Chem3D常用功能使用教程

Chem3D介绍提供功能制作结构：立体旋转；读取chemDraw结构；进行结构优化计算进行量化结构；并和数种量子化学软件结合在一起。chem3D是一个三维分子结构演示软件1现在是1页\一共有106页\编辑于星期日Chem3D起始界面2现在是2页\一共有106页\编辑于星期日主界面Chem3D起始界面3现在是3页\一共有106页\编辑于星期日工具栏模型窗口模型类型三维视图ChemDraw切换图标工具栏模型数据窗口扩大（缩小）窗口消息窗口状态栏4现在是4页\一共有106页\编辑于星期日选择轨迹球单键双键三键虚键文本橡皮大小调整5现在是5页\一共有106页\编辑于星期日显示设置6现在是6页\一共有106页\编辑于星期日视频设置模型显示设置立体显示弹出信息配体显示结构显示原子标记原子显示色彩选项7现在是7页\一共有106页\编辑于星期日显示设置属性ModelType线状模型棒状模型球棍模型圆柱键模型比例模型8现在是8页\一共有106页\编辑于星期日带状模型9现在是9页\一共有106页\编辑于星期日结构不同显示方式View/Setting/ModelDispaly菜单或F6键：五种WireFrameSticksBall-SticksCylindricalBondsSpaceFilling

10现在是10页\一共有106页\编辑于星期日带状模型常用于生物分子11现在是11页\一共有106页\编辑于星期日代表用红蓝两种色彩的立体显示代表用深色显示模型，就是对于模型的部分按观察者的角度不同着色代表显示两个立体结构完全相同的模型代表模拟现实的角度观察模型，使模型更接近真实代表显示模型的时候将后面的部分以阴影形式表示，这样模型的立体感更强。12现在是12页\一共有106页\编辑于星期日13现在是13页\一共有106页\编辑于星期日选择【单键】工具，在模型窗口向右按动圆柱键模型1.利用键工具建立模型建立3D模型14现在是14页\一共有106页\编辑于星期日线状模型15现在是15页\一共有106页\编辑于星期日棒状模型16现在是16页\一共有106页\编辑于星期日球棍模型17现在是17页\一共有106页\编辑于星期日比例模型18现在是18页\一共有106页\编辑于星期日选择【轨迹球】工具，使分子模型在模型窗口沿X、Y轴旋转X、Y轴旋转指示19现在是19页\一共有106页\编辑于星期日选择【轨迹球】工具并按“Alt”键，使分子模型在模型窗口沿Z轴旋转Z轴旋转指示20现在是20页\一共有106页\编辑于星期日模型结构信息光标位于原子上，自动显示原子信息21现在是21页\一共有106页\编辑于星期日工具栏显示原子的符号和标号22现在是22页\一共有106页\编辑于星期日光标位于键上，自动显示键信息模型结构信息23现在是23页\一共有106页\编辑于星期日模型的进一步信息显示键长变化显示键角变化显示二面角显示所有没有相邻的原子的距离24现在是24页\一共有106页\编辑于星期日模型的键长数据25现在是25页\一共有106页\编辑于星期日模型的键长和键角数据26现在是26页\一共有106页\编辑于星期日乙烯模型中的双键信息27现在是27页\一共有106页\编辑于星期日键级改动28现在是28页\一共有106页\编辑于星期日显示氢及孤对电子29现在是29页\一共有106页\编辑于星期日不显示氢及孤对电子的环己烷原子名称及序数30现在是30页\一共有106页\编辑于星期日选择工具，双击原子，按顺序改变原子序号31现在是31页\一共有106页\编辑于星期日隐藏或显示其它原子居中移动到色彩调节显示元素符号显示元素编号显示实心球显示点阵表面调整键长破坏键调整键级就近结合添加质心颠倒调整矩阵隐藏所选部分隐藏非选部分显示所有原子显示邻近原子显示背面定义基团32现在是32页\一共有106页\编辑于星期日利用【键】工具建立的结构，键角及键长可能不正常，应【整理结构】33现在是33页\一共有106页\编辑于星期日环己烷的椅式构象34现在是34页\一共有106页\编辑于星期日使用【文本】工具输入结构式2.利用文本工具建立模型35现在是35页\一共有106页\编辑于星期日按【Enter】自动转化为模型36现在是36页\一共有106页\编辑于星期日括号表示支链37现在是37页\一共有106页\编辑于星期日38现在是38页\一共有106页\编辑于星期日整理结构39现在是39页\一共有106页\编辑于星期日简单优化观察分子变化40现在是40页\一共有106页\编辑于星期日4-甲基-2-戊醇模型41现在是41页\一共有106页\编辑于星期日建立1，2-双甲基环戊烷模型42现在是42页\一共有106页\编辑于星期日43现在是43页\一共有106页\编辑于星期日整理结构44现在是44页\一共有106页\编辑于星期日建立Ibuprofen(布洛芬)模型45现在是45页\一共有106页\编辑于星期日46现在是46页\一共有106页\编辑于星期日建立十肽菌素模型47现在是47页\一共有106页\编辑于星期日48现在是48页\一共有106页\编辑于星期日建立十二丙氨酸醇分子模型49现在是49页\一共有106页\编辑于星期日50现在是50页\一共有106页\编辑于星期日改变显示方式模型类型窗口：51现在是51页\一共有106页\编辑于星期日设为线状模型52现在是52页\一共有106页\编辑于星期日53现在是53页\一共有106页\编辑于星期日设为带状模型54现在是54页\一共有106页\编辑于星期日a-螺旋模型55现在是55页\一共有106页\编辑于星期日使用子结构建立模型3.利用子结构建立模型56现在是56页\一共有106页\编辑于星期日子结构模型库57现在是57页\一共有106页\编辑于星期日选择所需的子结构，然后复制58现在是58页\一共有106页\编辑于星期日粘贴复制结果59现在是59页\一共有106页\编辑于星期日在子结构上进行编辑60现在是60页\一共有106页\编辑于星期日4.使用模板建立模型61现在是61页\一共有106页\编辑于星期日62现在是62页\一共有106页\编辑于星期日ChemDraw中画出的分子结构复制粘贴到Chem3D中5.ChemDraw和Chem3D信息转换63现在是63页\一共有106页\编辑于星期日Chem3D中画出的分子模型复制粘贴到ChemDraw中64现在是64页\一共有106页\编辑于星期日（1）查找原子的范德瓦尔斯半径【View】【AtomTypes.TBL】窗口，找到各种元素在不同环境的半径计算功能演示65现在是65页\一共有106页\编辑于星期日66现在是66页\一共有106页\编辑于星期日67现在是67页\一共有106页\编辑于星期日（2）观察分子的大小建立苯模型。执行【View】【ConnollyMolecular】弹出Suface对话框；【solid】选项可以选择分子表面的类型；【Resolution】滑动到右边，其值为10068现在是68页\一共有106页\编辑于星期日69现在是69页\一共有106页\编辑于星期日70现在是70页\一共有106页\编辑于星期日71现在是71页\一共有106页\编辑于星期日72现在是72页\一共有106页\编辑于星期日View/SolventAccessible菜单甲苯结构73现在是73页\一共有106页\编辑于星期日（3）计算分子体积建立苯模型。执行【Analyze】【ComputeProperties】在【AvailableProperties】选框中双击【ConnollySolvent-ExcludedVolumeSVE-ChemPropStd】选项，使之加入到【SelectedProperties】框中。单击ok，74现在是74页\一共有106页\编辑于星期日75现在是75页\一共有106页\编辑于星期日76现在是76页\一共有106页\编辑于星期日77现在是77页\一共有106页\编辑于星期日78现在是78页\一共有106页\编辑于星期日79现在是79页\一共有106页\编辑于星期日(4)检查结构能量80现在是80页\一共有106页\编辑于星期日模型旋转对位交叉81现在是81页\一共有106页\编辑于星期日总能量计算82现在是82页\一共有106页\编辑于星期日空间位阻能：0.977kcal/mol计算结果83现在是83页\一共有106页\编辑于星期日模型的二面角数据84现在是84页\一共有106页\编辑于星期日数据与模型对应85现在是85页\一共有106页\编辑于星期日显示原子符号及序号86现在是86页\一共有106页\编辑于星期日按动旋转数据相应改变87现在是87页\一共有106页\编辑于星期日(5)分子轨道(HOMO及LUMO)首先用双键画出乙烯分子88现在是88页\一共有106页\编辑于星期日显示轨道时必须选择89现在是89页\一共有106页\编辑于星期日选择分子轨道90现在是90页\一共有106页\编辑于星期日选择HOMO轨道HOMO轨道显示轨道选项HOMO和LUMO各6个能量随所选轨道不同而不同实心显示（丝网显示圆点显示半透明显示）91现在是91页\一共有106页\编辑于星期日乙烯分子的HOMO轨道92现在是92页\一共有106页\编辑于星期日选择LUMO轨道LUMO轨道显示93现在是93页\一共有106页\编辑于星期日乙烯分子的LUMO轨道94现在是94页\一共有106页\编辑于星期日95现在是95页\一共有106页\编辑于星期日96现在是96页\一共有106页\编辑于星期日97现在是97页\一共有106页\编辑于星期日98现在是98页\一共有106页\编辑于星期日99现在是99页\一共有106页\编辑于星期日100现在是100页\一共有106页\编辑于星期日101现在是101页\一共有106页\编辑于星期日其他计算从头算程序：GamessGaussian需另外安装这两个程序。半经验或分子力学计算MechanicsMopac(Am1,Mindo/3,Mndo,PM3)计算方式：计算性质，最小能，过渡态优化，光谱分析102现在是102页\一共有106页\编辑于星期日模型的输入和输出：以NaCl晶体为例：【File】【Template】选择【NaClCrystal.C3T】选择以【Spacefilling】显示模型。可保存多种格式，默认格式.c3t。可存为jpg等。还有