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文档简介

分子标记与取样策略

Molecularmarkersandsamplingstrategies内容分子标记取样策略同工酶RFLPRAPDAFLPSSR分子标记的种类与历史蛋白质:同工酶(等位酶)六十年代以来核苷酸序列和片段:tRNA(1965)1980年以来:RFLP1984年以来:SSR1990年以来:RAPD1993年以来:AFLP取样策略问题:应该研究多少居群?每个居群应该检测多少个体?应该用多少位点取样策略取样居群数???(对研究matingsystem而言,不少于10?)取样策略要检测到频率不低于特定值的同一位点的所有等位基因需检测的最少个体数可靠性基因频率0.950.990.9990.50068110.400710140.3001115220.2002128390.1005166880.0905774990.08065841120.07077991310.060921191560.050117149194取样策略在HWP下,要检测到频率不低于特定值的同一位点的所有共显性表达的等位基因需检测的最少个体数可靠性基因频率0.950.990.9990.5003460.4004570.30068110.2001114200.1002633440.0902937500.0803342560.0703950660.0604660780.050597597取样策略如果一个母本有多个多态位点,每个位点只有2个共显性等位基因,要检测到几个位点的频率不低于特定值的所有等位基因需检测的最少配子体数可靠性位点数基因型数基因频率0.950.990.999120.5000006811240.250000162129380.1250003851684160.062500901151505320.0312502032553276340.015625453557703取样策略取样策略Acaciamangium三种分子标记的比较SSRsRFLPsIsozymes位点数58830等位基因多样性6.62.11.7多态位点(%)10072.463.3期望杂合度0.7040.2050.025取样策略同工酶与等位酶同工酶(isozyme):电泳所可区分的同一种酶(系统)的不同变化等位酶(allozyme):由一个位点的不同等位基因编码的同种酶的不同类型,其功能相同但氨基酸序列不同同工酶与等位酶材料的采集研磨和酶的提取酶的保存淀粉凝胶制备电泳凝胶切片酶的组织化学染色酶谱的记录与分析数据分析同工酶与等位酶等位酶分析的过程同工酶与等位酶酶谱照片——多倍体同工酶与等位酶酶谱照片——二倍体夏腊梅例子叹:夏腊痒梅在居垦群水素平、慈家系革水平偏和果第序水跃平的优异交体率同工躲酶与卷等位僵酶推荐重读物档与数数据处宪理程曾序王中焦仁.逮19评96雕.植要物等表位酶催分析致.北盛京:镇科学谈出版明社等位征酶应译用的杂论文BI黑OS忌YS盆-1同工惨酶与禽等位六酶RA跳PDRA历PDRF伞LPRF溪LP荧光薄标记哑全自驼动AF抖LP原理吨与方绳法Fo拢r哥AB庭I正37屯7乎DN政A宏Se酷qu柴en犯ce遵r松an朗d造AF迁LP造K戒it快sAF辛LPWh昆at花i罢s摔AF矩LP回:Am衫pl哄if进ie蚁d名Fr岸ag油me匆nt锣L敌en严gt虎h胆Po逢ly讯mo键rp禁hi逼sm庆.激AF敲LP伯t括ec浓hn可ol节og棍y百co小mb赴in佳es府t劣he惑p歉ow宿er废o玻f抹Re厦st联ri犯ct肉io库n将Fr途ag乌me翼nt琴L榨en情gt预h考Po伏ly委mo伏rp车hi谈sm沿(穴RF挽LP饭)仪wi赴th时t曾he运f偶le梦xi味bi骨li妹ty是a胁nd巡寿p滑ow记er向o天f挑PC刃R.AF聪LPKe夺yg渐en议eN.激V垫.Wa芝ge悉ni同ng瓶en,础th剩e剩Ne师th罩er拒la务nd册sZa舟be摊au,摸M.猫,壮an竞d诊P.Vo兄s.炒19找93绣.犁Se果le躲ct瓣iv迎e职re串st唤ri的ct由io惑n肆fr替ag撒me更nt翁a否mp灯li弦fi倦ca翅ti龄on扯:灵a飞ge励ne培ra馋l鹅me滩th点od取f篇or僻D恶NAfi争ng棕er注pr妥in遵gt号in尺g.拼Eu撤ro扇pe卖an犬P火at至en求t沟Ap绸pl缘瑞ic聋at趁io躲n,Pu裤bl.就No疏.:堤E很P0侮53屑48议58隙,锤no扬.脉92只40结26搞29替.7牙.Vo董s,且P.虹e外t槽al倡.这19厨95少.捞AF矿LP残:蚂a姻ne关w轻te瓜ch抓ni骑qu湾e长fo极r滔DN肤A骑fi撑ng辨er灶pr益in茎ti荐ng业.郊Nu淘cl饲ei属c慎Ac菊id影s芝Re摩se凑ar夏ch识,陈23依:4压40宋7-恋44玩14和.AF编LPAF虾LP的实帆验过慈程AF洽LPFe竹at触ur伶es阔o庆f碰AF颂LP于M稳ar分ke赔rsFr积ee卵o膊f桌ar洲ti棋fa吹ct助sCo他-m女ig口ra室ti浪on巴o风f证no律n-讽al斑le忘li盾c圆fr江ag倡me类nt救s谷oc离cu娱rs知at急e进xt佛re位me秧ly吉l用ow袄l皆ev唐elNo鸭p礼ri滥or奏k器no畅wl多ed筋ge位o星f多ge灭no乡丰me言i某s某ne偿ed佣edPe矮rf眯ec隙tre俊pl坡ic歪ab仰il胸it耀ySm岁al屋l仗qu讯an跟ti圈ty估o梁f巧DN造AHi驾gh疑e目ff霉ic杰ie旺nc欺y,版m为or惕e灶ma细rk抱er州s乡丰pe闭r轻pr扩im拥er兰,晒hi凯gh兴p攻ol色ym貌or翠ph乔is狼mSe逗gr诵eg刺at尸io浩n布asMe脑nd幸el例ia窝nHi奸gh哄a日cc低ur肾ac尖ySa妥mp赞le法a唯ll倡g细en筑om兵eAF劈燕LPSh脆or昼tc凑om崖in直gs洒o絮f想AF欧LPDo仪mi仆na驱nt桃(别4-广15霉%刑co神-d诱om哄in解an阁t)Pr番ob手le摧m圾in驳h电om镜ol断og墨y苏of撇m丸ar王ke脱rsAF星LPAp屈pl再ic互at涨io搬ns庸o梨f肥AF警LP嘉M搂ar个ke欢rsSy淹st织em延at查ic助sBi钥od旱iv久er药si卷tyPo雅pu肆la征ti助on铁s跳tr疤uc中tu铺re阿,疲di胁ff乱er眠en便ti介at摔io痒n,Fs爪t,塞ge般ne取f兔lo生w,保d绳is预pe市rs科al泛,ou析tc敞ro申ss赚in呼g,件in债tr崖og偏re央ss检io央n,东h域yb泄ri损di口za灯ti谅oncl虫on占alid放en疤ti棚fi套ca咱ti婚on敢m牌od概es环o足f断re剑pr迈od月uc椒ti离onFi盯ng叠er泼pr疼in精gt肠in肃g:牺in衫di谱vi幅du顽al枣i亭de霸nt部if肉ic嫌at翠io筝n,幕p泽ar敌en狮ta挺ge郑a浸na汇ly惠si虹s纳(p红at竿er很ni溉ty金)QT挤L角ma途pp青in浅g监(5汇0%医o曾f亿pa悄pe伟rs障)AF炼LP为什菊么用赴双酶百解?适合PC与R扩增寇的效稳率与仓变性站胶的蕉分辨耕率减少PC片R扩增骨的片阳段,扰从而混减少银使用勇选择均性碱皆基的仗数目使标阁记单累链成裙为可汁能增加PC咬R扩增坦的灵晋活性增加泉使用军引物械的灵遗活性AF起LP为什投么只糠标记Ec应oRI?防止谜“do震ub蠢le杜ts胆”Ms积e-Ms耗e片段惕环化溜,不鞋利小顿片段惜扩增Ec端oR-I引物堡的退稻火温笛度高屡,Ec赌oR-Ms冷e片段懒优先辽扩增AF择LP为什起么要拳预扩园增?减少鞋选择卫性碱骑基的握错配降低叶背景戒噪音AF药LPAF等LP的重扣复性棉问题Jo期ne肿s棚et卖a瞎l.(1页99难7)同一叙实验但在欧忧洲的过8个华实验冠室重促复,徒17盏2条柔带只真有1姓条在羊一次自实验稍中没晶有,镜重复艇率9路9.奔4%灰,与SS急R的水骨平相搏当。(Jo衣ne育s,不C酷.湖J.颈e供t绵al瓶.王19逗97庄.仅Re天pr泊od球uc壁ib旧il斩it拾y暂te玩st档in探g督of信R仪AP石D,敲A汤FL才P咱an辨d颂SS伸R榜ma树rk瘦er惑s架in乘p堆la盖nt刺s港by堆a你n饥et初wo丧rk奔o手f棍Eu训ro悲pe碍an筋l丧ab月or茅at谊or层ie普s.柿M女ol礼.阳Br宝ee维d.矩3抗:3月81完-3雅90曾)AF乡丰LPAF不LP的实参验方条法(略)AF衣LPVa魔ri贯ab股le五N雁um往be小r冠of射T壶an丧de警m忍Re海pe首at丛(锣VN晚TR齐)mi凳ni静sa饼te架ll在it弯e,宏15奋-7瓣0bpmi冠cr乔os虽at姓el差li教te伸s,秀2-烛6bpSS捞R位点标记片的优六点约50秀%呈先多态蓬性共显某性数目探多且亏在基残因组阻中均骆匀分尾布多数怎位点买呈选在择中死性,筒符合现群体那遗传斥学了摩理论技术遵上适支合用PC枝R分析旅半自茅动化布,结封果可览靠部分扒降解庙的DN泪A样品膜也可部用适合殃于等淡位酶蚀变异第小的百居群当水平品的研以究SS敌RSS映R位点爸标记菌的缺缺点可用猛的位治点数竹目少设计弟引物言的费悠用高扫,耗咸时长物种默专一狸性在说明怀群体菠分化被和物贷种分英化时住可能肥产生誓错误SS榴R一些相进行蚂过SS者R研究怕的树换木金合屯欢、垦桉树叼、水茅青冈忆、银厅桦、侵白千层、窝松树欠、云本杉、烛围涎简树、兰杨树用、栎乌树、孝龙脑概香、呢桃花搜心木鲁等SS上RSS闯R标记千的应闪用领钱域遗传在图谱锹的构旺建连锁催分析移特殊

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