第一讲 医学文献检索

图书馆2013年下半年读者培训安排

西区咨询电话:82655067图书馆电子资源系列培训一东区咨询电话:82668103图书馆信息咨询部张小曼

2013.10.11医学文献检索与利用图书馆电子资源培训一查找文献在科研工作中的时间比重

据美国科学基金会统计，一个科研人员花费在查找和消化科技资料上的时间需占全部科研时间的51%，计划思考占8%，实验研究占32%，书面总结占9%。由上述统计数字可以看出，科研人员花费在科技出版物上的时间为全部科研时间的60%。

----美国科学基金会

NSF(NationalScienceFoundation)检索误区1.文献检索即是能看到全文

研究人员时间有限

“首先必需认识到，科研工作者都十分宝贵自己的时间，除极少数和自己工作关系十分密切的论文以外，绝大多数读者都不会阅读全文。”

——

著名生物化学家邹承鲁院士“我的科学之路”2.主题检索

--主题词选取如：Neoplasms(肿瘤);

Tumors(瘤);

Cancers

；Carcinoma

(癌);--多主题课题少数的主题词无法反映全文的内容3.计算机检索技巧

逻辑算符的运用，高级学术搜索技巧。例如：1.[作者：flowers]（人名弗劳尔，也是花的意思）会返回由名为“Flowers”的人撰写的文章2.[在标题：mars]得到的结果只包括文件名中的搜索字3.“-”操作符排除所有包括搜索字词的结果，[Flowers–作:Flowers]；目录1234世界权威生物医学文献检索系统国内生物医学文献检索数据库SinoMed检索（

CBMWeb检索）PubMed检索与利用世界四大生物医学文献检索工具美国《医学索引》（IM）MedlinePubmed荷兰《医学文摘》（EM）EMBASE美国《生物学文摘》（BA）BIOSISPreview美国《化学文摘》（CA）

SciFinderweb世界权威生物医学文献网络检索系统1.PubMed：是国际权威的生物医学数据库，是生物医学领域相关文献的主要检索数据库。2.SciFinderweb：是在客户端版SciFinderScholar的基础上开发的基于web浏览器的网络检索平台，二者访问的内容和功能都是一样的，只是访问的方式不同：SciFinderScholar需要用户下载并安装客户端软件进行使用；SciFinderWeb在网页浏览器上运行，无需下载软件，读者在使用web版之前必须先进行注册，完成后即可进行检索。3.BIOSISPreviews：由美国生物科学信息服务社(BIOSIS)出版，是世界上最大的关于生命科学的文摘索引数据库。该库包括生物学文摘(BiologicalAbstracts(R))所收录期刊以及(BiologicalAbstracts/RRM(R))所收录的会议、报告、评论、图书、专论等多种文献。4.EMBASE《医学文摘》（ExcerptaMedicaDatabase,EMBASE/EM）是当今世界上唯一用英文出版的大型医学文摘，是世界上最有影响的二次文献之一；因在荷兰出版，通常称做荷兰《医学文摘》，涵盖了更多欧洲和远东地区的文献。世界四大著名检索系统《科学引文索引》（SCI）《科技会议录索引》（ISTP）《工程索引》（EI）《科学评论索引》（ISR）世界著名的四大检索系统SCI（ScienceCitationIndex）即《科学引文索引》，是自然科学领域基础理论学科方面的重要的期刊文摘索引数据库。它创建于1961年。ISTP（IndextoScientific&TechnicalProceedings)即《科学技术会议录索引》，创刊于1978年，由美国科学情报研究所编制，主要收录国际上著名的科技会议文献。Ei（EngineeringIndex

）即《工程索引》，创刊于1884年，由ElsevierEngineeringInformationInc.编辑出版。主要收录工程技术领域的论文(主要为科技期刊和会议录论文)ISR(IndextoScientificReviews)即《科技评论索引》，创刊于1974年，由美国科学情报研究所编辑出版，收录世界各国2700余种科技期刊及300余种专著丛刊中有价值的评述论文。世界著名四大医学周刊Lancet《柳叶刀》

http://（IF）：

2012年39.060

BritishMedicalJournal(BMJ)《英国医学杂志》

（IF）：

2012年17.215

NewEnglandJournalofMedicine(NEnglJMed)

http://《新英格兰医学杂志》（IF）：

51.658

JournaloftheAmericanMedicalAssociation（JAMA）http://《美国医学会杂志》（IF）：2012年29.978

我校可检的生物医学数据库

检索类数据库系统

国内：中国生物医学文献数据库CBM）中国科学引文数据库核心库(CSCD)

读秀学术搜索（/）CALISe读（educhina）国外：PubMed、Medline、Web

ofScience、

BiosisPreview、ScifinderScholar

期刊全文数据库

国内：维普中文科技期刊数据库

中国学术期刊全文数据库

数字化期刊（万方数据）

国外：Elsevier

（ScienceDirect

OnLine，SDOL）

OVID

(LWW,

OUP,EBMReviews)、SpringerLink

、

Wiley

InterScience、EBSCO（ASP）、KargerOnlineJournals等OA期刊

中国生物医学文献数据库

（CBMWeb检索）

SinoMed检索

中国生物医学文献数据库(CBM)

中国医学科学院医学信息研究所开发研制的综合性医学文献数据库。中国生物医学文献数据库收录1978年以来1800多种中国生物医学期刊，以及汇编、会议论文的文献题录。学科覆盖范围涉及基础医学、临床医学、预防医学、药学、中医学及中药学等生物医学的各个领域。中国生物医学文献数据库注重数据的规范化处理和知识管理，全部题录均根据美国国立医学图书馆最新版《医学主题词表》、中国中医研究院中医药信息研究所《中国中医药学主题词表》，以及《中国图书馆分类法医学专业分类表》进行主题标引和分类标引。词表辅助检索功能：检索系统具有多种词表辅助检索功能，建有主题词表、中英文主题词轮排表、分类表、期刊表、索引词表、作者表等多种词表，且有丰富的注释信息。检索入口多：除30多个检索入口外，更提供特色的主题词检索、分类检索、第一著者检索、文献类型、资助项目和参考文献等检索方式。尤其是主题和副主题词检索功能将有效提高查准和查全率。SinoMed概况介绍中国生物医学文献服务系统（SinoMed）是在《中国生物医学文献数据库》（CBMdisc）的基础上开发研制的新一代专业文献信息服务系统。其涵盖资源丰富，能全面、快速反映国内外生物医学领域研究的新进展；功能强大，是集检索、开放获取、个性化定题服务、全文传递服务于一体的生物医学中外文整合文献服务系统。涵盖资源中国生物医学文献数据库（CBM）、中国医学科普文献数据库、协和医大博硕学位论文库、西文生物医学文献数据库（WBM）、日文生物医学文献数据库、俄文生物医学文献数据库、英文会议文摘数据库英文文集汇编文摘数据库。我校订购资源

中国生物医学文献数据库（CBM）：

收录1978以来1800多种中国生物医学期刊，以及汇编、会议论文的文献题录600余万篇，全部题录均进行主题标引和分类标引等规范化加工处理。年增文献50余万篇，双周更新。中国医学科普文献数据库：

收录1985年以来国内出版的医学科普期刊近百种，重点突显养生保健、心理健康、生殖健康、运动健身、医学美容、婚姻家庭、食品营养等与医学健康有关的内容。双周更新。协和医大博硕学位论文库：

收录1985年以来北京协和医学院培养的博士、硕士研究生学位论文，学科范围涉及医学、药学各专业领域及其他相关专业，内容前沿、丰富,可在线浏览全文。每季更新。系统特色涵盖资源丰富，中西兼有：用户可根据自身需要随意搭配；数据加工深度、规范：主题标引和分类标引等规范化加工处理使得文献内容的揭示更加全面、准确；检索功能强大，方便易用：智能检索、多内容限定检索、主题词表辅助检索、主题与副主题扩展检索、分类表辅助检索、定题检索、作者机构限定、多知识点链接检索、检出结果统计分析等功能，使检索过程更快、更高效，使检索结果更细化、更精确。跨库检索例题1：

请在SinoMed中检索有关葛根素治疗心绞痛的中文文献资源。方法一方法二方法三检索结果单库检索：中国生物医学文献数据库（CBM）

CBM中的基本检索检索西安交通大学药学系贺浪冲老师老师自2000年以来作为第一作者发表的文献精确检索，表示检索词与命中检索字符串完全等同，适用于关键词、主题词、特征词、分类号、作者、第一作者、刊名、期字段。模糊检索，亦称包含检索，即输入的检索词包含在命中文献的检索字符串中如无特殊说明，SinoMed系统中默认进行的是模糊检索。检索2004年到2005年以来癫痫的文献，要求限于带摘要的综述，并且文献涉及到的实验对象为儿童（6－12岁）智能检索CBM在“缺省字段”支持智能检索功能，即能够自动实现检索词、检索词对应主题词及该主题词所含下位词的同步检索。注意：智能检索不支持逻辑组配检索CBM中的主题检索主题检索的功能：将非主题词引见到主题词形式提供主题词的定义和注释显示主题词之间的族性关系（上位词、下位词、同位词）主题检索使用主题检索查找有关登革热药物治疗的文献（包括中药和西药）检索过程截图主题词的加权检索：主题词“加权”表示主题词的重要程度，反映文章论述的主要内容。加权主题词用“*”表示加权检索表示仅对加星号(*)主题词(主要概念主题词)检索，非加权检索表示对加星号主题词和非加星号主题词（非主要概念主题词）均进行检索。

扩展检索指对当前主题词及其所有下位主题词进行检索，非扩展检索则仅限于当前主题词的检索。扩展检索CBM中的分类检索可通过分类号和分类名进行检索，

也可通过分类导航逐级浏览。优点：族性检索例题5：检索有关舌癌遗传学方面的文献CBM中的期刊检索可通过选择刊名、出版地、出版单位、期刊主题词或者ISSN等检索入口直接查找期刊。也可通过“分类导航”或“首字母导航”逐级查找浏览期刊。例题6：

查找《南方医科大学学报》2006年第6期中有关肝移植的文献有多少？CBM中的作者检索举例：

检索我校黄辰老师作为第一作者发表的文献。CBM中的检索历史*

最多允许保存100条检索表达式。

*

可从中选择一个或多个检索表达式并用逻辑运算符AND、OR、NOT组成更恰当的检索策略。

*

根据需求选择一个或多个有意义的检索表达式

保存成特定的“检索策略”。在“我的空间”

中可定期调用该检索策略，及时获取最新信息。

*

无意义的检索表达式选中后点击“删除检索史”

可进行删除。

*

系统退出后，检索历史清除。检索结果的处理1.检索结果分析：

分析上题中我校黄辰老师以第一作者发表的文章，刊载在哪个期刊上的最多？哪一年发表的文章最多？2.检索结果下载个性化服务：我的空间我的检索策略我的数据库我的检索策略用于定期跟踪某一课题的最新文献。

我的数据库用于在检索过程中随时保存检索结果，供再次查阅或索取原文。可通过“标题”、“作者”、“标签”三个字段在数据库中查找有关文献。用户根据需要可添加“标签”或“备注信息”。“我的数据库”最多保存500条记录，每页显示50条记录。PubMed检索与利用

目录PubMed概况PubMed界面PubMed检索特点PubMed检索功能检索途径与方法检索结果的处理PubMed简介

PubMed是美国国家医学图书馆(NLM，NationalLibraryOfMedicine)下属的国家生物技术信息中心(NCBI，NationalCenterForBiotechnologyInformation)开发的、基于WWW的医学数据库查询系统，是目前国际上公认的检索生物医学文献最具权威、利用率最高、影响最广的数据库，也是我国卫生部认定的科技查新必须检索的国际医学文献数据库。数据库演变美国国立医学图书馆(NationalLibraryofMedicine，NLM)是目前国际上重要的生物医学文献信息服务中心。美国《医学索引》（IndexMedicus，IM）创刊于1879年，由美国国立医学图书馆编辑出版，是当前世界上最常用的综合性生物医学文摘检索期刊。MEDLINE数据库：1963年起NLM采用计算机技术建立了医学文献分析和检索系统（MEDLARS），1971年发展为联机检索，简称MEDLINE。

MEDLINE文献来源：美国医学索引(IndexMedicus，IM)、（印刷版）牙科文献索引(IndextoDentalLiterature)

国际护理索引(InternationalNursingIndex)1997年6月26日NLM宣布MEDLINE数据库在Internet上免费检索PubMed检索系统:主要提供MEDLINE和PRE-MEDLINE检索。除此之外，PubMed还Publishersuppliedcitations(出版商直接向PubMed递送的电子记录中不被Medline收录的部分)。MEDLINE（医学文献数据库）

是美国国立医学图书馆（NLM）编辑出版的国际综合生物医学信息书目数据库，是当今世界上最具权威性的生物医学文献数据库。每年收录世界上70多个国家4900余种期刊的题录和文摘，内容涉及临床医学、基础医学、营养卫生、药理和药剂学等领域，月更新，可检索年限为1966年至今。

检索：EBSCO检索系统——MedlineScifinderscholar——MedlineWebofknowledge——MedlineOCLC检索系统——MedlinePubmed:Http:///pubmed

一、PubMed概述登入网址/pubmed//http://www./收录范围收录70余个国家4900多种生物医学期刊的题录与文摘，是世界上最权威的医学文献数据库。现有1950年以来的1700多万篇文献的记录(其中MEDLINE记录1400多万条)目前每年增加60余万条文献记录;全部记录中有76%的文献为英文,2000年以来的记录中90%的文献为英文；2008年medline收录中国期刊103种,收录中文刊67种。2009年106种。2010年111种。2011年127种。数据来源

Publishersuppliedcitations出版商直接向PubMed递送的电子记录中不被Medline收录的部分。记录标注[PubMed-assuppliedbypublisher]PreMedline是临时性医学文献数据库，每天接收新数据，经MeSH词表标引后，每周向medline移加一次。记录标注[PubMed-inprocess]

MEDLINE记录标注[PubMed-indexedforMEDLINE]

PubMed数据类型（状态）PubMed除了1966年以前的OldMedline，其余文献按处理过程分4种类型（或状态）PubMed-assuppliedbypublisherPubMed-inprocessPubMedPubMed-indexedforMEDLINE

属于Medline收录范围，建立ti、au、ab等基本书目信息。（暂）不属于Medline收录范围，但也建立ti、au、ab等基本书目信息。赋予MeSH、PT等字段并被index。主题词检索包含的记录范围二、Pubmed检索界面常用工具WelcometoPubMed使用帮助更多服务检索词输入框高级检索主题检索期刊检索文献匹配临床咨询特定主题咨询显示设置显示摘要显示数量排序模式三、PubMed检索特点免费提供题录和文摘；可与提供原文的网址链接；部分原文免费获取；提供检索词自动转换匹配；辅助功能齐全；操作简便、快捷。PubMed检索途径与方法四、检索途径与方法基本检索-BasicSearch高级检索-AdvancedSearch限定检索-LimitsSearch期刊检索–JournalSearch主题词检索-MeSHBrowser引文匹配-CitationMatcher临床查询–ClinicalQueries（一）基本检索检索提问的形式

单个词语hepatitis，obesity，brain.

词组vitaminc，hepatitisB

截词形式hepat*

主题词/副主题词hepatitis/dt或hepatitis/drugtherapy

布尔逻辑表达式vitamincANDhepatitis/dt

语法命令(字段限制)hepatitis[titile]或zhang[au]

PubMed具有智能检索功能，检索时可以对输入的检索词自动转换，查找相应的主题词，利用主题词进行检索。自由词检索例如：检索肿瘤(cancer)方面的文章。在检索框中输入：“cancer”，再点击“Go”按钮。

PubMed自动进行“自动词汇匹配”功能将不规范的词语转换成MeSH词表中规范的用词进行检索，

比如，检索“cancer”

将自动转换为：

"neoplasms"[MeSHTerms]OR"neoplasms"[AllFields]OR"cancer"[AllFields]1.自动转换匹配功能

输入的检索词，PubMed先按一定的词表顺序进行对照匹配和转换，再进行检索。词表匹配转换顺序是：MeSH表(MeSHTranslationTable)、期刊刊名表(JournalTranslationTable)短语表(Phraselist)、作者索引(AuthorIndex)。如果在以上4个表中都找不到相匹配的词，PubMed将把短语分开，以单词为单位，分别重复以上的过程，检索时各个词之间是AND逻辑关系。自动词汇转换ABAB逻辑与（AND）--检出记录中同时含有检索词A和检索词B.如：AANDB

逻辑非（NOT）--在含检索词A的记录中，去掉含检索词B的记录。如：ANOTB

逻辑或（OR）--检出记录中含有检索词A或检索词B或同时含有检索词A和B的文献。如：AORBAB2.布尔逻辑组合检索3.强制检索功能

可称为短语检索(PhraseSearching)：强迫词组检索，用双引号“”将其引起来。如：在PubMed主页的检索提问框中键入“singlecell”，并用双引号引起来。点击“GO”按钮，系统会将其作为一个不可分割的词组在数据库的全部字段中进行检索。如果不使用双引号进行强制检索，系统就会将其分成2个词：single和cell检索，其检索表达式为：singleANDcell.很明显这样的检索结果是不符号要求的。强制检索普通检索"singlecell"singlecell4.截词检索截词检索的作用：扩大检索范围，提高查全率。截词符：用“*”表示，代表多个字符，将*加在检索词后可以表示以该词为词根进行检索。如：1.

chem*表示用词根进行检索。可以检出

Chemistry、chemical、chemist等

2.bacter*，可以检出bacter，acteria，

bacteriophagebacteriophage，

bacterium，等最多600个单词。截词检索可以扩大检索范围提高查全率。bacter*[TI]5.字段限制检索

采用字段限制方式进行检索，其规则是：检索词1[字段标识]逻辑运算符检索词2[字段标识]

[ti]，[au]，[ta]，[la]，[pt]

如：检索文章题目中含有高血压的中文文献检索式:hypertension[ti]ANDchi[la]

如：查找作者为crick在1993年发表的有关DNA方面文献.

检索式：DNA[mh]ANDcrick[au]AND1993[dp]hypertension[ti]ANDchi[la]检索文章题目中含有高血压的中文文献DNA[mh]ANDcrick[au]AND1993[dp]常用字段组成标识符字段名称中文释义TITitle题目AUAuthor作者ADAffiliation作者单位ABAbstract文摘DPPublicationDate出版日期TAJournalTitleAbbreviation刊名缩写MHMeSHTerms主题词PTPublicationType

出版类型

6.作者姓名检索

姓名格式：姓前名后，姓用全称，名字用缩写。如：smithja或jonesk,系统会自动在作者字段内进行检索。姓名第一个字母可用大写也可用小写，考虑到作者姓名的不同形式，PubMed采用自动转换功能进行作者姓名检索，如：smithj将检索成smithja,smithjb,smithjr等。

精确检索：可以用双引号将作者名引起来，再加作者字段限定[AU]，如："smithj"[au]，这样可避免PubMed自动转换，实现精确查找。作者姓名检索按照姓(全写)+名(缩写)，之间不用标点键入作者姓名smithj精确检索避免PubMed自动词汇转换，实现精确查找"smithj"[au]7.期刊的一般检索

在检索框中键入期刊名，如：molecularbiologyofthecell，系统的“自动词语匹配”功能会将它转换成molbiolcell[journal]进行检索。也可以直接输入Medline的期刊标准缩写形式，如：molbiolcell，或者是输入刊物的ISSN（国际标准出版物代码）进行检索，如：1059-1524。如果一个杂志名恰好是主题词或关键词，如：cancer，science，cell等，PubMed会首先将这些词转换成MeSH词表中的主题词进行检索。因此，需要将检索请求进行标准化处理，即在杂志名后面加[TA]。如："cell"[ta]期刊的一般检索，是在检索输入框中键入期刊名或期刊的ISSN号EurJImmunol期刊的标准检索，是在期刊名后面加字段限定[TA].比如:"cell"[ta]"cell"[ta]高级检索在高级检索的检索提问框下方，尚有History、Limits、Preview/Index、和Details，分别表示检索史、限制检索、浏览/索引检索和查看详细检索式等辅助检索功能。在检索结果中可见displaysettings、sendto、Clipboard、Filteryourresults等功能预览明细栏检索史姚开泰院士2001年以来被Medline收录的文献Limit限定限定为循证等文献限定为中老年限定为medline高级检索辅助浏览检索（一）期刊浏览检索（Journaldatabase）（二）主题浏览检索（MeshDatabase）

期刊库浏览检索（journaldatabase)期刊数据库的作用：1、可以查看期刊的详细信息，包括出版国家，出版社，出版语言，期刊类目等等；2、可以根据期刊的主题分类，查看