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文档简介

1、2021/8/141Zakery2016年5月26日 如何在phytozome中找物种同源基因并用DNAman比对序列2021/8/142首先到phytozome网站上选择你要找的物种，比如水稻Oryza sativa v7_JGI (Rice)2021/8/143 点击点击BLAST search2021/8/144在在target type中选择中选择proteome，把氨基酸，把氨基酸序列复制到序列复制到BLAST框中，点框中，点GO2021/8/145这是结果，得分越高说明同源性越高这是结果，得分越高说明同源性越高2021/8/146点击第一个前面字母点击第一个前面字母G，得到如图可以

2、看到，得到如图可以看到CDS sequence和和Peptide equence2021/8/147把基因名和把基因名和CDS序列如图复制到记事本，把序列如图复制到记事本，把txt格式改为格式改为SEQ格式（直接更改扩展名）格式（直接更改扩展名）2021/8/148接下来就是用接下来就是用DNAman分析了分析了选择输入序列2021/8/149选择序列文件所在位置2021/8/1410注意输入的序列是DNA或者是蛋白质序列,打勾相应的选项然后一直点击下一步2021/8/1411选项不需要修改,默认就行2021/8/1412选项不需要修改,默认就行2021/8/1413选项不需要修改,默认就行2

3、021/8/1414注意,由于是用了免费的版本,它会在这里加上了一段标记,手工去除它.序列前面一般会加上CREATED.FEATURESLCATINQUALIFIERS这一段标记2021/8/1415这是去除后的序列情况2021/8/1416点击这个按钮,出现下拉菜单2021/8/1417保持EMF格式的文件即可,然后用图片查看器打开可以放大缩小而不改变像素2021/8/1418前面软件演示所用的序列比对后做出来的图注意注意:由于前面软件自由于前面软件自动加了约为几十个动加了约为几十个bp长度的标记长度的标记,因此在所因此在所获得的图中获得的图中,会在尾部会在尾部出现出现N多个点多个点,不影响

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