已经公布的真菌基因组

精品文档[转载]已经公布的真菌基因组摘要：真菌基因组学研究可以推动生物化学、分子生物学、病原菌的致病机理、48种真菌门（Ascomycota）42种，担子菌门（Basidiomycota）5种，微孢子虫(Microsporidia)1种。基因组大小超过30倍，从2.5Mb～81.5Mb。本文整理翻译了NCBI上关于真菌基因组的信息，对已测序真菌的重要性和其基因组相关信息进行了简要.真菌种类庞大而多样，据估计，全世界有真菌150万种，已被描述的约7万种。真菌在自然界中分布极为广泛，它们存在于土壤、水、空气和生物体内外。有机含碳化合物的分解，生成CO2，为植物提供碳源。比如许多担子菌能够利用然界中含碳的复杂有NH3，替代的一步。某些真菌在发酵工业、食品加工业、抗生素生产中具有重要作用；米腥黑穗病、小麦锈病、黄瓜黑腥病等；少数真菌是人类和动物的致病菌，如白色念珠菌等。因此合理利用有益真菌，消灭和预防有害真菌具有重要意义。日本共96个实验室的633酿酒酵母(Saccharomycescereuisiae年粟酒裂殖酵母（Schizosaccharomycespombe）基因组测序完成，两年后第一个丝状真菌粗糙脉孢菌（Neurosporacrassa）基因组测序完成。截至目前，在NCBI上（/sutils/genom_table.cgi?organism=fungi）已公开发布了47种，担子菌门（Basidiomycota）5种，微孢子虫(Microsporidia)1种；在dogan（http://www.bio.nite.go.jp/dogan/Top）上公布了米曲霉（Aspergillusoryzae）的基因组序列。这些真菌基因组大小为2.5～81.5Mb，包括重要的人类病原菌、植物病原菌、腐生菌和模式生物。本文整理翻译了NCBI上关于真菌基因组的信息，本文对已测序真菌的重要性和其基因组相关信息进行了简要概述。已经公布的真菌基因组概况OrganismsSubgroupTaxIDSizeChrStatusmethodDepthCenterAjellomycescapsulatusNAm1Pezizomycotina1欢迎下载。精品文档AscosphaeraapisUSDA-ARSEFPezizomycotina39261324MB5AssemblyWGS4XBCMAspergillusclavatusNRRL1Pezizomycotina344612Pezizomycotina332952Pezizomycotina33087935MB5AssemblyWGS11.4XTIGRAspergillusflavusNRRL335736MB8AssemblyWGS5XTIGRAspergillusfumigatusAf29330MB8AssemblyWGS10.5XTIGRAspergillusoryzaeRIB40TPezizomycotina506237MB8AssemblyWGS-AISAspergillusnidulansFGSCA4Pezizomycotina22732131MB8AssemblyWGS13XBIAspergillusterreusNIH2624Pezizomycotina341663Pezizomycotina33264835MB8AssemblyWGS11.05XBIBotryotiniafuckelianaB05.1038MB30AssemblyWGS5.4XBIChaetomiumglobosumCBSPezizomycotina30690136MB31AssemblyGS7XBICoccidioidesimmitisH538.4Pezizomycotina396776Pezizomycotina222929Pezizomycotina334819Pezizomycotina229533Pezizomycotina242507Pezizomycotina33111729MB14AssemblyWGS3.41XBICoccidioidesposadasiiC73529MB4AssemblyWGS14.41XGibberellamoniliformis760046MB12AssemblyWGS8XMBLGibberellazeaePH-140MB4AssemblyWGS10XMBLMagnaporthegrisea70-1540MB7AssemblyWGS7XIMBNeosartoryafischeriNRRL18135MB5AssemblyWGS7XTIGR2欢迎下载。精品文档PhaeosphaerianodorumSN15Pezizomycotina321614Pezizomycotina325569Pezizomycotina431241Pezizomycotina336963Saccharomycotina23756130MB24AssemblyWGS8XBISclerotiniasclerotiorum198038MB3AssemblyWGS8XBITrichodermareeseiQM6a33MB7AssemblyWGS6-8XDOEUncinocarpusreesii170430MB22AssemblyWGS5XBICandidaalbicansSC531416MB8AssemblyWGS1.4XSUCandidaglabrataCBS138CBS138Saccharomycotina28459312.28MB13CompleteWGSCandidatropicalisMYA-340415MB6AssemblyWGS10XBISaccharomycotina294747ClavisporalusitaniaeATCC42720Saccharomycotina30690216MB14AssemblyWGS9XDebaryomyceshanseniiCBS76712.22MB7CompleteWGSSaccharomycotina284592EremotheciumgossypiiATCC10895Saccharomycotina331698.74MB7CompleteWGSKluyveromyceslactisNRRLY-1140Saccharomycotina28459010.69MB6CompleteWGSKluyveromyceswaltiiNCYC2644Saccharomycotina26298110.91MB8AssemblyWGS8XLodderomyceselongisporusNRRLYB-4239Saccharomycotina37950816MB8AssemblyWGSPichiaguilliermondiiATCC6260Saccharomycotina29474612MB7AssemblyWGS12XBIPichiastipitisCBS6054Saccharomycotina322104Saccharomycotina22623115.4MB8CompleteWGS12XBISaccharomycesbayanus623-6C3欢迎下载。精品文档11.54MB16AssemblyWGSY-12630SaccharomycotinaSaccharomycescastelliiNRRL22630111.54MB9AssemblyWGSSaccharomycescerevisiaeSaccharomycotina493212.07MB16CompleteWGS3.9XS288cSaccharomyceskluyveriNRRLY-12651Saccharomycotina12.6MB8AssemblyWGS226302226126SaccharomycesmikataeIFO1815Saccharomycotina12.12MB16AssemblyWGSSaccharomycesparadoxusNRRLY-17217Saccharomycotina22612511.75MB16AssemblyWGSYarrowialipolyticaCLIB122Saccharomycotina28459120.5MB6CompleteWGS10XDOESchizosaccharomycesjaponicusyFS275Schizosaccharomycetes40267614MB16AssemblyWGSSchizosaccharomycespombe972h12.5MB3CompleteCloneSchizosaccharomycete284812Coprinopsiscinereaokayama7#13037.5MB13AssemblyWGS10XBasidiomycetesBasidiomycetesBasidiomycetesBasidiomycetes240176CryptococcusneoformansR26529475020MB14AssemblyWGS6XBIPhanerochaetechrysosporiumRP-7830MB10AssemblyWGS8X273507418459Pucciniagraminisf.sp.Tritici81.5MB18AssemblyWGS7.88XBIUstilagomaydis521Basidiomycetes23763120MB23AssemblyWGS10XBIEncephalitozooncuniculiGB-MMicrosporidia2848132.5MB11CompleteWGS8XDOE1子囊菌门（Ascomycota）子囊菌是真菌中最大的类群，也是已公布基因组序列真菌最多的类群。共有41种子囊菌基因组序种，酵母菌4欢迎下载。精品文档亚门（Saccharomycotina）21种。在酵母菌亚门中，有2种裂殖酵母纲（Schizosaccharomycetes）的真菌基因组序列已公布。1.1盘菌亚门（Pezizomycotina）1.1.1荚膜组织胞浆菌（Ajellomyces荚膜组织胞浆菌(无性型称为Histoplasmacapsulatum)是一种二相性真菌，上，荚膜组织胞浆菌并非局限于美国，在全球都能分离到。在富氮环境中，荚膜生孢子成雾状散开，如果人体被动吸入孢子，就会发生感染。感染主要集中在肺部，有时还会扩散到其他器官。荚膜组织胞浆菌基因组约为23～5Mb，分布于7条染色体。1.1.2蜜蜂球囊菌(Ascosphaeraapis)蜜蜂球囊菌是蜜蜂白垩病(beechalkbrooddisease)的病原物，主要分布于年起在中国流行，危害严重。蜜蜂球囊菌为异宗配合真菌，基因组约为24Mb，分布于5条染色体。1.1.3棒曲霉（Aspergillus土曲霉（Aspergillusterreus）这两大病原真菌亲缘关系较近。棒曲霉产生可能使人类和动物致病的真菌毒素棒曲霉素（patulin）。棒曲霉可在土壤和动物粪便中发现。棒曲霉单倍体的基因组约35Mb，分布于5条染色体。1.1.4黄曲霉（Aspergillus严重威胁人类健康的霉菌感染大约30%是由黄曲霉引起的。黄曲霉产生高致癌、致畸毒性的黄曲霉素（aflatoxin）。黄曲霉可感染谷物等，对作物生产造成很大的损害。黄曲霉为单倍体，产生无性孢子，基因组约36Mb，分布于8条染色体。1.1.5烟曲霉（Aspergillus烟曲霉在潮湿环境中普遍存在，感染玉米、豆粕等谷物，可造成单位产量和18481848年其感染率已上升约14菌成为世界上最常见的真菌感染病害。尤其是过敏体质者、器官移植患者、艾滋曲霉感染动物也产生很大危害，禽体重减少、腹泻、饲料转化效率低和肝坏死，导致猪的胰脏坏死、肝损伤及肺5欢迎下载。精品文档水肿等。烟曲霉基因组约30分布于8个染色体，可能有9926个基因。1.1.6米曲霉（Aspergillus米曲霉的基因组序列由日本科学家测定完成，未在Genbank公布，可在的菌株，除产蛋白酶外，还可产淀粉酶、糖化酶、纤维素酶、植酸酶等。在淀粉酶各种氨基酸，而且可以使辅料中粗纤维、植酸等难吸收的物质降解，提高营养价值、保健功效和消化率，广泛应用于食品、饲料、生产曲酸、酿酒等发酵工业，并已被安全地应用了1000产大肠杆菌不能表达的真核生物件，这将有助于提高食品酿造业的生产效率和产品质量。米曲霉基因组的破译，也为研究由曲霉属真菌引起的曲霉病提供了线索。米曲霉基因组大约有37Mb，共有８条染色体，包含约1.2万个基因。与相近的曲霉菌相比，米曲霉基因组要大7～9Mb。1.1.7沟巢曲霉（Aspergillus沟巢曲霉也称为Emericellanidulans，通常为单倍体，但能诱导为异核体或生物化学研究得最广泛的生物之一。通过自然和人工诱变，目前已经得到了数百个基因的突变株，这些突变分析在鉴定基因功能和分析蛋白的生物作用中意义重沟巢曲霉中的乙醇脱氢酶基因alcA可调控启动子，能够被乙醇诱导表达，同时又能被葡萄糖抑制，是基因表达调控中重要的工具元件。构巢曲霉是工业和医学上使用较多的曲霉菌如黑曲霉(Aspergillus黄曲霉（Aspergillusflavus）和烟曲霉（Aspergillusfumigatus）等的近缘种。研究沟巢曲霉基因组具有重要意义，因为这将有助于了解沟巢曲霉的生物学特性，了解曲霉菌与寄主的相互作用以及曲霉菌的致病性，还能促进疫苗和药物的研制开发。构巢曲霉菌属于同宗配合菌，即任何两个菌株间均可直接进行交配产生子囊孢子。沟巢曲霉基因组约318条染色体，含11000基因。1.1.8土曲霉（Aspergillus丝状真菌土曲霉能够产生临床有关的次生代谢产物他汀。在过去十年中，他汀类降胆固醇药物，被广泛应用于预防心脏病。目前运用的5个他汀类药物中，土曲霉能发酵产生其中3个：普伐他汀（pravastatin），辛伐他汀土曲霉也能产生对人类和其他动物有害的真菌毒素土曲霉是单倍体，基因组大约35Mb，分布于8条染色体。1.1.9灰葡萄孢霉(Botryotiniafuckeliana)6欢迎下载。精品文档灰葡萄孢霉(BotryotiniaBotrytiscinerea，Sclerotiniafuckeliana)是一种植物致病菌，可引起灰霉腐败（graymold或灰霉病（botrytisblight），感染超过200种植物，包括大部分的蔬菜、水果、20%，每年估计约有10～100亿欧元。在特定的环境下，灰葡萄孢霉可造成葡萄“”（Noblerot），这是酿造“贵腐酒等甜酒必需的。灰葡萄孢霉是单倍体，基因组约38Mb，分布于30个染色体，可能有10000～12000基因。1.1.10球毛壳菌（Chaetomium球毛壳菌是一种丝状真菌，可感染健康人的皮肤和指甲，可引起免疫功能低下患者致命的全身性感染。球毛壳菌可产生毒枝菌素（mycotoxins）。球毛壳菌茶树、大豆、玫瑰、甘蓝、西瓜等植物病害的生物防治。球毛壳菌基因组36Mb，分布于31条染色体。1.11粗球孢子菌(Coccidioidesimmitis)Coccidioidesposadasii形态相同，但遗传性质明显不同。两种真菌均引起的球孢子菌病（coccidioidomycosis），但是在非疫区(包括纽约)仅有零星病例报道。感染率每年不同，但平均每年美国有10万人受到感染，感染后病情严重的患者比例较低，免疫力低下人群感染后的病情更严重，甚至导致死亡。粗球孢子菌已被列为潜在的生物恐怖因子。同时粗球孢子菌是研究致病真菌进化生物学的模型。球孢子菌基因组29Mb，分布于14条染色体。1.1.12CoccidioidesposadasiiCoccidioidesposadasii是一种二态真菌，其与粗球孢子菌形态相同，但遗传性质明显不同，以前称为非加利福尼亚粗球孢子菌（non-CaliforniaCoccidioidesimmitis），2002年被重新分类命名，均引起球孢子菌病（coccidioidomycosis）。Coccidioidesposadasii单倍体，基因组约29分布于4条染色体。(Fisheretal.Mycologia2002)1.1.13串珠状赤霉（Gibberella串珠状赤霉又称为串珠镰刀菌（Fusarium玉米真菌。一定的环境条件，串珠镰刀菌使玉米内核和穗腐烂，导致农作物重大mycotoxins）。如果食用了含伏马菌素的玉米可引致人类和动物多种疾病。串珠状赤霉是单倍体，基因组约46Mb，分布于12条染色体。1.1.14zeae）graminearum），是对美国农业造成了重大影响的小麦和大麦赤霉病的病原体。玉7欢迎下载。精品文档蜀黍赤霉还产生对人类及动物健康造成严重危害的呕吐毒素（vomitoxin）。玉蜀黍赤霉基因组约40Mb，分布于4条染色体。1.1.15稻瘟病菌（Magnaporthe稻瘟病菌无性型称Pyriculariagrisea，是单倍体丝状菌，是稻瘟病的病原6于水稻产量增加，近年来因稻瘟病造成的损失日益加大。虽然抗稻瘟病的水稻已小麦、珍珠粟和草坪。稻瘟病菌是一种理想的研究植物病原真菌和宿主相互作用的模式生物，有如下原因:crassa）亲缘较在培养基上培养，拥有一套很好的转化体系，促进生物化学和分子生物学分析；（6）其感染过程的前期可通过实验研究。充分认识稻瘟病菌和宿主相互作用的分食供应。稻瘟病菌基因组约40Mb，分布于7条染色体。1.1.16NeosartoryafischeriNeosartoryafischeri也称为Aspergillusfischeri，与主要的病原体烟曲霉（Aspergillusfumigatus）亲缘最近，可引起角膜炎和移植病人肺部曲霉病。Neosartoryafischeri是一种有性的曲霉菌。土壤中可分离到其丝状体，其孢子在农产品中被发现。Neosartoryafischeri单倍体，基因组约35Mb，分布于5条染色体。1.1.17粗糙脉孢菌(Neurosporacrassa)粗糙脉孢菌是20年G.W.Beadle和E.L.Tatum两位科学家通过X射线诱导处理粗糙脉孢菌，获得了大量的营养缺陷突变体(auxotrophicmutant)，在对这些突变体研究分析以后，提出了一命节律、防卫机制、基因沉默，DNA修复、基因进化以及细胞信号传导等方面取得了许多重要的进展。粗糙脉孢菌基因组约有38Mb，有7条染色体，可能含有10082个蛋白质编码基因，已注释1100个基因1.1.18颖枯壳针孢(Phaeosphaerianodorum)颖枯壳针孢无性型称Stagonosporanodorum，是小麦的主要病害，引起有重大经济损害的小麦颖枯病。颖枯壳针孢基因组约30Mb，有24条染色体。1.1.19核盘菌（Sclerotinia8欢迎下载。精品文档核盘菌是已知具有最广泛宿主的真菌病原体，它引起如菜豆菌核病（whitemoldof向日葵烂盘型菌核病（headrotof（whitemoldofstemrotof核盘菌是研究寄主-病原物相互作用的模型。核盘菌是单倍体，基因组38Mb，有3条染色体。1.1.20瑞氏木霉(Trichodermareesei)丝状真菌瑞氏木霉是多细胞的真核微生物，其作为工业菌株用于分解不同植物材料的酶类，包括纤维素酶、半纤维素酶、蛋白酶、淀粉酶等。瑞氏木霉是单倍体，基因组33Mb，有7条染色体。1.1.21Uncinocarpusreesii非致病性真菌Uncinocarpusreesii与已知的致病球粗球孢子菌（CoccidioidesCoccidioidesposadasii亲缘最近，据估计与粗球孢子菌的进化距离为2000～3000万年。Uncinocarpusreesii是环境腐生型真菌，具有一个有性阶段。Uncinocarpusreesii为单倍体，基因组约30Mb，有22个染色体。1.2酵母菌亚门（Saccharomycotina）1.2.1白色念珠菌（Candida白色念珠菌一种重要的条件致病菌，可在人的多个系统或器官与宿主共栖生存，最常见的是人口腔和阴道。白色念珠菌基因组最令人感兴趣的特点是发生能重排(收缩/重复序列表机制。白色念珠菌基因组是医学中研究得最为深入的真菌，白色念珠菌是二倍体生物，有8对同源染色体，其基因组长度约为16Mb(单倍体)，是酿酒酵母的1.3倍，含6419个开放阅读框。1.2.2光滑念珠菌（Candida光滑念珠菌是除白色念珠菌外的第二最常见的人体病原体。尽管叫念珠菌，但它与酿酒酵母(Saccharomycescerevisiae)的亲缘关系更为密切。光滑念珠菌是单倍体，没有任何已知的性周期，基因组约12.313条染色体。1.2.3热带念珠菌（Candida热带念珠菌是除白色念珠菌外第二致病性念珠菌，它往往造成深部真菌感染。热带念珠菌是一种无性二倍体生物。像许多其他念珠菌一样，在热带念珠菌中密码子CUG聚酯、聚酰胺、香水，制备可代替蔗糖的木糖醇。它也是一个重要的研究过氧化9欢迎下载。精品文档物酶体生成和过氧化物酶蛋白表达的生物体。1.2.4葡萄牙念珠菌（Candida葡萄牙念珠菌也称为Clavisporalusitaniae。葡萄牙念珠菌引起的感染约占念珠菌病的1％，并且引起念珠菌血病（candidemia），部分菌株对抗菌药物有抗性。在致病念珠菌中葡萄牙念珠菌与白色念珠菌（Candida关系最远。葡萄牙念珠菌是单倍体，基因组约16Mb，有14个染色体。1.2.5汉氏德巴利氏酵母(Debaryomyceshansenii)汉氏德巴利氏酵母是一个常在鱼类和奶酪中发现的耐盐海洋酵母。普遍认为产核黄素。汉氏德巴利氏酵母基因组约12.2条染色体。1.2.6EremotheciumgossypiiEremotheciumgossypii又称为Ashbyagossypii，最早于1929年作为被刺该丝状真菌可应用于工业生产核黄素。由于其较小的基因组、单倍体核、高效的基因打靶技术、质粒繁殖和在特定培养基上生长等优点，Eremotheciumgossypii是一个有力的研究菌丝生长的模型。gossypii具有最小的基因组。其基因组有9.2Mb，分布于7个染色体中，有4718蛋白质编码基因。1.2.7乳酸克鲁维酵母（Kluyveromyces乳酸克鲁维酵母和酿酒酵母（sccharomyces酵母用于遗传研究和工业生产，比如生产β-半乳糖苷酶、外源蛋白小牛酶原、人血清白蛋白和γ-人白细胞介素乳酸克鲁维酵母基因组约10.66条染色体。1.2.8克鲁雄酵母菌（Kluyveromyces等比对克鲁雄酵母菌与酿酒酵母的基因组发现，二者是1∶2对应的同线性关系（synteny），即克鲁雄酵母菌基因组的每一区段均对应于酿酒酵母的两个区段。Kellis等在K.waltii和酿酒酵母的基因组中找寻到253K.waltii全部基因的75%以及酿酒酵母全部基因的81%，由此认为酵母基因组经历了全基因组倍增。由于每一K.waltii的基因组区段，在酿酒酵母均有两个对应区段，则酿酒酵母的基因组大小应为K.waltii两倍，而基因数目也应为两倍。事实上两者基因组的大小和基因数目相差不大，研究认为这个差距是由于大量的基因流失所造成，同线性区域中10欢迎下载。精品文档88%的同源基因流失。克鲁雄酵母菌基因组约118条染色体。1.2.9LodderomyceselongisporusLodderomyceselongisporus酵母是念珠菌的一员，它与白色念珠菌性别关系最近。它是念珠菌中已知的唯一产生囊孢子的菌株。Lodderomyceselongisporus无致病性。Lodderomyceselongisporus基因组约16Mb，有8条染色体。1.2.10季氏毕赤氏酵母（Pichiaguilliermondii）季氏毕赤氏酵母，无性型称高里念珠菌（Candidaguilliermondii），是与不同的是，季氏毕赤氏酵母是单倍体。季氏毕赤氏酵母基因组约12Mb，有7条染色体，。1.2.11毕赤酵母（Pichia毕赤酵母是已知具有最高发酵木糖能力的微生物。它能够迅速利用木糖产生体。和其它酵母菌类似，密码子CUG编码丝氨酸而非亮氨酸。毕赤酵母基因组约15.4Mb，有8条染色体。1.2.12SaccharomycesbayanusSaccharomycesbayanusSaccharomycessensustricto群中的一员。它与酿酒酵母(Saccharomyces最近，这两种酵母大约分化了2000万年。Saccharomycesbayanus基因组大约是11.5416条染色体。它与酿酒酵母基因组同线性高度保守，在端粒以外只有5个易位和3个倒置。1.2.13SaccharomycescastelliiSaccharomycescastellii又名Naumoviacastellii，是一种芽殖酵母，是Saccharomycessensulato群中的一员。它与酿酒酵母的亲缘关系比Saccharomycessensustricto群中的酵母远。为了应用比较基因组的方法更好地注释和理解酿酒酵母基因组，华盛顿大学医学院测定了Saccharomycescastellii基因组序列。Saccharomycescastellii有9条染色体，基因组11.541.2.14酿酒酵母Saccharomycescerevisiae1997年酿酒酵母Saccharomycescerevisiae的完整基因组序列完成测序，被序列；其次，这是人们第一次获得的一种易于操作的实验生物的完整基因组。酵11欢迎下载。精品文档生物基因组的结构和功能。酿酒酵母作为一种模式生物在实验系统研究方面具有许多内在的优势。首先，酵母是一种单细胞生物，能够在基本培养基上生长，使得实验者能够通过改变物理或化学环境完全控制其生长。其次，酵母在单倍体和二倍体的状态下均能生长，并能在实验条件下较为方便地控制单倍体和二倍体之间的相互转换，对其基因功因缺失的酵母株；而对于一些缺失后致死的基因，人们可以在二倍体菌株中进行基因替换，然后通过孢子筛选，获得带有基因缺失的单倍体菌株。此外，酵母的生命周期很适合经典的遗传学16条染色体上构建精细的遗传图谱6000个基因中的任何一个基这种方法具有很高的效率和准确性。酿酒酵母的基因组大约12Mb，分成16组染色体，共有6275个基因，其中可能约有5800个真正具有功能。据估计其基因约有23%与人类同源。1.2.15SaccharomyceskluyveriSaccharomyceskluyveri又称为Lachancea是芽殖酵母，是已知唯一的petitenegative酵母菌，具有降解嘧啶的代谢途径。和其他大多数酵母菌不同，它不优先利用葡萄糖。Saccharomyceskluyver与酿酒酵母（Saccharomycescerevisiae）的亲缘关系比与Saccharomycessensustricto或sensulato菌株远。为了应用比较基因组的方法更好地注释和理解酿酒酵母基因Saccharomyceskluyveri基因组序列。accharomyceskluyveri有8条染色体，基因组约6SaccharomyceskudriavzeviiSaccharomyceskudriavzevii是一种芽殖酵母，是Saccharomycessensustricto群中的一员。它与酿酒酵母亲缘最近，二者相距大约1000～2000万年。测定了Saccharomyceskudriavzevii基因组序列。Saccharomyceskudriavzevii基因组约12Mb，分布于16条染色体。它与酿酒酵母基因组同线性高度保守。1.2.17SaccharomycesmikataeSaccharomycesmikatae属芽殖酵母，是Saccharomycessensustricto中的一员。它与酿酒酵母（Saccharomycescerevisiae）亲缘近；这两种酵母菌大约在1000～2000年前分化。为了应用比较基因组的方法更好地注释和理解酿酒酵母基因组，华盛顿大学医学院测定了Saccharomycesmikatae的基因组序列。Saccharomycesmikatae有16条染色体，基因组约12.12Mb。它与酿酒酵母基因组同线性高度保守，在端粒以外只有4个易位和13个倒置。12欢迎下载。精品文档1.2.18奇异酵母SaccharomycesparadoxusSaccharomycessensustrictocerevisiae）亲缘关系近，这两种酵母在500～1000酒酵母基因组，Broad研究院测定了奇异酵母的基因组序列。奇异酵母有16条染色体，基因组约11.75Mb。它与酿酒酵母基因组同线性高度保守，在端粒以外没有易位，有4个倒置和3个片段重复。1.2.19解脂耶氏酵母（Yarrowialipolytica）解脂耶氏酵母是非致病菌，可利用碳氢化合物和各种油脂作为碳源。解脂耶氏酵母常可从奶酪、香肠等食物或者从油田等环境分离到。解脂耶氏酵母与其他特性。解脂耶氏酵母既作为基础研究的实验生物，也用于工业生产柠檬酸和调味剂等。解脂耶氏酵母基因组约20.5Mb，分布于6条染色体。1.3裂殖酵母纲（Schizosaccharomycetes）1.3.1SchizosaccharomycesjaponicusSchizosaccharomycesjaponicus是一个二态裂殖酵母，能够形成真菌丝。其侵染力很强，可能成为侵袭性真菌生长的研究模式。通过比较基因组学，Schizosaccharomycesjaponicu基因组序列有助于粟酒裂殖酵母（Schizosaccharomycespombe）基因组序列的注解，并有助于研究侵袭性生长的遗传因素。Schizosaccharomycesjaponicus基因组约14Mb，分布于16条染色体。1.3.2粟酒裂殖酵母(Schizosaccharomycespombe)修复与重组和基因组稳定性的检查点调控（checkpointcontrols）的模式生物，也是针对细胞周期紊乱的肿瘤药物的理想细胞初筛模型，其遗传背景清晰，遗传操作方便。粟酒裂殖酵母的全基因组序列测定于2002年完成，基因组大小为13.8分布在3条染色体上。预测含有4997个开放阅读框。2担子菌门（Basidiomycota）2.1Coprinopsiscinerea又称Coprinuscinereus，是一个多细胞、具有形成典型伞状结构并具备完整学分析，因此Coprinopsiscinerea是研究多细胞有机体发展和调节的模型。13欢迎下载。精品文档Coprinopsiscinerea染色体37.5Mb，分布于13条染色体。2.2新型隐球菌（Cryptococcus新型隐球菌是一种二型的异宗配合真菌。在土壤中广泛存在，是土壤、瓜果的腐生菌，经呼吸道、消化道等进入人体，可引起全世界最严重的真菌病害感染无免疫缺陷的人群。由于抗真菌药物也往往对其不起作用，因此十分有必要研究开发可有效控制全身性隐球菌感染的高活力的抗真菌药物。新型隐球菌为单倍体，有明确的有性期，其基因组约为20Mb，共有14条染色体，编码约6574个基因。2.3黄孢原毛平革菌(Phanerochaetechrysosporium)黄孢原毛平革菌属于白腐担子真菌，