刊物《医学索引》（IndexMedicus,IM）。一、PubMed简介当前第6页\共有135页\编于星期日\21点1964年:为了实现IM的自动化编辑出版，NLM开发了“医学文献分析与检索系统”（MedicalLiteratureAnalysisandRetrievalSystem,简称MEDLARS）.目前MEDLARS已拥有40多个数据库，其中最重要、最大、且发展最早的为MEDLINE(MEDLARS

ONLINE)

生物医学数据库

一、PubMed简介当前第7页\共有135页\编于星期日\21点1971年:MEDLINE正式建成联机数据库，并通过MEDLARS开展国际联机检索服务。自MEDLINE投入联机检索服务以来，一直成为MEDLARS最大的使用频率最高的数据库。一、PubMed简介当前第8页\共有135页\编于星期日\21点

1983年：随着光盘技术的发展，MEDLINE光盘数据库建成，并得到了广泛的应用。

1997年9月26日，MEDLINE网络版开通，取名PubMed，并向全球免费开放。

一、PubMed简介当前第9页\共有135页\编于星期日\21点

很多医务工作者宁可在每次检索时都花上成倍的时间，却不愿花上几个小时去认真研究一下PubMed。"君欲善其事，必先利其器"，PubMed就好像一把功能强大的枪，你决不能仅仅满足于知道扣动扳机就可以发射子弹，更重要的是，你要知道如何利用准星瞄准，如何把这把枪的功能发挥到及至。一、PubMed简介当前第10页\共有135页\编于星期日\21点3.Pubmed的特点收录生物医学权威期刊最多世界上70多个国家的7000多种权威期刊多种检索方法，多条检索途径时效性极强(每周更新)回溯年代久远（1948年至今）利用MeSH作为转换词表，标引质量高部分文献可以免费获取全文检全率、检准率高一、PubMed简介当前第11页\共有135页\编于星期日\21点Publishersuppliedcitations（出版商提供的书目信息）PreMedlineMEDLINE与NCBI其它数据库的链接4.PubMed的数据收录范围一、PubMed简介当前第12页\共有135页\编于星期日\21点

4.1MEDLINE基本情况出版：美国国家医学图书馆（NationalLibraryofMedicine,NLM）。印刷版1879联机版1971光盘版1983网络版1997当前第13页\共有135页\编于星期日\21点MEDLINE数据库简介收录范围：收录7538种（）权威期刊，包含50种语言，涉及70多个国家（其中中国48种），约40万篇/年，已经累计2100余万篇。内容涉及生物医学各个领域；85%原文为英语。回溯年代：1948年至今每条记录标有[indexedforMEDLIEN]标记当前第14页\共有135页\编于星期日\21点学科范围：基础生命科学临床生命科学生物科学解剖学 组织学 化学与药物心理学 社会医学 农业医技设备学医技工业学 医学信息学使用词表：MeSH（医学主题词表）MEDLINE数据库简介当前第15页\共有135页\编于星期日\21点

4.2PreMEDLINE

是一种由正在加工处理中的文献记录组成的数据库，这些新记录还未被标引，暂时存放在PreMEDLINE数据库中。每天更新，经过标引（增加主题词、文献类型、数据库存取号等字段）以后转入Medline，一旦记录被转入到Medline数据库，就被从PreMEDLINE数据库中删除。每条记录标有[inProcess]标记。当前第16页\共有135页\编于星期日\21点Pre-Medline最新信息MedlineNewDataCollectPubMedProcess一周以后当前第17页\共有135页\编于星期日\21点（出版商提供的书目信息）出版商直接向PubMed提供的非Medline收录的电子刊物，如：Science或Nature中的地质学文献等。每条记录标有[assuppliedbypublishers]标记。4.3Publisher-SuppliedCitation当前第18页\共有135页\编于星期日\21点[PubMed-indexedforMEDLINE][PubMed-assuppliedbypublisher][PubMed-inprocess]当前第19页\共有135页\编于星期日\21点PubMed与MEDLINE的区别当前第20页\共有135页\编于星期日\21点

4.4与NCBI其它数据库的链接Nucleotide：DNA序列数据库Protein：蛋白质序列数据库Genome：基因组序列数据库Structure：分子结构模型数据库OMIM：人类孟德尔遗传学在线数据库PMC:PubMed中心，免费全文期刊检索当前第21页\共有135页\编于星期日\21点

与NCBI其它42个数据库的链接当前第22页\共有135页\编于星期日\21点页面介绍PubMed主页

高级检索入口基本检索输入框个人空间检索指南检索工具：特定文献检索临床咨询专题咨询其他资源：主题词数据库期刊数据库临床试验等Pubmed简介当前第23页\共有135页\编于星期日\21点二、检索规则及检索技术当前第24页\共有135页\编于星期日\21点检索规则1、自动转换匹配

PubMed具有对检索词的自动转换匹配功能。对于输入检索框的检索词，PubMed按4个转换表进行对照、匹配和转换，然后进行检索。①MeSH表：包括MeSH的主题词、副主题词、款目词。②期刊刊名表：所收录的刊名全称、缩写和ISSN③短语表：文献篇名或文摘中出现的短语。④著者索引表：PubMed所收录的的作者姓名组成。当前第25页\共有135页\编于星期日\21点1、自动转换匹配如果在4个词表的任何一个中找到匹配的内容，则匹配结束。例如：如果输入的检索词在主题词转换表中找到与其相匹配的主题词，则使用该主题词进行检索并结束匹配，不会在其他词表中进行匹配。检索规则当前第26页\共有135页\编于星期日\21点1、自动转换匹配检索规则如果输入的单个词在4个词表中都未找到匹配的内容，其将被在Allfields中进行检索；如果输入的词组未找到匹配的内容，该词组将被拆成单词并分别对其进行匹配后将匹配结果以AND连接。输入的检索词被自动匹配后的具体检索式可通过检索结果页面右侧的Searchdetails栏中查看。当前第27页\共有135页\编于星期日\21点如：renalfailurerenalinsufficiency[MeSHTerms]OR(renal[All

Fields]ANDinsufficiency[AllFields])ORrenalinsufficiency[AllFields]OR(renal"[AllFields]ANDfailure…结果显示页右侧Details显示系统自动匹配转换的检索词当前第28页\共有135页\编于星期日\21点检索规则2、短语检索：如果在短语上加双引号，PubMed将不执行自动转换功能，也不进行MeSH词的扩检。

例：“lungcancer”当前第29页\共有135页\编于星期日\21点当前第30页\共有135页\编于星期日\21点常用的检索技术当前第31页\共有135页\编于星期日\21点1.布尔检索当前第32页\共有135页\编于星期日\21点1.布尔检索当前第33页\共有135页\编于星期日\21点2.截词检索（又称通配符检索）当前第34页\共有135页\编于星期日\21点2.截词检索当前第35页\共有135页\编于星期日\21点3.字段限制检索当前第36页\共有135页\编于星期日\21点

Pubmed常用字段当前第37页\共有135页\编于星期日\21点文摘第一著者单位地址出版商提供文献识别号著者群版权说明参考评论文献合著者文献参考评论定稿版校样版输入日期输入完成日期电子出版日期常用字段标识符当前第38页\共有135页\编于星期日\21点电子出版日期文献出版日期数据加入PubMed日期文献勘误参考文献勘误全部著者姓名全部调研者姓名作为文章主题的著者全称文献相关注释基金编号基因符号期编号资助调研者资助调研单位国际标准期刊号美国立医学图书馆识别号期刊全称当前第39页\共有135页\编于星期日\21点最后修订日期规范词表词规范词确立日期系统组织的文摘版权拥有者题录提供机构的识别号病史相关与原始记录其他关键词提供其他关键词的机构数据提供者机构文章总页数出版商提供数据时间期刊出版国数据库文献编号当前第40页\共有135页\编于星期日\21点作为主题词的个人姓名出版状态文献类型出版模式（纸张或电子）参考文献数已撤回的文献酶或化学物质代码正在撤消中的文章初版文献修订和再版的文章子专题文档太空署提供的数据二次文献数据库以及文章讨论的分子序列访问号原文来源引用了病例的文献内部处理代码标准期刊缩写文献标题翻译标题更新文献文献正在更新期刊卷号当前第41页\共有135页\编于星期日\21点4.扩展检索当前第42页\共有135页\编于星期日\21点＊5.加权检索（主要用于Mesh主题词检索）加权检索的基本方法是：在每个提问词后面给定一个数值表示其重要程度，这个数值称为权，在检索时，先查找这些检索词在数据库记录中是否存在，然后计算存在的检索词的权值总和。权值之和达到或超过预先给定的阈值，该记录即为命中记录。加权检索的侧重点于判定检索词或字符串在满足检索逻辑后对文献命中与否的影响程度。运用加权检索可以命中核心概念文献，因此它是一种缩小检索范围提高检准率的有效方法。当前第43页\共有135页\编于星期日\21点三、检索方式与途径

1、基本检索2、高级检索3、主题词检索4、期刊检索5、题录检索6、临床咨询7、临床试验当前第44页\共有135页\编于星期日\21点在检索栏中输入:一个或多个检索词(系统默认空格为AND检索）例：aloepsoriasis（芦荟治疗牛皮癣的文献）1、基本检索1.1自由词检索当前第45页\共有135页\编于星期日\21点对于输入PubMed的多词词组，PubMed会查询词组索引，如果查到相应词组则将其作为一个检索词来检索。如果未查到相应词组，则将其拆分成单个词，分别进行检索并以逻辑和（AND）进行组配。1、基本检索1.2词组检索当前第46页\共有135页\编于星期日\21点如：singlecell相当于检索singleANDcell。可通过如下方式强制将其作为一个词组进行检索：

1.加双引号：“singlecell”2.加标段标识[tw]:singlecell[tw]3.使用短横线“-”将两词连接起来：single-cell4.使用截词符*：singlecell*1、基本检索1.2词组检索当前第47页\共有135页\编于星期日\21点当前第48页\共有135页\编于星期日\21点1、基本检索1.3字段限制检索当前第49页\共有135页\编于星期日\21点常用字段标识符Affiliation[AD]

：第一作者所属单位和地址Author[AU]：作者姓名Language[LA]：原文语种

chinese[la]或chi[la]（前3个字母）MeSHTerms[MH]：主题词自动扩展下位主题词；如需关闭该功能，使[mh:noexp]MeSHSubheadings[SH]：副主题词自动扩展下位副主题词；如需关闭该功能，使用[sh:noexp]

当前第50页\共有135页\编于星期日\21点常用字段标识符PublicationDate[DP]：出版时间1998/03[dp];1998[dp];1996:1998[dp];1998/01:1998/04[dp]PublicationType[PT]：出版类型

review[pt]Title[TI]：文章题名TextWords[TW]：文本词

包括Title,Abstract,MeSHTerms,MeSHSubheadings,ChemicalSubstanceNames,PersonalNameasSubject等字段Title/Abstract[TIAB]：题名摘要刊名:

Source[SO]

、Journal[Jour]、JournalTitleAbbreviation[TA]当前第51页\共有135页\编于星期日\21点1、基本检索1.3字段限制检索（标题、语种）在检索栏中输入:例：livercancer[ti]ANDchinese[la]当前第52页\共有135页\编于星期日\21点1、基本检索1.3字段限制检索（刊名）在检索栏中输入:刊名输全称或MEDLINE认可的标准缩写形式,[so]例：JAMA[so]当前第53页\共有135页\编于星期日\21点1、基本检索在检索栏中输入:刊名输全称或MEDLINE认可的标准缩写形式,[jour]例：JAMA[jour]1.3字段限制检索（刊名）当前第54页\共有135页\编于星期日\21点1、基本检索1.3字段限制检索（刊名）在检索栏中输入:刊名输全称或MEDLINE认可的标准缩写形式,[ta]例：JAMA[ta]当前第55页\共有135页\编于星期日\21点1、基本检索1.4著者检索作者书写格式西方人姓名书写格式：Firstname、MiddleName、Lastname。如：美国肯尼迪总统名为：JohnFrankKenedy，Kenedy为Lastname（姓）。Frank为Middlename，比较少看到，多看到JohnF.Kenedy，中间名缩写了。如果看到姓名中间有逗号，则逗号前一定是姓。如：Kenedy,JohnF.中国人姓名格式：Lastname、Firstname。如：钟世镇，就有如下拼写形式可供检索：Zhongshizhenshizhengzhongzhongszzhongs当前第56页\共有135页\编于星期日\21点1、基本检索1.4著者检索在检索栏中输入:例：WongJS/WongJuliaS姓在前，名首字母缩写在后，之间要有空格当前第57页\共有135页\编于星期日\21点当前第58页\共有135页\编于星期日\21点截词检索:可通过在词干后加“*”检索以该词干开头的所有词的文献。需要注意的是：截词检索将关闭PubMed的自动单词匹配功能以及Mesh主题词的扩展检索功能。如：输入heartattack*，不会启动自动匹配功能检索与之匹配的Mesh主题词“MyocardialInfarction”及其下位更专指的主题词的相关文献。截词功能最多可使用600个词形变化。超过600个会显示如下图的提示信息。1、基本检索1.5截词检索当前第59页\共有135页\编于星期日\21点当前第60页\共有135页\编于星期日\21点1、基本检索PubMed在检索时忽略一些常用的英语词汇，下表为禁用词列表当前第61页\共有135页\编于星期日\21点2、高级检索检索式编制布尔逻辑检索技术检索字段通过检索框后面的“ShowIndexlist”选项可查询在所有字段或某一特定字段中的索引，可以从索引中选择一个或几个词来完善检索策略。当前第62页\共有135页\编于星期日\21点2、高级检索检索历史检索式检出结果检索时间检索式编号可替代检索式进行输入检索如：#5AND#6可组配检索式，如：#1OR#2，#1ANDchild点击编号可对检索式进行删除、保存等操作当前第63页\共有135页\编于星期日\21点检索历史（简称检索史）检索史按检索式运行的顺序列出各检索式，包括检索式序号、检索策略、检索时间、检索到的文献条数。检索史最多保存100条检索式，检索史将在离开PubMed或其他Entrez数据库8小时后消失。单击检索式后的文献数链接可显示该检索式的检索结果。可通过检索策式的序号对检索策略进行组配单击检索史窗口上方的Downloadhistory或者ClearHistory按钮可将所有检索式下载或者删除。当前第64页\共有135页\编于星期日\21点例题1：

利用高级检索途径，检索天津医科大学（tianjinmedicaluniversity）姚智（yaozhi）教授发表在Peptides的文献。

当前第65页\共有135页\编于星期日\21点点击检索当前第66页\共有135页\编于星期日\21点当前第67页\共有135页\编于星期日\21点点击检索当前第68页\共有135页\编于星期日\21点当前第69页\共有135页\编于星期日\21点文献太多，如何保证查全和查准？Mesh词表帮助您！

它是美国国立医学图书馆编制的权威性主题词表。Mesh在文献检索中的重要作用主要表现在两个方面：准确性（准确揭示文献内容的主题）和专指性。3、主题词检索当前第70页\共有135页\编于星期日\21点

主题词（SubjectHeading）是经人工规范化处理的最能表达文章主题概念的语词。所谓规范化处理，就是在文献存储时，对文献中的同义词、近义词、多义词等加以严格的控制和规范，使得同一主题概念的文献相对集中在一个主题词下。

主题词关键词禽流感禽流感、鸟流感、家禽瘟症、鸡瘟NeoplasmsNeoplasm、Tumors、Tumor、Cancer·····AspirinAspirin、AcetylsalicylicAcid、Micristin、Solprin·····3、主题词检索当前第71页\共有135页\编于星期日\21点１、第一种进入方法当前第72页\共有135页\编于星期日\21点２、第二种进入方法当前第73页\共有135页\编于星期日\21点当前第74页\共有135页\编于星期日\21点例题2：

利用主题词检索途径，检索近有关肝癌药物治疗(livercancer,drugtherapy)方面的英文文献。

3、主题词检索当前第75页\共有135页\编于星期日\21点输入检索词词义解释主题词轮排表3、主题词检索当前第76页\共有135页\编于星期日\21点副主题词主题词加权、不扩展选项（默认选项）当前第77页\共有135页\编于星期日\21点可对检索结果进行限定。如果进行了限定，系统默认以下的操作都进行此限定，如要进行新的检索应将限定清除“clear”。当前第78页\共有135页\编于星期日\21点主题词加权检索当前第79页\共有135页\编于星期日\21点当前第80页\共有135页\编于星期日\21点主题词不扩展检索（系统默认按照扩展进行检索）当前第81页\共有135页\编于星期日\21点当前第82页\共有135页\编于星期日\21点入口词树状结构主题词下位主题词上位主题词当前第83页\共有135页\编于星期日\21点MeSH检索的优点查全同义词:

如：renal/kidneyfailure;tonguecancer/tumor…查全子概念:

如：chronic/acutekidneyfailure,ATN根据树形结构调整检索词缩小：不扩展下位词，或选用某个下位词；扩大：选用上位词，或选用多个同位词；了解同一概念的同义词、近义词，供自由词检索参考提高文献相关度标有MeSH词的都是文章的主题，筛去非主题的文章MajorTopicHeadings（加权，重点论述的主题）当前第84页\共有135页\编于星期日\21点MeSH检索的缺陷人工标引费时，最新论文还未标MeSH词（InProcess），用MeSH会漏检。Medline不收录的文献，Suppliedbypublisher的文献，不标MeSH词。新词、一些很专指的概念没有对应的规范词。如：SARS（03年词表中没有），舌根癌查上述类型的文献需结合自由词检索当前第85页\共有135页\编于星期日\21点4、期刊检索通过输入刊名全称或缩写、ISSN号等浏览期刊出版社等详细信息。提供期刊：在PMC中的免费全文链接在Nucleotide，Protein，Pubmed等库中的记录链接。相关的其他期刊……当前第86页\共有135页\编于星期日\21点１、第一种进入方法当前第87页\共有135页\编于星期日\21点２、第二种进入方法当前第88页\共有135页\编于星期日\21点4、期刊检索当前第89页\共有135页\编于星期日\21点如果刊名是Mesh词（如：GeneTherapy、Science、Cell)，或刊名是单个单词（Scanning)，如只想将其作为刊名检索，需加刊名字段标识[so]、[ta]、[jour]。推荐使用刊名全称或缩写查找，因为有些过早的文献没有ISSN。4、期刊检索当前第90页\共有135页\编于星期日\21点例题3：

检索《Lancet》刊登的所有文献篇数。

4、期刊检索当前第91页\共有135页\编于星期日\21点当前第92页\共有135页\编于星期日\21点当前第93页\共有135页\编于星期日\21点清除之前的检索式出版频率：周刊创刊年代：1823年主题词：医学当前第94页\共有135页\编于星期日\21点可对检索结果进行限定当前第95页\共有135页\编于星期日\21点5、题录检索通过输入文献出处信息，查找特定文献。（刊名要准确，缩写要标准；著者姓名大小写不敏感）有两种方式：1、单一引文匹配（SingleCitationMatcher）输入已知的信息，可得到相应的特定文献，如投稿遗漏的页码或第二、三作者等。2、成组引文匹配（BatchCitationMatcher）允许一次输入多条检索要求，返回结果为相应文献的PMID。当前第96页\共有135页\编于星期日\21点进入SingleCitationMatcher单一引文匹配当前第97页\共有135页\编于星期日\21点如果希望检索结果的专指性更强，可以填写更多的已知信息，如：

journal，date,volume,authorname,titlewords当前第98页\共有135页\编于星期日\21点例题4：

检索1975年发表在Taiwanyixuehuizazhi上，由ChangPY撰写的文献的合著者。

5、题录检索当前第99页\共有135页\编于星期日\21点当前第100页\共有135页\编于星期日\21点合著者检索表达式当前第101页\共有135页\编于星期日\21点进入BatchCitationMatcher成组引文匹配当前第102页\共有135页\编于星期日\21点当前第103页\共有135页\编于星期日\21点6、临床咨询（获取循证医学证据）利用PubMed提供的“ClinicalQueries”功能，获取各种类型的循证医学证据。只需在检索框中输入疾病名称或干预手段等检索词，点击Search，即可获取系统评价、Meta分析、临床试验等循证医学证据。当前第104页\共有135页\编于星期日\21点当前第105页\共有135页\编于星期日\21点供查找疾病的病因、诊断、治疗、预后的文献查找疾病的系统评价文献查找医学遗传学方面的文献当前第106页\共有135页\编于星期日\21点供查找疾病的病因、诊断、治疗、预后的文献供查全或查准当前第107页\共有135页\编于星期日\21点7、临床试验（获取循证医学证据）当前第108页\共有135页\编于星期日\21点7、临床试验

美国国立医学图书馆研制开发的临床试验数据库。收录了美国及世界170多个国家经注册登记的8万多条临床试验的详细信息，是十分重要的循证医学信息资源。当前第109页\共有135页\编于星期日\21点四、检索结果处理1、显示方式选择2、输出方式选择3、全文的获取及相关链接

当前第110页\共有135页\编于星期日\21点1、显示方式选择（Displaysettings）显示格式选择（format）：

summary（默认格式：题名、作者、刊名）

Abstract（文摘格式）

Medline（包括所有字段，并有字段标识符）增加网页显示的记录数（itemsperpage）排序选择（sortby）：可按日期、作者、刊名、题名等顺序排列。

当前第111页\共有135页\编于星期日\21点当前第112页\共有135页\编于星期日\21点2、输出方式选择（sendto）File：保存检索结果为文本文件Clipboard剪贴板，多次检索，可暂存每次检索需下载的记录，最后一起保存。最多允许存储500条，保留8小时。Email:通过邮件发送Collections：将检索结果存到MyNCBI中Order：全文传递服务，需帐号、收费。当前第113页\共有135页\编于星期日\21点当前第114页\共有135页\编于星期日\21点3、全文的获取及相关链接1、联机获取全文（文摘中超链接）在文摘显示的界面上通过刊名（彩色活动图标）链接电子期刊的网站，部分能获取该文献的电子全文。2、PubMedCentral(PMC)PMC是美国国立医学图书馆生命科学期刊文献的免费数据化文档、访问该数据库可不加任何限制获取全文。3、Linkout（全文外部资源链接）“Linkout”链接了PubMed的全文电子期刊网站，在有效的IP地址控制下，如图书馆订购了“Linkout”链接的电子期刊，就可获取这些电子期刊全文。（必须在校园网物理地址范围内）当前第115页\共有135页\编于星期日\21点当前第116页\共有135页\编于星期日\21点当前第117页\共有135页\编于星期日\21点当前第118页\共有135页\编于星期日\21点当前第119页\共有135页\编于星期日\2