冠状病毒 CORONA VIRUSES课件

冠狀病毒CORONAVIRUSES內容冠狀病毒簡介SARS-冠狀病毒的基因體定序序列比對分析基因體定序後的結論與應用SARS冠狀病毒的動物宿主生物安全實驗室手則台灣治療SARS病患經驗與SARS診斷方法台灣與世界的疫情和分子流行病學調查最適生長溫度33-35℃次易引發普通感冒的病毒10-15％呼吸道感染、胃腸炎嬰兒及兒童（冬天、春天） 僅有兩株分離的人類病毒株

HCoV-OC43,HCoV-229E核酸：正股RNA、套膜、80-160nm對酸、乙醚、乾燥較敏感基因體+RNA：27,000-30,000nt(大腸桿菌460萬bp)(人類30億bp)SARS:SevereAcuteRespiratorySyndrome（嚴重急性呼吸道症候群） Atypicalpneumonia（非典型肺炎）SARS–coronavirus(WHO3/16,2003)Mortalityrate:3-6%（致死率） 43-55%,olderthan60yearsAfricangreenmonkeykidney(VeroE6)cells（養於非洲綠猴腎臟細胞）SARS-HCoV,purifired,RNAgenomewasextracted（病毒顆粒純化、基因體RNA萃取）wholegenomewassequenced（全基因體定序）典型肺炎（大葉片型肺炎）非典型肺炎（浸潤型肺炎）發燒 發燒畏寒 畏寒咳嗽有痰 乾咳胸痛 少胸痛白血球上升 白血球微升痰中找的到病原菌 痰中找不到病原菌X光片成大葉片型肺炎 X光片浸潤型肺炎肺炎雙球菌 肺炎黴漿菌嗜血流行性感冒桿菌 退伍軍人桿菌克雷白氏菌 病毒使用抗生素治療 轉錄作用轉譯作用核醣體RNA運送RNA蛋白質鳥老鼠牛豬人貓豬鳥

完成基因組定序後結論SARSisanovelcoronavirusDefineafourthclassofcoronavirus(group4)Virusarose?harmlesshumancoronavirus?animal?Development-PCR-basedassayantiviraltreatmentsneutralizingantibodiesvaccine

PCR-polymerasechainreaction聚合酶連鎖反應

將DNA數量放大的一種技術RT-PCR-反轉錄聚合酶連鎖反應reversetranscription-polymerasechainreaction

將RNA反轉錄成DNA，再繼續將DNA數量放大原始宿主追蹤結論Marketsprovide（市場提供了）SCoV-likevirusesamplify（病毒複製繁衍）transmittonewhosts……（傳染到新寄主）Further-surveillanceonanimals……（未來需持續監控這些動物） 生物安全防護實驗室第一、二級：因應有中、低危險致病原微生物第三級：因應如漢他、SARS等高傳染、致病性病毒穿隔離衣、戴帽、防護鞋、獨立空調、負壓的密閉空間，外有兩道隔離門第四級:高傳染、致命傳染病，如伊波拉病毒或生物化學戰。負壓、獨立空間、穿著太空衣，攜帶氧氣瓶 第一級(level1,P1)指在一般操作情況下不具危險性或危險性極低之生物，如大腸桿菌-12、腺病毒有關的病毒1至4型(1)可以在公共區域內，但門須維持關閉。(2)可在開放的桌上操作。(3)實驗桌須是可清潔的表面。(4)窗戶須有紗窗隔離外界昆蟲。(5)須有可洗眼睛與洗手之設備。(6)便衣與實驗衣不可放置一起。(7)定期使用消毒劑清潔。 第三級(level3,P3)

在人類可以引起嚴重或致死的疾病，可能有預防及治療之方法

除了level1與level2之規定外，須加入：(1)遠離一般工作區，須控制人員進出。(2)須在換衣及沖洗區域。(3)須有負壓區。(4)空氣進入或出來須有空氣過濾。(5)窗戶須是不可打破的且封閉的。(6)在出口處須有不必用手即可打開的洗手槽。(7)操作人員須訓練如何操作、處理廢物及緊急處理過程，各步驟須貼在可見之處。(8)實驗衣前方須是封閉性的，且須在送洗前先滅菌。(9)須有醫學監視系統。 第四級(level4,P4)

在人類可以引起嚴重或致死的疾病，但通常無預防及治療方法

除了level1、2、3之規定外，須加入：(1)須有物理性的隔離且有氣鎖之進出門。(2)進入須得准許且須記錄，不可單獨工作。(3)使用第三級操作箱與正壓防護衣。(4)須有額外之通風安全與廢物處理，氣體與水須經處理。

研究進度:

03/08/03台灣第一例病人住進台大醫院03/14/03確診為SARS04/02/03台大SARS研究團隊正式成立，確立P3實驗室管控、檢體處理流程及研究方向04/03/03發現SARS病人有血球吞噬(hemophagocytosis)現象04/09/03病毒培養成功，全部前例病人RT-PCR及核酸定序證實有冠狀病毒感染04/11/03完成細胞激素廓型(cytokineprofile)及肺組織免疫病理，證明SARS為一細胞激素風暴（cytokinestorm）

04/14/03電子顯微鏡發現病毒顆粒(virusparticle)04/21/03SARS國科會整合研究計畫完成;三篇相關論文投稿04/28/03利用SARS病人恢復期血清建立免疫螢光抗體檢測方法05/04/03台大分離之SARS病毒全基因體29714個核苷酸定序完成，發現有3~12個鹼基變異;命名TW1

Treatmentprotocol(NTUH)台大醫院處理步驟Antibiotics抗生素Ribavirin(oral)抗病毒藥物Corticosteroid類固醇Immunoglobulin免疫球蛋白SARSDiagnosis(診斷)RoutineandBiochemistry例行性生化檢查lymphopenia,elevatedLDH……..Lungpathology肺部的病理Virusisolation病毒的分離VeroE6cellsNucleicaciddetection核酸的偵測RT-PCR,Real-TimeRT-PCRSerology血清學（抗體的偵測）Immunofluorescence,ELISA 傳統PCR

需要時間較久

瓊膠解析度差（需差10倍）

低正確性

低敏感度

無自動化

只鑑別大小

結果無法量化

僅呈現PCR最後的結果Real-TimePCR可改善上述的缺點前台北市衛生局長葉金川〈右〉，四月二十七日晚再度穿上防護衣，偕同衛生局長邱淑媞〈左〉，進入和平醫院了解狀況，並為醫護人員加油打氣。聯合報∕陳易辰攝影(2003.04.28)MolecularepidemiologyofSCoVinTaiwan 全基因體定序11株台大蔡台大TW1台中曾台大勤加拿大多倫多新加坡香港2越南香港1仁濟醫院麵攤老闆和平醫院張中鼎員工高島屋員工和平醫院林TheBigQuestionNow:WillItBeBack?SARSvaccinedevelopment

EmergInfectDis.2005Jul;11(7):JiangS,HeY,LiuS.

Developingeffectiveandsafevaccinesisurgentlyneededtopreventinfectionbysevereacuterespiratorysyndrome(SARS)-associatedcoronavirus(SARS-CoV).TheinactivatedSARS-CoVvaccinemaybethefirstoneavailableforclinicalusebecauseitiseasytogenerate;however,safetyisthemainconcern.Thespike(S)proteinofSARS-CoVisthemajorinducerofneutralizingantibodies,andthereceptor-bindingdomain(RBD)intheS1subunitofSproteincontainsmultipleconformationalneutralizingepitopes.ThissuggeststhatrecombinantproteinscontainingRBDandvectorsencodingtheRBDsequencecanbeusedtodevelopsafeandeffectiveSARSvaccines.

Thecausativeagentofsevereacuterespiratorysyndrome(SARS)hasbeenidentifiedasanewtypeofcoronavirus.Here,wehaveinvestigatedtheabilityofadenoviraldeliveryofcodonoptimisedSARS-CoVstrainUrbanistructuralantigensspikeproteinS1fragment,membraneprotein,andnucleocapsidproteintoinducevirus-specificbroadimmunityinrhesusmacaques.WeimmunisedrhesusmacaquesintramuscularlywithacombinationofthethreeAd5-SARS-CoVvectorsoracontrolvectorandgaveaboostervaccinationonday28.ThevaccinatedanimalsallhadantibodyresponsesagainstspikeproteinS1fragmentandT-cellresponsesagainstthenucleocapsidprotein.AllvaccinatedanimalsshowedstrongneutralisingantibodyresponsestoSARS-CoVinfectioninvitro.Theseresultsshowthatanadenoviral-basedvaccinecaninducestr