暑期班-分子生物学机制

郭鹏，西安交通大学医学院泌尿外科研究所教授，博士生导师。2003年从复旦大学上海医学院获生物化学与分子生物学博士学位。2004-2009年，美国埃默里(Emory)大学医学院Winship癌症研究所博士后；2009-2010年任埃默里(Emory)大学医学院讲师(Instructor)。2010年6月回国担任西安交通大学教授，获得西安交通大学光华青年学者基金资助。第一页，共23页。在JBC，Int.J.Cancer,Oncogene,CancerRes.

等英文期刊上发表SCI文章40余篇。曾获美国国防部前列腺癌研究计划博士后培训基金资助，目前主持2项国家自然科学基金面上项目。美国癌症研究学会(AACR)会员，美国基础泌尿外科研究学会(SBUR)会员。《现代泌尿外科杂志》编委，《AdvancesinOncologyResearch》编委。第二页，共23页。研究生科研能力培养高水平医学论文必备要点分子机制研究的几点经验第三页，共23页。创新能力批判性思维专业素养短板：表达能力研究生科研能力培养第四页，共23页。创新能力发现新现象、新事物、新方法；发现已知事物的新作用；建立已知事物之间的新关系；提出新概念、新假说；创新是高层次的综合能力，是科研能力的核心，创新性也是论文、课题评审的最重要评价标准。第五页，共23页。批判性思维（Criticalthinking）能动、持续和细致地思考任何信念或被假定的知识形式，洞悉支持它的理由以及它所进一步指向的结论（杜威)。以理性方式推断现有理论或已知结论的正确与不足之处。培养方式：JournalClub讲座提问、讨论日常读文献第六页，共23页。对本领域前沿的了解；重要实验技术；文献获取、阅读与管理、引用；课题构思、标书撰写；科研论文撰写；表达能力与交流能力培养。表达能力：缺少锻炼机会专业素养第七页，共23页。Howdoestheeditorevaluateapaper?Doesitaskaninterestingorimportantquestion?Doesitprovidesignificantconceptualadvances?Doesitprovidenovelmechanisticinsights?Doesitprovidenewfindingsofphysiologicalrelevance?SignificanceTechnicalqualityLogic高水平医学论文必备的几大要素第八页，共23页。高通量技术筛选芯片二代测序数据库预测TCGAOncomineGEO根据文献、前期结果预测确定目标分子确定目标分子在肿瘤组织与正常对照组织中差异及潜在机制确定目标分子在肿瘤组织中的功能确定目标分子实现其功能的分子机制目标分子与疾病进展、诊断、预后的关系肿瘤基础研究课题的框架第九页，共23页。确定目标分子在肿瘤组织中的功能HallmarksofCancer:TheNextGeneration.

Cell144(5),646–674第十页，共23页。确定目标分子在肿瘤组织中的功能增加/减少目标分子质粒/shRNA质粒siRNA病毒/病毒-shRNACas9/CRISP激活/抑制目标分子检测相应细胞生物学行为各信号通路MarkerTips:敲除时用至少两个序列。各实验应使用至少两个细胞系。第十一页，共23页。突变表达差异翻译后修饰差异定位差异确定目标分子在肿瘤组织与正常对照组织中差异遗传学方法质谱影像学方法第十二页，共23页。表达差异？转录转录因子增强子启动子DNA甲基化表观遗传学修饰mRNA水平变化转录后调控RNAsplicingmRNA稳定第十三页，共23页。转录因子增强子第十四页，共23页。表观遗传学修饰第十五页，共23页。RNAsplicing第十六页，共23页。蛋白水平变化翻译水平调控翻译后修饰肽链稳定性、折叠泛素化、蛋白降解miRNAmTOR通路热休克蛋白糖链修饰表达差异？第十七页，共23页。确定目标分子实现其功能的分子机制目标分子如何调控下游关键通路？公认能直接影响细胞生物学行为、疾病进展的分子、通路调控方式：表达量变化相互作用改变其修饰、定位、功能第十八页，共23页。第十九页，共23页。TheeffectofARsignalingontheproliferation,migration,andinvasionofRCC769-P,786-O,andSW839celllines.©2014byAmericanAssociationforCancerResearch第二十页，共23页。769PAR/VEC(fold)SW839SiAR/SC(fold)KAI-113.34,041MMP240SERPINB11.34,153HGF6.615VEGFA10.40,947VEGFA3.59HIF2A7.87,995MMP93.32SYK3.37,075MMP14CO14A23.24,470EPHB22.44MTA11.94,261SYK2.04ZEB11.92,744HIF2A1.79DAB2IP1.34,165NEPD91.75JMJD1A1.32,171JMJD1A1.73EZH21.24,849HIF1A1.69CD441.10,302IGFI1.54Table1.Theinvasionandmetastasis-relatedgenetranscriptionprofilein769P-AR/VecandSW839-ARsc/sicellsusingqPCRarrayassayNOTE:ThetranscriptlevelsofHIF2αandVEGFwereassayedin769P-ARandSW839-ARsicellscomparedwithcontrolcells