标准解读
《GB/T 40226-2021 环境微生物宏基因组检测 高通量测序法》是一项国家标准,旨在规范环境样本中微生物群落的宏基因组学分析流程。该标准适用于各种环境样本(如水体、土壤、空气等)中的微生物多样性及功能基因的研究,采用高通量测序技术作为主要手段。
根据此标准,首先需要对采集到的环境样本进行预处理,包括但不限于样品保存条件的选择、DNA提取方法的确立以及质量控制措施的应用等步骤,以确保后续实验数据的准确性和可靠性。接下来是文库构建阶段,要求按照特定的方法从提取出的总DNA中制备适合于高通量测序平台使用的文库,并通过PCR扩增等方式增加目标序列的数量。此外,在文库准备过程中还需要加入适当的标签序列以便区分不同来源或批次的样本。
完成文库构建后,将使用合适的高通量测序平台进行测序操作。当前常见的平台有Illumina系列、PacBio SMRT技术以及Oxford Nanopore Technologies提供的MinION设备等。选择何种平台取决于具体研究目的、成本预算以及所需的数据质量等因素。获得原始测序数据后,需经过一系列生物信息学处理步骤,包括但不限于去除低质量读段、接头序列剪切、拼接组装等过程,最终得到可用于进一步分析的有效数据集。
在数据分析部分,《GB/T 40226-2021》推荐了多种方法来评估微生物群落结构及其潜在功能特性,比如基于OTU (Operational Taxonomic Units) 或ASV (Amplicon Sequence Variants) 的分类单元划分、物种相对丰度计算、KEGG途径富集分析等。同时,也鼓励研究人员结合其他公开数据库资源(如NCBI, Silva, RDP等),利用统计学软件包(如R语言中的vegan包)来进行更加深入细致的数据挖掘与解释工作。
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- 现行
- 正在执行有效
- 2021-05-21 颁布
- 2021-12-01 实施
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文档简介
ICS07080
CCSA.40
中华人民共和国国家标准
GB/T40226—2021
环境微生物宏基因组检测高通量测序法
Detectionofenvironmentalmicrobialmetagenome—Highthroughputsequencing
2021-05-21发布2021-12-01实施
国家市场监督管理总局发布
国家标准化管理委员会
GB/T40226—2021
目次
前言
…………………………Ⅲ
范围
1………………………1
规范性引用文件
2…………………………1
术语和定义
3………………1
缩略语
4……………………2
原理
5………………………2
试验条件
6…………………2
试剂
7………………………2
仪器设备
8…………………2
样品
9………………………3
试验步骤
10…………………3
试验报告
11…………………4
质量控制
12…………………5
附录规范性粪便样品采集保存运输方法
A()、、………6
附录规范性土壤样品采集保存运输方法
B()、、………7
附录规范性水体样品采集保存运输方法
C()、、………8
附录资料性样品信息单
D()……………9
附录资料性样品的完整性图谱和质量级别分类
E()DNA…………10
附录资料性参考数据库
F()……………11
参考文献
……………………12
Ⅰ
GB/T40226—2021
前言
本文件按照标准化工作导则第部分标准化文件的结构和起草规则的规定
GB/T1.1—2020《1:》
起草
。
请注意本文件的某些内容可能涉及专利本文件的发布机构不承担识别专利的责任
。。
本文件由全国生化检测标准化技术委员会提出并归口
(SAC/TC387)。
本文件起草单位深圳华大生命科学研究院深圳华大基因科技有限公司深圳市生命科技产学研
:、、
资联盟中国测试技术研究院生物研究所深圳华大临床检验中心
、、。
本文件主要起草人陈冰肖亮钟焕姿李俊桦李倩一贾慧珏姜华艳周李华唐美芳吴昊
:、、、、、、、、、、
李陶莎周媛钟宏彬
、、。
Ⅲ
GB/T40226—2021
环境微生物宏基因组检测高通量测序法
1范围
本文件描述了采用高通量测序技术进行环境微生物宏基因组检测的术语和定义原理试验条件
、、、
试剂仪器设备样品试验步骤试验报告和质量控制要求
、、、、。
本文件适用于运用高通量测序法进行环境微生物宏基因组的检测
。
2规范性引用文件
下列文件中的内容通过文中的规范性引用而构成本文件必不可少的条款其中注日期的引用文
。,
件仅该日期对应的版本适用于本文件不注日期的引用文件其最新版本包括所有的修改单适用于
,;,()
本文件
。
分析试验室用水规格和试验方法
GB/T6682
实验室生物安全通用要求
GB19489
高通量基因测序结果评价要求
GB/T35537—2017
3术语和定义
下列术语和定义适用于本文件
。
31
.
环境environment
相对某项中心事物的周围世界
。
注在本文件中特指人体动物环境与自然环境人体动物环境包括但不限于口腔皮肤生殖道肠道等自然
:()。()、、、;
环境包括但不限于空气水体土壤沉积物等
、、、。
32
.
相对丰度relativeabundance
某一特定种类微生物在环境微生物群落中所占的相对比例
。
注通常以百分比表示
:。
33
.
微生物宏基因组microbialmetagenome
以特定环境中整个微生物群落作为研究
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