生物信息学分析方法

1、常用的生物信息学分析方法第十组生物信息学是一门在生命科学的研究中，以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学。生物信息学Bioinformatics生物信息学基本上是分子生物学与信息技术的结合体。研究材料和结果是各种各样的生物学数据研究工具是计算机研究方法包括对生物学数据的搜索（收集和筛选）、处理（编辑、整理、管理和显示）及利用（计算、模拟）节律基因Timeless数据库MGIhttp:/数据库NCBI/Blast.cgi数据库TAIR/http:/多序列比对MEGAhttp:/系统发育树MEGAhttp:/tools/meme保守基序分析MEMEhttp:/基因结构GSDShttp:

2、/bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/启动子分析PlantCARE基序名称位置序列特征功能TATA-box254TATAAcore promoter elementCAAT-box260CCAATcommon cis-acting element in promoter and enhancer regions3-AF1 binding site50AAGAGATATTTlight responsive elementCCAAT-box1051CAACGGMYBHv1 binding siteCGTCA-motif1294CG

3、TCAMeJA-responsivenessGA-motif1252ATAGATAAlight responsive elementHSE28AAAAAATTTCheat stress responsivenessLTR414CCGAAAlow-temperature responsivenessMSA-like568CCCAACGGTcell cycle regulationTGA-element289AACGACauxin-responsive elementhttp:/转录因子结合位点分析JASPARMatrix IDNameScoreRelative scoreStartEndStra

4、ndPredicted sequenceMA0940.1AP112.570.9011628+acaaaaatgaaatMA0934.1AHL2512.51691328335+aattaattMA0951.1ATHB-1612.24230.964352359+taatgattMA0933.1AHL2012.0060.979328335+aattaattMA0943.1ARF511.84490.97410171024+GCCGACAGMA0947.1ARR1411.81320.965707714+AGATCCGCMA0934.1AHL2511.81260.984333340+atttaatthtt

5、p:/bar.utoronto.ca/可视化基因组学BARhttp:/suba.live亚细胞定位SUBAAGISUBAconPredictionsAT5G52910.1nucleusnucleuscytosolmitochondrionhttp:/www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre/三级结构预测Phyre16-464 replication643-747 protein bindinghttp:/www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/信号肽预测SignalPAT5G52910AT1G01070http:/www.cbs.dtu.dk/service

6、s/TMHMM-2.0/跨膜结构域预测TMHMMhttp:/string.embl.de蛋白互作网络STRINGDNA repairpolymerasehelicase序列分析双序列比对MEGA/Bioedit/bioedit/bioedit.htmlNCBI/GenBank/MEME/tools/meme多序列比对（系统进化树、保守基序）基因分析ORF(OpenReadingFrame)分析NBCI /orffinder/基因结构分析（外显子、内含子）GSDS/启动子分析PlantCAREhttp:/bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare

7、/html/PLACEhttps:/sogo.dna.affrc.go.jp/cgi-bin/sogo.cgi?sid=&lang=en&pj=640&action=page&page=newplace转录因子结合位点分析TFSEARCHhttp:/diyhpl.us/bryan/irc/protocol-online/protocol-cache/TFSEARCH.htmlJASPAR/表达模式分析bar http:/bar.utoronto.ca/蛋白分析结构分析二级PredictProtein/PSIPREDhttp:/bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred三级Phyrehttp:/www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre/SWISS-MODEL/亚细胞定位PSORTSUBA http:/suba.live信号肽预测SignalPhttp:/www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/跨膜结构预测TMHMMhttp:/www.cbs.dtu.dk/serv