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文档简介

1、HIV整合酶抑制剂三维定量构效关系研究 罗宇明 2014年3月16日三维定量构效关系(3D-QSAR)简介由于实验费用高昂且需求时间较长，计算机辅助药物设计(CADD)已经被广泛应用于药物研发过程中。在这些辅助设计工具中，三位定量构效关系(3D-QSAR)以配基和受体的三维结构特征为基础, 根据分子的内能变化和分子间相互作用的能量变化来定量分析化合物三维结构与生物活性间的关系。一般来说，3D-QSAR根据定位规则将分子在空间进行叠合,计算每个化合物构象的一系列分子场描述符，通过偏最小二乘法将这些描述符与化合物活性关联，得到可预测未知化合物活性的模型，并反应出各个位置的基团对活性的影响。应用最广

2、泛的三维定量构效关系方法是比较分子场方法(CoMFA)和比较分子相似性方法(CoMSIA)。它们之间的区别在于CoMFA在建立模型时只考虑静电场(electrostatic)和立体场 (steric)，而CoMSIA考虑静电场(electrostatic)，立体场 (steric)，疏水场(hydrophobic)，氢键供体场(H-bond donor)与氢键受体场 (H-bond acceptor).数学模型的建立根据Di Santo报道的化合物，建立的CoMFA与CoMSIA模型： 为了确保生成模型的准确性与可预测性，需要至少保证交叉验证回归系数q2 0.5，线性偏差系数r2 0.9。生成的CoMFA模型q2=0.847，r2=0.976；CoMSIA模型q2=0.847，r2=0.980，表明生成的模型具有统计学

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