pfge标准方法

1、PFGE 标 准 方 法第一天一、 胶块的制备1、在 Falcon 2054管上标记样品名称和空白对照，分别加入约 2ml 细胞悬 浊液（ CSB）；2、在 eppendorf 管上标记好对应样品的名称；3、在模具上标记好对应样品的名称；4、用 CSB湿润接种环，从培养皿上刮取适量细菌，均匀悬浊于CSB中，用 bioMerieux Vitek colorimeter 测其 OD值，并调整至 。如果 OD值大于，加 入 CSB稀释；如果 OD值小于，增加菌量提高其浓度。 OD是 optical density （光密 度）的缩写，表示被检测物吸收掉的光密度，是检测方法里的专有名词，检测单位用OD

2、值表示， 1OD 1og（1 trans ），其中 trans 为检测物的透光值。光通过被检测物，前后的能 量差异即是被检测物吸收掉的能量， 特定波长下， 同一种被检测物的浓度与被吸收的能量成 定量关系。5、取 400l 细菌悬浊液于相应的 eppendorf 管中，置于 37水浴中孵 育 5 分钟。将剩余的细菌悬浊液置于冰上直到胶块制备好放在水浴摇床 中。6、从水浴箱中取出 eppendorf 管，每管加入 20l 蛋白酶 K（Merk 公司 ）（储 存液浓度为 20mg/ml）混匀，使其终浓度为 ml。制备好 1%Seakem Gold（Bio-RAD, 伯乐公司 ） ：1%SD（S十二烷

3、基硫酸钠） ，放于 56水浴箱 中。SeaKemG old 琼脂糖是一种高凝胶强度，低 EEO，标准胶凝温度的琼脂糖。这种遗传学 术级别（ Genetic Technology Grade， GTG）琼脂糖最适于脉冲场凝胶电泳法（ pulsed field gel electrophoresis ，PFGE）快速分辨 Mb（megabase） 50kb-10Mb） DNA和常规电泳方法 分辨 1-50kb 的 DNA与 PCR产物。因其低 EEO（电内渗）特性， SeaKem Gold 琼脂糖中的 DNA 电泳迁移速度要显著的高于常规琼脂糖凝胶。 PFGE的跑胶时间依使用的缓冲液和琼脂糖浓度

4、的不同可减少至原电泳时间的 50%。因其高凝胶强度， 即使是使用低浓度 （ %）的 SeaKemG old琼脂糖凝胶， 操作处理依然很方便， 从而允许在常规电泳中分离更大的 DNA片断并减少 PFGE中的 DNA分离的耗时1、在 eppendorf 管中加入 400l 的 1%S eakemG old： 1%SD，S 用枪头轻 轻混匀。 （SK=1g琼脂+90mlTE+10ml 10SDS）2、将混合物加入模具，避免气泡产生，在室温下凝固 10-15 分钟。 注意事项：（1）用后的接种环要放在指定的废弃物容器中。（2）细胞悬浊液、蛋白酶 K 要置于冰上。（3）在混合细胞悬浊液和 1% Seak

5、em Gold：1%SDS时要避免气泡 的产生。（4）混合物加入模具时不能产生气泡。（5）在加 1%S eakemG old：1%SDS的过程中 1%S eakemG old：1%SDS 要一直放在 56水浴箱中。细胞的裂解1、在 50ml 的 screw-cap tube 上做好标记。2、配制细胞裂解液（ CLB）：每 5ml 细胞裂解液加入 25 l 蛋白酶 K（ 20mg/ml），使其终浓度为 ml，然后颠倒混匀。注意：蛋白酶 K 要置于冰上，配制好的细胞 CLB也要置于冰上。3、每个管子加入 5ml 蛋白酶 K/CLB混合液。4、如果想使胶块平齐，可以用刀片削去模具表面多余的部分。（

6、1） 可重复利用的模具： 打开模具， 用小铲的宽头部分将胶块移 入相应的 screw-cap 管中。（2） 一次性模具： 撕掉模具下面的胶带， 用小铲将胶块捅进相应的 screw-cap 管中，将模具、胶带、小铲放入废弃物容器中。5、保证胶块在液面下而不在管壁上。6、将管子放在 54水浴摇床中孵育 2 小时，转速约 170 转/ 分钟。7、 将纯水和 TE（缓冲液 tris-HCL 和 EDTA） 放在 50水浴摇床中预热。三、洗胶块 （为何要反复洗胶块）1、从水浴摇床中拿出 screw-cap 管，盖上绿色的 screened-cap （ 伯乐公 司） 。轻轻倒掉 CLB。在实验台上轻磕管底

7、使胶块落在管底。注意：把管倒置在吸水纸上，使管内液体被尽量排除干净 。随后的操作中也如 此。2、每管中加入 15ml 预热的纯水。3、确保胶块在液面下而不在管壁或盖子上，放回 50水浴摇床中，摇 10 分钟。4、倒掉水，用纯水再洗一次。 、5、倒掉水，加入 15ml预热的 TE，在 50的水浴摇床中摇 15分钟。6、倒掉 TE，用 TE重复洗三次，每次 1015 分钟。7、倒掉 TE，加入 10ml TE，放在 4冰箱保存备用。 注意：要确保胶块在液面下而不在管壁或盖子上。四、胶块内 DNA的酶切1、在 eppendorf 管上标记好相应的样品及 H9812的名称。2、 按照下面的比例配制缓冲

8、液 H的稀释液，混匀。试剂l/ 胶块l /10 胶块纯水180l1800lBuffer D20l200l总体积200l2000l注意：缓冲液要置于冰上。3、在每个 eppendorf 管中加入 200l 缓冲液 H 的稀释液。4、小心从 TE中取出胶块放在干净的培养皿上。5、用刀片切下 2mm宽的胶块放入 eppendorf 管中。确保胶块在液面下面。将剩余的胶块放回原来的 TE中6、用同样的方法处理标准株 H9812的胶块。7、将管子放在 37水浴中孵育 10-15 分钟。8、在用稀释缓冲液孵育的过程中， 按照以下的比例配制酶切缓冲液， 混匀试剂l/ 胶块l /10 胶块纯水175l1750

9、lBuffer D20l200l酶（10U/l ）5l50l总体积200l2000l（1） 将酶置于冰上，用后立即放在 20保存。（2） 用枪头吸出缓冲液 H，避免损伤胶块。9、每管加入 200l 混合液，轻轻在实验台上磕管子的底部，确保胶块在 液面的下面。10、在 37水浴中孵育 至少 2 小时。五、加样（一） 将胶块直接粘在梳子齿上1、调整梳子的高度，使 梳子齿与胶槽的底面相接触。 用水平仪调整胶槽使 其水平。2、从 37水浴中取出胶块，平衡到室温。3、用枪头吸出酶切混合液，避免损伤或吸出胶块。4、 每管加入 200l TBE（Tris 硼酸缓冲液） 。5、 把梳子平放在胶槽上，把胶块加在

10、梳子齿上。如果用的是 10 个齿的梳 子，把标准菌株 H9812加在第 1、5、10 个齿上。6、 用吸水纸的边缘吸去胶块附近多余的液体，在室温下风干约3 分钟。7、把梳子放入胶槽，确保所有的胶块在一条线上 ，并且 胶块与胶槽的底面 相接触 。从胶槽的下部中央缓慢到入 100ml 熔化的在 5560平衡的1SKG。避免气泡的生成； 如果有，用枪头消除 。在室温下凝固 30 分 钟左右。8、记录加样顺序。（二）将胶块直接加在加样孔内1、调整梳子的高度，使 梳子齿与胶槽的底面有一定间距 。用水平仪调整胶 槽使其水平。2、把梳子放入胶槽， 从胶槽的 中央缓慢倒入 100ml熔化的在 55 60平 衡

11、的 1SKG。避免气泡的生成；如果有，用枪头消除。在室温下凝固 30 分钟左右。3、小心拔出梳子。4、从 37水浴中取出胶块，平衡到室温。5、用枪头吸出酶切混合液，避免损伤或吸出胶块。6、每块胶加入 200l TBE平衡。7、用小铲将胶块加入加样孔。8、用溶化的胶封闭加样孔。a） 可以在加样孔中加入 TBE，利用毛细作用将胶块沉在加样孔底，尽 量避免气泡形成。b） 记录加样顺序。六、电泳1、确保电泳槽是水平的。如果不水平，调整槽底部的旋钮。注意：不要触碰电极。 （CHEF-DR111）2、加入 2.2L TBE,关上盖子。3、打开主机和泵的开关， 确保泵设在 70（这时缓冲液的流速约 1L/

12、分钟） 和缓冲液在管道中正常循环。4、打开冷凝机，确保预设温度在 14（缓冲液达到该温度通常需要 20 分 钟左右）。5、打开胶槽的旋钮，取出凝固好的胶，用吸水纸清除胶四周和底面多余的 胶，小心的把胶放入电泳槽，关上盖子。6、设置电泳参数。7、记录电泳 初始电流（通常 120145ma）。8、结束电泳：关机顺序为：冷凝机泵主机。第二天七、图像的获取1、取出胶，放在盛放 400ml EB溶液的托盘内（ EB储存液浓度为 10mg/ml，1：10,000 稀释，即在 400ml 水中加入 40l 储存液）。EB是致畸剂 。储存在棕色瓶中的 EB稀释液可以用 3-5 次。废弃的 EB 溶液应妥善处理

13、。2、将托盘放在摇床上摇 25-30 分钟。3、放掉电泳槽中的 TBE，用 1-2L 纯水清洗电泳槽，并倒掉液体。4、戴上手套 将用后的 EB溶液小心倒入做有标记的棕色瓶中，在托盘中加 入 400-500ml 纯水，放在摇床上脱色 60-90 分钟，如果可能每 20-30 分 钟换一次纯水。5、用 Gel Doc 2000 拍摄图像。 注意：如果背景干扰分析，可进一步脱色 30-60 分钟。6、转换成 *.1sc 文件用于处理分析。八、数据的分析图像的读取 电泳图像通常用 BIO-RAD的 GEL DOC 2000或其它成像系统来获取。其它可以替 代的成像设备，只要具有 CCD相机，可以提供

14、IBM 兼容的未压缩的 TIFF 图像， 且分辨力 768 x 640 像素，能够用 BioNumerics software （Applied Maths, Inc.） 软件与 PulseNet 数据库中其它图像进行对比分析，也可以运用。运用 GEL DOC 2000的简单说明：QUANTITY ON软E 件1、点击 QUANTITY ON按E 钮打开该软件。2、点击菜单 FILE GEL DO。C 注意：需要 1020 秒打开窗口。3、打开抽屉，把胶放在台板上。胶已经经过 EB或 GEL-STAR染色并经过充分 脱色。用黑色胶框把胶放在合适的位置。关上抽屉门。图像的获取1、按下 EPI-L

15、IGHT 按钮打开白光。2、把胶放在调准网格线内， 使胶的加样孔和调准网格线的最上面一条蓝线对 齐。3、保证调准网格线和过饱和按钮 被选中。4、改变镜头的 MIDDLE RING以调整图像的大（顺时针）小（逆时针） ，使图 像占据整个窗口。如果需要，挪动胶在台板上的位置。胶的加样孔、下边 界和左右边界在屏幕上都应该可以看到。5、如果需要，按 BOTTOM RIN以G调整相机的焦距。 注意：焦距的调整只可以偶尔用之， 不可用于每一块胶。 可以用尺子帮助调整焦 距。6、按下 EPI-LIGHT 关掉白光，按下 UV按钮打开透射紫外光。7、点击 AUTO EXPOS以E 确定大概的曝光时间。当图像出

16、现在窗口时， AUTO EXPOSE自动关闭而 MANUAL EXPOS被E激活。8、点击 MANUAEL XPOSE的按钮，调整曝光时间。而调整饱和度时，点击 箭头或 TURNT HET OPR ING以降低光量（如果图像过饱和， 图像显现红色）。 注意：如果出现对话框“曝光可以在 360 秒之间波动”，则需通过改变相机的 像素以调整饱和度。调整饱和度使样品条带没有红色很重要，因为这会影响 BIONUMERIC软S件对胶图像的分析。而胶加样孔的过饱和属于正常现象。9、当图像调整的比较满意时， 按下 FREEZE按钮停止曝光过程。 按下 UV按钮 关掉紫外光（如果开门时 UV灯打开，它会自动关

17、闭） 。图像的输出1、保存图像（ *.1sc ）：FILE SAVE。确保选择正确的路径。文件默认的名字 包括日期、时间和用户。可以改变文件名。2、打印文件： FILE PRINTVIDEOP RINT，也可以直接点击屏幕上的 PRINT 按钮。3、转为*.TIFF 格式： FILEEXPOR TO TIFF IMAGEEXPOR，T选择正确的 路径。4、关闭 QUANTITY ON程E 序： FILEEXIT。5、取出胶放在染色盒内。用软麻布擦掉台板表面多余的液体，用水或70的异丙醇洗干净。试剂储存液的配制1、1 M Tris HCl, pH *121.1 g Tris base 溶于 65

18、0-700 ml 纯水中，加入 80 ml 6 N HCl*， 在室温下调 pH至，加水终体积至 1000 ml ，高压灭菌。或者 157.6 g Tris-HCl 溶于 800 ml 纯水中，在室温下调 pH至， 加水终体积至 1000 ml ，高压灭菌。2、10 N NaOH*400 g NaOH小心溶于 800 ml 纯水中，冷却到室温，加灭菌的纯水 使终体积至 1000 ml 。3、0.5 M EDTA, pH *186.1 g Na 2EDTA 2H2O溶于 800 ml 纯水中，加入 50ml 10N NaOH调 pH至，加水终体积至 1000 ml ，分成数份，高压灭菌。4、20

19、%S odium Dodecyl Sulfate (SDS)* 十二烷基硫酸钠用于 E. coli O157:H7, Salmonella and Shigella sonnei , PFGE将 20 克 SDS小心加入装有 80 ml 灭菌纯水的容器中，在 35 - 45C 轻轻混匀溶解，定容至 100ml。5、20 mg/ml 蛋白酶 K储存液 *100 mg Proteinase K 粉末溶于 5 ml 灭菌纯水中，混匀，分装在 ml 离心管中，每管 500- 600 l ， - 20C保存备用。6、10X Tris-Borate EDTA Buffer (TBE), pH*0.9 M

20、Tris base (108 g)0.9 M Boric Acid (55 g)0.02 M EDTA, pH (40 ml 0.5 M) 溶于 1000 ml 灭菌的纯水中，高压灭菌 注意：如果缓冲液有沉淀生成必须丢弃。7、Ethidium Bromide (EB) *10 mg/ml EB 的储存液用纯水 1:10,000 稀释(即 100 ml 水中加入 10 l 储存液 ) ，(500ml水中加 50ul )。稀释液在丢弃前可以染 5-6 块胶。实验试剂注意 ：用灭菌的玻璃制品、塑料制品和纯水来制备以下试剂。1、Tris:EDTA Buffer (TE), pH *(10 mM Tri

21、s-HCL:1 mM EDTA, pH )10 ml 1 M Tris-HCL, pH2 ml 0.5 M EDTA, pH 用灭菌的纯水稀释到 1000 ml在 E. coli O157:H7, Salmonella and Shigella sonnei , and Campylobacter jejuni PFGE 用 TE Buffer 于: . 溶解 1% SeaKem Gold:1% SDS agarose . 细菌裂解后洗胶块在 L. monocytogenes PFGE 用 TE Buffer 于 :. 悬浮菌细胞 . 细菌裂解后洗胶块2、Cell Suspension Buf

22、fer (CSB)100 mM Tris-HCl:100 mM EDTA, pH用于 E. coli O157:H7, Salmonella , and Shigella sonnei PFGE10 ml 1 M Tris-HCl, pH20 ml 0.5 M EDTA, pH用灭菌的纯水稀释到 100 ml3 、 CellLysis Buffer ( CLB) 50 mM Tris-HCl:50 mM EDTA, pH + 1%N-Lauroyl-Sarcosine, Sodium salt (Sarcosyl)， ml Proteinase K ( 用前再加入)用于裂解E. coli O1

23、57:H7, Salmonella , Shigella sonnei , 和 Campylobacterjejuni25 ml 1 M Tris-HCl, pH50 ml 0.5 M EDTA, pH350 ml 10% Sarcosyl 3用灭菌的纯水稀释到 500 ml，每 5 ml CLB加入 25l蛋白 酶 K 储存液 (20 mg/ml) ，使其终浓度为 mg/ml.5、 TBE Buffer200 ml 5X TBE 用纯水稀释到 2000 ml 或100 ml 10X TBE 用纯水稀释到 2000 ml注意：用来稀释 5X TBE、10X TBE的纯水可以不灭菌 6、SeaK

24、em Gold Agarose做胶块； 电泳胶 报价 seakem gold 琼脂糖 25g 货号 50111 ， 1567 元人民币。可打 9 折。125g 货号 50150 ， BMA， 6422 元。 北京基因公司 ；上海 ；广州 ； 天津 022 ；西安；成都 ；沈阳 济南 ；武汉 ；昆明 ；杭州 4 长沙 ；重庆 ；南京无菌的超纯水8、蛋白酶 K粉末或蛋白酶 K溶液（ 20mg/ml） 6、限制性内切酶E. coli O157:H7, Salmonella , Shigella sonnei XbaI, ，AvrII （ 同切限制

25、内切酶 BlnI） ，SpeI（NotI 可用于 S. sonnei ；但不用于 E. coli O157:H7） L. monocytogenes ， AscI, ApaI Campylobacter jejuni , C. coli ， SmaI, KpnI 器材1、Dade Microscan Turbidity MeterSpectrophotometerbioMrieux Vitek Colorimeter 调整细胞悬浊液的浓度2、微波炉溶胶3、水浴摇床裂解胶块中的细胞 （54 C）用水和 TE（50 C）洗胶块4、56C水浴箱平衡和保温熔化的胶5、25C, 30 C, 37 C水浴

26、箱酶切6、50C水浴箱加热用于洗胶块的水和 TE，酶切7、离心机。8、最少需要两个水浴箱一个平衡到 56C，另一个到 37C。如果需要，温度 可以上下调动。 Listeria PFGE中胶块的 ApaI 酶切需 30C水浴。耗材1、无菌的 Falcon 2054 （12-mm x 75-mm）或 Falcon 2057 （ 17-mm x 100-mm） 用于细胞悬浊液的制备基因公司代理 ，2、无菌的聚酯纤维或棉签用于从琼脂平板上刮取细菌3、无菌的枪头或巴斯得吸管4、无菌的 ml 离心管用于混合细胞悬浊液和胶、酶切5、无菌的 50 ml screw-cap tubes 或 50 ml Oak

27、Ridge tubes 用于装胶块，6、Green Screened Caps （ Bio-Rad 1703711 ）洗胶块时用 伯乐公司 货号 170-3711 。7、模具 10孔（可重复利用的， 2cm x 1cm x 1.5mm ） 50孔（一次性的， 1.5mm x 10mm x 5mm）8、单刃剃须刀、手术刀、平皿或类似物用于切胶块9、无菌的一次性皮氏平皿或大的玻璃载物片用于切胶块10、一端宽、一端窄的平铲 药铲，生工等公司的实验室耗材部分有。11、标准胶槽（ 14 x 13cm 的框和平板）12、10孔的梳子（ 14 cm 长，1.5 mm宽）13、15孔的梳子（ 21 cm 长，1.5 mm宽） Bio-Rad 170-362714、胶水平台15、盛放 EB染液的塑料容器16、70异丙醇、 5%10%的漂白剂或其它合适的消毒剂17、各种体积的无菌烧瓶或瓶子( 50 ml - 2000 ml )