分子标记分析印度与.ppt

Diversity and genetic differentiation among populations of Indian and Kenyan tea ( Camellia sinensis (L.) O. Kuntze ) revealed by AFLP markers 利用 AFLP 分子標記分析印度與 肯亞茶樹族群的歧異度與遺傳分化,書報研讀,作者：S. Paul , F. N. Wachira , W. Powell , R. Waugh 出處：Theor Appl Genet (1997) 94: 255263 指導老師：王裕文 老師 報告學生：蔡依真,茶樹遺傳種源的收集,印度,產生的疑問,那目前肯亞的茶樹族群也是從印度培育的茶樹源起的嗎？,重要茶樹栽培地區,印度 肯亞,作者基本想法,1995年,1996年,茶樹分類,非洲,肯亞,印度,中國,分類產生的問題,以型態、農藝性狀為分類標準,利用分子標記解決,利用生化及分子上的技術來分析這些遺傳上的歧異,利用AFLP分子標記,除了利用AFLP來研究茶樹族群間與族群內的遺傳變異外。我們再次利用AFLP分子標記 來確認茶樹族群的分類,為什麼採用AFLP分析,RFLP,RFLP Restriction Fragment Length Polymorphism,探針尋找,RAPD Random Amplified Polymorphic DNA,AFLP Amplified Fragment Length Polymorphism,實驗驗證AFLP,1997年數個歐洲分生實驗室,參與比較的分子標幟包括 RAPD、AFLP與SSR,AFLP的重現性最高,AFLP 每次分析可偵測到的基因座數目也較多,植物材料,1. Dhoedham 阿薩姆型 2. T-253 中國型 3. TV9 阿薩姆型 4. Sundaram 阿薩姆型 5. P-312 中國型 6. Samsingh 中國型 7. Kangra Asha (KVK-1) 中國型 8. Kangra Jwala (KVK-3) 阿薩姆 9. M-6 中國型 10. M-18 中國型 11. M-51 中國型 12. M-93 中國型 13. C-33 中國型 14. C-37 中國型 15. C-124 中國型,由印度茶葉試驗所收集而來,植物材料,由肯亞茶葉研究機構收集來,16. 382/1 阿薩姆 17. D99/10 阿薩姆 18. 301/2 高棉型 19. 301/3 高棉型 20. 6/8 阿薩姆 21. 7/9 中國型 22. 56/89 中國型 23. 4/28 中國型 24. 14/1 中國型 25. K/Purple 中國型 26. SFS 150 阿薩姆 27. 430/43 阿薩姆 28. BB7 阿薩姆 29. BB21 阿薩姆 30. BB35 阿薩姆 31. TN 14/3 中國型 32. 471/15 阿薩姆,實驗步驟,萃取參試茶樹葉片之DNA,實驗步驟,遺傳歧異度,阿薩姆與中國型都顯出族群內含高度遺傳變異,Shannon基因型歧異度指數 Ho = i1ni,遺傳歧異度,兩個族群都顯示出 有高度的族群內變異,遺傳歧異度,Hpop = 1/nHo 此為n個族群間的平均歧異度 Hsp = 1n 此為考慮全部族群基因型頻度的歧異度 族群內歧異度估值為Hpop / Hsp 族群間歧異度估值為(Hsp- Hpop) / Hsp,遺傳歧異度,比較印度與肯亞茶樹族群,遺傳歧異度,分為中國、阿薩姆和高棉型族群,遺傳歧異度,遺傳歧異度結論,單獨看各個族群：,計算出的肯亞茶樹族群內的歧異度與對印度族群做的觀察非常相似,利用歧異度可以選擇出較正確的分群方法,比較族群間的歧異度：,印度族群內比較：0.410.85,利用相似度表示,肯亞族群內比較：0.350.96,印度與肯亞茶樹比較：0.350.87,親緣樹狀圖分群,阿薩姆型,中國型,高棉型,主成分多變量分析,Kangra Valley 地區,Kangra Jwala,Kangra Asha,結論,在主成分