计算材料学几种常见出错信息

、安装问、安装问题－－出错信息就不提供了1）Windows主要是LICENSE问题，特别是在Windows系统中安装－－只要把LICENSE，一般名为“msilic.lic”拷贝到C:\ProgramFiles\Accelrys\LicensePack\Licenses即可UNIX，license文件应该放在licensepack/licenses没有root帐号，不能mountiso文件每次进入bashTheshellbashisnotsharedlibraries:libmkl_def.so:cannotopensharedobjectfile:Nosuchfileorms_setup.sh-sbash改为sh选择是否启动Gateway如果用的是csh,在安装用户根目录下修改.cshrc(bash用户修改.bashrc),内容如eval`/home/msi/MaterialsStudio/share/bin/ms_setup.sh-scsh`setenvDMOL3_DATAsetenvDMOL_TMPsetenvMESODYN_HOMEsetenvMESODYN_HOMEsetenvPATH并在安装用户根目录下建一个tmp3)LINUXError:PackageArchive'/MPICH.tgz'doesnot没有root帐号，不能mountisocluster还得明确指定installtype,加个参数-tGatewaystartfailed-process6194isnot装的时候不要用root（5）不能多节点多CPUwindows下提交任务的时候总是不能选多机并行。在Runinparallelon选项那里一直只能显示1。主要是没有指定节点，而且没有为各节点制定CPU要修改两个文件里面的cpu数目，具体路径在../Gateway/root_default/dsd/conf下gw-info.sbdgwparams.cfgcuptotalcluster的数目。copyMaterialsStudio\hosts.equivtoetc/hosts.equiv或者自己新建一个......在安装用户根目录下建一个.rhosts文件,hosts.equivMaterialsStudio/MPICH/share/machines.LINUX文件，把要用的计算节点.MaterialsStudio/MPICH/share/machines.LINUX文件，把要用的计算节点......MaterialsStudio/Gateway/root_default/dsd/conf下两个文件gw-info.sbdgwparams.cfg中的totalcpu否则在客户机上的job_control中只能看到安装节点上的rshlocalhostkrb_sendauthfailed:Youhavenoticketscachedtryingnormalrlogin(/usr/bin/rlogin)Lastlogin:ThuMay517:02:10onmpi1）Windows面已经设置了GATEWAY，可以看见LOCALHOST项；提交到其他WindowsGUI程序安装时要安装、网络***病毒，比如最近的arp******、计算时ErrorwhilemonitoringjobRT390:Failureingatewaycommunicationwhilegettingjobmessage.尽管出现以上错误提示，但是此时计算机的内存及cpu（cpu100％），好像作业仍在计算。关掉那个错误提示小窗口，Jobcontrol窗口中显示作业仍然处于Communication-failure状态。GATEWAY计算时，需要保存中间数据，默认的保存间隔对于小系统不存在问题，计算CASEP默认的是每分钟保存一次，可延2小时或更多；一个不经意的问题是一个不经意的问题是磁盘空间，大系统的计算时，会产生很大的数据文件，尤其是在几何优化和分子动力学的计算中，磁盘空间的耗尽也会导致这样的问windows的任务管理器监测，如果不够，调大虚拟内存或增加物理内存；Castep&Dmol计算的时候，自动产生存档文件和相关的目录，MaterialsStudio有两个限制：一是不能使用中文目录和文件名；二是目录和文件名层层嵌套后的总长度<255个字符，比如D:\MaterialsStudio2006\MS_work_dir\Al6O9Files\Documents\Al2O3DMol3GeomOpt\Al2O3DMol3GeomOpt\Al2O3_hist.xtd,这个限制来源于早期的DOS版本对文件路径总长度的限制(FFH)，长了以后也f）单机运行MaterialsStud应该不存在网络通讯和并行错误的问题；一般的，不要使用License2）Errorallocatingreal_bands_qpin3）Errorinallocatingwvfn%coeffsin可以尝试增加缓存，或在jobcontroloptimizationmemory；但这不是根4）CASTEPa）OUT文件中有关优化出来的结构信息拷贝出来，替换原来输入文件中b）如果保存着计算中的.check但是只有在standalone的模式下计算才能得到停电这种情况下的.check文件，gateway的话必须在点击downloadresult以前就去临时文件夹下面copy。如果你将断电前的最后得到的结构继续优化的话，得到的结果将和你原来计算的结果有差异。这是因为如果你是按断电前的结果优化，就等于是一个新的结构优化计算，这个计算的结果可能会和不断电的情况下得到的结果有差异。但是未必这样的结果就不准确，能不能用要靠你对计算的结果进行分析了，这个要看具体的情况，.check文件在的话只是说你可以按照断电前的情况继续算下在.castep和.geom两个文件中都有结构坐标，但是这两个文件中的坐标不一还有，是不是用上述文件中的结构坐标代替所有在.castep和.geom两个文件中都有结构坐标，但是这两个文件中的坐标不一还有，是不是用上述文件中的结构坐标代替所有.cel文件中的坐标，然后就5）、收敛1）SCF首先结构的合理性，如果自建的结构偏离最低能量太大（或失配度太大取消一切对称性，充分驰豫晶格有些结构本身就是亚稳态，scf的各项收敛指标如果设的太高，对于亚稳态就f)改变赝势2）对于绝缘体，可以设置能带占据情况的OPTION3）f层电子问题；6）*Warning*max.SCFcyclesperformedbutsystemhasnotreachedthegroundstate.Warning:electronicminimisationdidnotconvergewhenfindinggroundstate.和收敛有关的参数主要有能量的CUTOFF，SCF的次数，SMEARK点7和收敛有关的参数主要有能量的CUTOFF，SCF的次数，SMEARK点7）interations是定义积分精度的，相当于gaussianintgauss的经验，对重原子如果不用细的积分网格，结果就不准确，特别是频率计算，可能interations的确可以提高精度，特别是对于3）程序,取的不同.根本原因是V(G)G=0是发散的(R.T.Martin的电子结castep是利用周期性,在倒空间进行电子结构计算的.我没有记错的话,Dmol3是在、其他**ULTRAFINE进行优化，计算能量，同时选择计算光学性质，为什么和试验**VAMP常见错误及原-by-1VAMP任务运行失败（IfaVAMPjobMSMSVAMPCalculation对话框会对分析出错原因有所帮助，可是使用服务器控制ServerConsole(Tools提示：可以使用ViewMSVAMPCalculation对话框会对分析出错原因有所帮助，可是使用服务器控制ServerConsole(Tools提示：可以使用View|ProjectLog来及时查看错误信息或警告信息1.1不能运行任务：Run按钮灰色不可用（CannotstartaVAMPjob:Runbuttonisgrayedout.）3D3D件或文本文件，则Run3D结构文件使之为当前文件，则Run按钮可用； 当前文件为周期性结构。VAMP1.2不能运行任务：网关与网络问题（GatewayandnetworkcommunicationVAMP客户端的网关没有注册：在客户端安装的MS用户可以用ServerConsole可用服务器的客户端网关没有注册：VAMP任务，且只有服务器网关被选中才能运行，用户可以用Server基本信息。当通过ServerConsolePC机上注册一个新的网关时，服务器列表被拷贝到客户端PC机上。但当添加一个新的服务器或从网关删除一个服务器时，PC机上的网关信息仍保存，所以必须更新才可使用，可以通过ServerConsole更新；SunkillerSunkiller行，用户可以选择不同的网关进行运算，通过ServerConsole网络问题：MS进行。用户可以用ServerConsole检查网关是否开通及是否运行，如果用同一网关在不同的PC机上能进行任务，则说明是PC机的问题；问题：MS与网关的交流通过分离服务器管理程序完成，此程序为后台在用户的PC机上不能运行，但通过同一网关在别的PC器地址如:18888，查看网关信息；使用ServerConsole时得不到任何网关信息。为确认哪里出现问题，用户需要退出MSDSMgr程序，该程序MS7不能运行任务：客户端问题（ClientsideMS明PC机磁盘已满，用户需要释放空间。不能运行任务：服务器端问题（Serverside7不能运行任务：客户端问题（ClientsideMS明PC机磁盘已满，用户需要释放空间。不能运行任务：服务器端问题（Serverside服务器磁盘空间已满：MS运行过程中任务失败：服务器端问题（Serversideproblems）NotenoughmemoryUnabletocontinue:TerminatingVAMPRerunoptimizationinCartesiancoordinatesusingkeywordXYZandaddkeywordGEO-OKCI计算时出现退化能水平：运行CIcalculation计算时，VAMP退化轨道设置，但并不完全。如果出现这种情况，则CIcalculation会Jobstopped.Tocontinue,specify"LEV-VAMPElectronicOptions对话框中勾选Ignoredegenerateorbitals，可VAMP"""""""""""""UNABLETOACHIEVESELF-1.7.41000Maximumnumberofcycles23），则进一步的优化对几何构型和能量改变很小，且不一定能Maximumnumberofcycles23），则进一步的优化对几何构型和能量改变很小，且不一定能Sunkiller编辑整理，更多内容请来材料科学论坛Sunkiller编辑整理，更多内容请来材料科学论坛振动计算(FORCEcalculation)Gradientsaretoolargetoallowcalculationoftheforcematrix置计算单点能量，则VAMP会终止计算。梯度的最大允许值为10kcal/mol/?，如果需要，可以用关键词LET VAMPAnalyticalgradientsarenotyetavailableford-Pleasespecify这表明如果元素有d轨道，则需要设置构型交互（CIgradients）梯度数，这种情况一般在用AM1*或MNDO/d方法计算时发生，例如，CI用于开1.6下载结果失败（failureofaVAMPjobtodownloadtheVAMP则不会产生输出文件，用户需要仔细检查问题原因，如果输出文件不存在，可以用SvrConoe查看工程日志PotLog，如果在日志中也没有发现文件则可能是服务器磁盘已满；结果文件被删除：VAMP此文件夹不能重命名、移动或删除，否则结果不能被下载。如果文件SvrConoe逐个恢复（如果用户使用URLSveA；PC用户可是释放PCDiscoverStandalonecar/mdf文件格式造成的异常要脱离图形界面运行Discover必须要生成分子结构定义文件，car/mdfMSDiscoverStandalonecar/mdf文件格式造成的异常要脱离图形界面运行Discover必须要生成分子结构定义文件，car/mdfMS自身有把多种其他分子模型文件输出为car/mdf但是，有的时候输出的car/mdf文件在独立运行DiscoverError:molecular_datamdf3由于经常用到BTCLMSmdf文件格式上。按照mdf本号，其后可以有多行以“！”MS格加上一个回车键！（Ultraedit符）问题就出在这里，有的时候，MSmdf注：经过进一步查证，问题可能不是空格问题。而是Discover程序移植于操作系统，因此读入文本文件要求只有LF做换行符，而windowsCR+LF作为换行。只要用UltraEdit另存一下那个mdfunix 分子结构定义周三09/12/2007-10:57—转换为其他自定义文件MS采用了基于XML的文件系统来保存分子结构，后缀是xsd文本文件，只要知道XMLPDBAutoIt编写了一个小程序，可以快速转换#includeMS采用了基于XML的文件系统来保存分子结构，后缀是xsd文本文件，只要知道XMLPDBAutoIt编写了一个小程序，可以快速转换#includeDim$sFile=@ScriptDir&;treeoftagsinXSD$root=$AtomTreeRoot=$root&$AtomProperties=$AtomTreeRoot&$SymmetrySystem=$AtomTreeRoot&$IdentityMapping=$SymmetrySystem$Atom3d=$IdentityMapping&$Bond=$IdentityMapping&;cell(PBC)$SpaceGroup=$IdentityMapping&ConsoleWrite($sFile&"filefound!"&;openxsdfileusing$ret=_XMLFileOpen;wehaveno;openxsdfileusing$ret=_XMLFileOpen;wehavenoDTDfileforthematerialsstudioxsdxml;sobeforeweextractinformationfrom;removethedoctype$rt=_XMLGetAttribConsoleWrite("TheXSDversionis"&$rt&$molname=_XMLGetAttribConsoleWrite("Thenameofthemodelis"&$molname&$rt=_XMLGetAttribConsoleWrite("Thepotentialengergyofthemodelis"&$rt&$rt=_XMLGetAttribConsoleWrite("TheIDofthemodelis"&$rt&;getthecellConsoleWrite("Theunitcell:"&$rt&$rt=_XMLGetAttribConsoleWrite("Vectora"&$rt&$rt=_XMLGetAttribConsoleWrite("Vectorb"&$rt&$rt=_XMLGetAttribConsoleWrite("Vectorc"&$rt&;outputthetotalatom$totalatoms=ConsoleWrite("Totalnumberofatoms";outputthetotalatom$totalatoms=ConsoleWrite("Totalnumberofatoms"&$totalatoms&;outputthetotalbond$totalbonds=ConsoleWrite("Totalnumberofbonds"&$totalbonds&;outputatomandbondinformationtofile(VMF?Output_VMF(@ScriptDir&if@errorFuncOutput_VMF($fnameLocal$file=;writethe$line="VirtualMaterialFile"&$line&="Title:"&$molname&$line&="Description:ConvertedfromMSXSDfile"&$line&="Period111"&$line&="AxesZYX"&$line&="Sgname0000"&$line&="Crystx19.325025.488031.560093.940091.5100100.0000"&$line&="Cells-11-11-11"&$line&=$line&="Cells-11-11-11"&$line&="Molecule:"&ConsoleWrite($line&FileWriteLine($file,$line&;For%i=1To;dim;$nodearray=;ConsoleWrite($nodearray[0]&""&UBound($nodename)&@LF$attarr=ConsoleWrite($nodevalue[1]&""&UBound($nodename)&@LFConsoleWrite("Totalnumberofatomrecordsread:"&UBound($attarr)&@LFFor$k=0ToUBound($attarr,1)-;for$i=0toUBound($attarr,2)-;For$j=0toUBound($attarr,3)-$line&="atom"&@TAB&$k&@TAB&"nnn"&@TAB&$line&=;ConsoleWrite("records"&$k+1&"-"&$line$line&=;ConsoleWrite("records"&$k+1&"-"&$line$attarr=For$k=0ToUBound($attarr,1)-$line&="connect"&@TAB&&@TAB&$line&=ConsoleWrite("records"&$k+1&"-"&$line;writea$line=FileWriteLine($file,$line&周二10/16/2007-14:17—1.foreachi[arraynamesenv]{echo$env($i)周二10/16/2007-14:17—1.foreachi[arraynamesenv]{echo$env($i)setPROJECTsetrandomSeed脚本第一行要求为#BIOSYMdsldatabasehandledbs (c原子的三维坐标$dbsgetxyzatom.Coord$dbsgetxyzatom.CoordMS中的隐藏工具周日06/24/2007-15:24—MS安装目录的studio子目录，你会发现一大堆dllocx周日06/24/2007-15:24—MS安装目录的studio子目录，你会发现一大堆dllocx化了。也就是每个计算模块，都独立地封装到一个ocxdll除了这些，我们还会发现几个exe文件。matstudio.exematserver.exe肯定是服务端程序。还有一个DSmgr.exe(DisconnectedManager)估计和联网计算有关的管理程序。还有一个makeconv.exetrj2ascii.exe，顾名思义这个程序是把cerius2产生的二进制轨迹文件*.trj同，Accelrys在不那么透明的地方。记得以前有个可以转化Insight轨迹文件his具，formhis.exe（如果有朋友问，转化trjMS文件不能用Discover直接分析，更不用说用BTCL了。（直接用Cerius2的朋友就不用这样操心了周二06/05/2007-17:35—可以用于定义刚体结构。例如在模块的几何优化任务中，可以指定子，并在motiongroups对话框中使用‘从选中原子创建MG’。以后进行子，并在motiongroups对话框中使用‘从选中原子创建MG’。以后进行但是一开始我有一个误解，就是motiongroup过研究发现，不是这样。目前，只有设计几何结构优化的地方才会用MGMD法是使用Constraint，也就是约束那些键长、键角、两面角，别无它法。周四06/07/2007-10:03—gateway在实际使用中，（windows局域网环境）MS4.0一段时间，如果服务器timeout*实验：windows*实验：windows140MB的轨迹文件，需要进行AmorphousCED 中的路径名过长周四06/21/200711:26—『SimuWorldhttp://SimuWMSMSmydocumentMSprojects3d分子结构文件abc.xsd行能量最小化，MS会创建一个子文件夹abcDiscoMin果在施行其他计算，比如动力学模拟，那么会在abcDiscoMin255这个子文件夹下面如果再做分析计算，如果新输出的文件名+路径名>255符，MS这个子文件夹下面如果再做分析计算，如果新输出的文件名+路径名>255符，MS只会返回不能计算的错误，并不能提示是路径名太长这个原因。（要是文献，或者一些数据库，比如CCDC。然你要了解一些基本的群论知识.MS自带了一些材料的晶体结构,你可以查询一下2mscastepcpu是几个核心，它只有一个核心33MS3.1Linux版本，串行的DMol3可以成功运行。Xeon5320(四核)服务器，rshrlogin均开启，RHEL4.6系统。其中hosts.equiv的内容如下：machines.LINUXPIxxxx(xPIxxxx(x为数字)localhost3/home/www/MSI/MS3.1/DMol3/bin/dmol3_mpi.exe把/etc/hosts改为4dos图中,spd的贡献,我想问的是3s的贡献.比如更高能量的3p是否可能出现在dos中3p电子，DOS1p1sDOS引起的，虽然按照教科书上的d轨道上没有电Cdos并非指电子出现的几率,而是能级的密度.3p构成导带能级不可能吗?没有d电子出现d的贡献可以理解是跃迁过去,那是不是也不否认3p的可能?Dpsdd估计是做轨道投影的问题。vasp5MSCASTEP（C,VGGA（LDA的电子密度n（r）来决定那点交换-相关能局域密度近似（LDA）CeperlyAlder`s（ＧＧＡ（n(r)|中广泛采用的GGA，比如Becke,Lee,ParrandYang(BLYP)是经验性。LYPLaplace算符，因此严格上讲属于Jacob阶梯的第三阶，但通常我在RHES4.6上安装MS3.0castepdmolRunDMol3.sh大小为零，没有东西，同时在share下也没有bin目录，也找不到ms_setuo.sh脚本/home/sript/MSI/3.0/3rdParty/regxpcom:errorwhileloadingsharedlibraries:libcxa.so.3:cannotopensharedobjectfile:NosuchfileorMaterialsStudio3.1ISOlicene.datlinuxStudio3.1linux版本的步骤mount-oloop/home/firefox/MS_MODELING.iso3）、然后指定你 所在的目录，我们假定也是放/home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack目录中，那么先建4）下面把你所得到 文 拷贝msilicense.dat安装好了。下面就是把gateway./msgateway_control_18888Gatewaystartsucceededrunningasprocessxxxx5ie的地址栏输入，:18888则页面会显示该机器上已经安装好的计算基本就安装成功了。(root安装它)7NaYF4的电子云分布进行模拟计算,请各位高手指点怎么计算??如果有NaYF4的结构的话,请分享一下.如果没有文献，可以上无机晶体结构数据库ICSD查询，如果查到，直接导出来可以用dmol和castepcastepvisulizerok8、问：各位高手请教一下用demolJHUMO,LUMO图，其中的黄色蓝色答：dmolpropertieshomolumoanalysisorbitalshomolumoimporthomolumoLINUXCLUSTERCPU计算利用率很不均衡也不稳定有时候100%有时候0%LINUX进程处与sleeping状态只有那一个CPURUNCASTEP模块，KCPU数的整数倍，但是算能带的时候不知道如何调节K点数目，KCPU上分布不均造成的NFS的效率如何评估B50%CPUCcpu进行计算,如果是一个,那就是你发生的问题原因,如果不是一个,而是选择几个cpu进行计算,那么应该是节点之间的通讯问题了,alphaalphabetatotalspin计算的时候必须把自旋极化－spinpolarizedError:SCFiterationsnotconverged 50Message:SCFnotconverging.Choose"UseSmearing"onDMol3SCFpanelorset"OccupationThermal"intheinputfileYoumayalsoneedtochangespinorusesymmetryResubmitDMol3Message:DMol3jobfailedError:DMol3exiting答：SCFnotconvergingChooseUseSmearingonDMol3SCFpanelorset"OccupationThermal"intheinputfile你错误的原因是体系在50步内不能收敛,你可以增加收敛计算步数,比如增加到系统提示你改变"UseSmearing"和"OccupationThermal"的设置参数(这两个参数在设置对话不收敛，解决方法一加大圈数，DMol3calculations－》electronicMore选项－》SCF选项，中Max.SCFCycles加大，最多就用方法二，加大smearing设置重小到大逐渐增大，smearing一步一步来，或者是smearing慢慢变小，这1.(1x1)CO中(1x1)K││-resolved是什么意思？supercellthegeneralizedgradientapproximationstructuralrelaxationsatight-bindinglinearmuffintinorbital(TB-LMTO)methodtheTB-LMTOmethodtheK││-resolvedK││-resolvedDOSattheFermienergyMS答：11×1)表示的是表面的构型，2×2是(1×1)xy上分别用两倍单位平移定义表面的晶格常数a和b，c轴与表面方向平行，csupercellgeometry——theViennaab-initiosimulationpackageVASP)——thegeneralizedgradientapproximation——广义梯度近似theplanewaveexpansion——平面波展开structuralrelaxations——atight-bindinglinearmuffintinorbitalTB-LMTOmethod——紧束缚线性丸盒轨道theTB-LMTOmethod——紧束缚线性丸盒轨道方法theprincipal-layerGreen’sfunctiontechnique——？theK││-resolvedtransmission——？7先计算出态密度。然后通过由玻尔兹曼方程推导出的电导率公式来算,见固体物理。提供GeorgK.H.Madsen,DavidJ.Singh.ComputerPhysicsCommunications175(2006PhilipBAleenWarrenE.PickettHenryKarkauerPhyscicalReviewB3719882721~2726.13、请问：在用CASTEP计算材料空位缺陷时，如何才能实现只取一个空位呢？答：降低对称性，再DELETE一个原子就可以了makesupper14、[求助]MS10-2010-20MS里的分子模拟功能是否可以模拟出一些能量局部最小化的构型？答：A、可以，dmolB不过我琢磨了半天，好像无论是GaussianMS,1010的构型，第111111（1110原子的构型进行微扰）得到不同能量的局部的低能构15、msdiscovermsdiscover完的任务，serverconsole打不开，无userestartdate选项，就MSDmol3HOMOLUMO轨道的电还有一般用HOMO和LUMO轨道的电子云说明什么问题啊？我看很多文献说什么(π-π)派-派跃迁就是3.1415926所代表的那个希腊字母CASTEPDMol计算得到的能带，要看能带的带系宽度，是怎样看？是默认费米能级为0吗？那就是只看0附近的宽度吗？答：A、0B、我没有仔细的看过castep我印象中，对于非金属，castep的费米能级是在价带顶，找出价带顶最大的那个能量和导带CASTEPDMol计算得到的能带，要看能带的带系宽度，是怎样看？是默认费米能级为0吗？那就是只看0附近的宽度吗？答：A、0B、我没有仔细的看过castep我印象中，对于非金属，castep的费米能级是在价带顶，找出价带顶最大的那个能量和导带值去算gap0eV上下最高和最低两个能带在某个高对称点(G，X、R点等)之间的能量0eV0eVTable2Bonddistances(A˚)andOverlappopulations(/E/in1.8311.9631.831.8312.0662.1071.9892.0701.9381.9121.9951.9882.0652.1652.0972.0721.8531.8542.0061.8651.9361.9501.9832.0561.9681.9611.9501.976答：A、OverlappopulationsB0表示纯离子键。CASTEPpopulation选项这个我已经算了bondpopulationatomicpopulationbond在.CST或者.CASTEP也答：AD2.8GHz1G内存CPU30-60P2.82G也不嫌多的！用demol可以解决的Dcpums内存大是必须的，2G基本上可以，如果4G更好，反正现在内存也不是太贵Constraints”XYxyXYxy方向的笛卡儿或者分数坐jobexplorerrunning,答：与计算速度有关的因素：cpu速度，内存大小，缓存多少，硬盘和主板接口速度等。不知道你是用winxp版本还是linux/unix版本23CASTEPReflexXRDCASTEP中的.xsdReflex结果在reflex里面选powerdiffraction点caculateokMSMScarxyzExportmol另存为xyz文件即可[Lasteditedbycsfnon2008-4-22at12:531编辑引用举报该帖宾:币:量:册:自宾:币:量:册:自:态:别:业:4.21【评价】★★★★★(五星级,优秀推荐MSMScarxyzExportmol另存为xyz文件即可25、DmolDmol3算体系的能量，算了其频率，输出文件中一大堆数据看不懂都是什么啊？哪里有详细说明吗？help里好象没有啊。不知道vibrationaloutmolN3N－63N30，表示所有原子沿着Z）注意，注意，dmolLOTO分裂，而且对于晶体而言只能算布里渊区G点的26CPU0CPU利用就是0，再开始新的任务利用率就不是0了，这cpu的利用率择achieve，可能数据仍是不完整的。runing状态，因此不会有结果。CASTEP计算中，kpointkpoint444996数很多（比如40-60个）的绝缘体，可能仅Gamma点计算。对于表面（层面）的超晶胞计算，仅需要（垂直于表面）z1czk点（kc改回k果越不准确。ka，b，ckak点数，计算能量收敛曲线。对于表面相关计算，kk点数，计算能量收敛曲线。对于表面相关计算，k12z轴方向DPD10001000步，怎么办？是要重新setup中，设定2000嘛？有办法让他在1000步基础上继续运算嘛？答：RestartingaDPDrunAttheendofaDPDrunandatspecifiedintervalsduringtherun,DPDsavesarestartfile,.Dpd_rst.fileisdownloadedattheendoftherunandcontainsthepositionsandvelocitiesofalltheItenablestorestartthesimulationfrompartwaythroughorattheendofthepreviousDPDrun.TorestartasimulationSelectthemesoscaletrajectorydocumentfromtherunyouwishtoChooseModules|DPD|CalculationfromthemenuLoadtheparametersfromtherunyouwishtorestart,bydouble-clickingontheSettingsintheProjectCheckOntheSetuptab,choosewhethertoReinitializeChangethelengthoftheNote.Thetimestepcounterisnotresetbetweensimulations.Therefore,therestartedsimulationwillruntheNumberofstepsspecifiedontheSetuptablessthenumberofstepsalreadyIfdesired,specifynewoutputoptions,simulationconditionsandinteractionPressNote.TheRestartcheckboxisenabledonlyifarestartfileispresent.However,thisfilecannotseeninProjectExplorerwindow.YoucanusetheWindowsExplorertoverifythatthefileNote.Whenyourestartasimulationyoucanmodifysomeparameterssuchasthelengthoftherun,outputperiodoptions,simulationconditions,interactionparameters,etc.However,others,suchassimulationcellsize,gridspacing,cellcontents,etc.,mustremainthesameastheywerebeforetherestart.TheseoptionsaredisabledwhenRestartis勾选在点中最后那个.xtd图形文件的条件下,run你举的例子应该把步数改为2000WINDOWSKEYLINUXKEYMATERIALSTUDIO4.0LINUXKEYWINDOWSKEYLINUXKEYMATERIALSTUDIO4.0LINUXKEY30、请问CASTEP计算氧化物磁性,例如CuO的,Modify Dmol计算自旋设置时,Multiplicity设置为Auto是系统自动寻找自旋多重度吗?Multiplicity是设置Auto好,还是设置具体的值好?计算表面过程中，计算成功，但是castep-<Timer<--SCF(sec)<--SCF55.44<--SCFEnergyper-<Initial-1.24983546E+0041-1.59703259E+004-197.97<--Warning:Therearenoemptybandsforatleastonekpointandspin;thismayslowtheand/orleadtoinaccurategroundstate.Ifthiswarningpersists,youshouldconsiderincreasingand/or 2-1.62762609E+004-356.62<--Warning:Therearenoemptybandsforatleastonekpointandspin;thismayslowtheand/orleadtoinaccurategroundstate.Ifthiswarningpersists,youshouldconsiderincreasingnextra_bandsand/orreducingsmearing_widthintheparamfile.Recommendusingnextra_bandsof11toH2COtopbridge,等，但是如何确定具体每个原子的position?totalenergy选择上"optimizedcell进行计算时选择上"spinpolarized",对于不同元素，其参数如何设置？"initialpin"charge""charge"答：Aemptybandsmearing的数值，这两个办法都BThiskeywordscontrolsthenumberofextrabandsinadditiontothenumberofoccupiedTheseextrabandsnecessaryformetalsorfinitetemperatureinsulators.Thedefaultvalueforthisparameteris0.ThiskeyworddeterminesthewidthoftheFermi-surfacesmearingifthesystemisbeingtreatedasametal..param为后缀名的文件里，有以上两个参数，你打开调整一下，然后计算你调整后的文件就是点Files，然后RunFiles。如果你调围之内。至于计算表面吸附totalenergy的时候，是选择"optimizedcell"第三个问题，initialSpin设置，MSTherearetwowaysofdefiningtheinitialmagneticconfiguration:eitherspecifythetotalmagneticmomentperunitcell,whichgetsuniformlydistributedoverthespace,orprovidedetailedinformationontheabsolutevaluesanddirection(upordown)ofthespinsforeachatomintheunitcell.Theformermethodcanbeusedforrelativelysimplesystemswhereonlytwosolutionsareexpected(magneticandnon-magnetic).Thelattermethod,whichspecifiesthespinstateoftheatomsinthesystem,ismoregeneralandgivesmuchmoreflexibility.Itispossibletosetupferromagnetic,ferrimagnetic,orantiferromagneticcalculationstogetdifferentstartingspinformalspinFeFe、Cocharge0，实际是多少就是多少。MSTheinitialvalueofthespinmomentisquiteimportantforspin-polarizedcalculations.Itshouldbeascloseaspossibletotheexpectedvalue.Youcanevaluatethespinmomentusingthehigh-spinapproximationcombinedwithformalcharges.Forexample,iftherearetenFe3+ionsinthesystem,youassumethateachofthemhasavalenceelectronicconfigurationofd5(theneutralconfigurationiss2d6)whichcorrespondstofiveunpairedelectronsperFeion.TheinitialspinvaluefortheCASTEPcalculationisthereforeNis2d82unpairedelectrons,2*supercellNi个数Dspinunpairedelectronsspin=unpairedE2*supercellNiF、1Eu的体系中也见到过,emptybands,值有人说调大有人说调小,,效果都不是很好.我想可能是结构的原因,结构如果不合理的话其他调整不是那么明显另外也想补充个问题我发现跟我没有调整这两个参数的计算结构比较无论是bandstructure还是dos结果都有变化,不知道那样才是合理我看到一些资料表面吸附时,通常的做法是把结构先optimizedcell,然后用优化后的结构参后限制下层原子位置,表面的可以弛豫"spinpolarized"的设置我就没怎么接触过了,lzms帮助,受教了,G在晶胞优化的时候才选上"optimizedcell"，而在计算表面吸附的时候是不能选的。至于问题1减小smearing，我会先试试减小smearing问题2relaxoptimizedcell，原子的位置靠几何计算得optimizedcell问题3initialspin03按照帮助文件设置，但是要考虑计算中超胞中很多原子是共用。“optimizedcell，吸附分子或者原子的位置是不是就变化，可能是9，9，9或者是11，11变化。应该是比较清楚了吧这些我是可J、spin=unpairielectron1，是来自量子化学或者第一性原理计算本身，说明书中不会有介spin=1unpairielectron1的所有可能3吸附：把吸附原子或分子放到目标基底上，这个初始结构很重要，给得好则很快收敛，否L、这些问题已经基本解决,谢谢大家关注1,emptyband的值,11-24,就可以解决,'3好像这个参数并不是影响很大,因为这只是个初始值,欢迎大家继续套路讨论这个问问题2optimizecell次不选,一般要固定最底层的几层原子spinpolarized，偶数时不选;算磁性的时候32TSRESEARCH算的时候所有的基体原子都不答：Acellcell的话基本上是算不了了BHTi中的扩散，先优化含氢的一个构不然结果可能不具有可信度。如果不好确定H3333、请教DMol3Calculation出现的问题我是新手，DMol3CalculationRunFailedtocreatejobfortheserver:DMol3.Nodefaultlocationdefinedfor