bioinfnatics.第6讲生物医学文献检索

生物信息学第六讲—生物医学文献检索—PCR原理PubMed是由美国国家医学图书馆(NLM)的国家生物技术信息中心（NCBI）开发的基于Web的检索系统，通过NCBI平台提供基于Web的免费MEDLINE数据库检索服务，并提供部分免费的全文链接服务，此外还可以访问NCBI维护的完整的分子生物学数据库．1999年8月PubMed加入NCBI开发的Entrez通用浏览器，更换了检索界面。（PubMed＝Public+Medicine）所暗示的,PubMed是免费向公众开放的。PubMed的网址：/pubmed就可以立刻进入PubMed的界面。

PubMed具有医学文献期刊收录范围广、内容全、检索途径多、检索体系完备等特点，部分文献还可在网上直接免费获得全文二、通过PubMed可检索到如下的信息

MEDLINE

PreMedline

出版商提供的书目信息

NCBI其它数据库的相关记录MEDLINE

PubMed：是美国国立医学图书馆MEDLARS系统中最大的生物医学数据库，收录1966年以来70多个国家4300多种生物医学期刊的书目信息和著者文摘，每周更新。每条记录均带有[PubMed--IndexedforMEDLINE]标志。PreMedline：收集未正式给予MeSH词、出版类型等深度标引信息的一个临时库。NLM每天把最新记录加入到PreMedline库中，每条记录均带有[PubMed--inProcess]标志。工作人员在一周内将这些记录标引，然后转入MEDLINE，同时从PreMedline中删去。Pre-MedlineMedlineNewDataCollectPubMedProcessPubMed1周左右出版商提供的书目信息：出版商提供的是整本期刊的信息，若有部分没有被MEDLINE收录，PubMed仍保存，在记录中做[PubMed--assuppliedbypublisher]的标记。以下是几条PubMed的记录，标记不同，其出自的分库也不同三、PubMed页面的结构

登录PubMedhomepage/entrez/query.fcgi?DB=pubmed

/PubMed/PubMed页面的结构检索提问区相关数据库链接、基本检索区、辅助检索工具使用方法PubMed开始、全文检索、相关资源检索工具各项检索功能NCBI数据库相关数据库链接Nucleotide：DNA序列数据库Protein：蛋白质序列数据库Genome：基因组序列数据库Structure：分子结构模型数据库OMIM：人类孟德尔遗传学在线数据库检索工具Limits（限制功能）Preview（预览）History（检索史）Meshdatabase（主题词表）Details（明细栏）1.Limits（限定检索）:对检索词的限定和修饰，包括字段、年龄、性别、研究对象、出版类型、语种、出版或输入日期以及子字段等。PublicationTypes（出版物类型选择）：有8种类型Languages（语种选择）：提供常用的7种语种Gender（性别选择）：男性、女性HumanorAnimal（人或动物实验选择）Subsets（子集）：8个子集Dates（日期）limited2、AdvanecedSearch(高级查询)使用PubmedUsingPubMed（使用Pubmed）:PubMedQuickStartGuide-快速指南PubMedTools:SingleCitationMatcher-引文匹配器在表格输入刊物的引文信息来定位特定文章。BatchCitationMatcherClinicalQueries-与临床相关的查询（疗法，诊断，病因，预后等）Topic-SpecificQueries-主题特异性查询PubMedMoreResources:MeSHDatabase-主题词数据库JournalinNCBIDatabase-杂志数据库

ClinicalTrials-临床试验四、PubMed的基本检索功能1、词语检索：自动词语匹配功能2、作者姓名检索3、杂志名称检索4、精确检索：用“”进行强制短语检索5、截词检索：用通配符？或*检索6、逻辑运算符检索：ANDORNOT四、PubMed的基本检索功能（一）1、词语检索及自动词语匹配方法：在检索框中键入一到多个检索词，按“search”键，即显示检索结果。“X”按钮可以帮你清除查询框中的内容，然后开始一个新的查询。四、PubMed的基本检索功能（一）1、自动词语匹配PubMed能自动利用它的“自动词语匹配”功能将重要的词语结合在一起，并将不规范的词语转换成规范的用词。自动匹配转换如：输入commoncoldvitaminc，

系统会将自动转换成(“commoncold”[MeSHTerms]OR

respirtorytractinfection

[TextWord]and(“ascorbicacid”[MeSHTerms]OR

vitaminc[TextWord])进行检索。

文本词和主题词各检索一次，这种处理能使检索结果查全率高，但检索结果的相关性（精确）会下降自动词语匹配转换系统自动匹配转换查询结果显示于Searchdetails四、PubMed的基本检索功能（二）2、作者姓名检索在检索框内按照姓+名缩写(不用标点)的格式键入作者姓名，如Smithja，系统会自动在作者字段内进行检索。

Smithja[Author]ORSmithja[Investigator]四、PubMed的基本检索功能（三）3、杂志名检索在检索框中键入杂志全名molecularbiologyofthecell例：Celltransplantation[ta]杂志全名molecularbiologyofthecell也可以直接键入Medline的期刊标准缩写形式，如：molboilcell键入刊物的ISSN(国际标准出版物代码）进行检索，如1059-1524四、PubMed的基本检索功能（四）4、短语检索PubMed首先将键入的检索词（词组）视为合理的短语在短语索引中进行查找。如：poisonivy，PubMed将其视为词组进行查找。当PubMed没有找到该词组时，系统将自动把两个词分开进行检索；如果不希望系统将两词分开，则需要用“”把检索词括起来，即强迫PubMed进行词组检索。如“singlecell”。四、PubMed的基本检索功能（四）4、短语检索当用双引号括起词语时，PubMed将不执行自动词语匹配功能。可利用系统的强制检索功能进行短语检索。强制检索符“”对所检索的词语进行精确检索强制将其作为一个词组进行检索四、PubMed的基本检索功能（五）5、截词检索可利用系统的截词功能获取更多的相关文献，这与Medline光盘中截词检索的用法是相同的：截词符“*”可代表多个字符，将*加在检索词后可以表示对所有以该词开头的词进行检索；如：bacter*，可以检出bacter,bacteria,bacterium,bacteriophage等词。PubMed一次最多可以检索出150个词形变异词。可以采取加长词根的方法进行检索。无限截词检索有限截词检索四、PubMed的基本检索功能（六）6、逻辑运算符检索在检索框中输入逻辑运算符，执行顺序从左向右，可用括号来改变此顺序。如：lungcancerANDsmoke#1AND#2#1OR#2(#1AND#2)AND#3例：lungcancerANDsmoke

("lungneoplasms"[MeSHTerms]OR("lung"[AllFields]AND"neoplasms"[AllFields])OR"lungneoplasms"[AllFields]OR("lung"[AllFields]AND"cancer"[AllFields])OR"lungcancer"[AllFields])ANDsmoke[ti]五、PubMed辅助检索工具（二）1.Preview：是对检索式进行预览、改变（可用检索式＃１、＃２）。显示检索结果的条数和最近三次检索式，用户可根据具体情况在检索提问框中用逻辑运算符组配新的检索式。五、PubMed辅助检索工具1.Index是浏览索引。对提交的检索词列出按字顺排列的某一字段的索引词表的位置和数量（括弧内），可用流动条来回进行查看列表。选中的词高亮显示，然后选择合适的逻辑运算符进行检索。2.History:检索式回顾、编辑检索式。保留所有的检索策略和结果，只有在执行了一次检索后，History才能有记录。显示检索序号、检索词、检索时间以及检索结果数量。可在检索序号之间添加逻辑运算符进行检索，如#4AND#5单击记录条数超级链接可以重新显示检索结果。点击ClearHistory按键可以清除History和Preiew/Index中的信息。最多存贮检索式数为100个，检索式的存贮时间为1小时。五、PubMed辅助检索工具五、PubMed辅助检索工具3.

Details：匹配过程

了解PubMed通过自动词语匹配功能、句法规则转换出的实际检索策略和调整、保存检索策略。在检索框下面，显示出检索结果的总数。可以在检索框中修改检索策略，再点击Search按键重新执行检索。点URL按钮，检索策略将显示在URL框中，再用浏览器的书签收藏功能保存该策略。六、特别检索服务MeSHDatebase：主题词数据库JournalinNCBIDatebase：期刊数据库CitationMatcher：单篇/多篇引文匹配器

ClinicalQueries：临床咨询1.JournalinNCBIDatebase：期刊数据库

查找指定期刊上发表的文章。可分别以期刊的全名或名称某个词、期刊名称在MEDLINE的缩写或ISSN号来检索；若点击超链full-textofarticles，可获取与PubMed链接提供全文的期刊名单。2.MeSHDatebase：主题词数据库

帮助用户查找MeSH词进行检索，浏览器提供了每个主题词的信息和层次结构，此外，用户可以直接选用副主题词来限制主题词的主要领域。如果输入的词在MeSH词表中没有，MeSH浏览器将显示相关的MeSH词。主题词的层次和副主题词3.Single/BatchCitationMatcher

单篇/多篇引文匹配器单篇引文匹配器可通过已知的刊名、日期、卷、期、论文首页码、作者名等任一项信息查找论文的题录。经常用于核对参考文献的著录细节。多篇引文匹配器是给出版商用的，一般用户不使用。4.ClinicalQueries临床咨询(一)为了帮助临床医生更有效地获取PubMed数据库中一般疾病的病因学、预后、诊断、预防以及治疗等方面的信息，PubMed系统设置了Clinicalqueries功能项。该项具备特殊的过滤器装置能将上述主题文献集