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文档简介

实验三:利用Blast进行序列相似性比对具体步骤1.登陆blast主页

/BLAST/2.根据数据类型,选择合适的程序3.填写表单信息4.提交任务5.查看和分析结果以大麦Mlo基因(Z83834)为查询序列

(1)用Blastn能在nr/nt数据库中检索到多少条与之同源的序列?有多少条是禾本科中的?

(2)换用megablast或discontiguousmegablast,观察检索结果的改变。

(3)尝试修改Blastn的参数,观测对检索结果的影响。

(4)找出Mlo基因的编码蛋白序列,用Blastp检索到的与Mlo蛋白同源的序列与用PSI-Blast检索到的同源序列是否有差别?

(5)使用BlastX预测Mlo基因的编码蛋白。用bl2seq分析大麦和小麦Mlo基因mRNA序列编码区和蛋白质产物的同源性以大肠杆菌的胶原蛋白酶名称为pHK08_29的基因做为查询序列

(1)用Blastn能在nr/nt数据库中检索到多少条与之同源的序列。其中大肠杆菌、弗累克斯讷氏杆菌、沙门氏菌各有多少条序列。

(2)换用megablast或discontiguousmegablast,观察检索结

果的改变。(3)尝试修改Blastn的参数,观测对检索结果的影响。(4)使用Blastx预测在Refseq_protein数据库中检索到多少

条与之同源的序列。用blast2分析YP_003683100与ADH70594、YP_004926582、YP_004925874、YP_003273209、YP_003646515、YP_003514536、ABP47302、ADD45443、ADW07065、ADG78176、ACY21316、ABM16043、

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