pubmed生物学数据库课件

1、6课 PubMed生物医学数据库内容见教材4章1节（P59）目的与要求：了解PubMed的特点，掌握使用该数据库进行课题检索的基本途径与方法。本课内容安排有实习，要求掌握检索途径与方法。教学重、难点：利用PubMed可检索哪些数据资源。自动词语匹配转换功能；主题词/副主题词检索；五种检索辅助工具的特点及使用。第1页，共74页。8/4/20221教学内容：6.1 Pubmed简介6.2 通过PubMed可检索到的信息6.3 PubMed检索界面的结构6.4 PubMed的检索6.5 检索结果显示及下载6.6 My NCBI第2页，共74页。8/4/202226.1 PubMed简介 PUBMED

2、是美国国立图书馆（NLM）所属国家生物技术信息中心（NCBI）建立的生物医学文献检索系统（1997年免费开放），是NCBI开发的Entrez检索系统重要组成部分。 IM MEDLINE PubMed(手工检索) (联机检索、光盘检索) (网络检索)特点：信息资源丰富、质量高、更新及时、检索方式灵活多样、链接功能强大、使用免费等。8/4/202232第3页，共74页。6.2 通过PubMed可检索信息 6.2.1 Medline 6.2.2 PreMedline 6.2.3 出版商提供的书目信息 6.2.4 NCBI其它数据库的相关记录第4页，共74页。8/4/20224 6.2.1 MEDLI

3、NE：美国国立医学图书馆MEDLARS系统中最大的生物医学数据库。收录1966年以来70多个国家近4800种生物医学期刊的书目信息和著者文摘，每周更新。每条记录均带有PubMed-Indexed for MEDLINE标志。第5页，共74页。8/4/20225 6.2.2 PreMedline未正式给予MeSH词、出版类型等深度标引信息的一个前期临时库，可检索。“PubMed计划”：出版商在期刊出版之前或同时，将期刊论文题录提供给PubMed，每天NLM把最新记录加入到PreMedline库。工作人员一周内将这些记录标引，然后转入MEDLINE，同时从PreMedline中删去。带有PubMe

4、d-in Process标志。第6页，共74页。8/4/20226 6.2.3 出版商提供的书目信息：出版商提供的是整本期刊的信息，若有部分没有被MEDLINE收录，PubMed仍保存，在记录中做PubMed-as supplied by publisher的标记。出版商提供的记录若有全文，PubMed则建立了与此期刊节点的链接，可免费或交一定的费用直接联机获取原文 。第7页，共74页。8/4/20227图1第8页，共74页。8/4/20228 6.2.4 NCBI其它数据库的相关记录：PubMed建立了与NCBI其他数据库之间联系，通过Medline记录链接获取相关的基因库记录，也可以通过基

5、因库记录链接获取相关的Medline记录。第9页，共74页。8/4/20229PubMed与其它数据库的关系第10页，共74页。8/4/202210NCBI数据库PubMed：在主页上提供与NCBI的7个数据库建立了超链接： Nucleotide：DNA序列数据库。Protein：氨基酸（蛋白质）序列数据库。Genome：基因组序列数据库，提供所有基因与染色体纪录与图片的查询服务，这个库中数以百万的基因序列是由庞大的基因排序工作得来的。Structure：分子结构模型数据库，这个数据库保存的是由X线晶体成像、NMR分光光度法建立的三维分子结构。Popset：种群、种系发生或突变序列数据库，是由

6、相关种族、人类发展、突变研究得来的人类进化与人种差异的结果。Taxonomy：生物分类数据库OMIM：人类孟德尔遗传学联机数据库。Books：相关图书，可链接到相关参考书籍的文摘页。第11页，共74页。8/4/202211All Database跨库检索第12页，共74页。8/4/202212Pre-MedlineMedlineNew DataCollectPubMedProcess检索出版商提供书目信息 PubMed可检信息示意图NCBI其它数据库第13页，共74页。8/4/202213PUBMED进入方式/pubmed或用搜索引擎搜“PubMed”地址。第14页，共74页。8/4/2022

7、146.3 PubMed检索界面的结构基本检索区相关数据库链接、 检索提问框检索提示区对各项检索功能的简单描述Entrez简介、 PubMed服务、特有检索、相关资源辅助检索区个性化检索区第15页，共74页。8/4/202215Overview-介绍PubMed的覆盖范围和刊物信息。New/Noteworthy-关于PubMed系统更新和未来发展。Journal Databases-通过标题，关键词，标题缩写，或者ISSN号，在PubMed和其他Entrez数据库中检索期刊标题，还可以查看提供全文的刊物的列表。MeSH Databases-浏览MeSH表并选词检索。Citation Match

8、er-通过输入文献的线索查找某一特定文章，特定一期内容，或者整个刊物的内容。Clinical Queries-为临床医生准备，关注于四个领域：疗法，诊断，病因，和预后。My NCBI-为注册用户（免费注册）提供的检索策略存储空间，可以生成检索历史信息，并及时更新。Order Documents-购买原文（大约$5/篇）。NLM Gateway-连接到NLM集成数据库系统，可对MEDLINE/PubMed, OLDMEDLINE, LOCATORplus, MEDLINEplus, DIRLINE, AIDS Meetings, Health Services Research Meetings

9、, Space Life Sciences Meetings, and HSRProj等NLM数据库进行检索。 Consumer Health-提供与MEDLINEplus的链接，是与消费者健康信息相关的国家医学图书馆的网络节点。Clinical Alerts-迅速公布由NIH资助的，会显著影响发病率和死亡率的临床研究结果。Clinical Trials-对公众提供临床科研的当前信息。PubMed Central-可免费提供全文的生命科学文献。服务功能第16页，共74页。8/4/2022166.4 PubMed的检索6.4.1 基本检索6.4.2 PubMed检索辅助工具Limits （限定功

10、能）Preview/Index（预览/索引）History（检索史）Clipboard（剪贴板或文件夹）Details（明细栏）6.4.3 主题词/副主题词检索6.4.4 其他检索一框五键第17页，共74页。8/4/2022176.4.1 基本检索一. 词语检索*二. 期刊检索三. 作者检索四. 截词检索第18页，共74页。8/4/202218词汇自动匹配转换MeSH词转换表期刊名称转换表短语转换表作者索引“单个词”间AND 联接一. 词语检索UMLS（一体化医学语言系统） 以概念表达为基础，将40多种生物医学词典、词表和分类词表中的词汇指引向MeSH中的意义相同或相近的规范主题词。 有主题词

11、表的检索工具，最好的检索结果要在主题词检索基础上得来。第19页，共74页。8/4/202219例：检索幽门螺旋杆菌（helicobacter pylori)致胃癌(gastric cancer)的文献。基本检索的优点：提高查全率，涵盖最新文献。第20页，共74页。8/4/202220强制短语检索PubMed首先将键入的检索词（如： diabetes mellitus ）视为合理的短语在短语索引中进行查找，并自动把两个词分开以“逻辑与”组配检索。如不希望系统将两词分开：增加了关系不大的文献（如“gastric cancer” ）分开后意义有变化（如 “single cell” ）用“”进行强制词

12、组检索。如 “single cell”、 “gastric cancer ” 。 注意：强制短语检索时，PubMed将不执行自动词语匹配功能。 第21页，共74页。8/4/202221PubMed的基本检索二. 期刊检索在检索框中键入杂志全名molecular biology of the cell也可以直接键入Medline的期刊标准缩写形式，如：mol boil cell，键入刊物的ISSN(国际标准出版物代码）进行检索，如1059-1524。Cell transplantation ta第22页，共74页。8/4/202222PubMed的基本检索三. 作者检索 在检索框内按照“姓+名缩

13、写”的格式(不用标点) 键入作者姓名，如“Smith j”，系统会自动查找“Smith JH”，“Smith JW”等作者姓名形式的文献。 如果想进行更精确的检索，可以用双引号将作者名引起来，再加au，如“smith j”au 第23页，共74页。8/4/202223PubMed的基本检索四. 截词检索截词符“*”、“？”截词功能可扩充检索词以检出更多的相关文献。如：bacter*，可以检出bacter, bacteria, bacterium, bacteriophage等词。PubMed一次最多可以检索出600个词形变异词。若超过600个如tox*，将显示警告信息，提醒增加词根长度。第24

14、页，共74页。8/4/202224提示信息第25页，共74页。8/4/2022256.4.2 PubMed检索辅助工具一. Details：显示转换后的检索策略（下有结果数）。可直接在检索框中修改检索策略，点击Search按键即重新执行检索。点击“Save Search”，检索策略将以浏览器的网页收藏功能保存该策略。第26页，共74页。8/4/202226例：检索幽门螺旋杆菌（helicobacter pylori)致胃癌(gastric cancer)的文献。优点：提高查全率，涵盖最新文献。存储检索策略 点击后可用浏览器的书签功能（bookmark)保存该策略。第27页，共74页。8/4/2

15、02227第28页，共74页。8/4/2022286.4.2 PubMed检索辅助工具二. Limits（限定功能）:对检索词的限定和修饰，能同时进行多种条件限制，限定检索结果的范围。可有效地控制文献的检出量，并提高查准率。第29页，共74页。8/4/202229All Field（字段选择）：Publication Types（出版物类型选择）：Languages（语种选择）：Ages（年龄组选择）：Gender（性别选择）：男性、女性Human or Animal（人或动物实验选择）Subsets（子集）：13个子集Entrez Date（日期）：8个时间段Limits第30页，共74页。

16、8/4/202230字段限定(有29个字段可供选择)字段限定第31页，共74页。8/4/202231出版物类型及年龄限定出版物类型限定(有49种选择)年龄组限定(共有13个年龄段)第32页，共74页。8/4/202232文献语种限定(共57个语种限定)检索子集限定(3种期刊子集、8种主题子集、3种数据库子集）语种与子集限定第33页，共74页。8/4/202233文摘与全文限定出版时间及收入数据库时间限定（有11种选择）人与动物实验选择性别限定时间、性别、文摘等的限定第34页，共74页。8/4/202234例：查找有关学龄前儿童糖尿病的英文RCT文献。 diabetes mellitusRand

17、omized Controlled Trial English preschool child 第35页，共74页。8/4/202235第36页，共74页。8/4/202236第37页，共74页。8/4/202237第38页，共74页。8/4/202238第39页，共74页。8/4/2022396.4.2 PubMed检索辅助工具三. Preview/Index(预览/索引)Preview是对检索结果进行预览，显示检索结果的条数和检索式，用户可根据具体情况在检索提问框中用逻辑运算符组配新的检索式。适合于各类检索概念并未十分明确下的试探性查询。Index列出提交的检索词在某一选取字段中，按字顺排

18、列的索引词表中的位置和数量（括弧内），可用滚动条来回进行查看列表。选中的词高亮显示，然后选择合适的逻辑运算符进行检索。第40页，共74页。8/4/202240检索式检索结果条数检索式序号检索提问输入框选择逻辑算符第41页，共74页。8/4/202241第42页，共74页。8/4/2022426.4.2 PubMed检索辅助工具四. History(检索史) 保留所有的检索策略和结果，只有执行后的检索才能在History中有记录。显示检索序号、检索词、检索时间以及检索结果数量。可在检索序号之间添加逻辑运算符进行检索，如#2 AND #6单击记录条数超级链接可以重新显示检索结果。点击Clear H

19、istory按钮可以清除History中的检索策略。最多存贮检索式数为100个，检索式的存贮时间为1小时。第43页，共74页。8/4/202243第44页，共74页。8/4/202244五. Clipboard：剪贴板或文件夹。便于用户将检索选中记录的暂时保存，方便用户集中打印、下载或索取原文。剪贴板中可存的最多记录为500条，8小时内无作何操作，记录将自动消失。6.4.2 PubMed检索辅助工具第45页，共74页。8/4/202245使用方法： 在检索结果界面点击记录左侧的复选框，该文献序号将变成绿色。再点“sent to”后选“ Clipboard”。第46页，共74页。8/4/2022

20、466.4.3 主题词/副主题词检索MeSH Database：具有检索功能的MeSH词表。作用：帮助用户查找MeSH词并进行检索。每个主题词的定义和树状结构等信息。提供副主题词选择、主要主题词限定、扩展主题词等功能。2.MeSH的使用 印刷本Medical Subject Headings MeSH Browser UMLS Metathesaurus MeSH Databases第47页，共74页。8/4/202247第48页，共74页。8/4/202248主题词及其解释、沿革副主题词选择扩展下位主题词主要主题词限定入口词列表第49页，共74页。8/4/202249第50页，共74页。8/

21、4/202250第51页，共74页。8/4/202251此界面供检查检索词或用布尔逻辑增加检索词第52页，共74页。8/4/202252microbiology (MI)与器官、动物和高等植物以及疾病主题词组配, 说明与其有关的微生物学方面的研究, 对寄生虫方面的研究则用“寄生虫学”。微生物学的下位词包括：病毒学。virology (VI)用于器官、动物和高等植物以及疾病的病毒学研究。细菌、立克次体、真菌等用“微生物学”，对寄生虫方面的研究用“寄生虫学”。标引要求使用最专指的副主题词。副主题词在应用范围上相互独立。第53页，共74页。8/4/202253正确的检索策略优点：1）与课题要求相吻合

22、，提高查准率。2）在精力与时间允许范围内。第54页，共74页。8/4/2022546.4.4 其他检索服务一. Clinical Queries： 临床咨询二. Citation Matcher：单篇/多篇 引文匹配器三. Journal Browser：期刊浏览器第55页，共74页。8/4/202255一. Clinical Queries临床咨询Clinical queries具备特殊的过滤器装置，帮助临床医生更快捷获取与临床关系密切的PubMed数据：如有关疾病的病因学、预后、诊断、预防以及治疗等方面的信息，以及获取系统综述、医学遗传方面文献。能滤除部分不相关或相关性差的文献。第56页，

23、共74页。8/4/202256第57页，共74页。8/4/2022571）Search by Clinical Study Category 治疗（therapy)研究范畴 诊断（diagnosis） (Category) 病因（etiology） 预后（prognosis） 临床预报指南（clinical prediction guides ）强调程度 灵敏度（broad, sensitive search） (Scope) 专指度 （narrow, specific search） 第58页，共74页。8/4/202258 2）Systematic Reviews第59页，共74页。8/4

24、/2022593）Medical Genetics Searches 全部诊断鉴别诊断临床记录管理遗传咨询分子遗传学遗传学试验第60页，共74页。8/4/202260二. Citation Matcher单篇/多篇引文匹配器 单篇引文匹配器可通过已知的刊名、日期、卷、期、论文首页码、作者名等任一项信息查找论文的题录。经常用于核对参考文献的著录细节。 多篇引文匹配器是给出版商用的，一般用户不使用。第61页，共74页。8/4/202261第62页，共74页。8/4/202262三. Journal Database：期刊浏览器 查找指定期刊上发表的文章。可分别以期刊的全名或名称某个词、期刊名称在M

25、EDLINE的缩写或ISSN号来检索；若点击超链 journals with links to full-text web sites，可获取与PubMed链接提供全文的期刊名单。第63页，共74页。8/4/202263第64页，共74页。8/4/2022646.5 检索结果的处理6.5.1 显示检索结果(Display)：PubMed可用6种不同的格式显示检索结果，默认Summary格式。可通过Display下拉菜单选择其它显示方式：Brief，Abstract，Citation，MEDLINE and ASN.1等，可以根据需要进行选择。 点击Show键，可选择每屏显示记录的条数。 点击Sort键，可以对检索结果进行排序。第65页，共74页。8/4/202265每页显示的记录条数排序第