第七节 微生物的分类、鉴定和保藏课件

第一编环境微生物学基础第二章环境中的微生物第七节微生物的分类、鉴定和保藏

Classification、IdentificationAndConservationofMicroorganisms

第七节微生物的分类、鉴定和保藏TheIntroducedContentsYeast(fortheproductionofbread,beerandvinegar,etc)EnzymepreparationsproducedbymicrobiologyCompostingbasedonmicrobiologyMetallurgyandproductionbymicrobiologyInformationstorage(intotheBacterium)

第七节微生物的分类、鉴定和保藏Japan

Informationstorage(intotheBacterium)

ig.Bacillus

Subtilis

(Bacillusnatto,纳豆菌)

第七节微生物的分类、鉴定和保藏

HumanandFungus第七节微生物的分类、鉴定和保藏

第七节微生物的分类、鉴定和保藏曲霉病(aspergillosis)

第七节微生物的分类、鉴定和保藏天花症状

第七节微生物的分类、鉴定和保藏埃波拉病毒

第七节微生物的分类、鉴定和保藏Howtorecognizethemicroorganisms?Howtoapplythemicroorganismstotheabovesides?Howtodiagnosethediseasescausedbythemicroorganisms?第七节微生物的分类、鉴定和保藏Definition：AccordingtotheaffinityClassification、IdentificationAndConservationofMicroorganisms深层地表中的产甲烷菌tasks：Classification、Identification

、Nomenclature第七节微生物的分类、鉴定和保藏第一节 通用分类单元

SectionⅠGeneralTaxon种以上的系统分类单元（sevengrade）界Kingdom门Phylum（或Division）——亚门纲Class——亚纲

——超目

目Order——亚目

科Family——亚科

——族

——亚族

属Genus

种Species第七节微生物的分类、鉴定和保藏界

门

纲

目

科

属种BasicUnit亚级亚种第七节微生物的分类、鉴定和保藏ⅰNomenclature属名（Genusname）：拉丁文的名词或用作名词的形容词，单数，首字母大写，表示微生物的主要特征，由微生物构造，形状或由科学家命名。种名（speciesname）：拉丁文形容词，字首小写，为微生物次要特征，如微生物色素、形状、来源或科学家姓名等。第七节微生物的分类、鉴定和保藏国际命名法则：林奈的双名法亚种：subsp.（subspecies）变种：var.(variety)学名=属名+种名+命名人姓氏枯草芽孢杆菌：BacillussubtilisCohn荧光假单胞菌纤维素亚种：Pseudomonasfluorescenssubsp.cellulosae第七节微生物的分类、鉴定和保藏Ig.大肠埃希氏杆菌

Escherichiacoli（Migula）CastellanietChalmers1919Ig.金黄色葡萄球菌

StaphylococcusaureusRosenbach1884

当泛指某一属微生物，而不特指该属中某一种（或未定种名）时，可在属名后加sp.或ssp.（分别代表species

缩写的单数和复数形式）Ig.

Saccharomycessp.（表示酵母菌属中的一个种。）

第七节微生物的分类、鉴定和保藏菌株名称——在种名后面自行加上数字、地名或符号等，Ig.

BacillussubtilisAS1.389AS=AcademiaSinica

BacillussubtilisBF7658BF=北纺

ClostridiumacetobutylicumATCC824丙酮丁醇梭菌ATCC＝AmericanTypeCultureCollection美国模式菌种保藏中心当文章中前面已出现过某学名时，后面的可将其属名缩写成1~3个字母。

Ig.

Escherichiacoli可缩写成E.coliStaphylococcusaureus可缩写成S.aureus②三名法：用于对亚种的命名，这时在属和种名后加写一个subsp.，然后再附上亚种名称（斜排体）。如：

Bacillusthuringiensissubsp.galleria

苏云金芽孢杆菌腊螟亚种第七节微生物的分类、鉴定和保藏微生物的名字有俗名和学名两种。Ig.

红色面包霉-粗糙脉孢霉绿脓杆菌-铜绿假单胞菌学名—是微生物的科学名称，它是按照有关微生物分类国际委员会拟定的法则命名的。学名由拉丁词、或拉丁化的外来词组成。学名的命名有双名法和三名法两种。第七节微生物的分类、鉴定和保藏ClassificationUnitfromsubspecies自学内容（self-studycontent）：亚种（subspecies）、变种（variety）、菌株（strain）、种（species）、模式种（typespecies）、新种（speciesnova，sp.nov或novsp.）。第七节微生物的分类、鉴定和保藏Ⅰspeciesandnewspecies种是一个基本分类单位，是一大群表型特征高度相似、亲缘关系极其接近、与同属内其他种有明显差异的菌株的总称。新种：

sp.nov.或nov.sp.，新被鉴定的种发表时应在其学名后标上sp.nov.的符号，新种发表前应将其模式菌株的培养物存放在一个永久性的保藏机构，并应允许人们从中取得。第七节微生物的分类、鉴定和保藏subspeciesvarietystrainClassificationUnitfromsubspecies第七节微生物的分类、鉴定和保藏SpeciestypespeciesIg.E.coli,Bacillushaloduransspeciesnova，sp.Novornovsp.TheInternationalJournalofSystematicandEvolutionaryMicrobiology(IJSEM)第七节微生物的分类、鉴定和保藏Domain第七节微生物的分类、鉴定和保藏三原界系统

第七节微生物的分类、鉴定和保藏第七节微生物的分类、鉴定和保藏ThreeDomainsTheoryBacteriaEukaryaArchaea第七节微生物的分类、鉴定和保藏GeneralSystemofClassificationBacteria：Bergey’sManualofSystematicBacteriology

（vol.7）、TheGenusBacillus

（vol.1）Actinomycete：KeytotheFamiliesandGenusofActinomycete(ByMicroorganisminstituteofChina)Fungus：Smith、Alexopoulos、Ainsworthsystem第七节微生物的分类、鉴定和保藏ⅱClassificationAndIdentification第七节微生物的分类、鉴定和保藏Ⅰ.ClassicIndicatorofInditification第七节微生物的分类、鉴定和保藏MorphologicalCharacteristics

第七节微生物的分类、鉴定和保藏八叠球菌四联球菌葡萄球菌第七节微生物的分类、鉴定和保藏梭状芽孢杆菌短杆菌长杆菌第七节微生物的分类、鉴定和保藏螺旋菌弧菌螺旋体第七节微生物的分类、鉴定和保藏SpecialMorphologicalCharacteristics

第七节微生物的分类、鉴定和保藏AbnomalMorphologicalCharacteristics结核杆菌的异常形态结核杆菌的正常形态第七节微生物的分类、鉴定和保藏第七节微生物的分类、鉴定和保藏SimpleStaining第七节微生物的分类、鉴定和保藏GramStaining第七节微生物的分类、鉴定和保藏ColonyCharacteristics第七节微生物的分类、鉴定和保藏lawn第七节微生物的分类、鉴定和保藏CultureCharateristics反映微生物与氧气的关系第七节微生物的分类、鉴定和保藏Ⅱ.IdentificationTechnology

（mini、simple、fastandautomatic）第七节微生物的分类、鉴定和保藏APISystem菌种基本培养基（液体）

菌悬液检测、编码、查表、鉴定适用于API鉴定细菌有700多种第七节微生物的分类、鉴定和保藏API（APIsystem）（法国生产，可以同时测定20多种生化指标；有20多个塑料小管）

第七节微生物的分类、鉴定和保藏

“Enterotube”System

第七节微生物的分类、鉴定和保藏BiologSystem

(automaticandfast)每个孔中含有不同的底物菌悬液或无菌水第七节微生物的分类、鉴定和保藏

PhysiologicalandBiochemicalCharacteristics

第七节微生物的分类、鉴定和保藏第七节微生物的分类、鉴定和保藏ig第七节微生物的分类、鉴定和保藏Ⅱ.TheModernIdentificationMethod第七节微生物的分类、鉴定和保藏ThreeLevels第七节微生物的分类、鉴定和保藏NucleotideAcidAnalysis第七节微生物的分类、鉴定和保藏Ⅰ、NucleotideAcidAnalysisGCratio(guaninepluscytosinebasemolepercent)

G+Cmol%=（G+C）/（A+T+G+C）*100%

第七节微生物的分类、鉴定和保藏EveryorgansismhasitsownvalueofGCratio.Ig.GC%=25-75%(Bacteria)第七节微生物的分类、鉴定和保藏GCratiotheDifferenceofGCRatio＜2%,withoutsignificance；=2.5-4.0%,thesamespecies；＞5%,differentspecies；＞10%,differentgenus第七节微生物的分类、鉴定和保藏Ⅰ、NucleotideAcidAnalysis（2）DNA-DNAHybridizationHomology＞60%,thesamespecies＞70%,thesamesubspecies=20-60%,thesamegenus第七节微生物的分类、鉴定和保藏

EffectonDNAbyDifferentTemperatures

第七节微生物的分类、鉴定和保藏

EffectonDNAbyDifferentTemperatures第七节微生物的分类、鉴定和保藏第七节微生物的分类、鉴定和保藏第七节微生物的分类、鉴定和保藏DNA-DNAHomologousHybidization第七节微生物的分类、鉴定和保藏（3）16/18SrRNA第七节微生物的分类、鉴定和保藏第七节微生物的分类、鉴定和保藏Advantagesof16/18SrRNASequeceAnalysisa.CommonfortheEucaryotesandtheprocaryotesb.ConstentforPhysiologicalfunctionc.Highforthecontentofcellcelld.StablefortherRNAgenee.ConservativeforsomerRNAgenef.ModerateforMolecularWeight第七节微生物的分类、鉴定和保藏(3)16S/18SrRNAsequenceAnalysisPrincipleMethod第七节微生物的分类、鉴定和保藏PCR仪第七节微生物的分类、鉴定和保藏第七节微生物的分类、鉴定和保藏Evolutionarythree第七节微生物的分类、鉴定和保藏Ⅰ、NucleotideAcidAnalysis（4）GenomesequeceIg.BacillushaloduransC-125，E.coli，第七节微生物的分类、鉴定和保藏Ⅱ、AnalysisoftheCellChemicalComponents（1）Cellwall（2）SugarTypeoftheCellHydrolysate（3）PhosphoricAcidLipid（4）MycolicAcid（5）Quinone（6）FattyAcidandAlcohols(byGasblaketingChromatographicTechnique)第七节微生物的分类、鉴定和保藏

1．ChemicalComponentsofCellwall。第七节微生物的分类、鉴定和保藏2．SugarTypeoftheCellHydrolysate第七节微生物的分类、鉴定和保藏5．醌类的分析

在细菌和放线菌中所含有甲基萘醌（VK）和泛醌（辅酶Q）。在放线菌分类鉴定上有重要价值。第七节微生物的分类、鉴定和保藏Ⅲ、numericaltaxonomyComputerigNCBINationalCenterforBiotechnologyInformation

第七节微生物的分类、鉴定和保藏一、数值分类法即统计分类法：在200年前M.Adanson（1727-1806，法国植物学家）发表的分类原理基础上结合现代计算机技术发展而来的。定义：通过广泛比较分类单位的性状特征，然后计算它们之间的相似性，再根据相似性的数值划分类群的一种分类方法。第七节微生物的分类、鉴定和保藏数值分类的基本步骤1、计算两菌株间的相关系数2、列出相似度矩阵3、将矩阵图转换成树状第七节微生物的分类、鉴定和保藏第七节微生物的分类、鉴定和保藏第七节微生物的分类、鉴定和保藏ConservationofMicroorganisms第七节微生物的分类、鉴定和保藏FactorsAffectingtheStabilityoftheMicroorganismsVariation;Pollution;DeathThepurposesoftheconservationNon-variation;non-pollution;non-death第七节微生物的分类、鉴定和保藏TheExistingQuestionsDuringConservationDegradation第七节微生物的分类、鉴定和保藏ConservationofMicroorganismsAlive、invarableandintortusfortheStrainsBasicRequirementsＢasicＭethodsLivingDomancyPassagebymediumPassagebyhostfreezingdryingInclinedplane/plateLiquidnitrogen、lowtemperaturerefrigerator

Sand-tube、freezingvacuumdrying第七节微生物的分类、鉴定和保藏PincinpleoftheconservationTomakethestrainstobedomancyorsemi-domancyinorderNon-variation;non-pollution;non-death第七节微生物的分类、鉴定和保藏Payattentiontothefollowtingsides：Differentstrainswithdifferentconservativemethods.Toconservateaccordingtothepropertiesofthestrains,thefeaturesandtheexistingconditions.Toapplyvariousmethodstoconservatetheobjectivestrains.第七节微生物的分类、鉴定和保藏BasicMethodsforConservation

Drying

low-temperature第七节微生物的分类、鉴定和保藏Methods

SuspensionmethodofdistilledwaterPassagebyinclinedplaneimmersioninmineraloilDryandFreezingFreezingFreezingvacuumdryingConservationbyhost

GeneEngineerstrainsConservationInstituteofstrains第七节微生物的分类、鉴定和保藏MethodsTemporary

PassagebyinclinedplanePuncturemethodLong-termLiquidparaffinmethodGlyceroltubing-methodSand-tubemethodSand-soiltubemethodFilterpapermethodFreezing-drymethodLiquidNitrogen

第七节微生物的分类、鉴定和保藏Liquidparaffinmethodsimple第七节微生物的分类、鉴定和保藏PassagebyinclinedplaneThinking:theadvantagesandthedisadvantagesofthismethod第七节微生物的分类、鉴定和保藏Immersioninmineraloil

Mineraloil160℃,1~2hMineraloilishigherthanthestaincultureby1cm.1~2年Whichcarbonwillbeuse?strainPuctureinclinedplane第七节微生物的分类、鉴定和保藏Dryandby-vector第七节微生物的分类、鉴定和保藏Freezing-20℃(Common)＜-60℃Liquidnitrogen第七节微生物的分类、鉴定和保藏Freezingvacuumdrying

Strain:stablephase(C=109~1019个/ml)Tosuspensetheliquidstrainwiththeprotetiveagent(suchasdegreasingmilk,sucrose,animalserumandglutamatesodium)Thewatercontentis1%~5%.Tosealandconservateattheroomtemporatureorintherefrigerator10yearsButcomplex第七节微生物的分类、鉴定和保藏Freezingvacuumdrying第七节微生物的分类、鉴定和保藏HostconservationForthefollowingsides:Someanimals/plants/viruses第七节微生物的分类、鉴定和保藏

GeneEngineerstrains第七节微生物的分类、鉴定和保藏ConservationInstituteofstrains

In1979，CCCCMwasfoundedbyChina.第七节微生物的分类、鉴定和保藏ConservationInstituteofstrains第七节微生物的分类、鉴定和保藏Chineseinstitutes第七节微生物的分类、鉴定和保藏国