NIS-emelments软件操作指南

NIS-ElementsAR快速上手指南尼康仪器〔上海〕20234月NIS-Elements软件操作指南〔一〕NIS-Elements的操作界面1〕主菜单栏2〕上图标工具栏3〕左图标工具栏4〕窗口排布选择〔5〕掌握窗口边栏；〔〕状态栏上图标工具栏和左图标工具栏图标介绍：Open：翻开文件Save：保存当前文件Savenext：将当前文件保存为文件Print：打印Undo：撤销前一步操作

Redo：复原一步撤销的操作LiveFast：快速预览ZStackLive：Z轴序列预览Integrate：叠加，屡次拍摄图像累积Average：平均，屡次拍摄图像平均RAMBufferON：翻开内存拍摄 CapturetoRAMBuffer：拍摄存至缓存·BackgroudCorrectionON：翻开背景校正OpticalConfigurations：翻开光路配置设定NewOpticalConfiguration：创立光路配置PointingTool：指针按钮MagnifierGlass：图像放大工具Annotations&Measurement：注释和测量BinaryToolbar：二元蒙板编辑工具Define/RunExperiment：翻开多维拍摄窗口CaptureTimeLapse：拍摄时间序列CaptureZSeries：拍摄Z轴序列掌握窗口介绍：

CaptureMultichannel：拍摄多通道CaptureMultipoint：拍摄多点Copy：复制PasteAsNewImage：粘贴复制图像Crop：剪切RunMacro：执行宏命令CloseAll：关闭全部窗口GeneralOption：翻开设置窗口CustomizeToolbar：自定义工具栏NIS-Elements软件全部掌握窗口均可以在主菜单栏View菜单下找到，或者在图片显示区域点击鼠标右键弹出。Acquisition：AVIAcquisition：AVI拍摄AutoCaptureFolder：自动拍摄存储文件夹CameraSettings*：相机设定CaptureFRETImage*FRET图像FiltersandShutters掌握Lamp*：光源掌握

NDAcquisition*：多维图片拍摄Nosepiece*：物镜转盘掌握MicroscopeControlPad面板XYZNavigation*：XYZ导航ZSeries*：Z轴序列Visualization:BinaryLayers：二元蒙板层编辑Histogram：柱状图LUTs:LUTsOpenedImages：已翻开图像

Preview：预览窗口Synchronizer：窗口同步器XYOverview*：XY预览Analysis:AnnotationsandMeasurements：注释和测量AutomatedMeasurement：自动测量AutomatedMeasurementResults：自动测量结果BinaryToolbar：二元蒙板编辑工具Colocalization：共定位分析EDFZ-Profile*：Z序列景深扩展IntensityProfile：光强分析ObjectCount*：目标计数ObjectClassifier*：目标分类PixelClassifier：像素分类

ROIStatistics：ROI统计RTDeconvolution*：实时反卷积Thresholding：阈值分析TimeMeasurement：时间测量Tacking*：轨迹分析VolumeMeasurement：体积测量* 对应的窗口是可选的，在选择了相应软件模块，插件或者相关电动部件正确连接下可使用。〔二〕NIS-Elements软件的开启和图片拍摄Ⅰ.NIS-Elements软件：在开启软件前，请确认已翻开全部需要用到的硬件。双击桌面图标翻开软件〔Vista系统需要点击Allow确认运行该软件；选择对应的相机，点击连续。假设只是做图像分析，请选择NoGrabber。单击OK；NIS-ElementsAcquire菜单下SelectCamera选项，确认要选择的相机并激活使用。多相机切换也可以通过此选项完成。右键翻开CameraSetting置；Ⅱ.单张图片拍摄：配置光路，显微镜拍摄图像时，必需依据需要成像的模式设置好光路〔参考显微镜操作指南，出光口切换到相机所安装的端口〔例如L10，R100等。从相机预览图像，点击上工具栏图标，进展图像快速预览，该预览模式图像属性对应camerasetting窗口的fastCapture设定。点击图标，进展图像预览，该预览模式图像属性对应camerasetting窗口的Capture设定。单击图标，预览停顿。图像拍摄，设定曝光时间或点击自动曝光后，点击按钮拍摄一张图片。留意：彩色相机需要在拍照前将探测框放在空白位置做白平衡，以避开拍摄画面颜色失真。Ⅲ.时间序列图像拍摄〔TimeLapseAcquisitio：点击Acquire菜单下，CaptureTimeLapse选项，翻开如上窗口，在TimeSchedule里〔图片2位置〕设定需要拍摄时间序列图像的时间间隔，总图片数，或者总时间〔总图片数和总时间只需要依据试验需求设定其中一个，软件自动计算另一个数值；也可以定义多个不同的时间序列，软件将依次执行。1位置SavetoFile内存缺乏等意外造成前面拍摄数据的丧失。拍摄数据量很大的状况下，请选择此项并设定保存文件夹。3位置对应可以在拍摄时进展的操作，例如关闭透射光等待1秒，自动对焦的设定等，还可以在运行拍摄程序前后参加相应宏命令来到达想要的功能。例如在拍摄前执行Liv〔命令，可以应用自动曝光来拍摄每一帧，使拍摄图片到达最正确曝光时间。选择PerformTimeMeasurement选项，选定ROI区域，可以在时间拍摄过程中实时监视荧光强度的变化。拍摄进度可以在本窗口最上面进度条上显示。点击RunNow按钮开头拍摄。CloseactiveShutterwhenIdle选项，以避开荧光淬灭，长时间强光照耀造成细胞的光毒性。Liv〔；宏命令在大局部状况下可以正常使用，但是在某些循环设定的状况下可能工作不正确，当遇到此状况时，请使LiveNoMsgLoop;宏命令代替。Ⅳ.多点图像的拍摄〔MultipointAcquisition〕在配置了XY电动载物台并正确连接时该功能可以使用AcquireCaptureMultipoint选项，翻开如上窗口，在Points栏里〔1处〕设定需要拍摄多点图像的各个位置，可以依据需要点击列表前空白的可选框，增加当前预览位置为拍摄的一个位置；假设需要回览前面选定的点，只用鼠标左键单击相应的列表工程，载物台将自动移动到对应的位置。假设需要微调并更这个位置，请单击XYZ数值旁边的箭头按钮〔如1处列表#3的显示〕更位置列表；列表里的全部点的相关信息可以在图片3处的选项里被保存和重调用；点击RunNow按钮开头拍摄。留意：假设对例如使用96孔板等规章排列的位置进展拍照，可以使用WP下拉菜单下Custom选项，定义行数和列数，以及起始和终止位置，一次获得多点的定义。留意：当配置PFS时或者选择自动对焦拍摄，Z轴位置可以不包含在多点设置内〔2位置选择PFS始终开着。Ⅴ.Z轴序列拍摄〔ZSeriesAcquisition〕点击Acquire菜单下CaptureZSeriesCaptureAutomatically选项，翻开如上窗口，在范围设定里〔1位置〕Z3个图标对应的3种不同的设定方式：选取顶面和底面、对称范围选择、不对称范围选择，后两种方式只需要找到焦平面依据阅历设定上下偏移的范围即可。当拍摄区域选择完毕后，在图示2的位置，会消灭扫描范围显示，设定需要拍摄的步进距离或者拍摄Z轴层数，选择仪器所配置的电动z轴设备；点击RunNow按钮开头拍摄。留意：PFSZ轴拍摄时会自动关闭，拍摄完毕后重开启，并回到之前定义焦平面。Ⅵ.多色荧光<多通道>拍摄〔FluorescenceAcquisition<Multi-channel>〕点击Acquire菜单下，CaptureMulti-channelImageCaptureAutomatically/manually选项，翻开如上窗口；1位置，在OpticalConf.下拉菜单里选择需要拍摄通道的光路配置，假设没有对应的选择，可以建一个的opticalconfiguration，并选择最终得到画面的伪彩色。可以依据需要设置各个荧光通道和DIC通道；点击RunNow按钮开头拍摄，假设配置了手动的设备，需要选择图片2位置的选项，在拍摄前手动切换光路。2DICDIC图像之前利用宏命令等待22DIC通道之前，或者等待2秒拍摄。Ⅶ.拼图功能〔LargeImageAcquisition〕在电动载物台配置并正确连接时，点击Acquire菜单下，GrabLargeImageCaptureAutomatically选项，翻开如上窗口，选择设定需要拍摄的视场数目或者面积大小；runnow按钮开头拍摄。留意：在未配置电动载物台时可以在Acquire菜单下，GrabLargeImageManually选择手动拼接图片。Ⅷ6D拍摄〔6DAcquisition〕6D插件时，点击Applications菜单下，Define/RunExperiments选项，翻开如上窗口，选择需要进展多维拍摄的项并参照前面所述设置各个拍摄条件；拍摄挨次在进度栏里从上到下排列，可以选择右边箭头来更改拍摄挨次〔请留意不是全部挨次都可以更改。runnow按钮开头拍摄。〔三〕ⅠNIS-Elements软件图片图层：NIS-Elements3个根本层次：注释层：保存注释，测量信息；Binary层：二元阈值分析；图像层：依据相机不同获得不同位深的图片。ⅡNIS-Elements文档类型RGB图像：彩色相机拍摄图片格式；多通道图像Multi-channe：多通道拍摄单幅图片；Nd2多维图像：包括时间，Z轴，多点，多通道等的多维图像。ⅢNIS-Elements拍摄图片保存的格式：NIS-Elements2种，jp2023格式用于单一图像的保存，nd2格式用于多维图像的保存。图像也可以保存成tif，jpg，bmp，gif，png等，多维图像可以保存成avi等常见格式。留意：请在保存所需要图片格式前保存拍摄默认原始格式，原始格式包含图片拍摄全部条件信息。查看拍摄信息，请在图像上单击鼠标右键选择imageproperty。调用原图片拍摄条件，请reusecamerasettings工具。留意：假设要在Windows或者Office软件里查看拍摄得到的图片，需要在image菜单下convert8RGB图像，并另存为常见图片格式，例如tif，jpg等。假设需要批量转换图片，请参考本章后附件一。Ⅳ.图像查看LUTs执行LUTLUT到当前图片；实时LUT，依据当前画面自动LUT动态范围；自动调整LUT范围；关闭LUT功能； 添加过饱和指示；LUT到当前图像。右上图中LUT3个三角形依次为，背景扣除调整、比照度调整、荧光亮度增加调整。对于多通道图像可以分通道单独调整。留意：应用f按钮后，图片原始荧光强度信息会被转变，假设要对图片荧光强度进展测量，请勿按此按钮。多通道平铺显示(SplitComponents)多通道平铺显示按钮。缩放掌握〔RoomControl〕依次为适应窗口，原尺寸显示，放大，缩小按钮。一般掌握〔generalcontrol〕显示探测框，探测框应用与光强柱状图，自动曝光和自动白平衡功能；〔Image>Background>SubtractBackgroun；显示网格，用来做粗略的距离的查看；BurnScale功能；测量框，选择测量范围；感兴趣区域选择；View>AnalysisControl>IntensityProfile功能可以用来查看任意直线，折线路径上的各通道光强分布。以上各个按钮处，均可以单击鼠标右键进展具体的设定和相应属性的更改。状态栏〔StatusBa显示当前图像定标信息，指针位置，光强，图像形式和区分率。通道的掌握:对于多通道图片，用鼠标左键选择已拍摄图片的某个通道，将其拖出窗口即可得到单通道图像。假设要合并2个单通道图片，只需要将一张图片的通道选中，同样用鼠标左channelproperty对话框中进展更改。nd掌握在时间序列拍摄时插入一个大事记录点；选择时间四周帧数播放，在此处点击右键设置；CtrlShift用鼠标左键可以选中一系列帧。在帧选择条中右击鼠标可以对选中的帧进展删除，保存等操作。取消帧域选择。下面是播放掌握栏，R表示实时播放，M表示最大速度播放。nd图像查看〔请看例如图片〕主视图，显示XY图像；最大/最小光强重建；Z，T序列可用，同时显示正交位置的XY，XZ和YZ重建图像；d). Z序列可用，3维视图重建；e). Z，T和多点序列可用，平铺显示各拍摄图片。〔四〕图片分析1).ROIStatistics感兴趣区域统计:AnalysisROIStatistics项，弹出以下窗口，ROI栏即可得到感兴趣区域面积，光强，信噪比等信息。Thresholding阈值分析:阈值分析是通过软件生成一个Binary图层，来进展图像的分析。RGB，HS〔比照度，饱和度，亮度分析，MCH〔单通道分析，Intensit〔亮度分析。阈值选取工具，选取相应大小范围阈值参加到所选范围内，点击 值范围更计算Binary。选中 可以实时更Binary图层信息。手动选择阈值范围，或者在左上或者右上角输入数字来约束阈值范围；去除图片内细小碎片干扰，自动圆滑区域边缘，自动分割有交叠的多个目标；Binary目标。BinaryEdit二元蒙板层编辑：NIS-Elements软件供给Binary编辑工具。按键盘的Tab键或者在Binary菜单项选择择BinaryEditBinary区域的填充，切割，增加目标区域，修改目标区域等功能。留意：BinaryEditG〔前景〕还是BG〔背景。ObjectCount目标计数：依照Thresholding的方法选择相应的目标，按执行件会自动计算当前条件下的目标数量并在下面列表中显示每个目标的面积，平均光强，周长等等特征测量的信息〔具体可测量的参数类型请参见软件手册。选择 按钮可以以同样条件对整个nd文件的每一帧图片进展分析计数然后在图标 右端下拉菜单项选择择输出格式为txt文本或者excel表〔需要系统安装了offic。假设要看全部目标的统计数据，请在ROIStatistics里的Binary栏查看。AnnotationsandMeasurements标注和手动测量：此工具可以在图片上进展箭头，选框，文字，感兴趣区域的标记；测量长度，面积，角度，半径，半轴长等参数，显示在下面的数据表中。另外还有目标计数和分类等功能TimeMeasurement时间测量：在时间序列图像上选取感兴趣区域进展时间测量，可以选择多个感兴趣区域进展测量，也可以对感兴趣区域的多个通道进展时间测量。测量结果可以以图表或者数据表格的形式输出〔在Export选项进展选择。附件一：图像格式批量转换操作如何