蛋白质体核心实验室ProteomicsResearchCoreLaboratory

1、 蛋白質體核心實驗室蛋白質體核心實驗室Proteomics Research Core Laboratory附醫分機：附醫分機：2761學校分機：學校分機：1541、15400.00.51.01.54x10I nt ens. a. u. 100020003000400050006000700080009000m / z1865.0601778.0241449.8171690.9942021.1601562.8971211.7071348.7661905.1013156.8271934.1202602.3912931.4462271.1932752.5380.000.250.500.751.00

2、1.254x10Intens. a.u.125015001750200022502500275030003250m/zm/z025050075010001250150017502000 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5Abs. Int. * 1000aHWbITHRIHyHb 3b 4b-18 4b 5b-18 5a 6b 6b-18 6b 7b-17 7b+18 7a 8b 8b-17 8y 8a 9b 9b-17 9a 10b+18 10y 10y-17 10b 11y 11a 12a 15b+18 15b+18 16y 16 實驗室簡

3、史實驗室簡史 本校蛋白質核心中心於李英雄研發長的領導下建構於本校蛋白質核心中心於李英雄研發長的領導下建構於20062006年年1212月。蛋白質體的研究提供了在醫學研究上的一項跨時代的月。蛋白質體的研究提供了在醫學研究上的一項跨時代的突破。所有疾病的發生都是導因於基因、蛋白質、甚至代謝物突破。所有疾病的發生都是導因於基因、蛋白質、甚至代謝物的作用層級，因此蛋白質體的研究可幫助整個致病機制的了解，的作用層級，因此蛋白質體的研究可幫助整個致病機制的了解，未來更可應用於預防醫學，藥物開發等等。未來更可應用於預防醫學，藥物開發等等。 實驗室遠景實驗室遠景近程近程: :促進中國醫藥大學和院區各種有關蛋白

4、質體分促進中國醫藥大學和院區各種有關蛋白質體分析析 的研究合作的研究合作 。 中程中程: :透過生物醫學上蛋白質體分析於多方面的癌症透過生物醫學上蛋白質體分析於多方面的癌症研研 究，達到提升中國醫藥大學和醫院的研究及研究，達到提升中國醫藥大學和醫院的研究及研究究 技能。技能。 長程長程: :利用新穎的蛋白質體分析技能，創造出新的生利用新穎的蛋白質體分析技能，創造出新的生物物 資訊與研究領域。資訊與研究領域。 研究目標研究目標 蛋白質體核心實驗室之研究範圍包含基礎及臨床，主要是整合蛋白質體、基因體及生物資訊等技術，系統性的研究人類、動物或細胞株等生物樣品。 蛋白質體核心實驗室主要技術為影像質譜儀

5、、磁珠平台質譜系統、液相層析質譜系統、DIGE二維電泳系統及其他功能性基因體技術等，期許實驗室之研究對於疾病之診斷及預後具有評估功能。-80冰箱冰箱抽氣抽氣櫃櫃倒立倒立 顯微鏡顯微鏡實驗室空間規劃實驗室空間規劃Robot-20冰箱冰箱4 冰箱冰箱Ultraflex TOF/TOFMASCOT資料庫資料庫LC-MassLC 樣品盤樣品盤收集系統收集系統RobotRobot二二 維維 電電 泳泳 設設 備備Bench研究助理研究助理研究助理研究助理研究助理研究助理助理研究員助理研究員PCPCBench藥品櫃藥品櫃廖欣儀廖欣儀水水 槽槽廖彣欣廖彣欣劉玉晴劉玉晴陳朝榮陳朝榮正立正立 顯微鏡顯微鏡PCP

6、CTyphoon system1.等電位點聚焦儀等電位點聚焦儀(Iso-electric Focussing ；IEF):根據蛋白質等電點的不同進行分離根據蛋白質等電點的不同進行分離 如如:IPGphor (Amersham Biosciences)。2.二維電泳二維電泳:依據蛋白質分子量的不同進行分離依據蛋白質分子量的不同進行分離(如如:HOEFER SE600 Ruby)。3.圖像分析圖像分析:Coomassie、銀染或螢光染色等各種膠體的影像分析。、銀染或螢光染色等各種膠體的影像分析。4.PROTEINEER spII_Automated Spot Picker:膠體上的點以自動化機械手

7、臂將點擷取。膠體上的點以自動化機械手臂將點擷取。5.PROTEINEER dp_Digest & Prep Workstation:擷取後的點以自動化機械手臂進行擷取後的點以自動化機械手臂進行in gel digestion。6.ClinProtRobot：自動化機械手臂。：自動化機械手臂。7.飛行式質譜儀飛行式質譜儀(MALDI-TOF/TOF)：ultraflex III TOF/TOF8.液相層析質譜儀液相層析質譜儀(LC/MS/MS) : ESI-Ion Trap MS(n)_HCTultra 9.Nano 2-D HPLC System with MALDI micro-Fr

8、action Collector: PROTEINEER fc_LC- MALDI Fraction Collector10.資料庫資料庫(Data base): MASCOT (Intranet version of the internet search software from Matrix Science)實驗設備儀器實驗設備儀器實驗設備儀器實驗設備儀器二維電泳系統二維電泳系統 - IPGphor 3、 HOEFER SE600 RubyIPGphor 3SE600 RubyTyphoon TrioEttan IPGphor 3 system overcomes the most c

9、ommon hurdles of existing technology, to consistently deliver speed, reproducibility, and handle increased protein loads. The Ettan IPGphor 3 unit has undergone a complete redesign to provide an even higher level of quality and reproducibility with improved sample handling and PC control. Typhoon 94

10、10 is a high performance gel and blot imager with the capability of microarray analysis. It offers three methods of detection: storage phosphor, fluorescence and chemiluminescence. 實驗設備儀器實驗設備儀器MALDI TOF/TOF - smartbeam laser technology combines Nd:YAG laser characteristics with nitrogen laser perfor

11、mance, a must for MALDI Imaging. High mass resolution across a broad mass range, delivered by the proprietary panoramic PAN technology. Optimum result without tuning or changing parameters. Unique T3-sequencing capabilities, allowing top-down sequence analysis on many intact proteins.High-throughput

12、 analysis and sensitive detection of labile protein modifications delivered by tunable laser speed from 1-200Hz. 實驗設備儀器實驗設備儀器 -HCT ultra PTM Discovery system、PROTEINEER fc、UltiMate 3000Protein identification Protein characterizationDe novo peptide sequencing Differential proteomicsMetabolite profili

13、ng UltiMate 3000HCT ultra PTM Discovery systemPROTEINEER fcPROTEINEER dp - Digest & Prep Workstation PROTEINEER dp is an integrated workstation for gel spot digestion and processing including MALDI preparation, and thus automates the PROTEINEER workflow from 2D gel separation to mass spectrometr

14、ic identification and characterization. 實驗設備儀器實驗設備儀器PROTEINEER spII -Automated Spot Picker The PROTEINEER spII Spot Picker enables automated 2D gel imaging, spot detection and selection from 2D gels into 96 micro well plates. As part of the PROTEINEER system, the sp automates the Proteomics workflow

15、 from 2D gel separation to mass spectrometric identification and characterization. 實驗設備儀器實驗設備儀器ClinProt Robot The ClinProtRobot automatically carries out all necessary preparation steps of the samples including the final spotting on the MALDI target, ready for MS analysis. All pipetting steps are pe

16、rformed by the robot without the necessity of user intervention thus providing highly reproducible mass spectra.實驗設備儀器實驗設備儀器- Prep Station for biomarker discovery 實驗儀器開放項目實驗儀器開放項目MALDI TOF/TOF :開放時間：每週一開放時間：每週一五中午五中午LC/MS/MS :開放時間：每週一開放時間：每週一四四開放時間：每週四下午開放時間：每週四下午HCT-ESI/MS/MS:其他其他: :二維電泳系統、膠體掃描器、正立

17、顯微鏡、倒立顯微鏡、二維電泳系統、膠體掃描器、正立顯微鏡、倒立顯微鏡、分析軟體分析軟體其餘時段為儀器保養時間其餘時段為儀器保養時間實驗方法實驗方法 Gel-based proteomics approaches: - 2D-SDS-PAGE - In-gel digestion Mass-based proteomics technologies : - Magnetic-beads for clinical proteomics - MALDI mass spectrometric imaging Bioinformatics and software technologies: - Multivariate statistical analysis - ClinProtools - Principle component analysis - Self-organizing map and hierachical clustering analysis實驗技術實驗技術蛋白質體相關實驗：蛋白質體相關實驗： (1)Gel-based : 二維電泳、銀染及二維電泳、銀染及CBR染色、染色、In-gel digestion技術技術 (2)Mass-based : MALDI-TOF-TOF、LC MS/MS、MALDI-Imag