基因检测在肿瘤个性化诊疗中的应用

基因检测在肿瘤个性化诊疗中的应用2023/4/5第1页，共50页，2023年，2月20日，星期四金域检验个性化实体肿瘤检测中心报告人：牛洋洋基因检测

在肿瘤个性化诊疗中的应用第2页，共50页，2023年，2月20日，星期四分子靶向治疗与基因检测液相活检技术及其临床应用第3页，共50页，2023年，2月20日，星期四非小细胞肺癌的靶向治疗1.酪氨酸激酶抑制剂（EGFR-TKIs）吉非替尼（易瑞沙®）厄洛替尼（特罗凯®）乳腺癌、胃癌的靶向治疗HER-2抑制剂曲妥珠单抗（赫赛汀®）结、直肠癌的靶向治疗EGFR单克隆抗体西妥昔单抗（爱必妥®）2.ALK/ROS1抑制剂克唑替尼（赛可瑞®）色瑞替尼（Zykadia®）第4页，共50页，2023年，2月20日，星期四非小细胞肺癌的靶向治疗1.酪氨酸激酶抑制剂（EGFR-TKIs）吉非替尼（易瑞沙®）厄洛替尼（特罗凯®）埃克替尼（凯美纳®）2.ALK/ROS1抑制剂克唑替尼（赛可瑞®）色瑞替尼（Zykadia®）第5页，共50页，2023年，2月20日，星期四肺腺癌和鳞癌的驱动基因第6页，共50页，2023年，2月20日，星期四检测时间段：2014年标本来源：手术组织、穿刺标本、胸腹水制备的蜡块标本量：共送检2322例，退单112例，实际检测2210例阴性结果：1260例阳性结果：950例（19del432例，L858R452例，T790M8例，其他58例）金域检验结果

阳性率：43%7第7页，共50页，2023年，2月20日，星期四

Gefitiniborcarboplatin-paclitaxelinpulmonaryadenocarcinoma.

NEnglJMed.

2009Sep3;361(10):947-57.doi:10.1056/NEJMoa0810699.Epub2009Aug19.

MokTS,WuYLetalIPASSIPASSTKI药物是把双刃剑！2023/4/5第8页，共50页，2023年，2月20日，星期四NSCLC患者EML4-ALK基因重排EML4EML4–ALK变异体1HELP1496981WDBasic14961059110581620TM激酶ALK间变性淋巴瘤激酶(ALK)基因的异常激活，可促进肿瘤的生长2011年FDA批准克唑替尼用于治疗局部晚期或转移的ALK阳性NSCLC患者2013年CFDA批准克唑替尼用于治疗局部晚期或转移性ALK阳性的NSCLC患者2014年FDA批准色瑞替尼用于治疗局部晚期或转移性ALK阳性的NSCLC患者（包括既往接受克唑替尼治疗失败的患者）第9页，共50页，2023年，2月20日，星期四

ALK基因与EGFR基因并列非小细胞肺癌靶向治疗首选推荐检测基因！克唑替尼

治疗ALK阳性患者Shaw

ATetal.NEnglJMed.2013Jun20;368(25):2385-94.第10页，共50页，2023年，2月20日，星期四中国ALK阳性NSCLC诊断专家共识（2013）第11页，共50页，2023年，2月20日，星期四ALK基因重排（FISH)方法：荧光原位杂交试剂盒：ABBOTTALK重排检测试剂盒优点：通过cFDA认证,目前检测ALK基因重排的金标准缺点：费用高昂，大部分患者很难承受第12页，共50页，2023年，2月20日，星期四ALK基因重排（全自动免疫组化）方法：全自动免疫组化试剂盒：RocheVENTANA抗ALK单抗优点：通过cFDA认证,与FISH方法的一致性为99.23%优点二：费用远低FISH方法，时间快第13页，共50页，2023年，2月20日，星期四VentanaALK的cFDA注册临床实验三家医院（上海肿瘤医院，中国科学院肿瘤医院，北京大学人民医院）超过1100例NSCLC样本进行VENTANAALK(D5F3)与FISHALK结果的对比验证实验结果表明VENTANAALK(D5F3)与FISHALK的一致性为99.23%阳性率：12.7%第14页，共50页，2023年，2月20日，星期四31岁，男性，非吸烟EGFR无突变、ALK无重排一线吉非替尼治疗无效口服克唑替尼8周后高度部分缓解

ROSfusion:FISHROSfusion:IHCBergethonK,etal.JClinOncol2012;30:863-870.克唑替尼治疗ROS1基因阳性患者第15页，共50页，2023年，2月20日，星期四乳腺癌、胃癌的靶向治疗HER-2抑制剂曲妥珠单抗（赫赛汀®）2023/4/5第16页，共50页，2023年，2月20日，星期四HER-2扩增检测的应用辅助诊断

FISH技术检测HER-2状态结果客观准确，为检测HER-2基因的金标准。制定治疗方案HER-2基因扩增患者：应用他莫昔芬治疗后的死亡风险明显增高，提示患者可能不适合他莫昔芬作为内分泌治疗的选择；HER-2基因扩增患者：对CMF化疗方案的反应性降低,宜采用高剂量强度的蒽环类药物方案。第17页，共50页，2023年，2月20日，星期四指导靶向用药

赫赛汀只有针对HER-2基因扩增和蛋白过度表达的病人才有效预后判断预后判断

研究显示，HER-2基因扩增患者生存期较短，肿瘤负荷更大，淋巴结转移几率更高，激素受体阴性比例更高，复发风险更高乳腺癌：HER2扩增阳性率25%左右（荧光原位杂交技术）NCCNClinicalPracticeGuidelinesinOncologyforbreast

cancer.v1.2014.2023/4/5第18页，共50页，2023年，2月20日，星期四胃癌：HER2扩增阳性率约15%~27%（荧光原位杂交技术）；各类型胃肿瘤HER2阳性率：食管胃结合部腺癌（33%）、胃腺癌（21%）、肠道及弥漫型肿瘤（32%）、混合型肿瘤（6%）乳腺癌：HER2扩增阳性率约20%~25%（荧光原位杂交技术）

NCCNClinicalPracticeGuidelinesinOncologyforbreast

cancer.v1.2014.NCCNClinicalPracticeGuidelinesinOncologyforgastriccancer.v2.2013.第19页，共50页，2023年，2月20日，星期四标本来源：组织标本（以乳腺癌为主）方法学：FISH方法标本量：检测2560例，阳性结果：1050例金域检验结果

阳性率：41.02%第20页，共50页，2023年，2月20日，星期四结直肠癌驱动基因分布爱必妥和维克替比仅适用于KRAS基因野生型的转移性结直肠癌患者

KRAS突变是早期NSCLC患者无法从辅助化疗中获益的预测因子第21页，共50页，2023年，2月20日，星期四标本来源：组织标本（以结直肠癌为主）方法学：ARMS-PCR、Sanger测序标本量：检测1618例阳性结果：614例金域检验结果荟萃

阳性率：38%第22页，共50页，2023年，2月20日，星期四部分晚期患者无手术机会

无足够的组织标本进行基因分型重复活检患者依从性差作为金标本的组织靶基因检测也存在局限性

一、取材困难第23页，共50页，2023年，2月20日，星期四二、肿瘤异质性同一肿瘤组织有异质性不同部位肿瘤的异质性第24页，共50页，2023年，2月20日，星期四三、无法对疗效进行监测组织标本无法用于动态检测第25页，共50页，2023年，2月20日，星期四LiquidBiopsies（液相活检）Blood&otherbodilyfluids•Cell-freeDNA（血浆游离DNA）•CirculatingtumorDNA（循环肿瘤DNA）有限的样本数量有限的取样频率取样时需要专业医生和专业机构有创伤地取样检测速度慢目前实体肿瘤个体化治疗面临的困境第26页，共50页，2023年，2月20日，星期四ctDNA的生物学属性——来源第27页，共50页，2023年，2月20日，星期四

总游离DNA上皮组织5-10%肿瘤0.01-10%胃肠道5-10%血细胞80-90%largely<1.0%ctDNA的生物学属性——含量第28页，共50页，2023年，2月20日，星期四

血浆•水91%•蛋白7%•代谢物(微量)•

Cell-freeDNA(微量)细胞层•白细胞2-3%•血小板块2-3%•红细胞90%

•CTC(微量)ctDNA的生物学属性——存在部位29第29页，共50页，2023年，2月20日，星期四特殊保存方式

抑制核酸酶介导的ctDNA降解

防腐剂稳定有核血细胞

ctDNA分子标记物存在周期短，能实时反应患者的基本情况ctDNA的生物学属性——半衰期短2023/4/5第30页，共50页，2023年，2月20日，星期四ctDNA的生物学属性——高特异性“相对”准确反应肿瘤组织不同克隆的基因特征LearyetalScienceTranslationalMedicine,Nov2012.【ctDNA】所有肿瘤克隆的混合体(能反应肿瘤所有克隆的整体特征)。第31页，共50页，2023年，2月20日，星期四基于血液的靶基因检测可惠及每一位患者指导用药匀质标本实时监测作为无法获取组织标本的补充，无创检测结果指导临床用药循环而匀质的ctDNA标本，在一定程度克服了异质性实现实时动态监测，提高全程管理水平第32页，共50页，2023年，2月20日，星期四III、IV期肺腺癌易瑞沙®、特罗凯®、凯美纳®等方法：ARMS-PCR基于血液的肺癌EGFR突变检测33第33页，共50页，2023年，2月20日，星期四EGFR基因突变位点第34页，共50页，2023年，2月20日，星期四共入组1060位高加索人群非小细胞肺癌患者，来自5个国家652例患者同时具有肿瘤组织和血液样本，采用Qiagen试剂盒进行检测这两者EGFR突变状态吻合率为94.3%，特异性为99.8%。2023/4/5第35页，共50页，2023年，2月20日，星期四第36页，共50页，2023年，2月20日，星期四IRESSA药品说明书更新中国Gefitinib说明书更新（2015年2月13日cFDA批准更新）第4页<注意事项>

当考虑本品用于晚期或转移性NSCLC患者的一线治疗时，推荐对所有患者的肿瘤组

织进行EGFR突变检测，如果肿瘤标本不可评估，则可使用血液（血浆）标本中获得的循环肿瘤DNA(ctDNA)用于EGFR突变检测。

只能使用经论证可用于测定肿瘤或ctDNA的EGFR突变的检测方法，检测方法须稳定、可靠并且灵敏，以避免出现假阴性或假阳性的测定结果

37第37页，共50页，2023年，2月20日，星期四200例标本对照，肿瘤组织对比外周血进行EGFR基因检测200例标本，共出现11例不相符标本（组织阳性而外周血检测阴性、组织阴性而外周血检测阳性）。√检测时机的选择√检测方法学的选定金域实验室&ctDNA检测数据38第38页，共50页，2023年，2月20日，星期四第39页，共50页，2023年，2月20日，星期四统计2015年1月1日至3月31日数据：检测目前已使用一代TKI治疗的非小细胞肺癌患者（3个月-6个月）72例，出现T790M突变阳性例数为31例；与新药临床试验部联合推动患者加入针对“T790M”位点的第三代TKI新药临床试验。金域实验室&ctDNA检测数据第40页，共50页，2023年，2月20日，星期四报告时间：ASCO2014背景：服用EGFR-TKI药物的患者，一般在8～11月内出现耐药耐药原因：～50%的患者产生T790M突变I期临床报告：入组199名患者（女性62%，中位年龄60岁，亚裔65%）T790M突变：132位患者进行了检测，89例检出T790M疗效：T790M(+)(c+uORR)为64%，T790M(－）为23%60例确认缓解的患者中，97%（58/60）的患者在数据截止时疾病仍在持续缓解。最长缓解时间超过8个月AZD9291I期临床研究第41页，共50页，2023年，2月20日，星期四外周血中KRAS基因突变检测III、IV期肺腺癌III、IV期结直肠癌爱必妥®维克替比®等方法：ARMS-PCR第42页，共50页，2023年，2月20日，星期四肺／肠癌22基因突变热点检测III、IV期肺腺癌III、IV期结直肠癌指导用药、预后评估方法：二代测序43第43页，共50页，2023年，2月20日，星期四22基因列表优势：高通量，覆盖了大部分非小细胞肺癌和结直肠癌的驱动基因第44页，共50页，2023年，2月20日，星期四ctDNA的临床应用未来潜在临床用途恶性肿瘤治疗反应监测；恶性肿瘤的预后分层；恶性肿瘤复发监测。第45页，共50页，2023年，2月20日，星期四1、治

疗反

应检测Diseaseprogression1Dawsonetal.,NEJM2013Online,DOI:10.10562Suetal.,AnnNYAcadSci2008,1137:197-206Cell-freeDNAwastheonlymarkerthatpredictedresponseCELL-FREEDNA/PIK3CACA15-3ANTIGENCIRCULATINGTUMORCELLSPatientrespondstotherapyNoresponsetohormonalRXHighsignal

consistentwithmetastaticpatientPatientsrespondstother