GeneBank数据库使用

1、NCBIGenBank数据库结构NCBIGenBank数据库数据注释数据库数据注释(/genbank/ )NCBIGenBank数据库结构数据库结构NCBIGenBank数据库结构(/genbank/NCBIGenbankNCBIGenbank 查找页面NCBID31716描述部分NCBICDs are recurring units in polypeptide chains (sequence and structure motifs), the extents of which can be determin

2、ed by comparative analysis. Molecular evolution uses such domains as building blocks and these may be recombined in different arrangements to make different proteins with different functions. CD s编码序列，含终止密码子 polyA_signal 多聚A信号 NCBID31716特性表序列本身关键字CDs are recurring units in polypeptide chainsNCBID317

3、16序列本身NCBINCBI序列结束4859 bpNCBID31716NCBIGenBank数据记录NCBIGenBank数据记录NCBIGenBank数据库结构NCBIGenBank数据库结构NCBIGenBank数据库NCBIGenBank数据库NCBI注释内容NCBILOCUSNCBIACCESSIONNCBIKEYWORDSNCBISOURCENCBIREFERENCENCBIFEATURESNCBIORIGINNCBIGenBank数据库数据库格式NCBIGenBank数据库数据库数据库格式数据库格式(1)NCBIFASTA格式序列的提交NCBIGenBank数据库数据库格式(1)N

4、CBIGenBank数据库数据库格式(2)NCBIGBFF文件格式NCBI头部中部尾部NCBIGBFF格式NCBIGBFF格式头部Locus行NCBIGBFF格式头部格式头部Locus行行NCBIGBFF格式头部Locus行NCBIGBFF格式头部Locus行NCBIGBFF格式头部Locus行NCBIGBFF格式头部Locus行NCBIGenBank分类码（GenBank Division）NCBIGBFF格式头部Locus行NCBIGBFF格式头部DEFINITION行NCBIGBFF格式头部DEFINITION行NCBIGBFF格式头部-ACCESSION行NCBIGBFF格式头部-AC

5、CESSION行NCBIGBFF格式头部VERSION行NCBIGBFF格式头部VERSION行NCBIGBFF格式头部KEYWORDS行NCBIGBFF格式头部 SOURCE行NCBIGBFF格式头部REFERENCE行NCBIGBFF格式头部REFERENCE行NCBIGBFF格式中部 NCBIGBFF格式中部NCBIGBFF格式中部FEATURESNCBIGBFF格式中部FEATURESNCBIGBFF格式中部FEATURESNCBIGBFF格式中部特性表关键词NCBIGBFF格式中部特性表关键词NCBIGBFF格式中部特性表关键词NCBIGBFF格式中部特性表关键词NCBIGBFF格式

6、中部LocationNCBIGBFF格式中部LocationNCBIGBFF格式中部LocationNCBIGBFF格式中部LocationNCBIGBFF格式中部 Qualifiers易患痛风的关节炎过氧化氢酶NCBI常见的特性表关键词所使用的限定词 NCBI常见的特性表关键词所使用的限定词(续) NCBIGBFF格式尾部ORIGINNCBI总结NCBI图C2.2人类某一EST克隆的Genbank(dbEST)NCBINCBINCBIEMBLNCBIEMBL的研究内容的研究内容NCBIEMBL的研究内容NCBIEMBL数据记录NCBIEMBL数据库结构NCBIEMBL数据库结构NCBIEMB

7、L数据库结构NCBIEMBL数据库记录注释代码和内容说明NCBINCBIhttp:/www.ebi.ac.uk/ena/NCBINCBINCBI相关文献数据库(DR) 的说明NCBIEMBL数据库记录相关文献数相关文献数据库据库NCBI相关文献数据库(DR) 的说明NCBI相关文献数据库(DR)的说明NCBIGeneral InformationNCBIAdditional InformationNCBIAdditional InformationNCBISequenceNCBIPrimary Accession头部NCBIPrimary Accession中部NCBIPrimary Acce

8、ssion尾部NCBI序列文件格式NCBI序列文件格式例子（Fasta）NCBI序列文件格式例子(GenBank)NCBI 序列文件格式例子(GenBank)NCBI序列文件格式例子（GCG）NCBI序列文件格式例子（GCG）NCBI序列文件格式例子(ASN.1)ASN.1是NCBI用来存储和维护所有数据的格式 NCBI基因组数据库的注释NCBI基因组注释工具 NCBI基因组注释工具NCBI基因组注释工具NCBI微生物基因组序列合作注释工具 NCBIWhat Is There(WIT)“What Is There”(WIT)，由Argonne国家实验室的Ross Overbeek和密西根州 大

9、学的Niels Larsen合作研制，Web节点/WIT2/TIGR已经使用WIT注释各种基因组数据。WIT Web节点/WIT/HTML/curate.htmlNCBI/Genbank/index.htmlAuthorsSequinBankItSequence dataGenBankAccession number2 daysDraftrecord序列提交NCBI在线提交序列（BankIt）NCBI在线提交序列（BankIt）NCBINCBI填写表单信息（1）填写表单的内容包括四个方面一些注意事项和介绍NCBI填写表单信息（2）基本信息：提交的序列数目，联系人的信息，公开序列发布日期等。NCBI填写表单信息（3）参考信息：序列作者，相关文献等信息NCBI填写表单信息（4）来源信息