描述人类序列变异的命名法

1、序列变异描述与参考序列有关，在参考序列中，应在出版物/数据库提交中提及来自主序 列数据库（Genbank，EMBL，DDJB，SWISS-PROT）的登录号（如 M18533）为了避免在序列改变的描述中混淆，在描述之前用表示所用参考序列类型的字母：O “g.”表示基因组序列（例如，g.76A T）O “c.” 对于 cDNA 序列（例如，c.76A T）O “p.”线粒体序列（例如，m.76A T）O “r.” 的 RNA 序列（例如，r.76a u）O “m.”对于蛋白质序列（例如，p.K76A）为了区分不同的水平（DNA，RNA或蛋白质），描述是独特的：O在DNA水平，用大写字母，从受影响

2、的第一个核苷酸数字开始（例如，c.76A T）O在RNA水平，用小写字母，受影响的第一个核苷酸数字开始（如r.76a u）O在蛋白质水平，用大写字母，从受到影响的第一个氨基酸字母开始（单字母代码）（例 如，p.T26P）一系列受影响的残基用_” -字符（下划线）表示，将受影响的第一个和最后一个残基 分开（例如，76-78delACT ）对于单核苷酸（或氨基酸）延伸或串联重复的缺失或重复，最爰拷贝被任意指定为已更 改（例如，ACTTTGTGCC-ACTTTGCC，被描述为 7_8delTG一个等位基因中的两个序列变异列在括号之间，用“；”字符分隔（例如，76A C; 83G C） 不同等位基因（

3、例如隐性疾病）的序列变化列在括号之间，用“+”字符分隔（例如，76AC + 87delGDNA水平（ATG起始密码子中A为+1，5区为-1，没有0碱基）非编码区：ATG翻译起始密码子的核苷酸5区为-1，翻译终止密码子的核苷酸3区为* 1 内含子核苷酸：O内含子的起始：前一个外显子的最后一个核昔酸的数量，一个加号，以及内含子的位 置，例如77 + 1G，77 + 2T （当外显子数已知时，符号可以也可称为IVS1 + 1G，IVS1 + 2T）O内含子的末端：下一个外显子的第一个核昔酸的数目，一个减号，以及内含子上游的 位置，例如78-2A，78-1G （当外显子数已知时，符号可以也可称为IVS

4、1-2A，IVS1-2G）很苷酸变化的描述取代用“ ”表示O 76A C表示在核苷酸76处A变为CO 88 + 1G T（或者IVS2 + 1G T）表示在内含子2的核苷酸+1处的G取代T。相对于cDNA 位于核苷酸88和89之间。O 89-2A C （或IVS2-2A C）表示内含子2的核苷酸-2处的A至C取代，相对于cDNA 定位在核苷酸88和89之间缺失用“del”表示O 76_78del （或76_78delACT）表示从核苷酸76到78的ACT缺失O 82_83del （或者 82_83delTG）表示 ACTTTGTGCC （A 是核苷酸 76）到 ACTTTGCC 的序 列中的T

5、G缺失。O IVS2_IVS5del （或88+?-923-?或EX3_5del）表示外显子缺失从内含子2中的未知位置 开始（在cDNA核苷酸88之后）并且在内含子5中的未知位置结束（在cDNA核苷 酸923之前）。重复用“ Dup”表示O 77-79dup （或77_79dupCTG）表示核苷酸77至79是重复的。O单核苷酸区段（或短串联重复序列）中的重复插入被优先描述为重复，例如，ACTTTGTGCC至ACTTTGTGTGCC的TG串联重复序列中的TG插入（A是nt 76）被描述 为 82_83dupTG （现为 83_84insTG）插入由“ins”表示注意：作为分隔符，有时使用“M -

6、字符，但不建议这样做（例如，83 A 84insTGO 76_77insT表示在核苷酸76和77之间插入TO 83_84dupTG表示ACTTTGTGCC （A是核苷酸76）的TG-串联重复序列中的TG插入到 ACTTTGTGTGCC （参见“重复”）短序列重复的可变性，例如在ACTGTGTGCC （A是1991年）中，被命名为1993 （TG） 3-6, 核苷酸1993含有第一个TG-二核苷酸，在人群中重复3至6次。插入/缺失（indel）被描述为缺失，然后在核苷酸受影响后插入O 112_117delinsTG （或 112_117delAGGTCAinsTG 或 112_117 TG）表示

7、 TG 取代核苷酸 112 至 117 （AGGTCA）倒位由“inv”表示O 203_506inv （或203_506inv304）表示位置203至506的304个核苷酸已被倒置易位不同等位基因的变化（例如隐性疾病）被描述为“改变等位基因1 + 改变等位基因2”O 76A C + 76A C表示核苷酸76处的纯合子A至C变化O 76A C + ?表示一个等位基因中核苷酸76的A至C变化和另一个等位基因的未知变 化一个等位基因的两个变异被描述为“第一次变化+第二次变化”O 76A C; 83G C表示核苷酸76处的A至C变化以及同一等位基因中核苷酸83处的G 至C变化RNA水平RNA水平的序列

8、变化基本上被描述为DNA水平的变化，具有以下修饰/添加“r.”用于表示在RNA水平上描述了变化。核苷酸由碱基指定（小写）；a （腺嘌吟），c （胞嘧啶），g （鸟嘌吟）和u （尿嘧啶）O 78u a表示在核苷酸78处U变为A当一个变化影响RNA处理，产生两个或多个转录本时，这些在方括号之间描述，用“，” 字符分隔O r.76a c，r.76a c; r.73_88del表示核苷酸变化c.76A C导致两个RNA分子的出现，一 个仅携带这种变异，另一个含有核苷酸73-88的缺失（剪接供体位点移位到外显子）Or.=，r.88_89ins88 + 1_88 + 10; r.88 + 2t c表示内含

9、子突变 c.88 + 2T C 导致两个 RNA 分 子的出现，一个正常（r.=），一个含有插入内含子核苷酸88 + 1到88 + 10，核苷酸 变化 88 + 2t cOr.88ga; r.88_89ins88+1_88+10表示核苷酸变化c.88G A导致内含子核苷酸88 + 1至 88 + 10的插入（剪接供体位点向内含位置的移位）蛋白水平蛋白质水平的序列变化基本上描述为DNA水平的序列变化，具有以下修饰/添加使用单字母氨基酸代码，“X”表示翻译终止密码子氨基酸编号;翻译起始蛋氨酸编号为+1彦基酸变化的描述替换O错义变化W26C表示氨基酸26 （色氨酸，W）变为半胱氨酸（C）注意：多态变

10、体有时被描述为36L / I，但这并未被推荐O无义变化W26X表示氨基酸26 （色氨酸，W）变为终止密码子（X）O翻译起始甲硫氨酸（M1）的突变主要被描述为取代，例如M1V。这是不正确的。不 产生蛋白质或翻译起始位点向上或向下移动。除非有实验证据，否则最好将蛋白质水 平的影响报告为“p.？ ”（未知）。当实验数据显示没有制造蛋白质时，描述“p.0” 可能是最合适的缺失O K29del （C是氨基酸28）表示氨基酸赖氨酸29 （K）缺失从序列CKMGHQQQCC至 CMGHQQQCCO C28_M30del表示从半胱氨酸28到甲硫氨酸30的三个氨基酸的缺失O序列CKMGHQQQCC中的Q35de

11、l （C是氨基酸28）表示对CKMGHQQCC的谷氨酰胺 35 （Q）缺失。O如果缺失在缺失连接处产生新的氨基酸，则该变化被描述为插入/缺失，例如C28_M30delinsW （见下文）重复O序列CKMGHQQQCC中的G31_Q33dup （C是氨基酸28）表示氨基酸甘氨酸31 （G） 到谷氨酰胺33 （Q） CKMGHQGHQQQCC的重复O单个氨基酸序列（或短串联重复序列）中的重复插入被描述为重复，例如，CKMGHQHQCC（C是氨基酸28）的HQ-串联重复序列中的HQ插入至CKMGHQHQ HQCC 是 H34_Q35dup （现在 Q35_C36insHQ）插入注意：作为分隔符，有时

12、会使用“M -字符，但不建议这样做（例如，Q83 C84 insQ）O K29_M29insQSK表示序列QSK插入氨基酸赖氨酸29 （K）和甲硫氨酸30 （M）之间， 将 CKMGHQQQCC （C 为氨基酸 28）改变为 CKQSKMGHQQQCCO序列中的Q35dup CKMGHQQQCC （C是氨基酸28）表示谷氨酰胺（Q）重复插入 CKMGHQQQ QCC （参见“重复”）O如果插入在插入连接处产生新的氨基酸，则该变化被描述为插入/缺失，例如C28 delin sWV （见下文）短序列重复的可变性，例如在CKMGHQQQCC （C是氨基酸28）中，被指定为33 （Q） 3-6, 其中氨基酸谷氨酰胺33 （Q，第一个重复的氨基酸）被发现在人群中重复3-6次 插入/缺失（indel）被