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FastTree构建系统发育树详细教程FastTree可以基于核酸和蛋白序列建树，一次性可对数以百万条序列的文件进行处理，运行速度是

PhyML3.0或RAxML7的100-1000倍。默认参数设置下精度优于PhyML3。下面详细演示如何进行系统树构建和树形处理。下载FastTree，将其放在电脑D盘，新建文件夹，命名为“FastTree”。2．由于该软件读取的是经过alignment处理后的序列文件（fasta格式或

phylip格式），所以提前准备好建树所需的序列文件，即，将序列文件在mega软件中进行alignment，然后保存成fasta格式，命名为tree.fas（也可随意命名），以备后续建树使用。将上述经alignment后的fasta文件放到D盘的FastTree文件夹内。点击电脑左下角的windows图标，输入“cmd”，点击进入命令行输入窗口，如下图输入“D:”点击回车键进入D盘注：回车键后会出现D:\>表示进入了D盘。因为FastTree建树软件在D盘。再输入cdFastTree，点击回车就进入了FastTree的文件夹，此时我们就进入到放有FastTree.exe的文件夹了，接下来就可以输入命令行进行建树了。构建核酸序列树：如果要使用核酸序列的alignment文件，使用GTR+CAT模型建树，可以直接输入FastTree-gtr-nttree.fas>tree点击回车就可以出现一个名为“tree”的系统树文件（也可以随意命名，这里只是最为演示）。注：如果不输入-gtr的话，系统会默认使用Jukes-Cantor+CAT

模型进行替代。构建蛋白序列树：如果是使用蛋白序列的alignment文件建树，并使用JTT+CAT模型，可以直接输入FastTreetree.fas>tree（注：这里的tree.fas是你经过alignment后保存的序列文件，你可以随意命名；tree是你输出的树的文件，也可以随意命名。当然命令行中还可以添加“-wag”是WAG+CAT模型的意思；添加“-lg”是

LG+CAT

模型的意思。）使用Figtree软件可以打开自动生成的名为tree的树，然后对树进行编辑。打开后将Figtree工具栏中的“NodeLabels”勾选，然后在“Display”选项中选择“Label”就可以把系统树分枝上的支持值显示出来。如下图如果想把某条序列作为根，可以在分枝上直接点击这个序列，然后点击上方工具栏中的“Reroot”。如果想要改变一下系统树分枝

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